摘要
为了确定出适用于玉米DNA指纹库构建的引物,对部分并不是完全符合玉米DNA指纹库构建引物筛选原则的引物进行重新设计与优化,使其基本符合核心引物设计的要求。以umc2105、umc1705和phi299852为例,下载原引物的基因组序列,利用两个常用的引物设计软件Primer Premier5.0和Oligo6.57进行引物的重新设计及评估,在Tm值、GC含量、引发效率、错误引发率、3'端G值、引物二聚体等方面对引物进行改善,结果表明,经过对原引物的重新设计和优化,新设计的引物均能清晰的扩增,扩增效果得到了明显的改善,并且均能在统一的条件下进行实验,符合了玉米DNA指纹库构建的要求。
In order to obtain a set of SSR core primer pairs suitable for establishing DNA fingerprinting profiles, we redesigned and optimized some primer pairs which were not perfect primers according to the principle of primer selection for maize DNA fingerprinting. Firstly we＇d download the genome sequence of the primer that intentive modified, then redesign and optimize the primer motif sequence by Primer Premier 5.0 and Oligo 6.57, and adjust the parameters in Tm, GC content, priming efficiency, false priming efficiency, the delta G value for the 3′ endbases, and primer-dimer structures. In this paper we completely modified the primer pairs of umc2105, umc1705 and phi299852 which indicated that the modified primer pairs well meet the demands for establishing maize DNA fingerprinting profiles.
出处
《分子植物育种》
CAS
CSCD
2007年第3期443-447,共5页
Molecular Plant Breeding
基金
北京农业育种基础研究创新平台
北京市自然科学基金项目(YZPT02-06)资助。
