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基于SNP芯片分析贵州地方鸡品种(类群)的遗传多样性
1
作者 周晓红 陈大海 +3 位作者 吴胜 田应平 潘成勇 张福平 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1444-1453,共10页
【目的】了解贵州地方鸡品种遗传多样性及确定品种间的遗传关系,为贵州地方鸡品种(类群)资源的保护和创新利用提供参考依据。【方法】采集香炉山鸡(SL)、瑶山鸡(YS)、黔东南小香鸡(XX)和威宁鸡(WN)共66份血液样本,基于京芯一号鸡55K SN... 【目的】了解贵州地方鸡品种遗传多样性及确定品种间的遗传关系,为贵州地方鸡品种(类群)资源的保护和创新利用提供参考依据。【方法】采集香炉山鸡(SL)、瑶山鸡(YS)、黔东南小香鸡(XX)和威宁鸡(WN)共66份血液样本,基于京芯一号鸡55K SNP芯片对4个贵州地方鸡品种(类群)进行SNP位点检测,采用Plink v1.90、VCFtools v0.1.17和Admixture v1.3分别进行遗传多样性、群体结构及亲缘关系分析。【结果】4个贵州地方鸡品种(类群)的有效群体含量(Ne)介于3.1~3.2,且期望杂合度(He)均低于观察杂合度(Ho),多态信息含量(PIC)排序为威宁鸡(0.8583)>瑶山鸡(0.8350)>黔东南小香鸡(0.8123)>香炉山鸡(0.8001),均大于0.50,呈高度多态性,遗传多样性丰富。基于状态同源(IBS)遗传距离矩阵构建的系统发育进化树显示,香炉山鸡的分支最长、威宁鸡的分支最短。主成分分析(PCA)结果表明,4个贵州地方鸡品种(类群)间的界限分明,且各品种(类群)间无相互渗透现象;在Admixture祖代分析中,祖先集群数量(K)=2时,群体分群效果最佳,说明4个贵州地方鸡品种(类群)有2个共同的祖先。4个贵州地方鸡品种(类群)间的群体分化系数(Fst)接近0.05,说明群体间并未产生明显分化。4个贵州地方鸡品种(类群)的G矩阵亲缘关系分析结果和IBS遗传距离分析结果一致,香炉山鸡群个体间的亲缘关系和遗传距离最近,而威宁鸡群个体间的亲缘关系和遗传距离最远。【结论】4个贵州地方鸡品种(类群)遗传多样性较丰富,且品种(类群)间的界限明显,无相互渗透现象,但亲缘关系中有部分品种(类群)间存在近交风险,因此今后的育种工作应进一步改良香炉山鸡和黔东南小香鸡的配种方式,并适当增加群体数量及公母比例,以避免近交衰退。 展开更多
关键词 贵州地方鸡 SNP芯片 群体结构 遗传多样性 亲缘关系
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两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性 被引量：15
2
作者 宋桃伟 蔡惠芬 +4 位作者 罗卫星 刘若余 张依裕 孙岩岩 刘彬 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期140-153,共14页
【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷... 【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS(18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25<PIC<0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC<0.25)。χ2检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关(P<0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P<0.05)。C14T位点贵州黑山羊(公羊)CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型(P<0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P<0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体(P<0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和Cp G岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致m RNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主(48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。 展开更多
关键词 GHSR基因 GHRL基因 遗传变异 生长性状 关联分析
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PBL教学模式在家畜繁殖学实验教学改革中的应用探索
3
作者 陈祥 敖政 +1 位作者 赵佳福 龚婷 《黑龙江动物繁殖》 2022年第4期57-61,共5页
