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胃癌长链非编码RNA SNHG16异常表达及其临床病理意义 被引量:16
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作者 赵娟娟 韦四喜 +3 位作者 严芝强 刘娟娟 万颖 黄海 《东南大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2017年第4期551-554,共4页
目的:检测长链非编码RNA SNHG16在胃癌组织与癌旁组织中的表达及其临床意义。方法:实时荧光定量PCR(quantitative real time-PCR,qRT-PCR)法检测SNHG16在41例胃癌组织及5株不同分化程度细胞系和胃黏膜上皮细胞中的表达情况,分析SNHG16... 目的:检测长链非编码RNA SNHG16在胃癌组织与癌旁组织中的表达及其临床意义。方法:实时荧光定量PCR(quantitative real time-PCR,qRT-PCR)法检测SNHG16在41例胃癌组织及5株不同分化程度细胞系和胃黏膜上皮细胞中的表达情况,分析SNHG16表达与胃癌临床病理的相关性。结果:胃癌组织中SNHG16相对于癌旁组织其表达量为(2.64±1.59),表达显著上调且与胃癌侵袭相关(P<0.05,r=0.361)。与GES-1细胞株比较,HGC-27中SNHG16相对表达量为(4.21±0.69),MGC-803为(1.99±0.21),BGC-803为(1.90±0.44),SGC-7901为(0.76±0.05),AGS为(3.36±0.81);SNHG16在SGC-7901中低表达,但差异无统计学意义(P>0.05),在其他4株细胞中显著高表达(P<0.01)。结论:SNHG16在胃癌组织中高表达,且其表达水平与胃癌侵袭程度相关,可成为胃癌预后监测及治疗的靶点。 展开更多
关键词 胃癌 长链非编码RNA SNHG16 QRT-PCR
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胃黏膜组织中恶臭假单胞菌临床意义的探讨 被引量:4
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作者 印琳 刘芳 +8 位作者 郭长城 王琼 杨杰 潘科 潘晨 熊妍 陈颖婷 方文 陈峥宏 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期1102-1107,1113,共7页
目的探索恶臭假单胞菌在幽门螺杆菌感染相关胃肠疾病中的意义。方法采集14 C尿素呼气试验阳性患者病变胃黏膜354例,进行细菌的分离培养。根据菌落形态、革兰染色、尿素酶试验及幽门螺杆菌特异性16SrRNA基因片段的PCR进行幽门螺杆菌的鉴... 目的探索恶臭假单胞菌在幽门螺杆菌感染相关胃肠疾病中的意义。方法采集14 C尿素呼气试验阳性患者病变胃黏膜354例,进行细菌的分离培养。根据菌落形态、革兰染色、尿素酶试验及幽门螺杆菌特异性16SrRNA基因片段的PCR进行幽门螺杆菌的鉴定,同时提取胃黏膜组织DNA,通过幽门螺杆菌特异性PCR进行快速诊断。将非幽门螺杆菌转种于营养琼脂培养基,进行快速尿素酶试验。尿素酶阳性的非幽门螺杆菌染色体DNA利用细菌16SrRNA基因通用引物进行PCR扩增、测序及序列比对。使用全自动细菌鉴定仪对经测序比对为恶臭假单胞菌的菌株进行鉴定。采用K-B纸片扩散法进行药物敏感性试验。结果从354例样本中分离出革兰阴性、尿素酶阳性的恶臭假单胞菌10株,经16SrRNA基因测序和序列比对,与GenBank中恶臭假单胞菌的相似性≥98%。10株恶臭假单胞菌的胃黏膜标本中,6例标本幽门螺杆菌特异性PCR为阳性,4例为阴性。传代存活的7株恶臭假单胞菌的K-B法药物敏感试验显示对左氧氟沙星均敏感,1株对四环素敏感,5株对阿莫西林耐药,6株对克拉霉素耐药,7株对甲硝唑、氨苄青霉素均耐药。7株菌经全自动细菌生化鉴定仪鉴定结果均为恶臭假单胞菌。结论病变胃黏膜中分离出尿素酶阳性且对治疗幽门螺杆菌感染的多种抗生素耐药;可能造成临床上14 C-尿素呼气试验假阳性,并继发感染影响胃肠疾病的进展。 展开更多
