基于麦冬转录组数据的SSR序列特征分析及引物设计

1

作者 王钧 戴维 +6 位作者 赖强龙 叶坤浩 陈杰 冯伦 刘媛 何爱坪 赵丹 《西北农业学报》 北大核心 2025年第2期300-308,共9页

采用高通量测序技术获得了麦冬转录组53466条Unigenes,并通过序列分析识别出35832个SSR位点,分布于24539条Unigenes上,SSR出现频率高达67.02%,平均分布距离为4.88 kb。对包含SSR位点的24539条Unigenes进行GO和KEGG注释,结果显示主要集... 采用高通量测序技术获得了麦冬转录组53466条Unigenes,并通过序列分析识别出35832个SSR位点,分布于24539条Unigenes上,SSR出现频率高达67.02%,平均分布距离为4.88 kb。对包含SSR位点的24539条Unigenes进行GO和KEGG注释,结果显示主要集中于生物学过程、植物-病原体互作等基因功能和代谢通路。从SSR重复基元类型来看,单核苷酸重复数目最多,占比57.06%,其中A/T为绝对优势类型,有20193个;五核苷酸重复平均分布距离最高,为4069.34 kb。从重复次数来看,基元重复10次以上的类型数目最多,有20849个,占比61.69%。随机挑选30个不同类型的SSR基元位点并设计引物,对川麦冬、浙麦冬基因组DNA进行PCR扩增,结果显示28对引物可以在两个栽培种中扩增出条带,其中16对引物可扩增出目的条带。 展开更多

关键词 麦冬 转录组 ssr位点 引物设计

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薄壳山核桃SSR-PCR体系优化及引物筛选

2

作者 罗晓蕾 黄丹 +4 位作者 彭兵阳 王磊彬 毕慧慧 何的明 吕佳斌 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期138-147,共10页

【目的】为建立薄壳山核桃SSR-PCR的最佳反应体系,筛选薄壳山核桃高多态性SSR引物,为薄壳山核桃构建指纹图谱、亲缘关系分析、品种鉴定等后续的相关研究提供有力工具。【方法】采用单因素试验与L_(16)(4^(5))正交试验设计相结合的方法,... 【目的】为建立薄壳山核桃SSR-PCR的最佳反应体系,筛选薄壳山核桃高多态性SSR引物,为薄壳山核桃构建指纹图谱、亲缘关系分析、品种鉴定等后续的相关研究提供有力工具。【方法】采用单因素试验与L_(16)(4^(5))正交试验设计相结合的方法,以薄壳山核桃DNA作为模板,对影响薄壳山核桃SSR-PCR反应体系中的6个影响因素(DNA、Mg^(2+)、10×PCR Buffer、引物、Taq酶、dNTPs)进行单因素试验,根据单因素试验的结果确定各影响因素的适宜用量范围,再据此设计正交试验。【结果】根据正交试验扩增结果,确立薄壳山核桃的最佳反应体系(10μL)为:Taq酶0.15 U,Mg^(2+)2.0 mmol/L,dNTPs 0.1 mmol/L,引物1.0μmol/L,50 ng模板DNA 1.0μL,10×PCR Buffer 1.0μL,ddH_(2)O5.8μL。5个因素影响薄壳山核桃SSR-PCR反应体系的扩增效果,其影响程度大小依次为Taq酶>引物=DNA>Mg^(2+)>dNTPs。以8种薄壳山核桃DNA为模板,4对薄壳山核桃引物对优化后的薄壳山核桃SSR-PCR反应体系进行验证,均扩增出明亮清晰的条带,证明优化后的反应体系稳定可靠。利用优化后的反应体系在283对核桃及山核桃引物中筛选出高多态性薄壳山核桃引物12对,其多态性位点信息数均高于0.5。【结论】优化后的反应体系及筛选出的12对薄壳山核桃引物可直接用于后续的SSR分子标记试验,为薄壳山核桃亲缘关系鉴定、交配系统分析等研究奠定理论基础。 展开更多

