新疆地区盐湖的中度嗜盐菌16S rDNA全序列及DNA同源性分析 被引量：46

1

作者 曾静 窦岳坦 +1 位作者 王磊 杨苏声 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期133-137,共5页

通过数值分类和 1 6SrDNAPCR RFLP分析 ,对分离自新疆地区的中度嗜盐革兰氏阴性菌进行研究 ,发现了一个新类群。在此基础上 ,进行了中心株AI 3的 1 6SrDNA全序列分析 ,并与中度嗜盐菌已知种和相关种进行比较 ,得到系统发育树状图。在此... 通过数值分类和 1 6SrDNAPCR RFLP分析 ,对分离自新疆地区的中度嗜盐革兰氏阴性菌进行研究 ,发现了一个新类群。在此基础上 ,进行了中心株AI 3的 1 6SrDNA全序列分析 ,并与中度嗜盐菌已知种和相关种进行比较 ,得到系统发育树状图。在此树状图中 ,大多数参比菌株聚在一起 ,其 1 6SrDNA全序列的同源性在 96 %以上 ,而AI 3与参比菌株的 1 6SrDNA全序列相比 ,其相似性低于 75 %。但是 ,AI 3与Alcanivoraxborkumensis[1] 的 1 6SrDNA全序列的相似性为 96 % ,与Halobacilluslitoralis的 1 6SrDNA全序列的相似性为 99% ,三者构成一个独立的发育分支。这说明在系统发育上 ,AI 3与参比菌株属于不同的分支 ,是一个新的类群。在新类群内 ,菌株之间的DNA同源性大于 70 % ,而中心株AI 3与标准菌株伸长盐单胞菌(Halomonaselongata)的DNA同源性为 44% 。 展开更多

关键词 新疆地区 16S rdna全序列 DNA-DNA杂交 系统发育 盐湖 嗜盐菌 DNA同源性

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甘草根瘤菌的16S rDNA全序列测定及系统进化分析 被引量：18

2

作者 杨雪颖 张执欣 +1 位作者 杨亚珍 韦革宏 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期707-711,共5页

通过对西北干旱半干旱地区68株甘草根瘤菌的表型多样性和抗逆性分离研究,发现1个新类群和1个具有较高抗逆性的菌株。对其中心菌株CCNWGX022和高抗性菌株CCNWGX035进行16S rDNA全序列测定及系统进化研究。结果表明,CCNWGX022和CCNWGX035... 通过对西北干旱半干旱地区68株甘草根瘤菌的表型多样性和抗逆性分离研究,发现1个新类群和1个具有较高抗逆性的菌株。对其中心菌株CCNWGX022和高抗性菌株CCNWGX035进行16S rDNA全序列测定及系统进化研究。结果表明,CCNWGX022和CCNWGX035与中慢生根瘤菌属内参比菌株的16S rDNA相似性分别大于96．8％和98．3％,因此它们均属于中慢生根瘤菌属。 展开更多

关键词 根瘤菌 甘草 16S rdna全序列 系统进化

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根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA全序列测定及其系统发育地位 被引量：27

3

作者 谭志远 陈文新 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第6期411-416,共6页

用双脱氧法测定了一个根瘤菌新类群代表菌株SH2672的16S rDNA全序列,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图。在系统发育树状图中,菌株SH2672与百脉根中慢生根瘤菌(Mesorhizobium... 用双脱氧法测定了一个根瘤菌新类群代表菌株SH2672的16S rDNA全序列,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图。在系统发育树状图中,菌株SH2672与百脉根中慢生根瘤菌(Mesorhizobium loti),华癸中慢生根瘤菌(M. huakuii)、天山中慢生根瘤菌(M. tianshanense)、地中海中慢生根瘤菌(M. mediterraneum)、鹰嘴豆中慢生根瘤菌(M. ciceri)共同构成一个分支,与各已知种的模式菌株16S rDNA相似性分别为:96.3％,96.4％,97.2％,95.1％,95.6％,均在95％以上,它们应归属于同一属。且分支内各种间DNA同源性低于70％,表明它们分别为不同的种,菌株SH2672代表着一个新的根瘤菌种。 展开更多