关键词 恶臭假单胞菌 培养 尿素酶 16SrRNA 耐药性
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基于细胞焦亡与免疫相关基因构建及验证肝细胞癌预后风险模型 被引量:1
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作者 谢彬 任婷婷 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期981-991,共11页
目的:利用生物信息学方法构建并验证细胞焦亡与免疫相关基因的肝细胞癌预后风险模型,根据其风险评分探索免疫相关性特征,以指导个性化免疫治疗。方法:从TCGA、GEO官网分别下载TCGA-LIHC和GSE14520基因表达谱,从INNATEDB和IMMPORT官网下... 目的:利用生物信息学方法构建并验证细胞焦亡与免疫相关基因的肝细胞癌预后风险模型,根据其风险评分探索免疫相关性特征,以指导个性化免疫治疗。方法:从TCGA、GEO官网分别下载TCGA-LIHC和GSE14520基因表达谱,从INNATEDB和IMMPORT官网下载免疫相关基因。以TCGA为训练组,GEO为测试组,对训练组细胞焦亡基因表达谱采用Cox回归分析,筛选预后相关基因进行共识聚类分组,提取分组间差异基因与免疫相关基因的交集基因,对交集基因应用单因素Cox和Lasso回归分析,得到预后相关风险评分模型。根据训练组风险中位值划分高低风险组,利用测试组验证模型可行性,最后探索训练组富集分析(GO、KEGG、GSEA)、免疫相关性分析及模型基因蛋白表达情况。结果:共筛选出9个可靠的风险模型基因(ICAM1、S100P、FABP3、CCL20、HRG、IGHM、SPP1、C4BPA、C6)。GO富集分析显示风险差异基因主要参与各种代谢过程。KEGG富集分析显示风险差异基因主要参与补体和凝血级联信号通路。GSEA富集分析显示高风险组与致癌途径的激活密切相关。在免疫浸润、免疫相关通路及免疫检查点中发现高低风险组具有显著差异。HPA数据库证明ICAM1、S100P、SPP1模型基因免疫组化表达存在明显差异。结论:9个基因组成的风险模型可能成为肝细胞癌发生、发展及预后相关的潜在生物标志物,并为优化肝细胞癌的诊治提供新线索。 展开更多
关键词 肝细胞癌 细胞焦亡 免疫相关基因 预后 免疫浸润
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骨髓增生异常综合征与急性髓系白血病之间免疫浸润相关基因的筛选及验证
4
作者 邓发滑 胡华丽 +4 位作者 王斯奇 许建霞 禄婷婷 黄海 韦四喜 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第13期2082-2089,共8页
背景:骨髓增生异常综合征具有较高的急性髓系白血病转化风险,有研究表明免疫浸润在二者之间发挥重要作用,但免疫细胞浸润与相关差异表达基因的调控关系仍需更多研究证实。目的:通过生物信息学分析方法,寻找与骨髓增生异常综合征和急性... 背景:骨髓增生异常综合征具有较高的急性髓系白血病转化风险,有研究表明免疫浸润在二者之间发挥重要作用,但免疫细胞浸润与相关差异表达基因的调控关系仍需更多研究证实。目的:通过生物信息学分析方法,寻找与骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病具有预后意义的差异表达基因,探讨差异基因与免疫浸润细胞调控在疾病发生发展中的可能作用及机制。方法:利用GEO数据集筛选差异表达基因用于生物信息学分析,对差异表达基因进行DO、GO、KEGG和GSEA分析。利用TCGA预后数据库绘制差异表达基因的K-M曲线,并对预后相关的差异基因进行受试者工作特征曲线分析判断基因的临床诊断性能。最后,采用CIBERSORT分析预后相关关键基因与免疫浸润细胞分布之间的相关性,利用RT-qPCR检测健康对照、骨髓增生异常综合征及急性髓系白血病患者外周血样本对筛选出的关键基因进行初步验证。