基于全基因组重测序的罗坑鸡遗传结构分析及特征位点挖掘 被引量：1

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作者 严霞 莫玙 +7 位作者 孔少芬 罗威 王春兰 陈细浩 钟澜 罗成龙 蔡柏林 聂庆华 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期100-105,共6页

本文旨在研究新资源罗坑鸡与其他著名广东地方品种鸡的遗传关系和挖掘罗坑鸡的特征性位点。对20个罗坑鸡血样进行DNA提取和30×全基因组重测序。同时,将这些数据与本课题组已有的5个广东鸡种(共77只)样本的数据相结合,采用系统进化... 本文旨在研究新资源罗坑鸡与其他著名广东地方品种鸡的遗传关系和挖掘罗坑鸡的特征性位点。对20个罗坑鸡血样进行DNA提取和30×全基因组重测序。同时,将这些数据与本课题组已有的5个广东鸡种(共77只)样本的数据相结合,采用系统进化树、主成分分析和祖先血缘成分分析等方法分析群体结构,采用群体分化指数分析方法挖掘罗坑鸡的特征位点。结果表明:系统进化树显示所有罗坑鸡在进化上明显聚为一类,与其他广东鸡种有明显分群;主成分分析发现罗坑鸡的遗传成分与其他广东鸡种有明显区分,但群体内的均一性较差;祖先血缘成分分析揭示罗坑鸡存在血缘混杂现象,纯血个体占比较少;群体分化指数分析发现罗坑鸡具有特异性的分化位点,可用于品种鉴定和提纯。本研究结果表明,罗坑鸡与其他5个品种在核基因组水平上有明显差异;存在血缘混杂现象;有独特的特异性位点。本研究结果将填补目前对于罗坑鸡研究的空白,并为未来罗坑鸡种质资源创新利用做了理论支撑。 展开更多

关键词 罗坑鸡 全基因组重测序 系统进化树 主成分分析 血缘成分分析 群体分化指数

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中国地方品种杏花鸡的群体全基因组选择印记分析

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作者 孔少芬 罗威 +1 位作者 郑茗 聂庆华 《中国家禽》 北大核心 2023年第3期30-37,共8页

试验旨在挖掘杏花鸡品种的群体特征性选择印记,筛选杏花鸡特征性基因和核心基因。研究基于已报道的来源于22个群体的157只鸡的全基因组数据,通过窗口内群体间遗传分化系数(ZFst)及群体内杂合度(ZHp),对其中的杏花鸡群体(n=9)进行全基因... 试验旨在挖掘杏花鸡品种的群体特征性选择印记,筛选杏花鸡特征性基因和核心基因。研究基于已报道的来源于22个群体的157只鸡的全基因组数据,通过窗口内群体间遗传分化系数(ZFst)及群体内杂合度(ZHp),对其中的杏花鸡群体(n=9)进行全基因组选择印记分析,挖掘杏花鸡群体特征性选择印记,对候选基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,蛋白相互作用网络分析和核心基因的筛选。结果显示:通过ZFst与ZHp,分别鉴定到172个杏花鸡群体基因组潜在受选择基因,其中包含29个共同受选择基因,包括COL3A1、LMO3、TBC1D14、COL22A1、EP300、TMTC3、KCNE5、PAICS、SGK1、DERA、GPR20、LHFPL6、PREX1、PIK3C2G、HEPACAM2、KITLG、KIAA0232、SMAD1、RIMKLB、SLIT2、LONRF1、NXT2、LDB2、TSNARE1、ABLIM2、VPS50、TCF12、ACSL4与FOXJ2;两种方法共鉴定到的受选择基因进行GO分析,分别富集到68条、82条和16条通路,主要涉及磷和含磷化合物代谢、细胞分化的调节、连接酶活性、转录因子复合体等;杏花鸡特征性核心相关基因为EP300和SMAD1,EP300和SMAD1均参与杏花鸡的肌肉和脂肪的发育和代谢过程。研究表明筛选出的群体特征性基因和核心基因可能通过调节磷代谢和细胞分化等途径影响杏花鸡的形态、肉质和风味。 展开更多

