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行动网络视域下乡村治理共同体构建的机制研究——基于湖北省D村的工作实践 被引量:1
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作者 方伶俐 彭宜红 胡梓瑜 《农林经济管理学报》 北大核心 2025年第1期139-147,共9页
基于行动者网络理论构建“搭建-拓展”分析框架,以湖北省D村“共同缔造”试点工作为样本,运用质性分析方法对D村治理共同体的形成过程进行解析,梳理各行动者在乡村治理共同体的角色与作用。结果表明:乡村治理共同体是在核心行动者主导下... 基于行动者网络理论构建“搭建-拓展”分析框架,以湖北省D村“共同缔造”试点工作为样本,运用质性分析方法对D村治理共同体的形成过程进行解析,梳理各行动者在乡村治理共同体的角色与作用。结果表明:乡村治理共同体是在核心行动者主导下,通过行动者网络“关系重塑-利益联结-动态调适”实现异质行动者行动一致的治理样态,其关键在于核心行动者借助行动者网络联盟创造公共价值,以高度的利益关联和情感联结夯实乡村治理共同体的基础,以持续的动态调适保障乡村治理共同体的长效。据此,建议通过核心行动者构建异质行动者网络、多维度满足异质行动主体利益诉求、动态调整行动主体及其目标等途径构建乡村治理共同体。 展开更多
关键词 乡村治理共同体 共同缔造 公共价值 行动者网络
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纤维肌痛综合征生物标记物的筛选及免疫细胞浸润分析
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作者 刘雅妮 杨静欢 +5 位作者 陆慧慧 易玉芳 李智翔 欧阳福 吴璟莉 魏兵 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第5期1091-1100,共10页
背景:纤维肌痛综合征作为常见风湿病,其发病与中枢敏化及免疫异常有关,但具体过程尚未阐明,缺乏特异性诊断标志物,不断探索该病的发病机制具有重要的临床意义。目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)等生物信息学方法和机器学习算法... 背景:纤维肌痛综合征作为常见风湿病,其发病与中枢敏化及免疫异常有关,但具体过程尚未阐明,缺乏特异性诊断标志物,不断探索该病的发病机制具有重要的临床意义。目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)等生物信息学方法和机器学习算法筛选纤维肌痛综合征潜在的诊断相关标志基因,并分析其免疫细胞浸润特征。方法:对来自基因表达综合数据库(GEO)的纤维肌痛综合征数据集转录谱进行差异分析和WGCNA分析,整合筛选出差异共表达基因,进一步采用机器学习套索回归(LASSO)算法、支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)机器学习算法来识别核心生物标志物,并绘制受试者工作特征(ROC)曲线以评估诊断价值。最后,采用单样本基因集富集分析(ssGSEA)和基因集富集分析(GSEA)评估纤维肌痛综合征的免疫细胞浸润情况及通路富集。结果与结论:①对GSE67311数据集按照log2|(FC)|>0,P<0.05的条件进行差异分析后获得8个下调的差异表达基因;进行WGCNA分析后获得正相关性最高(r=0.22,P=0.04)的模块(MEdarkviolet)内含基因497个,负相关性最高(r=-0.41,P=6×10-5)的模块(MEsalmon2)内含基因19个;将差异表达基因与WGCNA的2个高相关性模块基因取交集,获得7个基因。②对上述7个基因进行LASSO回归算法筛选出4个基因,进行SVM-RFE机器学习算法筛选出5个基因,两者取交集后确定了3个核心基因,分别为重组1号染色体开放阅读框150蛋白(germinal center associated signaling and motility like,GCSAML)、整合素β8(Integrin beta-8,ITGB8)和羧肽酶A3(carboxypeptidase A3,CPA3);绘制3个核心基因的ROC曲线下面积分别为0.744,0.739,0.734,提示均具有很好的诊断价值,可作为纤维肌痛综合征的生物标志物。③免疫浸润分析结果显示,与对照组相比纤维肌痛综合征患者记忆B细胞、CD56 bright NK细胞和肥大细胞显著下调(P<0.05),且与上述3个生物标志物显著正相关(P<0.05)。④富集分析结果提示,纤维肌痛综合征的富集途径包括9条,主要与嗅觉传导、神经活性配体-受体相互作用及感染等通路密切相关。⑤上述结果显示,纤维肌痛综合征的发生发展与多基因参与、免疫调节异常及多个通路失调有关,但这些基因与免疫细胞之间的相互作用,以及它们与各通路之间的关系尚需进一步研究。 展开更多
关键词 纤维肌痛综合征 生物信息学 机器学习 免疫浸润 加权基因共表达网络分析 套索回归 支持向量机递归特征消除算法 单样本基因集富集分析 基因集富集分析