结果与结论:①在骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病之间共获得150个差异表达基因,其中16个基因表达上调,134个基因表达下调;②DO、GO、KEGG及GSEA分析结果提示差异表达基因可能通过调节免疫应答促进骨髓增生异常综合征向急性髓系白血病发展,CIBERSORT分析显示骨髓增生异常综合征与急性髓系白血病之间存在免疫浸润差异,其中CD4+T细胞、单核细胞、中性粒细胞、M1巨噬细胞在急性髓系白血病患者中分布降低,而炎症抑制细胞M2巨噬细胞在急性髓系白血病患者中分布增加,可能与急性髓系白血病免疫抑制有关;③利用K-M曲线及受试者工作特征曲线从150个差异基因中筛选出4个与免疫和预后相关且具有较好诊断性能的基因:MANSC1、FLT3、BMX及CXCR2;④RT-qPCR检测结果显示MANSC1、BMX及CXCR2在急性髓系白血病患者中低表达,而FLT3在急性髓系白血病患者中高表达。结果表明,MANSC1、FLT3、BMX及CXCR2在骨髓增生异常综合征与急性髓系白血病患者间差异表达,不仅与患者预后显著相关,还可能通过调节患者的免疫浸润影响骨髓增生异常综合征及急性髓系白血病的发生和进展,它们可作为骨髓增生异常综合征向急性髓系白血病转化的潜在生物标志物和治疗靶点,为骨髓增生异常综合征“转白”的临床诊疗研究提供新的方向。 展开更多
关键词 骨髓增生异常综合征 急性髓系白血病 免疫浸润 预后 生物信息学
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生物信息学方法分析锌指蛋白605在肝癌中的免疫作用及预后价值
5
作者 罗天新 陈晓梅 +3 位作者 吴湘怡 龙治燕 张姝 黄健 《中西医结合肝病杂志》 CAS 2024年第8期713-719,共7页
目的:探讨锌指蛋白605(ZNF605)在肝细胞癌(HCC)中的免疫作用及预后价值。方法:应用TCGA、GEO等数据库分析ZNF605在HCC中的表达情况,并分析ZNF605表达水平与HCC患者临床病理特征的相关性;应用UALCAN数据库探讨ZNF605在HCC中的甲基化表达... 目的:探讨锌指蛋白605(ZNF605)在肝细胞癌(HCC)中的免疫作用及预后价值。方法:应用TCGA、GEO等数据库分析ZNF605在HCC中的表达情况,并分析ZNF605表达水平与HCC患者临床病理特征的相关性;应用UALCAN数据库探讨ZNF605在HCC中的甲基化表达水平;应用受试者操作特征(ROC)曲线分析ZNF605在HCC中的诊断价值并绘制诺模图,预测HCC患者1、3和5年总生存率;单因素及多因素Cox回归分析ZNF605在HCC中的预后价值;对ZNF605的高低水平表达进行了基因富集分析(GSEA);应用R包-GSVA分析ZNF605的表达水平与肿瘤微环境中免疫细胞的相关性。结果:ZNF605在多种癌症中异常表达,在HCC中高表达并呈低甲基化;ZNF605高表达与患者T分期、临床分期、组织学分级总生存期和甲胎蛋白相关;单因素及多因素Cox回归分析显示ZNF605表达及T分期为HCC的独立预后风险因素;GSEA分析显示ZNF605高表达主要富集在细胞周期;免疫细胞浸润分析提示,ZNF605在HCC中的表达水平与Th2细胞和T辅助细胞呈显著正相关;与树突状细胞细胞、Th17细胞、细胞毒性细胞、中性粒细胞、浆细胞样树突状细胞、B细胞、Tgd细胞和肥大细胞等呈负相关。结论:生物信息学分析结果表明,在HCC中高表达的ZNF605可能是HCC的诊断及预后生物标志物,可能成为潜在的治疗靶点。 展开更多
关键词 肝细胞癌 锌指蛋白605 生物信息学 免疫浸润 诊断 预后
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沉默hnRNP A2/B1基因后通过Bcl-2/Bax影响宫颈癌CaSki细胞的凋亡 被引量:5
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作者 蔡僮 许修颖 方文 《天津医药》 CAS 北大核心 2019年第9期902-906,共5页