关键词 杏花鸡 遗传多样性 基因组选择印记 核心基因

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高低脂肉鸡中与腹脂沉积相关基因的差异表达 被引量：1

3

作者 王琪 田晨映 +1 位作者 张细权 罗庆斌 《中国家禽》 北大核心 2019年第7期6-10,共5页

试验以腹脂率(腹脂率=腹脂重/活重×100%)为标准选择两尾个体,分为高脂组(H)和低脂组(L),每组各6只,利用qRT-PCR的方法分析了与腹脂沉积相关的基因在鸡不同组织中的mRNA表达量。结果表明:LPIN1、ABHD5、ADORA1、ACBD5在肉鸡腹脂中... 试验以腹脂率(腹脂率=腹脂重/活重×100%)为标准选择两尾个体,分为高脂组(H)和低脂组(L),每组各6只,利用qRT-PCR的方法分析了与腹脂沉积相关的基因在鸡不同组织中的mRNA表达量。结果表明:LPIN1、ABHD5、ADORA1、ACBD5在肉鸡腹脂中高脂组的表达量低于低脂组,而DHCR24、SQLE在肉鸡腹脂中高脂组的表达量高于低脂组,且均差异显著,结果提示这些基因可能是影响肉鸡腹脂沉积的潜在分子标记。 展开更多

关键词 肉鸡 脂肪沉积 脂肪代谢 组织表达规律 分子标记

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Sox6基因调控鸡骨骼肌分化和肌纤维类型的研究 被引量：7

4

作者 张梓豪 林树带 +1 位作者 黄幸 张细权 《中国家禽》 北大核心 2019年第9期8-14,共7页

本实验室前期研究发现一个拷贝数变异区域与鸡的重要经济性状显著相关,并且该区域与Sox6编码区域重叠,提示Sox6基因对骨骼肌生长发育具有调控作用。研究首先采用RTqPCR分析Sox6基因在不同胚龄隐性白母鸡的胸肌和腿肌中的表达情况和表达... 本实验室前期研究发现一个拷贝数变异区域与鸡的重要经济性状显著相关,并且该区域与Sox6编码区域重叠,提示Sox6基因对骨骼肌生长发育具有调控作用。研究首先采用RTqPCR分析Sox6基因在不同胚龄隐性白母鸡的胸肌和腿肌中的表达情况和表达差异。接着在原代成肌细胞中过表达Sox6基因,通过RT-qPCR、免疫荧光和HE染色观察Sox6对原代成肌细胞的肌纤维类型调控情况和分化的影响。结果表明,Sox6 mRNA表达量在不同胚龄的胸肌和腿肌上的表达趋势相近,但在胸肌上的表达量高于腿肌,并且在E14、E17和7W时,胸肌表达量显著高于腿肌(P<0.05),提示Sox6可能对快肌起到重要作用。原代成肌细胞上面过表达Sox6后定量快慢肌特异基因发现Sox6能够促进MyH1B,抑制sMyHC1的表达;免疫荧光和HE染色观察发现Sox6能够促进成肌细胞的分化和肌管的形成,从而证明了Sox6对骨骼肌的分化和肌纤维类型调控具有一定的作用。 展开更多

关键词 鸡 Sox6基因 骨骼肌 分化 肌纤维类型

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优质鸡肤色的形成机理及候选基因研究进展 被引量：5

5

作者 任团辉 张细权 《中国家禽》 北大核心 2020年第6期1-7,共7页

家禽的色素沉积相关性状是研究其遗传进化的良好模型。同时,鸡的皮肤色素沉积和着色能够满足消费者对不同颜色的需求。文章对近年来鸡皮肤色素沉积机制和相关基因的研究成果进行梳理和评述,重点总结了鸡的黄色皮肤色素沉积相关基因和机... 家禽的色素沉积相关性状是研究其遗传进化的良好模型。同时,鸡的皮肤色素沉积和着色能够满足消费者对不同颜色的需求。文章对近年来鸡皮肤色素沉积机制和相关基因的研究成果进行梳理和评述,重点总结了鸡的黄色皮肤色素沉积相关基因和机制的研究成果,为培育满足消费者需求的优质黄羽肉鸡提供理论基础,也为研究家禽肤色性状调控机制提供参考。 展开更多