关键词 薄壳山核桃 ssr-PCR反应体系 引物筛选 单因素试验 正交设计试验

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高丹草SSR引物设计及分子遗传框架图谱构建 被引量：12

3

作者 卢杰 吕媛媛 +2 位作者 李杰勤 詹秋文 王敏 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2009年第2期28-33,共6页

利用高粱EST序列和BAC克隆,以Primer 5.0程序设计了10对高丹草SSR引物,结果发现有3对引物在皖草2号高丹草的亲本间表现多态性,其中2对来自BAC的引物可用于遗传连锁图谱构建。除以上10对SSR引物外,再选取已公布的245对高粱SSR引物,以180... 利用高粱EST序列和BAC克隆,以Primer 5.0程序设计了10对高丹草SSR引物,结果发现有3对引物在皖草2号高丹草的亲本间表现多态性,其中2对来自BAC的引物可用于遗传连锁图谱构建。除以上10对SSR引物外,再选取已公布的245对高粱SSR引物,以180个皖草2号(TX623A×S722)的F2代单株作为构图群体,构建了一个包括4个连锁群、33个SSR标记的高丹草遗传图谱,图谱覆盖基因组长度458.5cM,平均图距13.8cM。 展开更多

关键词 高丹草 ssr 引物设计 遗传图谱 构建

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蒺藜苜蓿EST-SSRs分布特征及标记的开发 被引量：10

4

作者 屠德鹏 魏臻武 +3 位作者 武自念 雷艳芳 张栋 邱伟伟 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期746-752,共7页

利用蒺藜苜蓿(Medicagotruncatula)EST数据库开发新的EST-SSRs标记,分析EST-SSRs的分布特征。利用SSRIT软件对NCBI上公布的285 285条蒺藜苜蓿EST序列进行SSR序列的检测,共检测出6 688个SSR序列,分布于6 512个EST中,占整个EST数据库的2.... 利用蒺藜苜蓿(Medicagotruncatula)EST数据库开发新的EST-SSRs标记,分析EST-SSRs的分布特征。利用SSRIT软件对NCBI上公布的285 285条蒺藜苜蓿EST序列进行SSR序列的检测,共检测出6 688个SSR序列,分布于6 512个EST中,占整个EST数据库的2.28%。其中二核苷酸重复基元出现的频率最高,占总EST-SSRs的34.4%(2 301条),其次是三核苷酸重复基元,占29.6%(1 982条),4～6核苷酸重复基元所占比例均较小。利用Pri mer Premier 5.0随机设计100对EST-SSRs引物,PCR扩增结果表明,85对引物在蒺藜苜蓿RIL群体亲本A17和A20上有清晰的扩增条带,占合成引物总数的85%,在RIL-8群体中检测到29个EST-SSRs引物有多态性,占可扩增引物的34.1%。本研究开发了85个蒺藜苜蓿EST-SSRs新标记。 展开更多

关键词 蒺藜苜蓿 EST-ssrS 引物设计 标记开发

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基于松树EST序列的马尾松SSR引物开发 被引量：28

5

作者 刘公秉 季孔庶 《分子植物育种》 CAS CSCD 2009年第4期833-838,共6页

本文用生物信息学方法对松树359521条EST进行处理,得到无冗余EST序列56776条,其中有2315个SSR分布于2057条EST中,出现频率是4.08%,平均距离是22.06kb。检测到二、三碱基重复SSR总数为1631个,四碱基至六碱基重复SSR共117个。在所得二碱... 本文用生物信息学方法对松树359521条EST进行处理,得到无冗余EST序列56776条,其中有2315个SSR分布于2057条EST中,出现频率是4.08%,平均距离是22.06kb。检测到二、三碱基重复SSR总数为1631个,四碱基至六碱基重复SSR共117个。在所得二碱基以上重复SSR中,多态潜能高的有488个,占27.92%;多态潜能次高的有1260个,占72.08%。选择整体长度不小于24个碱基的SSR位点用于开发马尾松SSR引物,设计出135对备选引物,最终有51对引物在马尾松中得到扩增,有效扩增率为37.78%;其中39对有多态性,多态率为28.89%。在51对可扩增引物所对应的SSR类型中,P型占74.51%,I型占3.92%,C型占21.57%。 展开更多

