目的运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位.方法从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列,根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选,最终的蛋白序列用...目的运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位.方法从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列,根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选,最终的蛋白序列用于后续的抗原肽的预测.用蛋白质结构预测软件Phyre2进行三维结构的预测、蛋白质模型结构的细化软件GalaxyRefine优化蛋白的三维结构,最后用蛋白质结构同源建模SWISS-MODEL系统对优化后的结构进行准确性评估.蛋白序列用于CTL、Th细胞和线性B细胞抗原肽预测,三维结构用于结构性B细胞抗原预测.免疫表位数据库和分析资源(IEDB)预测SARS-CoV-2的CTL和Th细胞抗原表位,B细胞线性抗原肽预测软件Bepipred Linear Epitope Prediction 2.0和B细胞结构抗原肽预测软件ElliPro-Epitope prediction based upon structural protrusion分别预测B细胞线性和结构抗原肽.结果从NCBI数据库获得了27个SARS-CoV-2的蛋白序列,去掉抗原性<0.5和氨基酸数<100的蛋白质后,最终选定9个蛋白进行后续抗原肽预测.最终获得了24个CTL、20个Th细胞、12个B细胞线性表位和16个B细胞结构表位.结论获得的抗原表位可用于后续多表位疫苗的设计,相较于只针对单种蛋白靶点的抗原表位而言,多靶点抗原表位具有更强的免疫原性,这些抗原表位对SARS-CoV-2疫苗而言,具有一定的参考价值.展开更多
目的比较2018年中国指南与2019年欧洲心脏病学会(european society of cardiology,ESC)指南预后评分在预测急性肺栓塞(acute pulmonary embolism,APE)患者30 d全因死亡效能中的价值。方法回顾性收集2015年1月至2019年12月贵州省人民医...目的比较2018年中国指南与2019年欧洲心脏病学会(european society of cardiology,ESC)指南预后评分在预测急性肺栓塞(acute pulmonary embolism,APE)患者30 d全因死亡效能中的价值。方法回顾性收集2015年1月至2019年12月贵州省人民医院确诊APE住院患者资料,按照30 d死亡与否分为死亡组及生存组,并根据性别、血氧饱和度及感染情况进行亚组分析。使用SPSS软件绘制两个评分受试者工作特征曲线(ROC)并计算曲线下面积(AUC),应用Delong′s检验比较AUC差异,使用R软件survival包、survIDINRI包、PredictABEL包计算净重分类指数(NRI)及综合判别改善指数(IDI)。结果共纳入626例APE患者进行分析,使用两个评分对APE患者30 d死亡进行预测,结果显示,在总体区分度方面,2018年中国指南预后评分较2019年ESC指南预后评分表现较好,AUC分别为0.782、0.749,但差异无统计学意义(P>0.05);预测准确性方面,2019年ESC指南预后评分较2018年中国指南预后评分总体NRI提升44.4%(95%CI:0.091~0.753),正确重分类至死亡组NRI提升58.6%(95%CI:0.161~0.917),正确重分类至生存组NRI降低14.2%(95%CI:-0.249~0.08),IDI提高3.38%(P<0.05)。亚组分析示2018年中国指南预后评分及2019年ESC指南预后评分对不同性别、不同氧饱和度患者均有预测能力(均P<0.05)、合并感染人群AUC值分别为0.749、0.772(P<0.05)、不合并感染人群AUC值分别为0.652、0.833(P>0.05)。结论2018年中国指南预后评分、2019年ESC指南预后评分均可预测APE患者30 d死亡率,且对于合并感染的患者具有更好的预测能力;但前者对生存组预测准确性更高,且评分较为便捷,更方便临床应用,后者对死亡组预测能力有所改善。展开更多
文摘目的运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位.方法从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列,根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选,最终的蛋白序列用于后续的抗原肽的预测.用蛋白质结构预测软件Phyre2进行三维结构的预测、蛋白质模型结构的细化软件GalaxyRefine优化蛋白的三维结构,最后用蛋白质结构同源建模SWISS-MODEL系统对优化后的结构进行准确性评估.蛋白序列用于CTL、Th细胞和线性B细胞抗原肽预测,三维结构用于结构性B细胞抗原预测.免疫表位数据库和分析资源(IEDB)预测SARS-CoV-2的CTL和Th细胞抗原表位,B细胞线性抗原肽预测软件Bepipred Linear Epitope Prediction 2.0和B细胞结构抗原肽预测软件ElliPro-Epitope prediction based upon structural protrusion分别预测B细胞线性和结构抗原肽.结果从NCBI数据库获得了27个SARS-CoV-2的蛋白序列,去掉抗原性<0.5和氨基酸数<100的蛋白质后,最终选定9个蛋白进行后续抗原肽预测.最终获得了24个CTL、20个Th细胞、12个B细胞线性表位和16个B细胞结构表位.结论获得的抗原表位可用于后续多表位疫苗的设计,相较于只针对单种蛋白靶点的抗原表位而言,多靶点抗原表位具有更强的免疫原性,这些抗原表位对SARS-CoV-2疫苗而言,具有一定的参考价值.
文摘目的比较2018年中国指南与2019年欧洲心脏病学会(european society of cardiology,ESC)指南预后评分在预测急性肺栓塞(acute pulmonary embolism,APE)患者30 d全因死亡效能中的价值。方法回顾性收集2015年1月至2019年12月贵州省人民医院确诊APE住院患者资料,按照30 d死亡与否分为死亡组及生存组,并根据性别、血氧饱和度及感染情况进行亚组分析。使用SPSS软件绘制两个评分受试者工作特征曲线(ROC)并计算曲线下面积(AUC),应用Delong′s检验比较AUC差异,使用R软件survival包、survIDINRI包、PredictABEL包计算净重分类指数(NRI)及综合判别改善指数(IDI)。结果共纳入626例APE患者进行分析,使用两个评分对APE患者30 d死亡进行预测,结果显示,在总体区分度方面,2018年中国指南预后评分较2019年ESC指南预后评分表现较好,AUC分别为0.782、0.749,但差异无统计学意义(P>0.05);预测准确性方面,2019年ESC指南预后评分较2018年中国指南预后评分总体NRI提升44.4%(95%CI:0.091~0.753),正确重分类至死亡组NRI提升58.6%(95%CI:0.161~0.917),正确重分类至生存组NRI降低14.2%(95%CI:-0.249~0.08),IDI提高3.38%(P<0.05)。亚组分析示2018年中国指南预后评分及2019年ESC指南预后评分对不同性别、不同氧饱和度患者均有预测能力(均P<0.05)、合并感染人群AUC值分别为0.749、0.772(P<0.05)、不合并感染人群AUC值分别为0.652、0.833(P>0.05)。结论2018年中国指南预后评分、2019年ESC指南预后评分均可预测APE患者30 d死亡率,且对于合并感染的患者具有更好的预测能力;但前者对生存组预测准确性更高,且评分较为便捷,更方便临床应用,后者对死亡组预测能力有所改善。