家畜繁殖学是一门实践性很强的课程,探索实验教学新模式对提高该课程教学效果具有重要作用。教师将学生分为两组,即采用传统教学模式的传统组和应用PBL教学模式的PBL组,对比问题式学习教学方法(problem-based learning,PBL)和传统方法... 家畜繁殖学是一门实践性很强的课程,探索实验教学新模式对提高该课程教学效果具有重要作用。教师将学生分为两组,即采用传统教学模式的传统组和应用PBL教学模式的PBL组,对比问题式学习教学方法(problem-based learning,PBL)和传统方法在家畜繁殖学实验教学中的效果。结果表明:PBL组学生在实验报告、实验操作和结果展示等方面的能力提升优于传统组;问卷调查显示,PBL组学生对实验趣味性、实验创新性、能力提升等方面的满意度高于传统组。说明PBL教学法有助于提高家畜繁殖学的教学效果。 展开更多
关键词 家畜繁殖学 PBL 实验教学 教学效果 创新能力
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柯乐猪XDH基因多态性鉴定及其对繁殖性状的影响
4
作者 向进 熊力 +6 位作者 李维 谢婷婷 杨齐心 杨红文 王春源 吴燕 张依裕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1863-1872,共10页
【目的】明确黄嘌呤脱氢酶基因(XDH)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性状的关联性,为加速柯乐猪的育种进程提供理论依据。【方法】选取87头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查出XDH基因SNP位点,利用SPSS 22.0中的一... 【目的】明确黄嘌呤脱氢酶基因(XDH)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性状的关联性,为加速柯乐猪的育种进程提供理论依据。【方法】选取87头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查出XDH基因SNP位点,利用SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点与柯乐猪繁殖性状指标(产活仔数、初生窝重、平均初生重、断奶仔猪数、断奶窝重及平均断奶重)的关联性,并通过RNAfold web server、ExPASy-ProtParam、NovoPro和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析。【结果】在柯乐猪XDH基因上共筛选获得12个SNPs位点,分别是第33内含子上的g.108047658C>G和g.108047680C>A位点,第34内含子上的g.108048009C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C、g.108048047C>T、g.108048054C>T、g.108048153A>T、g.108048208A>G、g.108048212T>C和g.108048242C>T位点,第34外显子上的g.108047915G>A位点。12个SNPs位点均存在3种基因型,属于中度多态位点(0.25<PIC<0.50);g.108048047C>T、g.108048208A>G、g.108048242C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C和g.108048212T>C位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE>0.05),其余6个SNPs位点的基因型分布则显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.05)。除g.108047658C>G位点与g.108047680C>A位点、g.108048044T>C位点与g.108048046T>C位点、g.108048046T>C位点与g.108048047C>T位点间存在强连锁不平衡关系外,其余各SNP位点间均不存在强连锁不平衡关系。g.108047658C>G和g.108047915G>A位点对柯乐猪产活仔数的影响达显著水平(P<0.05,下同),g.108047658C>G位点表现为CG基因型个体的产活仔数显著高于GG基因型个体,g.108047915G>A位点表现为AG基因型个体的产活仔数显著高于AA基因型个体。g.108047915G>A位点突变导致柯乐猪XDH基因mRNA二级结构发生改变,最小自由能由-1508.90 kcal/mol上升到-1507.80 kcal/mol;且XDH基因等位基因G的突变还导致其编码蛋白分子式、相对分子量、理论等电点(pI)、不稳定系数及蛋白高级结构发生改变。【结论】柯乐猪XDH基因第33内含子g.108047658C>G位点和第34外显子g.108047915G>A位点对其产活仔数的影响达显著水平,可作为柯乐猪繁殖性状改良的潜在分子辅助标记。 展开更多
关键词 柯乐猪 XDH基因 SNP位点 繁殖性状 产活仔数
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贵州省不同品种乌骨鸡各部位肤色对比分析 被引量：1
5