关键词 鸡 肤色 类胡萝卜素 黑色素 分子机制

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地方品种鸡ev21基因和JS序列分布对鸡羽速表型的影响 被引量：2

6

作者 付华丽 莫国东 +2 位作者 伍子放 王归燕 张细权 《中国家禽》 北大核心 2021年第3期11-15,共5页

试验旨在探究多个地方品种快慢羽鸡的内源性病毒基因21(ev21)以及SPEF2基因与PRLR基因的部分重复序列(JS序列)分布对羽速基因(Kk)表型的影响。采用PCR扩增、HaeⅢ限制性内切酶酶切的方法检测不同地方品种快慢羽鸡性染色体上OR区域(ev21... 试验旨在探究多个地方品种快慢羽鸡的内源性病毒基因21(ev21)以及SPEF2基因与PRLR基因的部分重复序列(JS序列)分布对羽速基因(Kk)表型的影响。采用PCR扩增、HaeⅢ限制性内切酶酶切的方法检测不同地方品种快慢羽鸡性染色体上OR区域(ev21占据片段)、UR区域(URa、URb(ev21未占据片段))以及JS序列分布情况。结果表明:国内的一些地方品种部分慢羽鸡个体OR区域ev21基因缺失以及部分快羽鸡的URb区域存在ev21基因插入;可通过JS序列扩增对快慢羽表型进行准确鉴定。研究结果显示JS序列可作为快慢羽鉴定候选基因,该方法可广泛应用于国内快慢羽鸡种的鉴定。 展开更多

关键词 快慢羽 鸡 ev21基因 OR区域 UR区域 JS序列

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优质鸡SESN1基因单核苷酸多态性及其与生长性状的关联分析

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作者 马曼婷 陈小兰 +1 位作者 蔡柏林 聂庆华 《中国家禽》 北大核心 2019年第21期7-10,共4页

为探究SESN1基因单核苷酸多态性与优质鸡生长性状的相关性,研究采用直接测序法扩增SESN1基因CDS区前2 000 bp调控区域,结果发现9个单核苷酸多态性位点。通过对这些位点进行连锁分析,划分为C-1365T^G-1543C、G-1177A^C-1294A、T-1058G^T-... 为探究SESN1基因单核苷酸多态性与优质鸡生长性状的相关性,研究采用直接测序法扩增SESN1基因CDS区前2 000 bp调控区域,结果发现9个单核苷酸多态性位点。通过对这些位点进行连锁分析,划分为C-1365T^G-1543C、G-1177A^C-1294A、T-1058G^T-1076A组成的3个单倍型块。通过分析突变位点与温氏N301家系生长性状的相关性,发现位点C-1365T、T-1076A、G-1058T均与温氏N301家系胸肌重达显著相关(P<0.05)。结果表明,SESN1基因与家鸡肌肉生长密切相关,上述多态位点可作为研究肉鸡胸肌重指标的潜在分子标记。 展开更多

关键词 SESN1基因 多态性位点 单倍型 胸肌重 鸡

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杏花鸡与白洛克鸡杂交F_(2)代的生长曲线拟合及体尺与屠宰性能的相关和回归分析 被引量：6

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作者 滕晖 张梓豪 +1 位作者 张细权 张德祥 《中国家禽》 北大核心 2021年第7期28-36,共9页

