目的通过生物信息学方法对头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)患者的基因表达进行分析,寻找影响HNSCC患者预后的免疫相关基因,探索HNSCC新的治疗靶点。方法本研究基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atl...目的通过生物信息学方法对头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)患者的基因表达进行分析,寻找影响HNSCC患者预后的免疫相关基因,探索HNSCC新的治疗靶点。方法本研究基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因表达综合数据库,下载HNSCC和非肿瘤组织样本的RNA测序数据。分别对两数据库样本进行差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析,筛选免疫相关基因。采用单因素Cox回归、Lasso回归和多因素Cox回归分析识别出与HNSCC预后显著相关的基因,并以此为基础计算每个TCGA样本的风险评分,构建相关预后模型。根据风险评分中位数将样本分为高、低风险组;对高、低风险组进行基因差异表达分析,揭示不同免疫状态下的基因表达变化,并对差异基因进行通路富集分析。结果筛选发现MS4A1、IL12RB2、DMBT1、LTF是影响HNSCC患者预后的免疫相关基因。其中MS4A1和IL12RB2在HNSCC中高表达,DMBT1和LTF低表达。HNSCC死亡组的风险评分显著高于生存组。风险评分可作为HNSCC的独立预后指标。高、低风险组差异基因显著富集于免疫应答调节细胞表面受体信号通路。结论MS4A1、IL12RB2、DMBT1、LTF可用于HNSCC的风险评估、疾病监测和疗效评估。免疫反应在HNSCC患者的预后中至关重要,进一步的研究有望推动新治疗策略的开发。展开更多
目的:探讨细胞焦亡相关蛋白Gasdermin(GSDM)家族在头颈部鳞状细胞癌(squamous cell carcinoma of head and neck,HNSCC)中的表达及临床意义。方法:基于UALCAN等公共数据库分析GSDM蛋白家族在HNSCC中的差异表达及其与HNSCC患者不良预后...目的:探讨细胞焦亡相关蛋白Gasdermin(GSDM)家族在头颈部鳞状细胞癌(squamous cell carcinoma of head and neck,HNSCC)中的表达及临床意义。方法:基于UALCAN等公共数据库分析GSDM蛋白家族在HNSCC中的差异表达及其与HNSCC患者不良预后的相关性,同时明确GSDM蛋白家族与免疫细胞浸润的相关性。结果:与正常组织相比,GSDM蛋白家族在HNSCC组织中的表达显著增加,且其与HNSCC患者更长的总生存期(overall survival,OS)及免疫细胞浸润密切相关;GSDM蛋白家族在HNSCC中的基因功能主要富集在细胞焦亡等;京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路主要富集人乳头状瘤病毒感染等;GSDM蛋白家族在HNSCC中有一定突变率。结论:GSDM蛋白家族在HNSCC组织中的表达水平与正常组织有差异,且其表达水平与免疫细胞浸润及肿瘤预后具有相关性,可作为HNSCC预后标志物及基因治疗靶点。展开更多
文摘目的通过生物信息学方法对头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)患者的基因表达进行分析,寻找影响HNSCC患者预后的免疫相关基因,探索HNSCC新的治疗靶点。方法本研究基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因表达综合数据库,下载HNSCC和非肿瘤组织样本的RNA测序数据。分别对两数据库样本进行差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析,筛选免疫相关基因。采用单因素Cox回归、Lasso回归和多因素Cox回归分析识别出与HNSCC预后显著相关的基因,并以此为基础计算每个TCGA样本的风险评分,构建相关预后模型。根据风险评分中位数将样本分为高、低风险组;对高、低风险组进行基因差异表达分析,揭示不同免疫状态下的基因表达变化,并对差异基因进行通路富集分析。结果筛选发现MS4A1、IL12RB2、DMBT1、LTF是影响HNSCC患者预后的免疫相关基因。其中MS4A1和IL12RB2在HNSCC中高表达,DMBT1和LTF低表达。HNSCC死亡组的风险评分显著高于生存组。风险评分可作为HNSCC的独立预后指标。高、低风险组差异基因显著富集于免疫应答调节细胞表面受体信号通路。结论MS4A1、IL12RB2、DMBT1、LTF可用于HNSCC的风险评估、疾病监测和疗效评估。免疫反应在HNSCC患者的预后中至关重要,进一步的研究有望推动新治疗策略的开发。
文摘目的:探讨细胞焦亡相关蛋白Gasdermin(GSDM)家族在头颈部鳞状细胞癌(squamous cell carcinoma of head and neck,HNSCC)中的表达及临床意义。方法:基于UALCAN等公共数据库分析GSDM蛋白家族在HNSCC中的差异表达及其与HNSCC患者不良预后的相关性,同时明确GSDM蛋白家族与免疫细胞浸润的相关性。结果:与正常组织相比,GSDM蛋白家族在HNSCC组织中的表达显著增加,且其与HNSCC患者更长的总生存期(overall survival,OS)及免疫细胞浸润密切相关;GSDM蛋白家族在HNSCC中的基因功能主要富集在细胞焦亡等;京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路主要富集人乳头状瘤病毒感染等;GSDM蛋白家族在HNSCC中有一定突变率。结论:GSDM蛋白家族在HNSCC组织中的表达水平与正常组织有差异,且其表达水平与免疫细胞浸润及肿瘤预后具有相关性,可作为HNSCC预后标志物及基因治疗靶点。