作者 龙霞 李辉 +5 位作者 王文亮 谭启松 赵德鹏 石钰仕 余欢 陈友波 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2024年第9期9-14,共6页
旨在探讨贵州省4个地方乌骨鸡品种的肤色差异及其原因。选择普安乌金鸡、乌蒙乌骨鸡、赤水乌骨鸡和黔画乌鸡各60只(公母各半),使用3nh色差仪测量背部肤色、翅下肤色、胫色和鸡冠色,记录色差仪中亮度(L^(*))值、红度(a^(*))值、黄度(b^(... 旨在探讨贵州省4个地方乌骨鸡品种的肤色差异及其原因。选择普安乌金鸡、乌蒙乌骨鸡、赤水乌骨鸡和黔画乌鸡各60只(公母各半),使用3nh色差仪测量背部肤色、翅下肤色、胫色和鸡冠色,记录色差仪中亮度(L^(*))值、红度(a^(*))值、黄度(b^(*))值并进行统计分析。结果:各部位的L^(*)值显著相关(P<0.05),鸡冠的L^(*)、a^(*)、b^(*)值与几个部位的肤色具有显著差异(P<0.05),普安乌金鸡背部和翅下的L^(*)值显著低于其他3个品种(P<0.05),乌蒙乌骨鸡鸡冠的a^(*)值最高(P<0.05),黔画乌鸡4个部位的b^(*)值均较大。综上,鸡冠色与其他3个部位肤色差异较大,在贵州地方乌骨鸡品种中普安乌鸡肤色背部和翅下肤色最乌,乌蒙乌骨鸡鸡冠色偏红,黔画乌鸡肤色偏黄。 展开更多
关键词 贵州省 乌骨鸡 不同品种 肤色 选育
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柯乐猪BMP7基因SNP位点与繁殖性能的关联分析
6
作者 向进 吴燕 +4 位作者 王春源 赵永 付红梅 丁义杰 张依裕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2495-2503,共9页
【目的】明确骨形态发生蛋白7基因(BMP7)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,挖掘柯乐猪繁殖性状的分子辅助标记,为加速柯乐猪繁殖性能提升及推进其品种改良进程提供技术支撑。【方法】选取150头健康经产柯乐母猪为研究对... 【目的】明确骨形态发生蛋白7基因(BMP7)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,挖掘柯乐猪繁殖性状的分子辅助标记,为加速柯乐猪繁殖性能提升及推进其品种改良进程提供技术支撑。【方法】选取150头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查鉴定BMP7基因SNP位点,计算各SNP位点的群体遗传参数,并通过SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点与柯乐猪总产仔数、初生窝重、平均初生重、断奶仔猪数、断奶窝重及平均断奶重等6个繁殖性状指标的关联性。【结果】在柯乐猪BMP7基因上共发现5个SNPs位点:g.57602289C>T(第2外显子)、g.57602334C>T(第2外显子)、g.57602404C>T(第2内含子)、g.57602418C>T(第2内含子)和g.57602561G>T(第2内含子),均存在3种基因型;5个SNPs位点的优势基因型分别为CT、CT、CT、CT和GT,对应的多态信息含量(PIC)介于0.358~0.375,均表现为中度多态(0.25<PIC<0.50)。5个SNPs位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P_(HWE)>0.05),且各SNP位点间均存在强连锁不平衡关系[LD系数(Dʼ)>0.800,相关系数(R^(2))>0.330]。关联分析结果显示,g.57602289C>T、g.57602334C>T和g.57602418C>T等3个位点TT基因型个体的初生窝重均显著高于CC基因型个体(P<0.05),TT基因型个体的断奶仔猪数极显著高于CC基因型和CT基因型个体(P<0.01,下同);g.57602404C>T位点TT基因型个体的总产仔猪数极显著高于CC基因型个体;g.57602561G>T位点TT基因型个体的总产仔猪数极显著高于GG基因型个体。此外,双倍型H2H2和H3H3个体的总产仔数、初生窝重、断奶仔猪数和断奶窝重均高于其他双倍型个体,尤其是H2H2个体在断奶仔猪数和初生窝重方面表现出明显优势。【结论】在柯乐猪BMP7基因上发现的5个SNPs位点均与其繁殖性能存在较强的关联性,BMP7基因可作为柯乐猪繁殖性状的候选基因,而双倍型H2H2可作为繁殖性状分子标记辅助选择的参考。 展开更多
关键词 柯乐猪 BMP7基因 SNP位点 繁殖性能 关联分析
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柯乐猪TAC3R基因SNP位点鉴定及其对繁殖性状的影响
7
作者 曾辅琴 谭元成 +7 位作者 黄雯 王春源 向进 吴燕 蒙炳盛 孟忠名 魏婷 张依裕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1502-1509,共8页