关键词 松树 马尾松 EST ssr 引物设计

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适用于玉米DNA指纹库构建的SSR核心引物的重新设计与优化 被引量：7

6

作者 于新艳 王凤格 +6 位作者 赵久然 王玺 易红梅 王璐 郭景伦 匡猛 孙艳美 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第3期443-447,共5页

为了确定出适用于玉米DNA指纹库构建的引物,对部分并不是完全符合玉米DNA指纹库构建引物筛选原则的引物进行重新设计与优化,使其基本符合核心引物设计的要求。以umc2105、umc1705和phi299852为例,下载原引物的基因组序列,利用两个常用... 为了确定出适用于玉米DNA指纹库构建的引物,对部分并不是完全符合玉米DNA指纹库构建引物筛选原则的引物进行重新设计与优化,使其基本符合核心引物设计的要求。以umc2105、umc1705和phi299852为例,下载原引物的基因组序列,利用两个常用的引物设计软件Primer Premier5.0和Oligo6.57进行引物的重新设计及评估,在Tm值、GC含量、引发效率、错误引发率、3'端G值、引物二聚体等方面对引物进行改善,结果表明,经过对原引物的重新设计和优化,新设计的引物均能清晰的扩增,扩增效果得到了明显的改善,并且均能在统一的条件下进行实验,符合了玉米DNA指纹库构建的要求。 展开更多

关键词 玉米 ssr 核心引物 引物设计

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基于高通量测序的蓝莓果实转录组SSR信息分析 被引量：7

7

作者 王小敏 张春红 +2 位作者 胡丽超 吴文龙 李维林 《北方园艺》 CAS 北大核心 2022年第13期49-54,共6页

以蓝莓品种‘巴尔德温’(Vaccinium Spp.var.Baldwin)的果实为试材,通过转录组高通量测序获得Unigenes数据,分析转录组的SSR信息,开发蓝莓EST-SSR功能性标记引物,以期为开展蓝莓的基因定位及果实品质形成的分子生物学机制等研究提供参... 以蓝莓品种‘巴尔德温’(Vaccinium Spp.var.Baldwin)的果实为试材,通过转录组高通量测序获得Unigenes数据,分析转录组的SSR信息,开发蓝莓EST-SSR功能性标记引物,以期为开展蓝莓的基因定位及果实品质形成的分子生物学机制等研究提供参考依据。结果表明:转录组测序共获得73 468条Unigenes,其中SSR位点发生频率为20.81%,含有序列的SSR位点3 354条。蓝莓果实转录组SSRs的平均长度为20 bp,平均分布频率为1/3.90 kb。在蓝莓转录组SSR中,2个碱基重复比例最高(41.02%),其次为单碱基重复。单个SSR位点的蓝莓转录组SSR共包含173种重复基元,A/T(36.56%)和AG/CT(41.03%)分别为优势重复基元类型,含有SSR位点的Unigene被富集到3个Ontology类别的57个GO term中,其中涉及生殖、结合、多细胞生物过程的GO term最多。基于蓝莓果实转录组信息分析,最终设计了82对SSR序列引物,开发这些潜在多态性高的SSR在蓝莓遗传育种研究和资源评价上具有较高的应用价值。 展开更多

关键词 蓝莓果实 转录组 ssr 引物设计

原文传递

苦荞SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 被引量：10

8

作者 王耀文 夏楠 +3 位作者 韩瑞霞 李艳琴 王安虎 蔡光泽 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2011年第4期4-8,共5页