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整合分析构建基于增强子的非小细胞肺癌预后风险模型
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作者 张伟国 陆秀宏 +2 位作者 黄钢 靳明明 程云章 《中国医学物理学杂志》 2025年第1期112-121,共10页
目的:通过整合DNA甲基组数据和转录组数据构建基于增强子的非小细胞肺癌预后风险模型。方法:使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)从甲基化差异位点的增强子中识别非小细胞肺癌相关基因。并基于转录组数据通过LASSO-Cox回归算法构建并验... 目的:通过整合DNA甲基组数据和转录组数据构建基于增强子的非小细胞肺癌预后风险模型。方法:使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)从甲基化差异位点的增强子中识别非小细胞肺癌相关基因。并基于转录组数据通过LASSO-Cox回归算法构建并验证预后风险模型。结果:基于非小细胞肺癌的DNA甲基组数据分析获得了19784个差异甲基化位点,并对其分布模式进行了表征,其中包括6089个差异甲基化增强子位点。WGCNA从这6089个位点筛选出79个和非小细胞肺癌高度相关的增强子位点。基于转录组数据通过LASSO-Cox回归对79个增强子位点靶基因分析,构建10个基因的预后风险模型。在训练集和验证集中分析3年、5年和10年时间依赖的受试者工作特征曲线下面积(AUC)来评估预后风险模型。结果显示,训练集和验证集中的3年、5年和10年AUC均大于0.7。最后构建预测非小细胞肺癌患者3、5、10年生存情况的列线图。结论:本研究为理解增强子在非小细胞肺癌中的作用提供了新的见解,并具有通过指导个性化治疗决策来改善患者预后的潜力。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 增强子 甲基化 加权基因共表达网络分析 预后
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浙江省科技创新政策文本分析:2000—2022
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作者 沈漪文 卢智健 《科技创新与生产力》 2025年第1期18-22,共5页
通过对浙江省2000—2022年颁布的科技创新政策进行文本分析,探讨了其在不同阶段的特征和政策关注重点。利用词频分析和共词网络分析方法,研究发现浙江省科技创新政策的关注重点已从最初的单一科技项目和企业合作,逐步向更加多元化的科... 通过对浙江省2000—2022年颁布的科技创新政策进行文本分析,探讨了其在不同阶段的特征和政策关注重点。利用词频分析和共词网络分析方法,研究发现浙江省科技创新政策的关注重点已从最初的单一科技项目和企业合作,逐步向更加多元化的科技创新、产业发展、法规建设、人才培养等方面转变,其科技创新政策日渐成熟,更强调构建完善的科技创新生态系统。基于分析结果,提出加强政策执行效果监督评估、进一步细化政策内容、加强政策宣传解读、优化政策体系等建议,旨在推动浙江省科技创新事业持续健康发展。 展开更多
关键词 科技创新政策 文本分析 词频分析 共词网络分析 浙江
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柚木林下套种草豆蔻对土壤真菌群落的影响 被引量:2
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作者 王先棒 林明平 +4 位作者 李锦红 李昆亮 韩强 何汶椿 黄桂华 《华南农业大学学报》 北大核心 2025年第1期106-114,共9页
【目的】柚木Tectona grandis是热带珍贵树种之一,生长周期长,与药用植物套种是一种额外获得短期收益、达到“以短养长”的方法。因土壤微生物群落在土壤健康和质量方面有着重要作用,本文旨在探明柚木套种药用植物对土壤微生物群落的结... 【目的】柚木Tectona grandis是热带珍贵树种之一,生长周期长,与药用植物套种是一种额外获得短期收益、达到“以短养长”的方法。因土壤微生物群落在土壤健康和质量方面有着重要作用,本文旨在探明柚木套种药用植物对土壤微生物群落的结构和功能影响,为柚木人工林科学经营和绿色发展提供理论参考。【方法】以柚木林下套种草豆蔻Alpinia katsumadai为研究对象,未套种草豆蔻的柚木为对照,通过采集两者根际土壤,利用高通量测序技术分析其真菌群落特征,从多样性指数、群落结构和组成、共现性网络来分析林药套种下土壤真菌群落的变化及差异。【结果】柚木套种草豆蔻处理相比未套种的土壤真菌群落多样性无显著变化,多样性指数(Chao1、Shannon、Observed_species和PD_whole_tree)差异不显著;但群落结构有显著不同,非度量多维尺度(NMDS)分析和主成分(PCA)分析显示柚木套种草豆蔻与未套种处理群落组成分离明显,线性判别分析(LEfSe)显示两者富集最多的类群不同;套种处理土壤真菌网络结构更加集中和复杂(网络节点数和正向边比例上升,模块化指数增加),子囊菌门和担子菌门分别为套种和未套种土壤真菌群落的中心响应类群。【结论】柚木林下套种草豆蔻对土壤真菌群落结构有显著影响,套种草豆蔻提升了柚木根际真菌群落的网络复杂性和集中程度,形成了更紧密的土壤微生物环境,研究结果可从微生物角度为柚木人工林套种及提升生产力提供理论指导。 展开更多