【目的】探究速激肽受体3基因(TAC3R)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,筛选出与繁殖性状相关的遗传标记,为加速柯乐猪的品种改良提供技术支撑。【方法】选取195头2胎以上的健康经产柯乐猪为研究对象,运用Sanger直接测... 【目的】探究速激肽受体3基因(TAC3R)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,筛选出与繁殖性状相关的遗传标记,为加速柯乐猪的品种改良提供技术支撑。【方法】选取195头2胎以上的健康经产柯乐猪为研究对象,运用Sanger直接测序法鉴定TAC3R基因SNP位点,利用SHEsisPlus计算各SNP位点的群体遗传参数,并以SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点基因型和双倍型对柯乐猪5个繁殖指标的遗传效应。【结果】在柯乐猪TAC3R基因上共检测到5个SNPs位点:g.117686266T>C、g.117686381A>G、g.117686384A>G、g.117688503T>C和g.117688518T>C。g.117686381A>G位点与g.117686384A>G位点间完全连锁,g.117688503T>C位点与g.117686266T>C、g.117686381A>G和g.117686384A>G位点间不存在连锁关系,而其他各SNP位点间均存在强连锁不平衡关系。5个SNPs位点联合共检测到5种单倍型和10种双倍型,单倍型中以H5的频率最高(0.433)、H2的频率最低(0.059),双倍型中以H3H5的频率最高(0.221)、H1H4的频率最低(0.031)。5个SNPs位点在柯乐猪群体中均呈中度多态性(0.25<PIC<0.50),且其基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡(χ^(2)-HWE<5.991)。g.117688503T>C位点显著影响窝均产仔数和断奶仔猪数,TT基因型个体的窝均产仔数和断奶仔猪数显著高于CC基因型个体;g.117688518T>C位点显著影响断奶仔猪数,CC基因型个体显著高于TT基因型个体。柯乐猪TAC3R基因SNP位点双倍型与其繁殖性状的关联分析发现,H2H4型为窝均产仔数、窝均产活仔数和窝断奶仔猪数3个指标的最优双倍型,H1H3型为平均断奶重指标的最优双倍型。【结论】在柯乐猪TAC3R基因上检测到5个SNPs位点,其中g.117688503T>C和g.117688518T>C位点对柯乐猪的繁殖性能有显著影响。TAC3R基因可作为柯乐猪繁殖性状的候选基因,双倍型H2H4可作为分子标记辅助选择的参考。 展开更多
关键词 柯乐猪 TAC3R基因 SNP位点 繁殖性状 关联性
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贵州半细毛羊线粒体D-loop区母系遗传结构分析
8
作者 张继 吴雪 刘若余 《农技服务》 2022年第8期40-45,共6页
贵州半细毛羊是贵州省培育出的绵羊品种,为贵州绵羊的育种保种和开发利用提供科学依据,对20只贵州半细毛羊的线粒体DNA D-loop序列进行PCR扩增测序与分析,探究贵州半细毛羊母系的遗传结构。结果表明:20只贵州半细毛羊个体的A、G、C、T... 贵州半细毛羊是贵州省培育出的绵羊品种,为贵州绵羊的育种保种和开发利用提供科学依据,对20只贵州半细毛羊的线粒体DNA D-loop序列进行PCR扩增测序与分析,探究贵州半细毛羊母系的遗传结构。结果表明:20只贵州半细毛羊个体的A、G、C、T平均含量分别为33.1%、14.4%、22.9%、29.7%,其中A+T为62.8%,G+C为37.3%,A+T含量明显高于G+C含量。20条序列中共发现多态位点84个,其中转换83个,颠换1个。通过构建遗传发育树发现贵州半细毛羊有两个母系起源。 展开更多
关键词 线粒体DNA D-loop 贵州半细毛羊 母系 遗传结构
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OLR1基因生信分析及其在贵州黑山羊和黔北麻羊性腺轴中的表达
9
作者 杨红 杨远青 +4 位作者 周明帅 廖朝美 王正刚 袁超 杨洋 《安徽农业科学》 CAS 2024年第22期88-92,共5页
[目的]研究OLR1基因与贵州黑山羊和黔北麻羊繁殖率之间的关系,为研究OLR1基因调控山羊卵泡发育的分子机制提供参考。[方法]通过生物信息学的手段对OLR1蛋白理化性质、亚细胞定位、信号肽位点、蛋白高级结构等进行预测,并通过对不同物种O... [目的]研究OLR1基因与贵州黑山羊和黔北麻羊繁殖率之间的关系,为研究OLR1基因调控山羊卵泡发育的分子机制提供参考。[方法]通过生物信息学的手段对OLR1蛋白理化性质、亚细胞定位、信号肽位点、蛋白高级结构等进行预测,并通过对不同物种OLR1氨基酸序列进行同源性分析,构建系统发育进化树;采用RT-qPCR的方法检测OLR1基因在单羔和多羔贵州黑山羊和黔北麻羊性腺轴各组织中的表达量。[结果]OLR1基因编码275个氨基酸,理论pi值为6.37,OLR1是一种主要由α-螺旋卷曲构成的不具有信号肽的不稳定亲水性蛋白;与其他动物相比,山羊OLR1与反刍动物绵羊和牛的遗传距离最近。qPCR结果显示:OLR1基因在贵州黑山羊及黔北麻羊下丘脑、输卵管、垂体、子宫和卵巢组织中均有表达。在单羔组贵州黑山羊下丘脑、子宫、卵巢、垂体中的表达量均极显著高于多羔组(P<0.01),在输卵管中的表达量高于多羔组,但二者间差异不显著(P>0.05)。在单羔组黔北麻羊下丘脑、垂体、卵巢中的表达量均极显著高于多羔组(P<0.01);在输卵管中的表达量高于多羔组,在子宫中的表达量低于多羔组,但二者间差异不显著(P>0.05)。[结论]OLR1基因表达量与贵州黑山羊和黔北麻羊的繁殖性状呈负相关,可作为影响贵州本地山羊繁殖性能的重要候选基因。 展开更多