关键词 根瘤菌新类群 16S rdna全序列测定 系统发育地位

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木蓝根瘤菌的16S rDNA全序列分析及DNA-DNA杂交 被引量：4

4

作者 韦革宏 杨凌 +1 位作者 陈文新 朱铭莪 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2000年第11期1027-1032,共6页

通过数值分类、ＳＤＳ－全细胞蛋白电泳分析，对分离自西北黄土高原地区的木蓝根瘤菌进行了研究，获得了１个新类群。在此基础上，进行了中心菌株ＳＨＬ０４２的１６Ｓ ｒＤＮＡ全序列分析，得到系统发育树状图。 ＳＨＬ０４２与 Ｒ.ｔ... 通过数值分类、ＳＤＳ－全细胞蛋白电泳分析，对分离自西北黄土高原地区的木蓝根瘤菌进行了研究，获得了１个新类群。在此基础上，进行了中心菌株ＳＨＬ０４２的１６Ｓ ｒＤＮＡ全序列分析，得到系统发育树状图。 ＳＨＬ０４２与 Ｒ.ｔｒｏｐｉｃｉ Ａ、 Ｒ.ｔｒｏｐｉｃｉ Ｂ、 Ｒ.ｌｅｇｕｍｉｎｏｓａｒｕｍ、 Ｒ ｅｔｌｉ、 Ｒｈａｎａｎｅｓｉｓ、Ｒ. ｍｏｎｇｏｌｅｎｓｅ和Ｒ.ｇａｌｌｉｃｕｍ构成一个发育分支，其与这些种模式菌株 １６Ｓ　ｒＤＮＡ全序列的相似性分别为９５．４％、９５．５％、９６．３％、９５．８％、９６．３％、９７．９％和９７．７％，均大于９５％，应属于同一个属。新类群群内ＤＮＡ同源性大于８０％，而中心菌株ＳＨＬ０４２与分支内各已知种的ＤＮＡ同源性小于５０％，表明ＳＨＬ０４２代表１个新的根瘤菌菌种。 展开更多

关键词 根瘤菌 木蓝 16S rdna全序列 DNA-DNA杂交

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西藏根瘤菌新表观群的DNA同源性及16S rDNA全序列分析 被引量：2

5

作者 王素英 杨晓丽 +1 位作者 李海峰 刘杰 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期132-135,共4页

在前期数值分类工作的基础上，对7株与Rhizobium关系较密切的分离自西藏部分地区豆科植物Trigonella spp．和Astragalus spp．的根瘤菌所形成的独立表观群，通过DNA同源性测定及16S rDNA全序列分析进行了分类地位的进一步确定。结果表... 在前期数值分类工作的基础上，对7株与Rhizobium关系较密切的分离自西藏部分地区豆科植物Trigonella spp．和Astragalus spp．的根瘤菌所形成的独立表观群，通过DNA同源性测定及16S rDNA全序列分析进行了分类地位的进一步确定。结果表明：该独立表观群菌株的（G＋C）mol％为59．5％-63．3％，群内菌株间DNA同源性在74．3％-92．3％之间，中心菌株XZ2．3与相关Rhizobium种之间的DNA同源性在0％-47．4％之间，是不同于Rhizobium内各种的新DNA同源群。另外，16S rDNA全序列分析结果也表明，中心菌株XZ2．3占居Rhizobium系统发育分支中的一个独立亚分支，其与临近R．leguminosarum USDA2370^T和R．atli CFN42^T之间的序列相似性分别为96．55％和96．62％。根据国际系统细菌学委员会提出的细菌种属分类标准，该独立表观群构成了一个不同于Rhizobium内各种的新种群。该研究结果丰富了现有根瘤菌分类系统，将为国际上现有Rhizobium的14个种中再增添一个新的分类单元。 展开更多

