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磁珠法半自动提取全血基因组DNA条件的优化 被引量:14
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作者 凌洁 王昊 +3 位作者 张帅 张丹丹 来茂德 朱益民 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期320-326,共7页
目的:探讨磁珠法提取基因组DNA的影响因素,建立快速、高效、批量提取全血基因组DNA的优化方案。方法:使用磁珠法核酸自动提取系统从全血中提取基因组DNA,紫外分光光度计测定DNA浓度和纯度。采用正交试验设计分析裂解时间、全血量、磁珠... 目的:探讨磁珠法提取基因组DNA的影响因素,建立快速、高效、批量提取全血基因组DNA的优化方案。方法:使用磁珠法核酸自动提取系统从全血中提取基因组DNA,紫外分光光度计测定DNA浓度和纯度。采用正交试验设计分析裂解时间、全血量、磁珠量和乙醇浓度4个因素的主效应和全血量与裂解时间、磁珠量,裂解时间与磁珠量的二阶交互作用对所提取DNA浓度和纯度的影响。结果:裂解时间、全血量、磁珠量和乙醇浓度4个主效应对DNA浓度的影响均存在统计学差异(P<0.05),当裂解时间为15 min,全血量为100μl,磁珠量为80μl,乙醇浓度为80%时,DNA平均浓度最高。磁珠量、裂解时间和全血量的交互作用对DNA OD260/OD280的比值有影响(P=0.008和P=0.013)。当磁珠量为40μl,裂解时间为15 min,全血量为100μl时,OD260/OD280的比值较好。磁珠量和乙醇浓度影响DNA OD260/OD230的比值(P=0.017和P<0.05),磁珠量为40μl,乙醇浓度为80%时,OD260/OD230的比值更好。结论:当DNA得率优先考虑时,可以选择裂解时间15 min、全血量100μl、磁珠量80μl、乙醇浓度80%的提取条件;而对DNA纯度要求较高时,可以将磁珠量改为40μl,以获得最优DNA提取效果。 展开更多
关键词 自动化 磁石 dna/分离和提纯 血液 基因组文库 正交试验 乙醇 细胞 培养的
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两种微量DNA提取方法的比较 被引量:3
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作者 张萱 王珍琦 +4 位作者 史杰萍 赵景春 于雅琴 刘树铮 尉军 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期636-639,共4页
目的:比较PromegaWizardGenomicDNA纯化试剂盒(PWGDPK)和国产星普液体微量DNA提取试剂盒(SLDPK)提取DNA的效果,探讨从冷冻保存的人外周血中提取基因组DNA的最佳方案。方法:采用反复冻融3次并在-20℃冻存1年的12例健康成人外周血样品,分... 目的:比较PromegaWizardGenomicDNA纯化试剂盒(PWGDPK)和国产星普液体微量DNA提取试剂盒(SLDPK)提取DNA的效果,探讨从冷冻保存的人外周血中提取基因组DNA的最佳方案。方法:采用反复冻融3次并在-20℃冻存1年的12例健康成人外周血样品,分别应用两种试剂盒提取基因组DNA,并采用吸收光谱法、琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增等方法分别对提取的基因组DNA进行对比鉴定。结果:PWGDPK提取的DNA浓度为15.0~130.0mg·L-1[(74.8±39.3)mg·L-1],而SLDPK为15.5~37.0mg·L-1[(26.6±6.2)mg·L-1],前者显著高于后者(t=4.119,df=11,P<0.005)。但两种试剂盒提取的基因组DNA纯度都不高,大多数样品A260/A280比值偏离了1.8~2.0范围。PWGDPK提取的12个基因组DNA样品,琼脂糖凝胶电泳后都可见电泳带,9个条带较深,3个条带较浅。SLDPK提取的样品中,只有7个可见较浅的电泳带。应用两种试剂盒提取的12个基因组DNA样品作为模板进行PCR反应后,在rs1171558SNP位点均有11个样品(91.7%)获得目的片段;在rs2248745SNP位点,应用SLDPK只有4个样品(33.3%)获得目的片段,应用PWGDPK有10个样品(83.3%)获得目的片段,后者明显优于前者。结论:PWGDPK比SLDPK更适合于从长期冷冻保存且反复冻融过的全血中提取基因组DNA。 展开更多
关键词 dna/分离和提纯 聚合酶链反应 基因组
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一种简单、快速提取乙肝病毒DNA的方法 被引量:2
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作者 罗心静 徐克前 《医学临床研究》 CAS 2004年第8期938-939,共2页
关键词 dna 病毒/分离和提纯 肝炎病毒 乙型