关键词 贵州黑山羊 黔北麻羊 性腺轴 OLR1基因 生物信息学 繁殖性状
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贵州山羊品种RERG基因多态性与生长性状的相关性 被引量：5
10
作者 陈志 罗卫星 +4 位作者 刘若余 蔡惠芬 承杰 宋桃伟 张依裕 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期1915-1922,共8页
【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen-regulated growth inhibitor(RERG)基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个... 【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen-regulated growth inhibitor(RERG)基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个品种外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与生长性状的关联性。【结果】3个供试群体中在第4外显子上都检测到4个SNPs位点,即56 bp(C/G)、826 bp(A/G)、1 434 bp(T/C)和1 798 bp(A/T)。最小二乘法分析结果表明,AA型和BB型的体重对AB型达到差异极显著水平(P<0.01),CC型和DD型的体重对CD型达到差异显著水平(P<0.05),EE型和FF型的体重对EF型达到差异极显著水平(P<0.01)、1 798 bp(A/T)位点各基因型间差异不显著。【结论】RERG基因的56 bp(C/G)、826 bp(A/G)和1 434 bp(T/C)多态性位点可作为生长性状的候选分子标记。 展开更多
关键词 RERG基因 贵州山羊品种 PCR-SSCP 生长性状
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贵州白山羊和黔北麻羊TFAM基因部分外显子多态性研究 被引量：4
11
作者 谢海强 杨永强 +5 位作者 宋桃伟 孙岩岩 刘彬 罗卫星 张依裕 刘若余 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第16期138-140,163,F0003,共5页
利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列。PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋... 利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列。PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白二级、三级结构的影响。结果表明:在羊TFAM基因中筛选到5个SNPs:T1005C、G1099C、A1130C、G1164C、T1287C,其中T1005C为同义突变,G1099C为错义突变,导致编码的甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys);A1130C、G1164C、T1287C 3个突变位点均位于内含子区。SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白结构有一定影响。 展开更多
关键词 TFAM SNPS 肌内脂肪沉积 黔北麻羊 贵州白山羊
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基于底栖生物完整性指数(B-IBI)的仁怀市主要河流健康评价
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作者 何浩宇 王芳 +10 位作者 龙茂源 张书海 周岳兵 丁献桃 甘雷 王桢璐 项涛 居涛 石磊 安苗 董响红 《南方水产科学》 北大核心 2025年第1期35-45,共11页
健康稳定的河流生态系统对维持生物多样性和经济社会发展至关重要。然而,作为中国酱酒核心产区,仁怀市主要河流的健康状况评价体系却尚未构建。基于此,于2023年对仁怀市境内9条河流28个采样点的大型底栖无脊椎动物开展了周年季度调查,... 健康稳定的河流生态系统对维持生物多样性和经济社会发展至关重要。然而,作为中国酱酒核心产区,仁怀市主要河流的健康状况评价体系却尚未构建。基于此,于2023年对仁怀市境内9条河流28个采样点的大型底栖无脊椎动物开展了周年季度调查,并在此基础上创新性地搭建了仁怀市主要河流的底栖生物完整性指数(Benthic-integrated biotic index, B-IBI)评价体系。结果发现:共记录到大型底栖无脊椎动物分类单元175个,隶属于5门10纲22目75科,年均密度和生物量分别为1 236.50个·m-2和168.07 g·m-2;9条河流的健康情况中,1条为优秀,1条为良好,3条为中等,其余4条为较差,无很差;28个采样点中,2个为优秀,5个为良好,7个为中等,7个为较差,7个为很差。综上,所构建的B-IBI评价体系指示仁怀市主要河流的整体健康状况不佳,建议在未来采取适宜的管理及修复措施以使其恢复至健康状态。 展开更多
