旨在利用竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(competitive allele specific PCR,KASP)技术,探讨水牛分子身份证构建的方法,为今后水牛品种精准鉴定及其品种资源的保护等提供技术支撑。基于水牛基因组重测序获得单核苷酸多态性(SNP)位...旨在利用竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(competitive allele specific PCR,KASP)技术,探讨水牛分子身份证构建的方法,为今后水牛品种精准鉴定及其品种资源的保护等提供技术支撑。基于水牛基因组重测序获得单核苷酸多态性(SNP)位点信息,筛选合适SNP位点,通过转化标记获得可用于分子身份证构建的SNP位点,进行遗传多样性、群体结构分析,并分别使用二进制和十进制构建14个水牛品种的DNA分子身份证。结果:基于前期研究的10头不同水牛品种基因组重测序数据,筛选获得284个在不同种间有差异且品种内一致的SNPs位点,在40个水牛样本中测序并结合桑格(Sanger)测序验证获得的60个SNPs位点,6个位点未能正常分型,转化成功率为90%,有效等位基因(Ne)平均值为1.522,香农信息指数(SHA)平均值为0.503,观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)平均值分别为0.182和0.328,多态性信息含量值(PIC)平均值为0.269;除去20个在部分水牛品种中位点缺失的SNPs位点,应用34个SNPs位点进行群体遗传结构分析表明14个水牛品种分为2个类群,其中槟榔江水牛、尼里/拉菲水牛和摩拉水牛的遗传距离与其他11种水牛的较远,同为1个类群;最终根据34个SNPs位点构建了14个水牛品种的分子身份证。综上,应用KASP技术并结合遗传多样性和群体结构分析,成功开发出能精准区分全部供试水牛品种的34个SNPs位点,并构建了14个水牛品种具有唯一性的二进制和十进制分子身份证,说明此方法可有效构建水牛分子身份证。展开更多
分子标记是遗传研究的基础工具,广泛应用于遗传多样性研究、种质鉴定、遗传图谱构建和基因定位等领域。本研究利用Barley SNP 50K芯片对遗传背景来源广泛的大麦核心资源进行SNP检测,筛选出一系列多态性高的SNP位点,并开发出124个KASP分...分子标记是遗传研究的基础工具,广泛应用于遗传多样性研究、种质鉴定、遗传图谱构建和基因定位等领域。本研究利用Barley SNP 50K芯片对遗传背景来源广泛的大麦核心资源进行SNP检测,筛选出一系列多态性高的SNP位点,并开发出124个KASP分子标记。利用43份不同地理来源的大麦种质检测其有效性,初步筛选出56个KASP标记;以最小等位基因频率≥0.40、多态信息含量≥0.45为标准挑选18个高质量的KASP标记并用于绘制98份江苏省大麦品种的系统发育树,结果显示这18个KASP标记能够将具有相同地理来源及亲缘关系近的大麦材料聚为一类,表明上述KASP标记在大麦品种鉴定、大麦资源亲缘关系分析以及群体划分方面具有一定的指导意义和应用价值。同时构建了98份江苏大麦品种的SNP指纹图谱,验证了KASP技术在我国大麦品种鉴定中的可行性。开发的KASP标记能够准确、快速鉴定大麦品种,有助于大麦种质资源的科学规范管理和遗传多样性研究。展开更多
本研究利用10种与表型性状有关的44个高通量KASP(Kompetitive allele specific PCR)分型标记技术,检测了117份新疆小麦地方品种的表型、品质、面粉色泽、籽粒蛋白质含量、粒重、抗逆、抗病等相关基因。结果表明,Ppd-D1光周期位点检测到...本研究利用10种与表型性状有关的44个高通量KASP(Kompetitive allele specific PCR)分型标记技术,检测了117份新疆小麦地方品种的表型、品质、面粉色泽、籽粒蛋白质含量、粒重、抗逆、抗病等相关基因。结果表明,Ppd-D1光周期位点检测到非敏感材料116份。春化、矮杆基因位点检测中,冬性材料比例97%以上,矮化基因比例96%以上。Glu-A3和Glu-B3的标记检测中,高筋材料的比例仅占1%。有利等位基因Psy-B1中被检测出低黄色素材料,占95.7%;Pds-B1和Psy-A1基因中,以高黄色素材料为主。NAMA1检测出品质相关A1b、A1d类型材料116份。GCP_DUP标记鉴定携带低分子量谷蛋白亚基的材料占97%以上。抗病相关基因中,以抗叶锈病的材料为主。113份材料检测为抗穗发芽类型。展开更多