为了保证SSR-PCR的重复性,快速找到最优的水平组合,采用交互正交设计L27(313)对苦荞SSR-PCR反应体系进行了5因素(Mg2+、dNTP、Taq酶、模板DNA和引物)3水平优化试验,并对148对SSR引物进行了筛选。结果表明:5个单因素和2个交互作用(Mg2+&#... 为了保证SSR-PCR的重复性,快速找到最优的水平组合,采用交互正交设计L27(313)对苦荞SSR-PCR反应体系进行了5因素(Mg2+、dNTP、Taq酶、模板DNA和引物)3水平优化试验,并对148对SSR引物进行了筛选。结果表明:5个单因素和2个交互作用(Mg2+×dNTP、Mg2+×Taq酶)对苦荞SSR-PCR均有极显著影响;最佳反应体系为:20μL总体积,Mg2+1 mmol/L,dNTP 0.3 mmol/L,Taq酶1.5 U,模板DNA30 ng,引物0.25μmol/L,10×buffer 2μL。运用该体系对7份苦荞材料进行扩增,电泳结果显示,扩增条带清晰,重复性好。利用148对SSR引物对滇宁一号、九江苦荞、野苦荞进行扩增,选出具有多态性的引物26对,可用于苦荞遗传多样性分析及遗传图谱构建。 展开更多

关键词 苦荞 ssr-PCR 交互正交设计 引物筛选

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基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发 被引量：12

9

作者 黄耀辉 张超 +1 位作者 周莉花 赵宏波 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期589-596,共8页

夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物。为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中检测到26 564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富... 夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物。为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中检测到26 564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)_n。利用L_(16)(4~5)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SSR-PCR)体系:20.0μL含Taq酶0.6 U(1 U=16.67 nkat),镁离子(Mg2+)1.50 mmol·L^(-1),三磷酸碱基脱氧核苷酸(d NTP)0.25 mmol·L^(-1),引物0.20μmol·L^(-1),DNA 75 ng。针对所有EST-SSRs共设计出15 585对符合要求的引物,随机选择了220对进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,其中120对(54.55%)成功扩增出产物,14对在不同种群个体中扩增出多态,平均扩增等位基因数为2.64,7对在同一种群个体中扩增出多态。这些多态引物的开发可为夏蜡梅的遗传分析提供更丰富的标记。 展开更多

关键词 植物学 夏蜡梅 ESR-ssr 引物筛选 扩增体系 正交实验

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玉米丝黑穗病菌基因组SSR信息分析及其引物设计 被引量：1

10

作者 王雪梅 李新凤 +1 位作者 路平 王建明 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 2015年第5期454-461,共8页

探讨玉米丝黑穗病菌(Sporisorium reilianum)基因组序列中SSR位点的分布与组成特点,为开发可用于玉米丝黑穗病菌遗传多样性分析的Genomic-SSR标记奠定基础。从NCBI公共数据库下载玉米丝黑穗病菌的23条染色体基因组序列,利用SSRIT在线软... 探讨玉米丝黑穗病菌(Sporisorium reilianum)基因组序列中SSR位点的分布与组成特点,为开发可用于玉米丝黑穗病菌遗传多样性分析的Genomic-SSR标记奠定基础。从NCBI公共数据库下载玉米丝黑穗病菌的23条染色体基因组序列,利用SSRIT在线软件对第4、5、6、7条染色体进行SSR位点的搜索,并且利用Primer 3.0软件设计Genomic-SSR引物。结果表明:在玉米丝黑穗病菌基因组序列的第4、5、6、7条染色体中,共搜索到317个SSR位点,平均每条染色体出现79个SSR位点,其总长度为6.89kb,占这四条染色体基因组总长的0.21%,大约每10.3kb中就有一个大于18bp的SSR序列。其中,主要的重复类型是三核苷酸重复单元,占全部SSR的53.94%(171个),其次为二核苷酸重复单元,占全部SSR的16.09%(51个)。数量最少的是六碱基重复单元,为17个(5.36%)。出现频率最高的的重复基序为(GCA/TGC)n(13.25%),其次是(AGC/GCT)n和(CAG/CTG)n,出现频率分别为8.52%、8.20%。并在此基础上,利用Primer3.0在线软件设计了40对SSR引物。玉米丝黑穗病菌基因组序列中SSR位点丰富,具有发掘玉米丝黑穗病菌SSR标记的潜力。 展开更多