关键词 底栖动物群落 底栖生物完整性指数 健康评价 长江流域 仁怀市
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斑鳠精巢及精子结构研究
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作者 杨帅 王艺舟 +5 位作者 郑娜 王桢璐 余科 叶欢 张小雪 邵俭 《水产学杂志》 2025年第1期43-50,81,共9页
为深入了解斑鳠(Mystus guttatus)生殖生理基本特征,运用组织切片和扫描电镜技术观察了体长12.8~52.6 cm(29.3±13.8)cm、体质量26.8~1576.4 g(436.3±532.8)g人工养殖的斑鳠精巢和精子的结构,探究其精巢和精子结构的特征。结... 为深入了解斑鳠(Mystus guttatus)生殖生理基本特征,运用组织切片和扫描电镜技术观察了体长12.8~52.6 cm(29.3±13.8)cm、体质量26.8~1576.4 g(436.3±532.8)g人工养殖的斑鳠精巢和精子的结构,探究其精巢和精子结构的特征。结果显示:斑鳠精巢为小叶型,具有高度发达的指状分枝;斑鳠精巢发育分为6个时期,精子发生过程中共经历精原细胞、初级精母细胞、次级精母细胞、精子细胞和精子等五个阶段;斑鳠精子由头部、中部、尾部三部分构成,精子平均长度为(23.992±2.998)μm;精子头部较小,形状近似圆形,中部较短且形状不规则,与头部相连半围绕鞭毛形成“半袖套”结构,两侧伴有不规则的侧鳍。本研究丰富了斑鳠生殖生理学资料,可为其人工繁育及资源增殖提供基础参考。 展开更多
关键词 斑鳠 精巢 精子 显微结构 超显微结构
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贵州黄鸡体尺、屠宰性能、肉品质测定及相关分析 被引量：19
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作者 李维 牟腾慧 +5 位作者 饶永超 杨德凤 龙广丽 林家栋 傅筑荫 张福平 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第8期163-166,共4页
为了探究贵州黄鸡的体尺、屠宰性能、肉品质与营养成分及其相关性,随机选择120日龄贵州黄鸡(公母各15羽)进行体尺、屠宰性能、肉品质测定。结果表明,平均活质量为(1811.24±340.84)g,平均屠体质量为(1540.28±307.73)g,平均半... 为了探究贵州黄鸡的体尺、屠宰性能、肉品质与营养成分及其相关性,随机选择120日龄贵州黄鸡(公母各15羽)进行体尺、屠宰性能、肉品质测定。结果表明,平均活质量为(1811.24±340.84)g,平均屠体质量为(1540.28±307.73)g,平均半净膛质量为(1399.59±300.20)g,平均全净膛质量为(1100.83±231.50)g,平均胸肌质量为(212.14±49.94)g,平均腿肌质量为(282.35±83.74)g。在贵州黄鸡体尺指标中,体斜长、龙骨长、胸深、髋骨宽、胫长与胸宽之间相关性不显著(P>0.05),胸深、胫围与髋骨宽之间相关性不显著(P>0.05),大部分体尺指标间都存在极显著(P<0.01)或显著性(P<0.05)正相关,并且大部分相关系数达到0.5以上,屠宰性能指标间存在极显著正相关性(P<0.01)。在体尺指标与屠宰性能指标之间,除胸肌质量与胸宽、腿肌质量与髋骨宽之间相关性不显著(P>0.05)外,其他指标间均呈极显著(P<0.01)或显著性(P<0.05)正相关。 展开更多
关键词 贵州黄鸡 体尺指标 屠宰性能 肉品质 营养成分 相关性分析
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贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测 被引量：3
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作者 龙广丽 牟腾慧 +6 位作者 刘洋 饶永超 杨德凤 谭光辉 林家栋 傅筑荫 张福平 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1840-1848,共9页
【目的】明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据。【方法】以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后... 【目的】明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据。【方法】以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响。【结果】在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变。在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性。A234G位点突变对鸡MSTN基因m RNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变。鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高。【结论】MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究。 展开更多