关键词 林药套种 真菌 群落结构 柚木 共现性网络
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绿色技术跨界融合网络结构特征及应用演化研究
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作者 李丫丫 程冉 《科技与经济》 2025年第1期11-15,共5页
绿色技术是多学科交叉融合的领域,识别绿色技术融合的网络结构与演化规律至关重要。基于2001—2020年中国1 541 824项绿色专利数据,综合运用专利技术共现分析、社会网络分析、机器学习3种方法,从技术和应用双层面识别绿色技术跨界融合... 绿色技术是多学科交叉融合的领域,识别绿色技术融合的网络结构与演化规律至关重要。基于2001—2020年中国1 541 824项绿色专利数据,综合运用专利技术共现分析、社会网络分析、机器学习3种方法,从技术和应用双层面识别绿色技术跨界融合网络结构特征与应用演化过程。研究发现:绿色技术是多学科技术跨界融合的新兴领域,且融合宽度及深度不断拓展。在技术层面,绿色技术跨界融合呈网络形态,且具有“核心-边缘”结构。绿色技术发展是技术跨界融合到产业应用的过程,呈现阶段性特征,且融合应用领域不断拓宽,并逐渐向“低碳化+信息化”方向发展。从技术与应用双层面刻画绿色技术跨界融合的结构与应用领域动态演化,以期丰富技术融合相关研究,并为企业绿色技术创新实践提供决策参考。 展开更多
关键词 绿色技术融合 技术共现 社会网络分析 机器学习 应用演化
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BDD-DETR:高效感知小目标的锂电池表面缺陷检测
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作者 邢远秀 刘颛玮 +1 位作者 邢玉峰 王文波 《储能科学与技术》 北大核心 2025年第1期370-379,共10页
针对锂电池外壳端面缺陷尺度和形状差异大而导致小目标缺陷识别困难等问题,提出BDD-DETR(battery defects detection-detection transformer)的锂电池表面缺陷检测算法。BDD-DETR架构在通用的特征提取模块和检测头模块间融入全新的模块... 针对锂电池外壳端面缺陷尺度和形状差异大而导致小目标缺陷识别困难等问题,提出BDD-DETR(battery defects detection-detection transformer)的锂电池表面缺陷检测算法。BDD-DETR架构在通用的特征提取模块和检测头模块间融入全新的模块特征感知与融合网络,通过自适应特征感知模块和特征融合路径从多个方向融合网络的深层与浅层特征,增强关键特征信息响应并抑制冗余特征,进一步提升模型多尺度特征融合能力和小目标感知能力;此外,为了减小缺陷边界框回归时的距离偏差和形状偏差,采用Shape IoU(shape intersection over union)损失函数训练网络模型。实验结果表明,在构建的锂电池端面缺陷数据集上,与CoDETR(collaborative-detection transformer)比较,BDD-DETR平均精度提升了3.7%,小尺度目标检测精度提升了8.9%,平均召回率提升了1.1%,在锂电池的小目标缺陷检测性能上优于目前一些先进的目标检测方法。 展开更多
关键词 锂离子电池 缺陷检测 Co-DETR 特征感知与融合网络 Shape IoU损失
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加权共表达网络分析与机器学习识别类风湿关节炎滑膜中的关键基因 被引量:1
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作者 武英楷 史高龙 谢宗刚 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第2期294-301,共8页
背景:类风湿关节炎是一种全身的免疫相关性疾病,主要病理特点是关节滑膜炎性增生及关节软骨的破坏,其发病机制目前尚不明确,迫切需要发现新的具有高度敏感性和特异性的诊断标志物。目的:联合使用生物信息学技术及计算机学习算法,识别并... 背景:类风湿关节炎是一种全身的免疫相关性疾病,主要病理特点是关节滑膜炎性增生及关节软骨的破坏,其发病机制目前尚不明确,迫切需要发现新的具有高度敏感性和特异性的诊断标志物。目的:联合使用生物信息学技术及计算机学习算法,识别并筛选类风湿关节炎患者滑膜中的关键基因,构建类风湿关节炎预测模型并进行验证。方法:从基因表达综合数据库中下载3个包含类风湿关节炎患者滑膜的数据集(GSE77298、GSE55235、GSE55457),GSE77298和GSE55235作为训练集,GSE55457作为测试集,共纳入66个样本,其中类风湿关节炎患者滑膜样本39个,正常滑膜样本27个。