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家蝇三龄幼虫Clip-Msp基因克隆及白假丝酵母菌刺激下的时空表达
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作者 常振策 李忠旬 +4 位作者 修江帆 卢成 贾利娜 国果 吴建伟 《贵州医科大学学报》 CAS 2020年第2期138-144,共7页
目的:克隆家蝇的Clip-丝氨酸蛋白酶基因(Clip-Msp),并对Clip-Msp在白假丝酵母菌感染后的时空表达模式进行研究。方法:通过基因工程的方法,构建pMD19-T/Clip-Msp克隆载体;采用生物信息学方法,分析Clip-Msp基因的开放阅读框和氨基酸序列及... 目的:克隆家蝇的Clip-丝氨酸蛋白酶基因(Clip-Msp),并对Clip-Msp在白假丝酵母菌感染后的时空表达模式进行研究。方法:通过基因工程的方法,构建pMD19-T/Clip-Msp克隆载体;采用生物信息学方法,分析Clip-Msp基因的开放阅读框和氨基酸序列及Clip-Msp蛋白的功能结构域;以GAPDH作为内参照,于家蝇三龄幼虫感染白假丝酵母菌后3、12、24及48 h时,采用实时荧光定量PCR方法检测Clip-Msp在不同组织(体壁、脂肪体、血淋巴、唾液腺、肠道、马氏管和气管)中的表达情况。结果:成功构建pMD19-T/Clip-Msp克隆载体,生物信息学分析显示,Clip-Msp基因开放阅读框全长1524 bp,共编码507个氨基酸、无信号肽、存在跨膜区,属于非经典分泌型蛋白;Clip-Msp蛋白的N端存在一个Clip结构域,C端有一个Tryp_SPc催化结构域,属于单催化结构域Clip-丝氨酸蛋白酶超家族;白假丝酵母菌感染家蝇三龄幼虫后,Clip-Msp基因在不同时间点、不同组织中表达存在差异(P<0.05),3 h时以血淋巴中表达量增加最高,12 h时以脂肪体、气管、唾液腺及肠道中表达量增加为主、脂肪体内的相对表达量最高,24 h时肠道组织表达增加最明显、脂肪体次之,48 h时血淋巴中表达量高于马氏管及肠道。结论:成功克隆Clip-Msp基因,Clip-Msp基因主要分布在血淋巴、脂肪体和肠道组织。 展开更多
关键词 家蝇 clip-msp基因 白假丝酵母菌 基因表达 感染 生物信息学
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鸡生长性状相关SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1基因SV变异的聚合效应分析
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作者 刘阳 马浩翔 +9 位作者 王文韬 刘树立 唐燕飞 蒋华连 苏立燧 韩瑞丽 刘小军 田亚东 王香南 李转见 《中国家禽》 北大核心 2025年第1期8-14,共7页
试验旨在对生长性状大效应基因SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1的3个突变位点进行聚合效应分析,选出最优组合基因型。试验以鸡7个群体(固始-安卡F2代资源种群、AA肉鸡、哈伯德肉鸡、科宝肉鸡、817肉鸡、广西金陵麻鸡和卢氏绿壳蛋鸡)中的2228个... 试验旨在对生长性状大效应基因SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1的3个突变位点进行聚合效应分析,选出最优组合基因型。试验以鸡7个群体(固始-安卡F2代资源种群、AA肉鸡、哈伯德肉鸡、科宝肉鸡、817肉鸡、广西金陵麻鸡和卢氏绿壳蛋鸡)中的2228个个体为研究对象,检测三个基因位点的基因型变异,利用F2资源群和广西金陵麻鸡研究鸡SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1基因的遗传效应,对三个基因组合位点的聚合效应进行分析。结果显示:在分析群体中共有54种可能的组合基因型,通过基因型频率和生长性状关联分析发现,在7个群体中,等位基因Sh-I、Lnc-I和Ig-L1的频率均明显高于Sh-D、Lnc-D、Ig-L2及Ig-W;在F2资源群体和广西金陵麻鸡中,IIIIL1L1基因型在三个基因聚合效应中具有较高的基因频率和较高的体重。结果表明,在提高生长性状方面,IIIIL1L1基因型既能提高体重,又有较高的基因型频率,可以作为选择推荐联合标记。 展开更多
关键词 生长性状 SH3RF2基因 LncFAM基因 IGF2BP1基因 聚合效应 关联分析
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80份香稻材料BADH2香味基因变异类型分析及稻瘟病抗性基因检测
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作者 李虎 吴子帅 +3 位作者 刘广林 陈传华 罗群昌 朱其南 《中国稻米》 北大核心 2025年第1期35-43,53,共10页