目的探索沉默核内不均一核糖核蛋白A2/B1(hnRNP A2/B1)基因后对宫颈癌CaSki细胞的增殖、凋亡的影响及其相关作用机制。方法建立稳定沉默hnRNP A2/B1的CaSki细胞株,分为未沉默hnRNP A2/B1的空白组(CaSki组)、转染阴性序列的阴性对照组(Ca... 目的探索沉默核内不均一核糖核蛋白A2/B1(hnRNP A2/B1)基因后对宫颈癌CaSki细胞的增殖、凋亡的影响及其相关作用机制。方法建立稳定沉默hnRNP A2/B1的CaSki细胞株,分为未沉默hnRNP A2/B1的空白组(CaSki组)、转染阴性序列的阴性对照组(CaSki-NC组)、转染阳性hnRNP A2/B1干扰序列的实验组(Ca Ski-shRNA组)。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及蛋白印迹法(Western blot)对各组细胞hnRNP A2/B1的mRNA及蛋白表达水平进行验证,四甲基偶氮唑蓝(MTT)法检测各组细胞增殖能力,细胞克隆实验检测各组细胞克隆形成能力,流式细胞术检测各组细胞凋亡情况,Western blot检测各组细胞凋亡相关蛋白Bcl-2、Bax的表达变化。结果与Ca Ski组、CaSki-NC相比较,CaSki-shRNA组细胞hnRNP A2/B1的mRNA及蛋白表达水平均明显减低,细胞的增殖能力在48 h降低,克隆形成能力下降,凋亡率增加,Bcl-2蛋白的表达减低,Bax表达升高(P<0.01),而CaSki组与Ca Ski-NC组之间差异无统计学意义(P>0.05)。结论沉默hnRNP A2/B1基因后能抑制宫颈癌CaSki细胞的增殖能力,且可能通过Bcl-2/Bax影响宫颈癌CaSki细胞的凋亡。 展开更多
关键词 宫颈肿瘤 细胞凋亡 原癌基因蛋白质C-BCL-2 BCL-2相关X蛋白质 核内不均一核糖核蛋白A2/B1
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下调SNHG16对胃癌细胞HGC-27细胞周期的影响 被引量:4
7
作者 朱晓鸿 赵娟娟 +2 位作者 刘娟娟 万颖 黄海 《贵州医药》 CAS 2017年第12期1242-1244,共3页
目的下调长链非编码RNA SNHG16对人胃癌细胞HGC-27细胞周期的影响。方法实时荧光定量PCR(quantitative real time-PCR,qRT-PCR)法检测SNHG16siRNA在HGC-27细胞中的干扰效率;流式细胞术(FACS)检测敲低SNHG16后对HGC-27细胞周期的影响;蛋... 目的下调长链非编码RNA SNHG16对人胃癌细胞HGC-27细胞周期的影响。方法实时荧光定量PCR(quantitative real time-PCR,qRT-PCR)法检测SNHG16siRNA在HGC-27细胞中的干扰效率;流式细胞术(FACS)检测敲低SNHG16后对HGC-27细胞周期的影响;蛋白免疫印迹法(Western blot)检测周期相关蛋白细胞周期素依赖性蛋白激酶2(CDK2)的改变情况。结果qRT-PCR检测转染SNHG16siRNA后,细胞HGC-27中SNHG16表达量明显下降;流式细胞术检测低表达SNHG16使细胞HGC-27细胞周期中S期被阻滞且CDK2蛋白相对表达量下降。结论敲低SNHG16后阻滞细胞HGC-27的S期以及CDK2蛋白的表达,从而抑制细胞生长。 展开更多
关键词 胃癌 长链非编码RNA SNHG16 实时荧光定量法
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蓝莓促进人肝细胞mitofilin/Mic60表达抑制超氧化物生成减轻代谢功能障碍相关肝病的肝损伤
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作者 任娅 范厚敏 +2 位作者 祝丽丽 林涛 任婷婷 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期318-324,共7页