关键词 玉米丝黑穗病菌 基因组 ssr 引物设计

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黑麦草EST-SSR分子标记开发及生物信息学分析 被引量：2

11

作者 王秀华 李家丽 +4 位作者 蒲艳艳 丛晓翔 林雪婷 于鸿翔 赵岩 《山东农业科学》 2016年第10期1-6,共6页

为加速分子标记在黑麦草中的应用,利用黑麦草EST数据库(Gen Bank/db EST)开展了黑麦草EST-SSR信息分析、标记开发和EST功能分析研究。在25 752条黑麦草EST序列中,共发现346条SSR序列,占整个EST总数的1.344%。其中,三核苷酸基序最多(39.6... 为加速分子标记在黑麦草中的应用,利用黑麦草EST数据库(Gen Bank/db EST)开展了黑麦草EST-SSR信息分析、标记开发和EST功能分析研究。在25 752条黑麦草EST序列中,共发现346条SSR序列,占整个EST总数的1.344%。其中,三核苷酸基序最多(39.60%),次之为二核苷酸基序(31.79%)。三核苷酸基序以GGC/CCG出现频率最高,为8.38%,其次是CGC/GCG(7.51%)、GCC/CGG(4.05%)和ATG/TAC(2.02%),二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高(14.45%),其次是GA/CT(10.98%)。根据这些含有SSR的EST序列,利用Primer Premier 5.0软件,对346条EST-SSR序列进行引物设计,共设计引物193对,其中分值在90分以上的有113对(32.66%)。利用Gen Bank的Blast N和Blast X程序对相应113条EST进行功能分析,72条EST序列与51种具有生物学功能的蛋白质同源。 展开更多

关键词 黑麦草 EST-ssr 信息分析 引物设计 功能分析

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正交设计优化大豆SSR-PCR反应体系及引物筛选 被引量：28

12

作者 苏辉 李志刚 宋书宏 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2009年第2期99-102,共4页

以大豆(Glycine maxL.)为材料,研究了PCR反应体系的主要成分对大豆SSR扩增结果的影响,并确定影响SSR扩增结果的各因素的最佳用量。以CTAB法提取的大豆叶片DNA为模板,应用L16(44)正交设计对影响大豆SSR-PCR的主要参数进行优化,建立适合大... 以大豆(Glycine maxL.)为材料,研究了PCR反应体系的主要成分对大豆SSR扩增结果的影响,并确定影响SSR扩增结果的各因素的最佳用量。以CTAB法提取的大豆叶片DNA为模板,应用L16(44)正交设计对影响大豆SSR-PCR的主要参数进行优化,建立适合大豆SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响。大豆SSR-PCR优化反应体系为:2.0μL10×PCRBuffer,30 ng模板DNA,150μmol/LdNTP,0.4μmol/LSSR引物,1.5 UTaqDNA聚合酶,2.0 mmol/L Mg2+,加ddH2O至终体积20.0μL。优化的PCR扩增程序为:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,50℃退火1 min,72℃延伸1 min,共35个循环,72℃延伸5 min,4℃保存。同时选用200对大豆引物对2份材料进行扩增,筛选出条带清晰,多态性好的引物74对,用于大豆SSR标记的进一步研究。 展开更多

关键词 大豆 ssr-PCR 正交设计 体系优化 引物筛选

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航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR反应体系的优化以及引物的筛选 被引量：9