关键词 贵州地方白羽鸡种 MSTN基因 肉质性状 SNP位点 多态性 生物信息学
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贵州地方山羊GnRHR基因多态性研究 被引量：3
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作者 张劲松 龙威海 +2 位作者 许厚强 冯文武 陈祥 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第8期97-99,297,共4页
为了分析山羊GnRHR基因外显子区序列的多态性,筛选出对山羊繁殖性状有显著影响的单核苷酸多态性(SNP)位点,试验以贵州白山羊、黔北麻羊和贵州黑山羊3个地方品种为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对GnRHR基因进行SNP检测,同时结合... 为了分析山羊GnRHR基因外显子区序列的多态性,筛选出对山羊繁殖性状有显著影响的单核苷酸多态性(SNP)位点,试验以贵州白山羊、黔北麻羊和贵州黑山羊3个地方品种为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对GnRHR基因进行SNP检测,同时结合在线软件预测不同基因型mRNA的二级结构。结果表明:在3个山羊品种中共检测到2个SNP位点,即G121A、G15A,其中G121A位于外显子1中且为同义突变,G15A位于内含子中。对外显子1 G121A SNP位点进行生物信息学分析显示,其导致mRNA二级结构发生改变。 展开更多
关键词 促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因 单核苷酸多态性(SNP) 外显子 贵州地方山羊 多态性
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0~6周龄贵州黄鸡赖氨酸需要量的研究 被引量：2
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作者 饶永超 李维 +7 位作者 张芸 杨德凤 陈大海 王小亚 陈尚文 林家栋 施晓丽 张福平 《畜牧与兽医》 北大核心 2022年第6期34-39,共6页
为探究饲粮中不同赖氨酸水平对贵州黄鸡0~6周龄生长性能的影响,选取1日龄贵州黄鸡雏鸡400羽,随机分为4个组,每个组设5个重复,每个重复20羽,分别采食赖氨酸水平为0.7%、0.9%、1.1%和1.3%的饲粮,并记录体重和采食量。结果显示:0~6周龄,0.9... 为探究饲粮中不同赖氨酸水平对贵州黄鸡0~6周龄生长性能的影响,选取1日龄贵州黄鸡雏鸡400羽,随机分为4个组,每个组设5个重复,每个重复20羽,分别采食赖氨酸水平为0.7%、0.9%、1.1%和1.3%的饲粮,并记录体重和采食量。结果显示:0~6周龄,0.9%组平均日增重(ADG)显著高于0.7%、1.3%组(P<0.05),但与1.1%组差异不显著(P>0.05);0.9%组平均日采食量(ADFI)显著高于1.3%组(P<0.05),与0.7%、1.1%组差异不显著(P>0.05);0.9%组料重比(F/G)最低,显著低于0.7%组(P<0.05),但与1.1%、1.3%组差异不显著(P>0.05)。通过回归分析,分别建立赖氨酸与体重、ADG和ADFI的二次曲线回归方程,方程分别为y=-214.81+1460.41x-745.37x^(3),y=-7.84+39.05x-19.98x^(3),y=-4.22+64.41x-34.62x^(3),基于6周龄体重、0~6周龄ADG及0~6周龄ADFI,贵州黄鸡0~6周龄赖氨酸的适宜水平分别为0.98%、0.98%、0.93%。提示:推荐贵州黄鸡0~6周龄赖氨酸的适宜需要量为0.93%~0.98%。 展开更多
关键词 贵州黄鸡 赖氨酸 生长性能
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基于eDNA宏条形码技术的喀斯特高原人工湖泊鱼类多样性分析 被引量：1
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作者 许龙飞 姚邓雕 +6 位作者 杨原伟 郭星辰 李君轶 姜海波 安苗 董响红 邵俭 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期2725-2735,共11页