目的研究蓝莓调控代谢功能障碍相关肝病(MAFLD)体外模型中线粒体内膜蛋白mitofilin/Mic60的作用及其机制.方法游离脂肪酸(FFA)诱导L02人肝细胞建立MAFLD细胞模型,设立正常组、模型组、80μg/mL蓝莓原浆处理组、Mic60短发夹RNA(Mic60 shR... 目的研究蓝莓调控代谢功能障碍相关肝病(MAFLD)体外模型中线粒体内膜蛋白mitofilin/Mic60的作用及其机制.方法游离脂肪酸(FFA)诱导L02人肝细胞建立MAFLD细胞模型,设立正常组、模型组、80μg/mL蓝莓原浆处理组、Mic60短发夹RNA(Mic60 shRNA)转染组、Mic60敲低联合80μg/mL蓝莓原浆处理组.油红O染色观察细胞内的脂质沉积情况;噻唑蓝(MTT)法检测不同浓度蓝莓原浆对FFA处理的L02细胞存活率的影响;可见分光光度法检测丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)和脂代谢指标甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)水平及超氧化物歧化酶(SOD)活性、还原型谷胱甘肽(GSH)和丙二醛(MDA)含量.荧光显微镜观察肝细胞内活性氧(ROS)的情况;采用实时定量PCR及Western blot法分别检测Mic60的mRNA及蛋白表达.结果FFA诱导刺激L02细胞24 h后,L02细胞胞质内有大量红色脂滴沉积;80μg/mL蓝莓原浆处理的细胞存活率较高;蓝莓原浆处理组的ALT、AST、TG、TC、MDA检测结果和ROS的荧光强度显示均低于模型组,而SOD、GSH水平及Mic60 mRNA和蛋白水平均高于模型组.结论蓝莓促进Mic60表达,增加肝细胞SOD及GSH水平,减少ROS的生成,进而减轻MAFLD肝细胞损伤,调节脂质代谢紊乱. 展开更多
关键词 蓝莓 mitofilin/Mic60 代谢功能障碍相关肝病(MAFLD)
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m6A相关基因在宫颈癌中的表达及临床分析 被引量:1
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作者 许修颖 龚荣府 +1 位作者 杨娉娉 方文 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期185-192,共8页
为探讨宫颈癌(cervical cancer,CC)中N6-甲基腺苷(m6A)修饰相关基因的表达及临床意义,从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载3个宫颈癌mRNA表达相关的数据集,筛选出m6A相关基因(METTL3、METTL14、METTL16、WTAP、KIAA1429、RBM15... 为探讨宫颈癌(cervical cancer,CC)中N6-甲基腺苷(m6A)修饰相关基因的表达及临床意义,从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载3个宫颈癌mRNA表达相关的数据集,筛选出m6A相关基因(METTL3、METTL14、METTL16、WTAP、KIAA1429、RBM15、ZC3H13、FTO、ALKBH5、YTHDF1/2/3、YTHDC1、HNRNPA2B1、HNRNPC)在宫颈癌中的表达情况。对RBM15进行生物信息学分析,利用UALCAN分析RBM15表达与临床病理特征的关系,LinkedOmics数据库用于RBM15相关共表达基因分析,STRING构建蛋白质相互作用网络,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析RBM15与宫颈癌患者预后关系。GEO数据库差异分析结果显示RBM15在宫颈癌中的表达呈上升趋势(P<0.01),UALCAN分析RBM15表达与多个临床病理特征有关(P<0.05),LinkedOmics分析结果显示有460个基因与RBM15呈正相关,750个基因呈负相关(FDR<0.05),在STRING构建了RBM15蛋白质相互作用网络,生存分析结果显示RBM15基因低表达组的宫颈癌中位总生存时间高于高表达组的,但差异无统计学意义(HR=1.32,P=0.24)。本研究筛选了m6A相关基因在宫颈癌中的差异表达情况,并对RBM15进行生物信息学的分析,为RBM15在宫颈癌中的作用分析提供新的思路。 展开更多
关键词 宫颈癌 m6A修饰 RBM15 生物信息学 预后
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吴茱萸碱作用mTOR信号通路引起胃癌SGC-7901细胞凋亡的研究 被引量:14