关键词 根瘤菌 DNA同源性 16S rdna全序列 系统发育分析

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瘤胃甲硫氨酸降解菌的分离及其16 S rDNA全序列分析 被引量：1

6

作者 李吕木 刁欢 +1 位作者 胡良卫 凌俊 《激光生物学报》 CAS CSCD 2007年第1期26-30,共5页

为分析研究山羊瘤胃液中甲硫氨酸降解菌群的物种资源,对经分离纯化获得的一株甲硫氨酸降解菌MB6-1,采用PCR方法扩增其16 S rDNA基因,并测定其基因的核苷酸全序列。基于16 S rDNA序列的同源性比较和系统发育学分析(ribosomal database pr... 为分析研究山羊瘤胃液中甲硫氨酸降解菌群的物种资源,对经分离纯化获得的一株甲硫氨酸降解菌MB6-1,采用PCR方法扩增其16 S rDNA基因,并测定其基因的核苷酸全序列。基于16 S rDNA序列的同源性比较和系统发育学分析(ribosomal database projectⅡ;简称RDPⅡ数据库),发现MB6-1可能是普罗威登斯菌属(Providencia)中的一个新种。菌株MB6-1的16 S rDNA序列已经被GenBank数据库收录,其序列号为DQ436917。 展开更多

关键词 瘤胃 甲硫氨酸降解菌 16 S rdna全序列 系统发育

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具有溶磷能力的相思根瘤菌16S rDNA序列分析 被引量：1

7

作者 张希涛 康丽华 +1 位作者 马海宾 江业根 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第24期7427-7429,共3页

为了测定具有溶磷能力的相思根瘤菌的16S rDNA序列。在TY培养基上将菌株培养至对数生长期,以提取的总DNA为模板,采用双向引物进行PCR扩增,对获得的目的产物进行纯化和测序。采用PHYLIP软件中DNADIST程序分析各菌株间的相似性,采用Clusta... 为了测定具有溶磷能力的相思根瘤菌的16S rDNA序列。在TY培养基上将菌株培养至对数生长期,以提取的总DNA为模板,采用双向引物进行PCR扩增,对获得的目的产物进行纯化和测序。采用PHYLIP软件中DNADIST程序分析各菌株间的相似性,采用Clustal X和Treeconw软件获得菌株的系统发育树状图。系统发育学分析表明:G7-3、G31-1-5、G31-1-10位于根瘤菌属(Rhizobium)分支中;F7-2-11位于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)分支;DH001、LH001、LL007酸、Y木1F、3-2-6位于Mesorhizobium分支中;H1-1-1属于类芽孢杆菌(Paenibacillussp.)。该研究初步确定了具有溶磷能力的相思根瘤菌菌株的发育学地位。 展开更多

关键词 相思根瘤菌 16S rdna全序列测定 系统发育学分析

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两个相思树种根瘤菌代表菌株HJ06和JJ06的16S rDNA序列分析

8

作者 黄宝灵 吕成群 +2 位作者 余永昌 张慧 武波 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期102-106,共5页

为了开发利用我国人工林豆科树种根瘤菌的种质资源,该研究对华南地区两个人工林豆科树种厚荚相思和卷荚相思的根瘤菌两个代表菌株HJ06和JJ06进行了16S rDNA全序列测定,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及... 为了开发利用我国人工林豆科树种根瘤菌的种质资源,该研究对华南地区两个人工林豆科树种厚荚相思和卷荚相思的根瘤菌两个代表菌株HJ06和JJ06进行了16S rDNA全序列测定,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图.在系统发育树状图中,HJ06位于Rhizobium分支中并与根瘤菌属各个种的相似性达95%以上;JJ06位于Mesorhizobium分支中并与中慢生根瘤菌属各个种的相似性达97%以上.表明它们分别为不同的根瘤菌种,证明了从国外引种于中国华南的相思树种其根瘤菌具有多样性和复杂性. 展开更多