应用目前已经开发的6个香味基因变异类型功能标记及5个稻瘟病广谱抗性基因功能标记检测80份香稻材料的Badh2香味基因变异类型及稻瘟病抗性基因,同时统计供试材料中的审定品种在本省水稻区试中稻瘟病鉴定结果,并鉴定了香味及稻瘟病表型... 应用目前已经开发的6个香味基因变异类型功能标记及5个稻瘟病广谱抗性基因功能标记检测80份香稻材料的Badh2香味基因变异类型及稻瘟病抗性基因,同时统计供试材料中的审定品种在本省水稻区试中稻瘟病鉴定结果,并鉴定了香味及稻瘟病表型。结果表明,80份香稻材料均具有香味,其中第4~第5外显子803 bp缺失突变类型7份(占比8.75%),同时含有5'UTR区3 bp缺失及第7外显子8 bp缺失和3 bp突变2种变异类型材料4份(占比5.00%),其他69份为第7外显子8 bp缺失和3 bp突变的变异类型(占比86.25%)。80份香稻材料中含Pita、Pi2、Pi9、Pigm、Pi1抗性基因的材料分别为57份(占比71.25%)、12份(占比15.00%)、4份(占比5.00%)、1份(占比1.25%)和1份(占比1.25%);同时含Pi2、Pita的材料有9份(占比11.25%),同时含Pigm、Pita的材料1份(占比1.25%),同时含Pi1、Pita的材料1份(占比1.25%)。同时携带2个抗性基因的材料表现抗病的比例高于只携带1个抗性基因及不携带抗性基因的材料。研究结果为香稻材料的应用及抗稻瘟病基因聚合、分子标记辅助育种提供依据。 展开更多
关键词 香稻 香味基因 稻瘟病抗性基因
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线纹尖塘鳢性别相关的2个dmrt基因结构特征及表达规律
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作者 樊佳佳 马冬梅 +3 位作者 朱华平 林明辉 钟再选 田园园 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第1期93-104,共12页
线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolata)具有典型性别生长二态性,雄鱼生长优势显著,doublesex and mab-3 related transcription factor(DMRT)家族是一个与性别决定相关的转录因子家族。基于线纹尖塘鳢性腺转录组数据,共获得2个dmrt基因的c... 线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolata)具有典型性别生长二态性,雄鱼生长优势显著,doublesex and mab-3 related transcription factor(DMRT)家族是一个与性别决定相关的转录因子家族。基于线纹尖塘鳢性腺转录组数据,共获得2个dmrt基因的cDNA序列,分别命名为Oxldmrt1和Oxldmrt3,并采用PCR技术扩增验证2个基因的cDNA序列。运用生物信息学方法分析2个基因序列结构特征,结果显示,Oxldmrt1和Oxldmrt3开放阅读框分别为903 bp和1363 bp,分别编码300个氨基酸和453个氨基酸;OxlDMRT1属于碱性蛋白,而OxlDMRT3属于酸性蛋白;2个基因均含有高度保守的DM结构域,OxlDMRT3还存在DMA结构域。氨基酸聚类分析显示,脊椎动物不同DMRT家族都是独立聚类,OxlDMRT1属于DMRT1家族,OxlDMRT3属于DMRT3家族,DMRT1家族最先聚类,再和DMRT3家族聚类。利用实时荧光定量PCR技术(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)分析2个dmrt基因在雌鱼和雄鱼8个组织的表达水平,结果显示,2个基因在精巢中的表达量均显著高于其他组织(P<0.01),Oxldmrt3在脑中也有少量表达;利用RT-qPCR分析2个dmrt基因在早期不同发育时期的表达谱,显示2个基因在受精卵中的表达量均最高,Oxldmrt1在眼囊期的表达量最低,而Oxldmrt3在出膜7 d时的表达量最低。利用荧光原位杂交(fluorescencein situhybridization,FISH)对2个基因在精巢中的表达进行定位,显示2个基因在精巢中表达部位一致,均在精原细胞中有较强的表达信号。综上所述,Oxldmrt1和Oxldmrt3均在线纹尖塘鳢性腺胚胎发育阶段和精巢发育过程中起调节作用,而Oxldmrt1还可能参与胚胎后期性别决定和性别分化调控过程,Oxldmrt3还可能参与神经系统发育。本研究为线纹尖塘鳢性别决定与性别分化相关的分子机制研究提供了参考。 展开更多
关键词 线纹尖塘鳢 Oxldmrt1 Oxldmrt3 基因结构 基因表达 荧光原位杂交
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GAMT基因变异所致肌酸缺乏综合征2例并文献复习