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作者 刘鑫 杨丽 +2 位作者 毕瑩 王良宏 黄海 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第16期3262-3266,共5页
吴茱萸碱(evodiamine)是中药吴茱萸最主要的具有抗肿瘤活性的生物碱之一,研究初步探讨吴茱萸碱作用哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(m TOR)信号通路诱导胃癌SGC-7901细胞凋亡的作用机制,为其抗肿瘤机制的探索及胃癌临床治疗奠定基础。采用MTT法... 吴茱萸碱(evodiamine)是中药吴茱萸最主要的具有抗肿瘤活性的生物碱之一,研究初步探讨吴茱萸碱作用哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(m TOR)信号通路诱导胃癌SGC-7901细胞凋亡的作用机制,为其抗肿瘤机制的探索及胃癌临床治疗奠定基础。采用MTT法观察吴茱萸碱单独作用对SGC-7901细胞及对人外周血单个核细胞(PBMCs)的细胞毒效应。Real-time PCR,Western blot分别检验吴茱萸碱单独或联合胱天蛋白酶抑制剂(z-VAD-fmk)作用后,m TOR,p70S6K和4EBP1基因表达以及m TOR和p-m TOR蛋白表达。结果表明,吴茱萸碱抑制SGC-7901细胞增殖存在时间剂量依赖性,且对人PBMCs无细胞毒作用。吴茱萸碱及联合z-VAD-fmk分别作用后,细胞变圆,漂浮于培养基中;与对照组比较,2种处理方法均能抑制m TOR,p70S6K和4EBP1基因表达,存在显著性差异,且与吴茱萸碱单独作用比较,联合z-VAD-fmk作用对基因表达抑制率加强;Western blot结果显示吴茱萸碱可以抑制m TOR和p-m TOR蛋白的表达无论是否有z-VAD-fmk的参与,且z-VAD-fmk阻断胱天蛋白酶作用后,抑制率增强。综上说明吴茱萸碱可能通过m TOR信号通路促进胃癌SGC-7901细胞凋亡。 展开更多
关键词 吴茱萸碱 mTOR信号途径 胃癌SGC-7901细胞 细胞凋亡
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前蛋白转化酶枯草溶菌素9抑制剂的研发进展及应用
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作者 王文岑 代海兵(综述) +1 位作者 黄海 鄢盛恺(审校) 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1391-1396,共6页
血脂异常是动脉粥样硬化性心血管疾病(atherosclerotic cardiovascular disease,ASCVD)最主要的致病因素,降脂治疗是预防和管理ASCVD的主要方式之一。前蛋白转化酶枯草溶菌素9(proprotein convertase subtilisin/kexin type 9,PCSK9)可... 血脂异常是动脉粥样硬化性心血管疾病(atherosclerotic cardiovascular disease,ASCVD)最主要的致病因素,降脂治疗是预防和管理ASCVD的主要方式之一。前蛋白转化酶枯草溶菌素9(proprotein convertase subtilisin/kexin type 9,PCSK9)可通过升高低密度脂蛋白胆固醇(low-density lipoprotein cholesterol,LDL-C)、炎性反应等促进动脉粥样硬化,而PCSK9抑制剂可靶向降低PCSK9水平,降脂效率高。联合他汀类或依折麦布治疗的基础上,还能带来更多的临床效益,随着研究的不断深入,已成为近年降脂药研究的热点。本文就PCSK9抑制剂的研发进展作一综述,以期为该类药物的临床应用提供参考。 展开更多
关键词 前蛋白转化酶枯草溶菌素9 抑制剂 动脉粥样硬化性心血管疾病
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