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甲基化特异性PCR技术的质量控制及改进 被引量:1
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作者 顾立萍 刘斌 +5 位作者 邢传平 黄小玲 高自芳 苏勤军 钱震 董亮 《第四军医大学学报》 北大核心 2008年第18期1648-1651,共4页
目的:改进甲基化特异性PCR(MSP)技术并控制实验质量.方法:采用改进的MSP法检测正常胃粘膜及胃癌组织中caveolin-1基因的甲基化状况.运用饱和酚-氯仿抽提法提取DNA,其中石蜡包埋组织连续切片厚度为8μm;采用热启动PCR:反应体系为25μL、... 目的:改进甲基化特异性PCR(MSP)技术并控制实验质量.方法:采用改进的MSP法检测正常胃粘膜及胃癌组织中caveolin-1基因的甲基化状况.运用饱和酚-氯仿抽提法提取DNA,其中石蜡包埋组织连续切片厚度为8μm;采用热启动PCR:反应体系为25μL、变性温度设定为95.5℃、循环数设定为30.结果:新鲜组织较石蜡包埋组织更适于MSP实验,但福尔马林固定石蜡包埋组织同样可用于MSP实验,并且8μm厚的石蜡包埋组织能获得较完整的DNA链.热启动PCR效果良好:25μL体系敏感性优于50μL体系,95.5℃可以使含CpG岛的DNA链解链更完全,30个循环足以扩增小于150bp的目的片段.结论:采用改进的MSP技术,可获得较好的DNA模板,提高实验的灵敏度和成功率,更适于甲基化的研究. 展开更多
关键词 甲基化 聚后酶链反应 dna/分离和提纯 胃肿瘤
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膜式液基细胞学结合HPV—DNA检测在子宫颈病变筛查中的应用 被引量:8
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作者 邓志勇 李海 +5 位作者 陈芳 丁敏 姚丽倩 陈金珍 陆瑛 陈益 《中国医师杂志》 CAS 2010年第3期416-417,共2页
目的探讨膜式液基细胞学及HPV—DNA检测结果的相关性,评价两种方法在宫颈早期病变筛查中的应用价值。方法回顾性分析439例同时进行膜式液基细胞学及HPV—DNA检测结果。结果439例样本中HPV.DNA检测阳性者154例(35.1%),膜式液基细... 目的探讨膜式液基细胞学及HPV—DNA检测结果的相关性,评价两种方法在宫颈早期病变筛查中的应用价值。方法回顾性分析439例同时进行膜式液基细胞学及HPV—DNA检测结果。结果439例样本中HPV.DNA检测阳性者154例(35.1%),膜式液基细胞学结果阳性者163例(37.1%);两者均为阳性者65例(14.8%);二者差异无统计学意义(P〉0.05),TCT结果的异常程度与HPV的感染数量差异无统计学意义(P〉0.05)。结论膜式液基细胞学及HPV-DNA检测方法在宫颈早期病变的筛查中不能相互替代或相互验证;但两种方法联合应用可提高阳性检出率(73.9%)。 展开更多
关键词 细胞诊断学/方法 乳头状瘤病毒科/分离和提纯 dna 病毒/分离和提纯 宫颈疾病/诊断
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PCR-RDB技术快速检测儿童急性呼吸道感染DNA病毒的研究
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作者 田海清 曾跃红 +1 位作者 王新华 周勇军 《中国医师杂志》 CAS 2015年第1期45-47,51,共4页
目的建立多重PCR反向斑点杂交方法(PCR-RDB)技术快速检测儿童急性呼吸道感染DNA病毒,以便及时监测并快速诊断急性病毒性呼吸道感染。方法参照国家生物技术信息中心(NCBI)数据库病毒核酸序列设计多重PCR引物和探针,将特异的寡核苷... 目的建立多重PCR反向斑点杂交方法(PCR-RDB)技术快速检测儿童急性呼吸道感染DNA病毒,以便及时监测并快速诊断急性病毒性呼吸道感染。方法参照国家生物技术信息中心(NCBI)数据库病毒核酸序列设计多重PCR引物和探针,将特异的寡核苷酸探针固定于尼龙膜上。利用多重PCR对人博卡病毒(hBOV)、KI多瘤病毒(KI)、腺病毒(AdV)、WU多瘤病毒(WUPyV)、人细小病毒B19(HPVB19)等5种DNA病毒进行扩增,扩增产物变性后与各特异性探针进行杂交、显色并分析结果,并对其敏感性、特异性进行测试。同时通过反向斑点杂交检测108例临床标本的多重PCR产物,并与培养法结果做对比分析。结果建立的多重PCR—RDB方法各特异探针只相应扩增产物杂交,与其他病原体无交叉反应,敏感性达1 CFU。108例临床咽拭子标本PCR—RDB方法共筛选出阳性37例(34.26%),高于临床常规检测方法的30例(27.78%)。结论应用多重PCR-RDB技术可简便、快速、准确地检测儿童急性呼吸道感染DNA病毒,具有很好的临床应用前景。 展开更多
关键词 dna病毒/分离和提纯 dna病毒/遗传学 dna病毒/致病力 呼吸道感染/病毒学 呼吸道感染/遗传学 聚合酶链反应 基因扩增 核酸探针 儿童
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