【目的】利用eDNA宏条形码技术探究喀斯特高原人工湖泊鱼类多样性,并综合评估环境因子对鱼类分布的影响,为喀斯特地区水域鱼类多样性评估提供新方法、新思路,也为红枫湖和阿哈湖鱼类保护管理措施的制定积累基础资料。【方法】以红枫湖... 【目的】利用eDNA宏条形码技术探究喀斯特高原人工湖泊鱼类多样性,并综合评估环境因子对鱼类分布的影响,为喀斯特地区水域鱼类多样性评估提供新方法、新思路,也为红枫湖和阿哈湖鱼类保护管理措施的制定积累基础资料。【方法】以红枫湖和阿哈湖为代表采集水样,以Tele 02硬骨鱼类通用引物PCR扩增e DNA,在Illumina NovaSeq 6000测序平台完成高通量测序;对优质序列按照98%相似性进行OTU聚类,生成OTUs表格,通过基因注释获得鱼类物种信息,并以R语言分别进行PerMANOVA分析和冗余分析(RDA)。【结果】在红枫湖鉴定出鱼类32种,隶属于5目11科27属,其中鲤形目鱼类18种,红枫湖南、北湖鱼类群落结构差异不显著(R2=0.08,P=0.562>0.05);在阿哈湖鉴定到鱼类33种,隶属于6目12科28属,其中鲤形目鱼类18种,各采样点检出鱼类总数差异不明显,保持在28~32种。现阶段的红枫湖和阿哈湖鱼类组成以鲤形目鱼类为主,但存在以日鲈目为主的养殖鱼类生态入侵。红枫湖环境因子与鱼类群落结构差异的决定系数(R2)排序为溶解氧(DO)>总溶解固体(TDS)=水温(WT)>pH>离子氨(NH4+),DO(P=0.034)是引起红枫湖各采样点鱼类群落结构差异的主要环境因子;阿哈湖环境因子与鱼类群落结构差异的决定系数(R2)排序为TDS>WT>Tra>NH4+>DO,TDS(P=0.005)是引起阿哈湖各采样点鱼类群落结构差异的主要环境因子。【结论】现阶段的红枫湖和阿哈湖鱼类组成以鲤形目鱼类为主,但存在以日鲈目为主的养殖鱼类生态入侵。eDNA宏条形码技术在喀斯特高原水域鱼类多样性评估方面具有较好的适应性,可快速监测到鱼类群落结构和空间分布,但通用引物可能对某些鱼类存在扩增偏好性;此外,不同人工湖泊水质理化因子特异性较强,研究环境因子与湖泊鱼类群落的关系时应对每个湖泊单独进行评估。 展开更多
关键词 鱼类多样性 eDNA宏条形码技术 群落结构 环境因子 喀斯特高原人工湖泊
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贵州山区芜菁甘蓝的多用途利用及产业发展建议 被引量：4
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作者 牟琼 吴佳海 +3 位作者 罗维 李娟 雷霞 吴显斌 《蔬菜》 2020年第7期28-32,共5页
为了充分挖掘芜菁甘蓝的价值及用途,提高产值效益,推动芜菁甘蓝多元化利用产业发展,对芜菁甘蓝菜用、肥用、观赏、饲用、药用、油用等用途方面的研究利用情况进行介绍,发现芜菁甘蓝是制作食材的好原料、改良土壤的优良作物、观光农业新... 为了充分挖掘芜菁甘蓝的价值及用途,提高产值效益,推动芜菁甘蓝多元化利用产业发展,对芜菁甘蓝菜用、肥用、观赏、饲用、药用、油用等用途方面的研究利用情况进行介绍,发现芜菁甘蓝是制作食材的好原料、改良土壤的优良作物、观光农业新宠、优质饲料来源,还是提高免疫力的良药;在此基础上,结合实际提出完善品种管理、强化品种选育、实施良种良法配套、促进转化应用、实现价值最大化等芜菁甘蓝多用途利用的发展建议,使芜菁甘蓝的优势得以充分利用,实现多用途利用。 展开更多
关键词 芜菁甘蓝 多用途利用 产业发展
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ITPR2基因内含子遗传变异与鸭蛋壳品质关联性分析 被引量：2
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作者 谭光辉 李杰章 +2 位作者 吴磊 覃媛钰 张依裕 《山地农业生物学报》 2020年第2期40-45,共6页
Ca^2+调控基因ITPR2是细胞内一种重要的配体门控,钙离子跨膜转运活性的关键调控因子,影响钙蛋壳的品质,对ITPR2基因多态性与蛋壳品质间的关联性角度进行深入探究,旨在为利用该基因指导蛋鸭的遗传育种提供参考。本文以三穗鸭(Anas platyr... Ca^2+调控基因ITPR2是细胞内一种重要的配体门控,钙离子跨膜转运活性的关键调控因子,影响钙蛋壳的品质,对ITPR2基因多态性与蛋壳品质间的关联性角度进行深入探究,旨在为利用该基因指导蛋鸭的遗传育种提供参考。本文以三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)为材料,采用常规PCR、直接测序等方法筛查ITPR2基因多态性。结果显示:在ITPR2基因中共发现4个SNP位点,分别处于内含子10的g.128643840 G>A、g.128643903 G>A和g.128643906 G>A,以及内含子14的g.128659401 T>G,4个SNP位点中g.128643840 G>A和g.128643903 G>A位点三穗鸭群体中基因型分布均显著偏离哈代温伯格平衡(Hardy-Weinberg平衡)(P<0.05)。4个SNPs均对蛋壳品质有显著影响,其中g.128643840 G>A、g.128643903 G>A及g.128659401 T>G位点能显著提高蛋壳强度(P<0.05),g.128643840 G>A位点显著影响蛋黄色泽(P<0.05)。研究结果可作为蛋壳品质遗传育种的参考。 展开更多
关键词 ITPR2基因 SNPS 三穗鸭 蛋壳品质 内含子
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