应用R语言筛选训练集中的差异基因,然后使用加权共表达网络将训练集中的基因模块化,选出关键模块中的特征基因,将差异表达基因和特征基因取交集,交集基因进入下一步机器学习。采用3种机器学习方法:最小绝对值收敛和选择算子算法、支持向量机-递归特征消除和随机森林算法对交集基因进一步分析获得枢纽基因,将枢纽基因再次相交即得到类风湿关节炎滑膜中的关键基因。以关键基因为变量构建预测类风湿关节炎的列线图模型,推测患者发生类风湿关节炎的危险程度,使用受试者工作特征曲线确定类风湿关节炎预测模型及其关键基因的诊断价值。结果与结论:①通过差异分析,训练集中共筛选出差异基因730个,加权共表达网络分析得到特征基因185个,两者交集基因159个;②最小绝对值收敛和选择算子发现枢纽基因4个,支持向量机-递归特征消除发现枢纽基因11个,随机森林发现枢纽基因5个,取交集后获得关键基因2个(TNS3、SDC1);③基于2个关键基因,在训练集及测试集种构建列线图,其校准预测曲线与标准曲线贴合较好,且预测类风湿关节炎发生的临床效能良好;④上述结果证实,基于生物信息及机器学习算法获得的TNS3和SDC1有可能成为类风湿关节炎诊断和治疗的关键靶点。 展开更多
关键词 加权基因共表达网络 机器学习算法 类风湿关节炎 关键基因 预测模型
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木质素对烤烟农艺性状和土壤微生物群落的影响
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作者 冯华奇 宋阿琳 +12 位作者 沈晗 汤朝起 弯润其 王恩召 毕晶晶 孙苗苗 魏步青 曾文龙 林智慧 黄富嵩 林水良 薛飞燕 范分良 《中国土壤与肥料》 北大核心 2025年第1期151-162,共12页
研究木质素对烤烟生长和土壤微生物的影响,为木质素的资源化利用提供参考。采用烤烟盆栽试验,添加土壤重量2‰和5‰的木质素作为处理组(L2和L3),并以不添加木质素作为对照处理(L1),在测定烤烟农艺性状和土壤pH的基础上,结合高通量测序... 研究木质素对烤烟生长和土壤微生物的影响,为木质素的资源化利用提供参考。采用烤烟盆栽试验,添加土壤重量2‰和5‰的木质素作为处理组(L2和L3),并以不添加木质素作为对照处理(L1),在测定烤烟农艺性状和土壤pH的基础上,结合高通量测序和共现网络分析的方法,研究木质素对烤烟生长和土壤微生物的影响,并使用FAPROTAX数据库和FUNGuild进行细菌和真菌功能组进行分析。结果显示:与L1处理相比,L2和L3处理烤烟的株高分别增加了10.1%和15.6%,上部烟叶长分别增加了6.9%和12.2%;成熟前期L2和L3处理土壤的pH显著降低了0.38。Alpha多样性分析和PCoA分析表明,木质素添加对土壤微生物多样性指数(Shannon index)、丰富度指数(Chao1 index)和β多样性均无显著影响。门水平上微生物群落组成分析表明,木质素的加入显著减少了成熟前期拟杆菌门、芽单胞菌门和硝化螺旋菌门及上部烟叶成熟期酸杆菌门的相对丰度;真菌中明显增加了成熟前期和上部烟叶成熟期子囊菌门和担子菌门的相对丰度,减少了被孢霉门的相对丰度。微生物共现网络分析结果表明,木质素使土壤微生物共现网络的复杂性降低,并增加了细菌共现网络的稳定性、削弱了真菌群落之间的合作关系,同时木质素的添加使放线菌成为细菌共现网络的主导菌群之一。功能预测结果表明,木质素的添加均显著增加了硝酸盐呼吸作用和氮呼吸作用的相关基因丰度;显著降低了动物病原-内生-附生-真菌病菌-植物病原-木腐菌的基因相对丰度。相关性分析结果表明,Saccharibacteria genera incertae sedis,Gemmatimonas和Minutisphaera分别在不同时期与烤烟株高和上部叶叶长均存在正相关关系。总体上,木质素的添加改变了植烟土壤中微生物群落结构组成,其中Saccharibacteria genera incertae sedis,Gemmatimonas和Minutisphaera对烤烟株高和上部烟叶叶长的提高可能具有重要作用。 展开更多
关键词 木质素 烤烟 土壤微生物 共现网络 功能预测
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翅果油树脂肪酸合成的分子调控机制
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作者 李倩倩 胡晓艳 +3 位作者 冯宇奇 李昊炀 张建国 杜淑辉 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第1期91-100,共10页
翅果油树是重要的木本油料树种,其种仁中油酸、亚油酸等不饱和脂肪酸含量高,但目前翅果油树脂肪酸生物合成分子调控机制尚不清楚。以不同发育期翅果油树种仁为对象,采用气相色谱-质谱法(GC-MS)和转录组学方法,解析翅果油树种仁脂肪酸含... 翅果油树是重要的木本油料树种,其种仁中油酸、亚油酸等不饱和脂肪酸含量高,但目前翅果油树脂肪酸生物合成分子调控机制尚不清楚。以不同发育期翅果油树种仁为对象,采用气相色谱-质谱法(GC-MS)和转录组学方法,解析翅果油树种仁脂肪酸含量动态变化规律及其合成与调控机制。结果表明:发育末期不饱和脂肪酸占翅果油树种仁脂肪酸总量的90%以上。其中,油酸、亚油酸含量高达56.03、56.69 mg·g^(-1),分别占脂肪酸总量的42.35%、42.85%。转录组学分析表明:436个基因参与脂质代谢相关途径,其中178个基因直接参与脂肪酸生物合成,2735个基因参与碳水化合物代谢相关途径。加权基因共表达网络分析(WGCNA)结果表明,MEturquoise模块与油酸、亚油酸含量呈显著正相关(P<0.05)。共表达网络分析表明,转录因子EmWRI1是翅果油树脂肪酸生物合成的重要调控因子。 展开更多