为研究由优质鸡和快大型鸡杂交而来的“半优鸡”的生长发育规律,构建反映体尺性状对屠宰性能的回归方程,试验对600只由母系杏花鸡与父系白洛克鸡繁育出的F_(2)代半同胞种质资源群的初生重、1~12周龄体重、10周龄体尺性状、90日龄屠宰性... 为研究由优质鸡和快大型鸡杂交而来的“半优鸡”的生长发育规律,构建反映体尺性状对屠宰性能的回归方程,试验对600只由母系杏花鸡与父系白洛克鸡繁育出的F_(2)代半同胞种质资源群的初生重、1~12周龄体重、10周龄体尺性状、90日龄屠宰性状进行检测。结果显示:Gompertz模型为0~12周龄F_(2)代半同胞群体生长发育的最佳模型;F_(2)代群体胫直径、胸宽、胫长、2周龄体重、体斜长等性状与屠宰性能之间存在显著相关(P<0.05)。研究提示:Gompertz模型对F_(2)代杂交鸡进行生长曲线的拟合和分析可行;利用10周龄胫直径、体斜长及2周龄体重等可加强选育屠宰性能优异的种鸡,为肉鸡的高效育种提供理论依据。 展开更多

关键词 “半优鸡” 曲线拟合 方差分析 相关分析 回归分析

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环状RNA circZBTB10的鉴定及其对鸡骨骼肌细胞增殖的影响 被引量：3

9

作者 余娇 黎镇晖 +1 位作者 聂庆华 张细权 《中国家禽》 北大核心 2018年第24期7-11,共5页

为了探索环状RNA对鸡骨骼肌生长的影响,筛选并鉴定出鸡原代成肌细胞中高表达的circZBTB10,通过qPCR定量检测circZBTB10的组织表达规律,并分析其在鸡原代成肌细胞增殖分化期的表达规律。通过构建circZBTB10过表达载体pcDNA2.1-circZBTB10... 为了探索环状RNA对鸡骨骼肌生长的影响,筛选并鉴定出鸡原代成肌细胞中高表达的circZBTB10,通过qPCR定量检测circZBTB10的组织表达规律,并分析其在鸡原代成肌细胞增殖分化期的表达规律。通过构建circZBTB10过表达载体pcDNA2.1-circZBTB10,将其转染到鸡原代成肌细胞中过表达后,检测其细胞周期变化。结果表明,circZBTB10在肌肉组织中高表达,且在成肌细胞的分化过程中起重要作用,能够显著影响(P<0.01)成肌细胞的增殖过程。研究结果为深入了解circZBTB10在骨骼肌中的作用奠定了理论基础。 展开更多

关键词 circZBTB10 组织表达 成肌细胞 增殖 分化 细胞周期

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鱼腥味鸡蛋的形成:从营养到遗传 被引量：2

10

作者 张思雨 郑茗 聂庆华 《中国家禽》 北大核心 2021年第3期83-88,共6页

鸡蛋的鱼腥味问题从首次提出到目前为止已接近一个世纪。鱼腥味影响鸡蛋的品质和风味,降低消费者的购买欲望,给蛋鸡养殖带来经济损失。文章概括了鱼腥味鸡蛋的形成机制,阐述了影响鱼腥味鸡蛋形成的因素,总结目前研究存在的问题,展望未... 鸡蛋的鱼腥味问题从首次提出到目前为止已接近一个世纪。鱼腥味影响鸡蛋的品质和风味,降低消费者的购买欲望,给蛋鸡养殖带来经济损失。文章概括了鱼腥味鸡蛋的形成机制,阐述了影响鱼腥味鸡蛋形成的因素,总结目前研究存在的问题,展望未来研究方向,以期为相关研究提供参考。 展开更多

关键词 鸡蛋 鱼腥味 含黄素单氧化酶3 三甲胺 氧化三甲胺

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肠道微生物的早期干预对杏花鸡早期体重的影响

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作者 黄育林 徐翌斌 聂庆华 《中国家禽》 北大核心 2022年第11期10-16,共7页