13

作者 范润钧 陈本建 +2 位作者 邓波 柴小琴 张蕴薇 《草原与草坪》 CAS 2010年第2期22-26,32,共6页

航天育种的变异频率高、变异幅度大、有益变异多、稳定性强,优势明显。依据正交试验设计原理,设计了用正交试验和细调正交试验来确定航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR反应体系中各成分的浓度,从dNTP、Taq酶、Pri mers、Mg2+4种因素对航天搭载紫... 航天育种的变异频率高、变异幅度大、有益变异多、稳定性强,优势明显。依据正交试验设计原理,设计了用正交试验和细调正交试验来确定航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR反应体系中各成分的浓度,从dNTP、Taq酶、Pri mers、Mg2+4种因素对航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR反应体系进行了优化,得到适合航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR最佳反应体系,即25μL的反应体系中含有dNTP 0.2 mmol/L、TaqDNA聚合酶2U、引物0.7μmol/L、Mg2+2.5 mmol/L、以及10×buffer和60 ng模板DNA。在试验确定最佳反应体系基础上,对17对SSR引物进行筛选,选出6对扩增条带信号强、背景清晰的引物。 展开更多

关键词 航天搭载紫花苜蓿 ssr标记 正交试验 体系优化 引物

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火炬松SSR-PCR反应体系的建立及引物筛选 被引量：2

14

作者 张蝶 郭小丹 +1 位作者 邓亚婷 徐刚标 《广西林业科学》 2016年第3期253-258,共6页

以火炬松(Pinus teada)幼嫩针叶为材料,采用单因素试验设计分析各组分对SSR-PCR扩增结果的影响,并进一步应用正交试验设计,从DNA模板、引物、d NTPs、Mg2+和Taq酶5个因素3个水平对SSR扩增效果进行研究,确定火炬松SSR-PCR的最佳反应体系... 以火炬松(Pinus teada)幼嫩针叶为材料,采用单因素试验设计分析各组分对SSR-PCR扩增结果的影响,并进一步应用正交试验设计,从DNA模板、引物、d NTPs、Mg2+和Taq酶5个因素3个水平对SSR扩增效果进行研究,确定火炬松SSR-PCR的最佳反应体系。结果表明:各因素不同水平浓度对SSR-PCR反应结果均有影响,火炬松SSR-PCR优化后的反应体系为:DNA模板80 ng、引物0.3μmol/L、dNTPs 0.20 mmol/L、Mg^(2+)2.0 mmol/L、Taq酶1.00 U、1×PCR Buffer,总体积25μL。运用该体系从60对引物中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物8对,并用不同火炬松家系进行了检验,证明该体系稳定可靠。 展开更多

关键词 火炬松 ssr-PCR 单因素试验 正交设计 引物筛选

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绿豆SSR标记的开发及遗传多样性分析 被引量：13

15

作者 叶卫军 陈圣男 +4 位作者 杨勇 张丽亚 田东丰 张磊 周斌 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1176-1188,共13页

SSR标记以其数量丰富、多态性好、共显性遗传等优点在基础研究和育种工作中发挥了重要作用,但目前绿豆基因组中的SSR标记依然较少。本研究将磁珠富集法和测序技术相结合高通量检测绿豆基因组SSR位点,鉴定出3,275,355个SSR位点,开发了274... SSR标记以其数量丰富、多态性好、共显性遗传等优点在基础研究和育种工作中发挥了重要作用,但目前绿豆基因组中的SSR标记依然较少。本研究将磁珠富集法和测序技术相结合高通量检测绿豆基因组SSR位点,鉴定出3,275,355个SSR位点,开发了2742个SSR标记。选取其中157个SSR进行PCR验证,发现有90个(57.33%)标记在10份材料中表现出多态性。挑选40个条带清晰、多态性高、染色体上均匀分布的标记对90份绿豆资源进行遗传多样性分析,单个位点检测到的等位变异数为2~8个,平均为3.0个,有效等位基因数为1.31~4.21个,平均为2.16。Nei’s基因多样性指数在0.23~0.76之间,平均为0.51。多态性信息含量为0.22~0.72,平均为0.43。聚类分析将90份材料分为2个类群,包含4个组。第I组主要由北方资源组成,第Ⅱ组种质来源较为分散,第Ⅲ组主要由山东的资源构成,第Ⅳ组包含多数河北的种质资源。本研究开发的多态性SSR标记不仅可以用于绿豆种质资源的遗传多样性分析,也将在高密度遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种中发挥重要作用。 展开更多