关键词 翅果油树 油脂积累 加权基因共表达网络分析 共表达网络分析 转录因子EmWRI1
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不同类型基质对附着细菌定殖演替和群落结构的影响
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作者 黄颖婷 范薇 +8 位作者 赵恒 朱利明 刘一休 郑志伟 史方 邹曦 王开诚 朱稳 何姗 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第1期122-132,共11页
探讨不同类型基质对附着细菌定殖演替规律和群落结构特征的影响,为利用周丛生物技术开展水生态修复提供参考。通过原位实验,探究5种基质表面附着细菌的定殖演替规律和群落结构特征。结果表明:变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actino... 探讨不同类型基质对附着细菌定殖演替规律和群落结构特征的影响,为利用周丛生物技术开展水生态修复提供参考。通过原位实验,探究5种基质表面附着细菌的定殖演替规律和群落结构特征。结果表明:变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)、拟杆菌门(Bacteroidota)、厚壁菌门(Firmicutes)和蓝细菌门(Cyano-bacteria)是各基质表面附着细菌的主要组成类群,变形菌门在各基质表面都是最先定殖,蓝细菌门和拟杆菌门一般在8 d后才会逐渐成为优势类群,厚壁菌门一般在16 d后才成为优势类群;PCoA结果显示,实验前中期(4~16 d)各基质表面附着细菌群落结构差异显著,实验结束时(第20天)各基质表面附着细菌群落结构趋同,虽有差异但不显著,基质材料物化特性对附着细菌群落结构影响主要在细菌早期发育或定殖阶段;网络结构分析和FA-PROTAX功能预测结果表明,有机质类基质(竹子和木头)表面附着细菌群落共发生网络的复杂性、稳定性、传输性能和效率更高,网络节点间的关系更加密切;其细菌群落功能中的化能异养型和好氧化能异养型功能占比最高,消化分解水中有机物的能力更强。后期开展水生态修复时,应考虑多种类型基质相结合的模式。 展开更多
关键词 附着细菌 附着基质 定殖演替 共发生网络 群落结构
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长期运行厌氧氨氧化系统沿程不同形态污泥微生物群落结构及功能解析
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作者 闫冰 聂含冰 +4 位作者 付嘉琦 韩佩 易其臻 桂双林 夏嵩 《中国环境科学》 北大核心 2025年第2期1052-1062,共11页
为深入理解厌氧氨氧化系统沿程微生物群落特征,考察了长期运行的升流式厌氧污泥床(UASB)厌氧氨氧化系统沿程方向上不同形态污泥微生物群落多样性、结构、物种网络及功能特征.结果表明,厌氧氨氧化系统沿程方向上不同形态污泥An AOB基因... 为深入理解厌氧氨氧化系统沿程微生物群落特征,考察了长期运行的升流式厌氧污泥床(UASB)厌氧氨氧化系统沿程方向上不同形态污泥微生物群落多样性、结构、物种网络及功能特征.结果表明,厌氧氨氧化系统沿程方向上不同形态污泥An AOB基因丰度存在显著差异(P<0.05),底部颗粒污泥(KL)中An AOB基因丰度为2.12×1010copies/gVSS,显著高于系统沿程其它形态污泥(P<0.05);沿程方向上不同形态污泥微生物多样性存在显著差异(P<0.05),但未呈现出明显的变化规律.不同形态污泥优势菌门(相对丰度>1%)为绿弯菌门(Chloroflexi)、浮霉菌门(Planctomycetota)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)、酸杆菌门(Acidobacteriota)和放线菌门(Actinobacteriota),相对丰度排名前10的菌属为norank_f__norank_o__SBR1031、Candidatus_Kuenenia、norank_f__Anaerolineaceae、Nitrosomonas、Limnobacter、norank_f__PHOS-HE36、Denitratisoma、Denitratisoma和OLB13norank_f__A4b,相对丰度在不同样品间存在显著差异(P<0.05);沿程方向不同形态污泥微生物群落结构间存在显著差异(P=0.001).网络分析发现,不同形态污泥微生物网络结构和拓扑性质存在差异,其中沉淀池内絮状泥(CD)、出水管内生物膜(XK)的平均度和中心紧密度高于沿程其他样品,微生物群落间具有更紧密的关联性.PICRUSt2分析发现,与代谢相关的通路功能基因丰度明显大于其他功能基因丰度,并且沿程不同形态污泥间代谢功能基因丰度存在显著差异(P<0.05),氮素代谢功能基因hao相对丰度远高于norB,同时narG基因丰度是nirS丰度的20.8~733.9倍,系统内部分亚硝化和部分反硝化功能活跃.厌氧氨氧化系统沿程方向上不同形态污泥微生物群落存在明显的异质性特征,但未呈现出明显的规律性. 展开更多
