摘要
WRKY转录因子参与调控植物的生长发育过程,是一类重要的转录因子。利用生物信息学方法从大蒜基因组中筛选并鉴定出63个WRKY家族基因,分析发现,大蒜WRKY基因家族成员均含有WRKY保守结构域,其编码产物的开放阅读框(ORF)为221~1 867 aa,氨基酸长度为73~621 aa,蛋白质相对分子量为8 594.72~67 991.64 u,等电点为4.91~9.86,氨基酸脂肪系数为41.14~76.28。其中,有35个AsWRKY蛋白是酸性蛋白,有28个AsWRKY蛋白是碱性蛋白,并且这63个家族成员都位于细胞核中。系统发育树将63个AsWRKY基因分成ClassⅠ、ClassⅡ和GroupⅢ三大类,第Ⅰ类有15个基因,第Ⅱ类有26个基因,第Ⅲ类有22个基因。分析保守结构域发现,同一类AsWRKY的结构域相似,所有成员都含有WRKYGQK七肽保守结构域和锌指结构,少数成员存在保守结构域变异。基因结构分析结果显示,AsWRKY基因的外显子数量为2~6个,内含子数量为1~5个。基因相对表达量热图分析结果显示,AsWRKY基因家族成员在4个组织或器官中的表达量均不同,其中AsWRKY51、AsWRKY03在各组织中的相对表达量都最高。蛋白互作与基因共表达分析结果表明,AsWRKY55、AsWRKY15和AsWRKY24等处于网络中心位置,推测其积极响应盐、低磷、干旱等逆境胁迫。研究结果可为深入探究大蒜WRKY基因的功能及其调控植物生长发育的机制奠定基础。
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2023年第17期41-51,共11页
Jiangsu Agricultural Sciences
基金
国家自然科学基金(编号:31960590)
青海省科技厅重点实验室项目(编号:2022-ZJ-YO1)
青海省科协中青年科技人才托举工程(编号:2021QHSKXRCTJ01)。