目前,我国工业大麻种质资源的分子筛选和分子鉴定主要依赖于AFLP、SSR和重测序等方法,缺乏快速、准确、直观的分子标记体系,开发竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Al-lele Specific PCR,KASP)标记集及其检测体系具有良好的应用前景...目前,我国工业大麻种质资源的分子筛选和分子鉴定主要依赖于AFLP、SSR和重测序等方法,缺乏快速、准确、直观的分子标记体系,开发竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Al-lele Specific PCR,KASP)标记集及其检测体系具有良好的应用前景。研究首先基于大麻素B位点基因多态性成功开发了1个特异性KASP位点,能够准确区分大麻种质资源中的低毒型、高毒型和中间型三种化学型;随后基于来自95份不同大麻种质资源的全基因组重测序SNP数据,总共开发了32个高质量的核心KASP标记。验证表明,该33个KASP标记集及其检测体系可以应用于工业大麻辅助育种、工业大麻品种分子鉴别和指纹图库构建等,丰富了工业大麻分子标记类型和方法。展开更多
文摘旨在利用竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(competitive allele specific PCR,KASP)技术,探讨水牛分子身份证构建的方法,为今后水牛品种精准鉴定及其品种资源的保护等提供技术支撑。基于水牛基因组重测序获得单核苷酸多态性(SNP)位点信息,筛选合适SNP位点,通过转化标记获得可用于分子身份证构建的SNP位点,进行遗传多样性、群体结构分析,并分别使用二进制和十进制构建14个水牛品种的DNA分子身份证。结果:基于前期研究的10头不同水牛品种基因组重测序数据,筛选获得284个在不同种间有差异且品种内一致的SNPs位点,在40个水牛样本中测序并结合桑格(Sanger)测序验证获得的60个SNPs位点,6个位点未能正常分型,转化成功率为90%,有效等位基因(Ne)平均值为1.522,香农信息指数(SHA)平均值为0.503,观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)平均值分别为0.182和0.328,多态性信息含量值(PIC)平均值为0.269;除去20个在部分水牛品种中位点缺失的SNPs位点,应用34个SNPs位点进行群体遗传结构分析表明14个水牛品种分为2个类群,其中槟榔江水牛、尼里/拉菲水牛和摩拉水牛的遗传距离与其他11种水牛的较远,同为1个类群;最终根据34个SNPs位点构建了14个水牛品种的分子身份证。综上,应用KASP技术并结合遗传多样性和群体结构分析,成功开发出能精准区分全部供试水牛品种的34个SNPs位点,并构建了14个水牛品种具有唯一性的二进制和十进制分子身份证,说明此方法可有效构建水牛分子身份证。
文摘分子标记是遗传研究的基础工具,广泛应用于遗传多样性研究、种质鉴定、遗传图谱构建和基因定位等领域。本研究利用Barley SNP 50K芯片对遗传背景来源广泛的大麦核心资源进行SNP检测,筛选出一系列多态性高的SNP位点,并开发出124个KASP分子标记。利用43份不同地理来源的大麦种质检测其有效性,初步筛选出56个KASP标记;以最小等位基因频率≥0.40、多态信息含量≥0.45为标准挑选18个高质量的KASP标记并用于绘制98份江苏省大麦品种的系统发育树,结果显示这18个KASP标记能够将具有相同地理来源及亲缘关系近的大麦材料聚为一类,表明上述KASP标记在大麦品种鉴定、大麦资源亲缘关系分析以及群体划分方面具有一定的指导意义和应用价值。同时构建了98份江苏大麦品种的SNP指纹图谱,验证了KASP技术在我国大麦品种鉴定中的可行性。开发的KASP标记能够准确、快速鉴定大麦品种,有助于大麦种质资源的科学规范管理和遗传多样性研究。
文摘本研究利用10种与表型性状有关的44个高通量KASP(Kompetitive allele specific PCR)分型标记技术,检测了117份新疆小麦地方品种的表型、品质、面粉色泽、籽粒蛋白质含量、粒重、抗逆、抗病等相关基因。结果表明,Ppd-D1光周期位点检测到非敏感材料116份。春化、矮杆基因位点检测中,冬性材料比例97%以上,矮化基因比例96%以上。Glu-A3和Glu-B3的标记检测中,高筋材料的比例仅占1%。有利等位基因Psy-B1中被检测出低黄色素材料,占95.7%;Pds-B1和Psy-A1基因中,以高黄色素材料为主。NAMA1检测出品质相关A1b、A1d类型材料116份。GCP_DUP标记鉴定携带低分子量谷蛋白亚基的材料占97%以上。抗病相关基因中,以抗叶锈病的材料为主。113份材料检测为抗穗发芽类型。
文摘目前,我国工业大麻种质资源的分子筛选和分子鉴定主要依赖于AFLP、SSR和重测序等方法,缺乏快速、准确、直观的分子标记体系,开发竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Al-lele Specific PCR,KASP)标记集及其检测体系具有良好的应用前景。研究首先基于大麻素B位点基因多态性成功开发了1个特异性KASP位点,能够准确区分大麻种质资源中的低毒型、高毒型和中间型三种化学型;随后基于来自95份不同大麻种质资源的全基因组重测序SNP数据,总共开发了32个高质量的核心KASP标记。验证表明,该33个KASP标记集及其检测体系可以应用于工业大麻辅助育种、工业大麻品种分子鉴别和指纹图库构建等,丰富了工业大麻分子标记类型和方法。