关键词 厌氧氨氧化 污泥形态 微生物群落 共生网络 PICRUSt2软件
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基于语义加权网络的重点领域科学基金资助态势识别研究
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作者 王伟 梁继文 杨建林 《现代情报》 北大核心 2025年第1期46-59,111,共15页
[目的/意义]科学基金制度是各国(地区)提升科学研究水平的重要方式,准确识别科学基金的资助方向和资助成效是感知科技发展态势的关键。[方法/过程]为识别科学基金资助态势,在提出关键短语抽取规则后,利用语义相似度消除同、近义词的歧... [目的/意义]科学基金制度是各国(地区)提升科学研究水平的重要方式,准确识别科学基金的资助方向和资助成效是感知科技发展态势的关键。[方法/过程]为识别科学基金资助态势,在提出关键短语抽取规则后,利用语义相似度消除同、近义词的歧义影响,利用动态滑动窗口和语义相似度构建语义加权的词共现网络,并基于社团划分方法识别基金主题。在集成电路领域比较1812项中国国家自然科学基金和2807项美国国家科学基金的资助主题分布、资助力度变化和资助效果,该方法能够准确识别基金主题分布和资助成效。[结果/结论]中国国家自然科学基金和美国国家科学基金均涵盖了集成电路领域的主要研究主题,在重点资助方向和资助力度上有较大差异;中国国家自然科学基金资助的论文平均被引频次相对较低,受资助机构相对单一。 展开更多
关键词 科学基金 资助态势 社团划分 词共现网络 主题分析 集成电路
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太湖周边地下水中高硝酸盐负荷促进反硝化功能菌群富集
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作者 王卓群 陈扣平 +2 位作者 吴吉春 王保战 柳旭 《中国环境科学》 北大核心 2025年第1期477-486,共10页
反硝化功能菌群在降解硝态氮污染中发挥着重要作用,目前对其内部种间关系与硝酸盐负荷的联系仍了解有限.太湖周边地区地下水资源是重要的储备水源,但部分区域的地下水硝酸盐负荷超出了范围.本文以太湖周边地区14个不同硝酸盐浓度的地下... 反硝化功能菌群在降解硝态氮污染中发挥着重要作用,目前对其内部种间关系与硝酸盐负荷的联系仍了解有限.太湖周边地区地下水资源是重要的储备水源,但部分区域的地下水硝酸盐负荷超出了范围.本文以太湖周边地区14个不同硝酸盐浓度的地下水样品作为研究对象,运用微生物测序技术探究了地下水细菌群落多样性并识别出反硝化功能菌群,通过共现网络分析探究了反硝化功能菌群内部种间关系对硝酸盐负荷的响应.结果表明:高硝态氮组与低硝态氮组间细菌群落组成存在显著差异;细菌群落α多样性、β多样性受到硝酸盐负荷的显著影响;高硝态氮组地下水反硝化功能菌群内部种间关系较低硝态氮组更为密切.本研究表明地下水硝酸盐负荷对反硝化功能菌群内部种间关系具有显著影响,为太湖周边地区地下水反硝化功能菌群与硝态氮的互作机制研究提供了新的见解. 展开更多
关键词 太湖 地下水 微生物多样性 硝态氮 共现网络
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山药不同施肥管理下土壤碳氮养分和微生物群落分异特征
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作者 李婷 葛安辉 +3 位作者 孙志梅 刘四义 张丽梅 韩雪梅 《农业环境科学学报》 北大核心 2025年第1期73-84,共12页
本研究以种植大田作物(玉米)的农田作为参照,研究了山药主产区常规施肥、优化施肥和腐植酸处理3种施肥方式下,土壤表层(0~20 cm)、亚表层(20~40 cm)和深层(40~60 cm)的理化性质和微生物群落变化特征。结果表明:与玉米地相比,山药常规施... 本研究以种植大田作物(玉米)的农田作为参照,研究了山药主产区常规施肥、优化施肥和腐植酸处理3种施肥方式下,土壤表层(0~20 cm)、亚表层(20~40 cm)和深层(40~60 cm)的理化性质和微生物群落变化特征。结果表明:与玉米地相比,山药常规施肥显著增加了亚表层和深层土壤铵态氮含量(分别为表层的2.09倍和3.03倍),亚表层土壤出现了较高的硝态氮累积(50.86 mg·kg^(-1),以干土计);与山药常规施肥处理相比,优化施肥或腐植酸施用有效降低了亚表层和深层土壤铵态氮和硝态氮含量,最高可分别减少79.55%和78.39%。与玉米地相比,常规施肥方式下山药种植显著改变了细菌和真菌群落结构(P<0.05),并降低了土壤微生物网络复杂度和稳定性,而优化施肥和腐植酸处理对细菌群落组成没有显著影响。与山药常规施肥相比,山药优化施肥和腐植酸处理土壤有较高的微生物网络复杂度和稳定性,并显著富集了芽孢杆菌属(Bacillus)、节杆菌属(Arthrobacter)、白僵菌属(Beauveria)和球囊霉属(Glomus)等有益菌群。研究表明,山药种植增加了无机氮向地下水迁移的风险,并对土壤微生物群落组成产生显著影响,通过合理优化施肥,可有效降低无机氮在深层土壤的累积,提高土壤微生物群落稳定性,有利于山药种植业的绿色高效发展。 展开更多