关键词 绿豆 测序 ssr 引物设计 遗传多样性

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濒危植物厚朴SSR引物筛选及反应体系优化 被引量：8

16

作者 麦静 杨志玲 +3 位作者 杨旭 陈慧 刘起胜 廖海军 《生态与农村环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期600-607,共8页

探索适宜厚朴（Magnolia officinalis）简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）-聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）的最佳条件。在SSR引物筛选基础上,利用正交试验设计对影响PCR反应的5个因素（模板DNA、引物、Mg^... 探索适宜厚朴（Magnolia officinalis）简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）-聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）的最佳条件。在SSR引物筛选基础上,利用正交试验设计对影响PCR反应的5个因素（模板DNA、引物、Mg^2＋、dNTPs和Taq酶催化活性浓度）进行4个水平的优化,并通过温度梯度试验优化引物退火温度。在厚朴及其近缘物种的70对引物中,筛选出13对扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物。PCR各因素在不同水平下对反应体系的影响由大到小依次为引物浓度、Taq酶催化活性浓度、Mg^2＋浓度、dNTPs浓度和模板DNA浓度。PCR最佳优化体系：25μL体系中,模板DNA质量浓度为2 ng·μL^-1,引物浓度为0.6μmol·L^-1,Mg^2＋浓度为2.0 mmol·L^-1,dNTPs浓度为0.5 mmol·L^-1,Taq酶催化活性浓度为0.03 U·μL^-1（1 U=16.67 nkat）。最佳扩增程序：94℃预变性4 min,94℃变性30 s,48.0-59.0℃（退火温度随引物不同而定）退火30 s,72℃延伸1 min,35个循环后72℃延伸10 min。上述结果可为利用SSR-PCR技术研究濒危厚朴群体遗传学和分子生态学提供技术参数。 展开更多

关键词 厚朴(Magnolia officinalis) 简单重复序列(ssr) 引物筛选 正交设计

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白三叶转录组SSR位点特征分析及引物开发 被引量：3

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作者 张婷婷 张鹤山 +3 位作者 宋康杰 赵泽宇 许本波 刘洋 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期2266-2275,共10页

本研究旨在了解白三叶(Trifoliumrepens)SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证... 本研究旨在了解白三叶(Trifoliumrepens)SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建。结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24960个,出现频率为13.25%,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70%),其次为双碱基(28.26%)和单碱基重复(25.02%),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01%。A/T(24.85%)、AG/CT(16.48%)和AAG/CTT(8.89%)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4~21次,占总数量的98.11%;序列长度变化在12~35 bp,占总数的96.43%;根据SSR位点序列设计出18594对引物,占总SSR的74.50%;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7%和32.7%;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开。本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力。 展开更多

关键词 多态性引物 指纹图谱 碱基重复特征 ssr序列特征 转录组数据 分子鉴定 ssr引物设计

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黄绿蜜环菌SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 被引量：7

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作者 李颖 谢占玲 +3 位作者 田飞 贾贤卿 方慧 夏明哲 《北方园艺》 CAS 北大核心 2013年第16期114-119,共6页