为研究肠道微生物对杏花鸡早期体重的影响,试验选用20只健康的1日龄杏花鸡母鸡,随机分成2组,每组10只,正常组饮用不添加抗生素的饮用水,干扰组饮用添加青霉素、甲硝唑、新霉素和万古霉素的饮用水,饲养49 d。分别在1、7和49日龄对鸡进行... 为研究肠道微生物对杏花鸡早期体重的影响,试验选用20只健康的1日龄杏花鸡母鸡,随机分成2组,每组10只,正常组饮用不添加抗生素的饮用水,干扰组饮用添加青霉素、甲硝唑、新霉素和万古霉素的饮用水,饲养49 d。分别在1、7和49日龄对鸡进行体重称量。49日龄时对鸡盲肠微生物进行16S rDNA测序分析。结果显示:与正常组对比,干扰组杏花鸡的体重在49日龄显著下降(P<0.05),肠道微生物ACE指数和Chao1指数显著降低(P<0.05);杏花鸡肠道微生物主要优势门是变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门,主要优势属是拟杆菌属、苍白杆菌属;与正常组对比,干扰组厚壁菌门、无色菌属、短波单胞菌属、苍白杆菌属细菌相对丰度显著降低(P<0.05),变形菌门相对丰度显著上升(P<0.05);主要影响的差异代谢通路有烟酸和烟酰胺代谢、磷酸肌醇代谢、能量代谢、原核生物的碳固定途径等通路。结果表明,饲喂抗生素能降低杏花鸡肠道微生物的菌群丰度,生长早期对肠道菌群实施干预可影响其体重。 展开更多

关键词 杏花鸡 肠道微生物 体重

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基于ASReml的江村黄鸡毛囊性状的遗传参数估计

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作者 廖家浩 李卓航 +2 位作者 谭量天 郑茗 聂庆华 《养禽与禽病防治》 2023年第6期38-40,共3页

本研究以广州市江丰实业股份有限公司所培育的江村黄鸡作为实验材料,屠宰测定个体屠体重以及背部和腿部2个部位的毛囊密度及其大小性状,评价毛囊性状与屠体重,体斜长间的遗传相关和表型相关,为种鸡选育和生产管理提供一定参考依据。结... 本研究以广州市江丰实业股份有限公司所培育的江村黄鸡作为实验材料,屠宰测定个体屠体重以及背部和腿部2个部位的毛囊密度及其大小性状,评价毛囊性状与屠体重,体斜长间的遗传相关和表型相关,为种鸡选育和生产管理提供一定参考依据。结果表明,屠体重、背部毛囊大小、背部毛囊密度、腿部毛囊大小和腿部毛囊密度的遗传力分别为0.325、0.506、0.137和0.151,性状间遗传相关在-0.283~0.843之间,表型相关在-0.121~0.233之间。结论表明,背部毛囊密度、大小属于中高遗传力性状,腿部毛囊密度、大小属于低遗传力性状,背部毛囊大小和腿部毛囊大小、体斜长和屠体重之间的表型相关极显著。 展开更多

关键词 黄羽肉鸡 毛囊密度 毛囊大小 遗传参数

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中国地方家鸡群体遗传与表型多样性及其保护现状

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作者 罗威 郑茗 +5 位作者 唐盈盈 林楚晓 黎镇晖 罗成龙 张细权 聂庆华 《养禽与禽病防治》 2023年第8期29-35,共7页

我国是全球地方家鸡遗传资源最为丰富的国家之一,以我国地方鸡种或以我国优良地方鸡种结合国外高生产性能的商业鸡种杂交选育而成的黄羽肉鸡在我国的肉鸡产业中占据着重要地位,因此加强国内主要地方鸡种的保种、开发及利用具有重要的经... 我国是全球地方家鸡遗传资源最为丰富的国家之一,以我国地方鸡种或以我国优良地方鸡种结合国外高生产性能的商业鸡种杂交选育而成的黄羽肉鸡在我国的肉鸡产业中占据着重要地位,因此加强国内主要地方鸡种的保种、开发及利用具有重要的经济意义,而充分了解国内主要地方鸡种的群体遗传与表型多样性可为地方鸡种的保种、开发及利用提供重要的理论支撑。同时,我国地方家鸡所累计的丰富遗传与表型多样性,如斗鸡的肌肉发达、体型大、斗性强和河田鸡的鹿角冠等特色性状表型,也是人类了解遗传变异与表型变异关系的良好素材。本文就我国地方家鸡的起源、丰富的遗传与表型多样性及目前的保种现状进行综述,旨在为我国地方家鸡品种的保种、开发与利用提供参考。 展开更多

关键词 中国地方家鸡 群体遗传多样性 群体表型多样性 保种现状

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