关键词 山药施肥 腐植酸 硝态氮深层累积 微生物群落 共现网络
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基于GEO数据库芯片筛选支气管哮喘的关键基因及生物信息学分析
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作者 周未来 李俊 +2 位作者 赵泰安 李莹 贺淼 《中国免疫学杂志》 北大核心 2025年第2期287-294,共8页
目的:利用生物信息学方法寻找与哮喘发病相关的关键基因并讨论其分子机制。方法:对GSE143303芯片数据进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),筛选出与哮喘发病显著相关的模块,并对模块基因进行蛋白质相互作用(PPI)网络分析、功能及通路富... 目的:利用生物信息学方法寻找与哮喘发病相关的关键基因并讨论其分子机制。方法:对GSE143303芯片数据进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),筛选出与哮喘发病显著相关的模块,并对模块基因进行蛋白质相互作用(PPI)网络分析、功能及通路富集分析。将WGCNA分析结果与差异表达基因取交集得到关键基因,使用miRDB、miRwalk数据库预测关键基因的上游miRNAs,并利用Cytoscape构建关键mRNA-miRNA调控网络。利用GSE147878数据集对关键基因表达量进行验证,依据ROC曲线评估关键基因的诊断价值。结果:magenta模块和purple模块基因与哮喘显著相关,主要涉及Wnt信号通路、细胞黏附等。共得到13个关键基因,包括ATP6V1G1、TXNDC17、NDUFA4、RHOA、SEC61B、RPS3A、PSMC5、GSPT1、MBP、SMARCC2、GNL3L、RPL7L1、RAD21及其潜在的miRNA-mRNA调控网络。结论:ATP6V1G1、GSPT1、SEC61B等关键基因在支气管哮喘中起重要作用,并具有一定的临床诊断价值。 展开更多
关键词 支气管哮喘 支气管镜管腔内活检 加权基因共表达网络分析 微小RNA
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哈尔滨越冬栽培的芍药根茎耐寒生理测定和关键基因筛选
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作者 王琪瑶 李丹青 +5 位作者 郭俊宏 陈晓璇 陈炀 夏宜平 张佳平 刘志洋 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 北大核心 2025年第1期148-163,共16页
芍药(Paenonia lactiflora Pall.)是我国传统名花,研究其耐寒机制对培育新品种、扩大推广范围具有重要意义。本研究采用我国集中产业化生产的最南方且低海拔的芍药‘杭白芍’和在哈尔滨引种表现最优的北方品种‘红绫赤金’作为实验材料... 芍药(Paenonia lactiflora Pall.)是我国传统名花,研究其耐寒机制对培育新品种、扩大推广范围具有重要意义。本研究采用我国集中产业化生产的最南方且低海拔的芍药‘杭白芍’和在哈尔滨引种表现最优的北方品种‘红绫赤金’作为实验材料,栽培于哈尔滨露地条件下过冬,通过生理观测、转录组测序和基因定量表达分析,研究芍药根茎在极寒天气冻土层之下的冷胁迫生理和分子响应情况。结果显示:随着冬季温度逐渐降低,‘红绫赤金’根茎中的可溶性糖、脱落酸、生长素、细胞分裂素含量相较于‘杭白芍’显著增加,而赤霉素含量则降低;组学分析表明,与淀粉和蔗糖代谢、植物-病原体互作、植物激素信号转导等通路相关的基因在2个品种间发生显著的差异性表达;共表达分析表明,脱水反应元件结合蛋白2A基因(dehydration-responsive element-binding protein 2A gene,DREB2A)、富含半胱氨酸类受体激酶8基因(cysteine-rich receptor-like kinase 8 gene, CRK8)、热激蛋白90.1基因(heat shock protein 90.1 gene, HSP90.1)等可能在调控芍药应对冷胁迫中发挥关键作用。本研究可初步揭示芍药应对极寒天气下的冷胁迫关键响应基因,为后续的基因功能、基因互作研究奠定基础,并为培育能够在我国最高纬度地区广泛栽培繁殖的芍药耐寒新品种作出贡献。 展开更多
关键词 芍药 冷胁迫 根茎 耐寒生理 转录组 加权基因共表达网络分析
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探索式创新与合作网络的协同演化——基于网络资本视角的动因分析
