期刊文献+

简化线形大分子的动力学建模与仿真

Simplified Line-Shape Macromolecular Dynamics Modeling and Simulation
在线阅读 下载PDF
导出
摘要 为了通过简化方法来模拟线形大分子低能构像时存在的形态,提出了球-虚弹簧模型,并分别建立了线形大分子的横向伸缩振动和轴向扭转振动模型,探讨了影响线形分子柔性的力学问题.仿真结果表明,线形大分子中单个等效原子的伸缩振动是导致分子构象发生变化的重要因素,轴向扭转振动的影响则可忽略. To model the state of low-energy configuration of linear biomacromolecular by simplification, this paper presented a ball-virtual spring model to build the transverse vibration model and axial torsional vibration model, respectively, and come to the next step to probe into the mechanics affecting the flexibility of linear molecular. The simulation result shows that the transverse flexing vibration of the singular equivalent atom in the linear molecular is a significant reason of the transition of the molecular configuration. And the influence of the axial torsional vibration of linear molecular can be omitted.
出处 《上海交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第12期2040-2043,2047,共5页 Journal of Shanghai Jiaotong University
基金 国家自然科学基金资助项目(60304010)
关键词 简化线形大分子 构象 虚弹簧 横向振动 扭转振动 等效原子 simplified linear molecular configuration virtual spring transverse vibration torsional vibration equivalent atom
  • 相关文献

参考文献7

  • 1徐娟,王林.计算机辅助药物设计中的QSPR,QSAR和QSMR研究[J].国外医学(药学分册),2003,30(3):135-138. 被引量:15
  • 2Rapaport D C.Molecular dynamics simulation[J].Computing in Science & Engineering,1999(1):70-71.
  • 3Ercolessi F.Use of classical forces[EB/OL].http://www.fisica.uniud.it/-ercolessi/md/md.
  • 4唐 赟,陈凯先,嵇汝运.合理药物设计研究[J].药学进展,1994,18(4):193-198. 被引量:9
  • 5赵宇军,姜明,曹培林.从头计算分子动力学[J].物理学进展,1998,18(1):47-75. 被引量:24
  • 6ZHANG Ming,Kavraki L E.A new method for fast and accurate derivation of molecular conformations[J].Chemical Information and Computing Science,2002,42:42-70.
  • 7Nakano A,Kalla R,Vashishta P.Scalable moleculardynamics,visualization,and data-management algorithms for materials simulation[J].Computing in Science & Engineering,1999,1(5):39-47.

二级参考文献8

  • 1Gao Q,J Chem Phys,1993年,98卷,8308页
  • 2Lo C W,Phys Rev B,1993年,47卷,15648页
  • 3Memmert U,Surf Sci Lett,1991年,245卷,185页
  • 4Weakliem P C,Phys Rev Lett,1989年,69卷,200页
  • 5黄昆原,固体物理学,1988年
  • 6Yu M L,Phys Rev Lett,1987年,58卷,1691页
  • 7Himpsel F J,Phys Rev B,1984年,30卷,2257页
  • 8Hamman D R,Phys Rev Lett,1979年,43卷,1494页

共引文献44

相关作者

内容加载中请稍等...

相关机构

内容加载中请稍等...

相关主题

内容加载中请稍等...

浏览历史

内容加载中请稍等...
;
使用帮助 返回顶部