关键词 相思树种 根瘤菌 16S rdna全序列测定 系统发育分析

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一株分离自含羞草的β-根瘤菌的生物学特性研究 被引量：1

9

作者 彭玉红 焦如珍 牟新涛 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期117-121,共5页

从海南尖峰岭自然保护区巴西含羞草的根瘤中分离到一株根瘤菌,编号为caf324,经过16S rDNA全序列测定和系统发育分析,发现caf324与β-根瘤菌含羞草伯克霍尔德菌PAS44(AY752958)的亲缘关系很近,相似度达到99.7%。通过部分生理生化测定发现... 从海南尖峰岭自然保护区巴西含羞草的根瘤中分离到一株根瘤菌,编号为caf324,经过16S rDNA全序列测定和系统发育分析,发现caf324与β-根瘤菌含羞草伯克霍尔德菌PAS44(AY752958)的亲缘关系很近,相似度达到99.7%。通过部分生理生化测定发现,caf324接触酶、氧化酶和硝酸盐还原试验均为阳性,不能利用明胶和淀粉,不能利用葡萄糖发酵产酸,不能水解酪素,不能产生吲哚和3-酮基乳糖;抗逆性研究表明,caf324的生长范围广,可耐2%的NaCl,耐酸碱(pH4～11),最高生长温度45℃。 展开更多

关键词 β-根瘤菌 含羞草伯克霍尔德菌 16S rdna全序列 抗逆性 生物学特性

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三株新型发酵产氢菌生物学特征鉴定与比较

10

作者 陈瑛 任南琪 +2 位作者 李永峰 张大维 程瑶 《工业微生物》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期31-34,共4页

比较了三株发酵产氢细菌的形态和生理生化特征,分析了它们的16S rDNA序列系统发育关系,并测定了它们的产氢量和液相发酵产物。认为它们同属于一类新的发酵产氢菌属,其液相产物以乙醇和乙酸为主,在一定的培养条件下可获得较高产氢量。此... 比较了三株发酵产氢细菌的形态和生理生化特征,分析了它们的16S rDNA序列系统发育关系,并测定了它们的产氢量和液相发酵产物。认为它们同属于一类新的发酵产氢菌属,其液相产物以乙醇和乙酸为主,在一定的培养条件下可获得较高产氢量。此外,对该类细菌的某些共同的生物学特征也作了描述。 展开更多

关键词 生物制氢 发酵微生物 产氢细菌 16S rdna全序列 系统发育树

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原尾纲高级阶元系统学的分子佐证

11

作者 栾云霞 尹文英 +2 位作者 付荣恕 谢荣栋 杨毅明 《自然科学进展》 北大核心 2005年第6期678-683,共6页

作为一类重要的低等六足动物,原尾虫的系统学仍然存在争议,文中测定分析了10种原尾虫(涉及蚖目、古蚖目和华蚖目3大类群的6科9属)的18SrDNA全序列(约2000bp)和28SrDNA部分序列(约400bp).以跳虫和双尾虫的代表物种作为外群,采用最大简约... 作为一类重要的低等六足动物,原尾虫的系统学仍然存在争议,文中测定分析了10种原尾虫(涉及蚖目、古蚖目和华蚖目3大类群的6科9属)的18SrDNA全序列(约2000bp)和28SrDNA部分序列(约400bp).以跳虫和双尾虫的代表物种作为外群,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和Bayesian分析(BI)构建了分子系统树,所获结果显著支持原尾虫的单系性;支持蚖目和古蚖目的单系性;华蚖科和富蚖科位于蚖目和古蚖目之外,并且两科各自独立, 展开更多

关键词 系统学 原尾纲 28Srdna rdna全序列 高级 最大简约法 分子系统树 最大似然法 原尾虫 测定分析 单系性 双尾虫 18S 动物 物种

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