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作者 余良如 于渤 《系统管理学报》 北大核心 2025年第2期477-493,共17页
合作网络已成为企业从事探索式技术创新的重要资源渠道,且两者之间的单向关系研究趋于成熟,但尚缺乏对两者协同演化及其动因的讨论。基于网络资本视角,利用145家人工智能企业在2002~2022年间的发明专利数据构建多层网络,借助随机行动者... 合作网络已成为企业从事探索式技术创新的重要资源渠道,且两者之间的单向关系研究趋于成熟,但尚缺乏对两者协同演化及其动因的讨论。基于网络资本视角,利用145家人工智能企业在2002~2022年间的发明专利数据构建多层网络,借助随机行动者导向模型验证了探索式创新与合作网络的协同演化机制,并探究了发明人网络、知识网络和企业自我网络特征的影响。研究表明:在社会选择机制与社会影响机制作用下,探索式创新与合作网络存在相互促进的协同演化关系;在协同演化情境中,发明人网络小世界性对探索式创新的积极影响和对合作网络扩张的消极影响会发生“中和”而进一步减弱,知识网络规模、企业自我网络效率以及重组距离对探索式创新与合作网络扩张的正向作用则进一步增强。研究结果为创新网络研究提供了新的方法和视角,对企业从事协同创新活动具有现实意义。 展开更多
关键词 探索式创新 合作网络 协同演化 网络资本 多层网络
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土地利用方式对土壤细菌群落结构和功能的影响
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作者 支君 段文标 +3 位作者 高明 胡伟 李猛 王姝人 《植物研究》 北大核心 2025年第1期22-33,共12页
土壤微生物群落功能对土地利用方式变化的响应在土壤生态功能的预测方面具有重要意义。为了明确黑土区土地利用方式对土壤细菌群落的影响,该研究分析了东北黑土区农田、林地和草地的土壤细菌群落结构、共现网络结构及功能基因,并采用结... 土壤微生物群落功能对土地利用方式变化的响应在土壤生态功能的预测方面具有重要意义。为了明确黑土区土地利用方式对土壤细菌群落的影响,该研究分析了东北黑土区农田、林地和草地的土壤细菌群落结构、共现网络结构及功能基因,并采用结构方程模型探讨了土地利用方式、土壤理化性质、细菌多样性、细菌群落结构、共现网络和功能基因之间的相互作用机制。结果表明:不同土地利用方式的土壤理化性质、细菌群落结构存在显著差异(P<0.05),林地和草地的多样性及共现网络平均度显著高于农田(P<0.05)。林地细菌共现网络正相关边的占比高于其他处理,即林地土壤细菌之间存在更强的协同作用。功能基因研究结果表明,不同土地利用方式显著改变了土壤细菌群落功能基因丰度(P<0.05)。结构方程模型表明,细菌群落结构对功能基因的直接影响最大,土地利用方式对土壤细菌群落功能基因的间接影响最大。综上,该研究进一步证实土地利用方式对土壤细菌群落的影响,为黑土区土地管理提供了科学依据。 展开更多
关键词 土地利用方式 土壤细菌 共现网络 功能预测 结构方程模型
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拉姆拉错土壤原生动物群落分布及其驱动因素
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作者 李明燕 黄倩 +4 位作者 李天顺 朱文琎 廖紫星 索南措 普布 《中国环境科学》 北大核心 2025年第3期1517-1528,共12页
为探讨拉姆拉错国家湿地公园土壤原生动物的群落结构及其构建机制,于2023年7月,根据拉姆拉错国家湿地公园地理及生境特征共设置了24个大样方,以"梅花五点采样法"共采集到120份土壤样品,使用"非淹没培养法"和"... 为探讨拉姆拉错国家湿地公园土壤原生动物的群落结构及其构建机制,于2023年7月,根据拉姆拉错国家湿地公园地理及生境特征共设置了24个大样方,以"梅花五点采样法"共采集到120份土壤样品,使用"非淹没培养法"和"活体观察法"对土壤原生动物进行培养与形态学鉴定,定量研究采用"培养皿直接计数法".共鉴定出土壤原生动物175种,隶属12纲29目55科91属,以动鞭纲(Zoomastigophorea)为主,占总物种数的15.43%,太阳纲(Heliozoea)的物种数最少,仅占总物种数的1.14%.拉姆拉错国家湿地公园土壤原生动物群落α多样性在坡向间无显著性差异(P>0.05),低海拔、中海拔、高海拔的Shannon-Wiener多样性指数与Simpson优势度指数与超高海拔具有显著性差异(P<0.05).共现网络分析中,不同坡向与不同海拔土壤原生动物群落关系均以正相关为主;海拔、pH值、土壤含水量、土壤有机质、速效钾和植被覆盖度是影响土壤原生动物群落组成的主要土壤环境因子.本研究结果有助于评价和监测拉姆拉错国家湿地公园土壤环境质量的变化,为西藏地区土壤生态功能保护与可持续发展提供基础理论数据. 展开更多
关键词 土壤原生动物 群落特征 共现网络 环境因子 拉姆拉错国家湿地公园
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