以CTAB法提取的黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens)DNA为模板,应用L16(45)正交实验设计,对Mg2+、dNTPs、引物和Taq DNA聚合酶、模板浓度5种因素进行SSR-PCR反应体系优化,建立了适合黄绿蜜环菌SSR-PCR反应的最佳体系并对退火温度进行... 以CTAB法提取的黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens)DNA为模板,应用L16(45)正交实验设计,对Mg2+、dNTPs、引物和Taq DNA聚合酶、模板浓度5种因素进行SSR-PCR反应体系优化,建立了适合黄绿蜜环菌SSR-PCR反应的最佳体系并对退火温度进行检测。结果表明:在15μL反应体系中包括:1×PCR Buffer,100ng模板DNA,dNTPs 217μmol/L,引物0.5μmol/L,Taq DNA聚合酶0.75U,Mg2+1.3mmol/L。稳定性检测证明,该反应体系具有较高的稳定性和重复性,并从34对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物8对。该体系的建立为今后利用SSR标记对黄绿蜜环菌遗传多样性研究、亲缘关系分析及种质资源鉴定等研究提供了依据。 展开更多

关键词 黄绿蜜环菌 ssr-PCR 体系优化 正交设计 引物

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绵羊EST-SSR分子标记的鉴定及特异性分析

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作者 马小梅 宋亚倩 罗瑞明 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第2期330-340,共11页

通过SSR Finder软件及MISA技术从NCBI系统中的绵羊表达序列标签(EST)数据库中筛查SSR位点,利用Primer 3.0设计绵羊EST-SSR荧光引物,对宁夏滩羊肉、新疆细毛羊肉和藏绵羊肉进行区分。以3种绵羊的肝脏DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行PC... 通过SSR Finder软件及MISA技术从NCBI系统中的绵羊表达序列标签(EST)数据库中筛查SSR位点,利用Primer 3.0设计绵羊EST-SSR荧光引物,对宁夏滩羊肉、新疆细毛羊肉和藏绵羊肉进行区分。以3种绵羊的肝脏DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行PCR扩增并使用毛细管电泳检测SSR分型。结果显示,通过EST-SSR标记设计的荧光引物p2105.1:248-559、p2025.1:896-1059和p2104.1:704-1015在宁夏滩羊肉、新疆细毛羊肉和藏绵羊肉中具有良好特异性,可实现3个绵羊品种的区分。通过EST-SSR标记技术可准确判断3个纯种绵羊肉的品种,这对绵羊遗传资源的开发利用、品种鉴别以及丰富分子标记类型具有重要的意义。 展开更多

关键词 绵羊 EST-ssr 引物设计 特异性分析

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假臭草EST-SSRs标记的开发

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作者 黄敏 陈振玺 +1 位作者 刘建福 王奇志 《热带农业科学》 2014年第3期27-33,44,共8页

从NCBI的dbEST数据库中下载假臭草同族植物的EST序列,经EST序列处理及SSR位点查询,首次设计了27对假臭草EST-SSRs引物,以海南省文昌市假臭草DNA为模板,采用单因素和L16(45)正交试验对其EST-SSRs PCR反应体系进行优化。建立了假臭草EST-S... 从NCBI的dbEST数据库中下载假臭草同族植物的EST序列,经EST序列处理及SSR位点查询,首次设计了27对假臭草EST-SSRs引物,以海南省文昌市假臭草DNA为模板,采用单因素和L16(45)正交试验对其EST-SSRs PCR反应体系进行优化。建立了假臭草EST-SSRs最佳20μLPCR反应体系:Mg2+浓度为2.75 mmol/L,模板DNA用量为35 ng,Tag DNA聚合酶为2.25 U,dNTPs浓度为0.3 mmol/L,引物浓度为0.6μmmol/L。并用14个不同来源的假臭草样本对其体系进行验证实验,结果均能获得稳定的、清晰明亮的扩增谱带。假臭草EST-SSRs标记的开发为深入研究其遗传多样性提供了基础。 展开更多

关键词 假臭草 引物设计 优化

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