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作者 赵婷婷 潘邹 +4 位作者 钟建民 唐海云 尹飞 彭镜 陈晨 《中国当代儿科杂志》 北大核心 2025年第3期340-346,共7页
目的总结GAMT基因变异所致肌酸缺乏综合征(creatine deficiency syndrome,CDS)的临床表现及遗传学特点。方法回顾性分析2020年12月—2024年12月中南大学湘雅医院儿童医学中心诊治的2例GAMT缺乏型CDS患儿的临床和遗传学资料。结果2例患... 目的总结GAMT基因变异所致肌酸缺乏综合征(creatine deficiency syndrome,CDS)的临床表现及遗传学特点。方法回顾性分析2020年12月—2024年12月中南大学湘雅医院儿童医学中心诊治的2例GAMT缺乏型CDS患儿的临床和遗传学资料。结果2例患儿均为婴幼儿期起病,GAMT基因均存在复合杂合变异,病例1表现为癫痫发作和智力障碍,病例2存在智力障碍及注意力缺陷多动障碍;2例患儿头颅磁共振波谱提示肌酸峰减低。肌酸治疗后病例1癫痫发作控制,2例患儿仍存在智力障碍及行为问题。截至2024年12月,国内共报道21例患者(包括本研究),国外报道115例。所有患者均有发育迟缓或智力障碍,66.9%(91/136)患者有癫痫发作,33.8%(46/136)患者存在运动障碍,36.8%(50/136)患者有行为问题,75.0%(102/136)患者接受肌酸治疗,癫痫发作及运动障碍可明显改善,认知改善不明显。结论GAMT缺乏型CDS罕见且临床表现不特异,及时诊断有助于针对性治疗,可部分改善预后。 展开更多
关键词 肌酸缺乏综合征 GAMT基因 智力障碍 癫痫 基因变异 儿童
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1株猪源动物联合乳杆菌S7全基因组测序及生物信息学分析
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作者 刘辉 季海峰 +2 位作者 王四新 陈美霞 张董燕 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第1期25-38,共14页
[目的]旨在对1株具有较强耐酸耐胆盐特性的猪源动物联合乳杆菌S7进行全基因组测序及生物信息学分析。[方法]结合三代PacBio RSⅡ和二代Illumina HiSeq 2000测序技术对动物联合乳杆菌S7进行了全基因组测序,在此基础上使用GO、EggNOG、KEG... [目的]旨在对1株具有较强耐酸耐胆盐特性的猪源动物联合乳杆菌S7进行全基因组测序及生物信息学分析。[方法]结合三代PacBio RSⅡ和二代Illumina HiSeq 2000测序技术对动物联合乳杆菌S7进行了全基因组测序,在此基础上使用GO、EggNOG、KEGG、CAZy、VFDB和CARD等数据库注释功能基因,利用TYGS(Type Strain Genome Server)构建系统发育树,并与2株同源模式菌株进行了共线性分析。[结果]动物联合乳杆菌S7的基因组大小为2.03 Mb, GC含量为44.14%,共预测到1 993个编码基因,包含65个tRNA、19个rRNA、35个sRNA、29个持家基因、11个基因组岛、6个前噬菌体、4个CRISPR-Cas、8个插入序列和10个转座子;分别有1 521、1 567、1 185和60个基因在GO、EggNOG、KEGG和CAZy数据库中得到注释;在VFDB和CARD数据库中注释到181个毒力基因和110个耐药基因;另外有14个基因参与耐酸,2个基因参与耐胆盐,22个基因参与黏附和聚集;基因组中还包括与温度应激、氧化应激和细菌素合成等多种与益生功能相关的基因。系统发育树和共线性分析发现,该菌株与模式菌株Ligilactobacillus animalis P38的进化关系最近。[结论]动物联合乳杆菌S7基因组中具有与耐酸、耐胆盐、黏附和聚集、温度应激、氧化应激和细菌素等相关的功能基因,可为菌株在饲料添加剂中的科学应用提供理论依据。 展开更多
关键词 动物联合乳杆菌 基因组测序 基因注释
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临床分离高黏液肺炎克雷伯菌耐药性及基因组特征分析
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作者 李兵兵 陈大伟 +5 位作者 刘靓 孙敏 李双姝 李洁 杨鹏飞 邢亚东 《中国感染控制杂志》 北大核心 2025年第1期113-120,共8页
目的分析临床分离高黏液肺炎克雷伯菌(hmKp)的耐药情况及基因组特征。方法收集2019—2023年分离自淮安市国家致病菌识别网哨点医院临床标本的肺炎克雷伯菌,使用VITEK 2 Compact对菌株进行鉴定,拉丝试验判断黏液表型,微量肉汤稀释法测定h... 目的分析临床分离高黏液肺炎克雷伯菌(hmKp)的耐药情况及基因组特征。方法收集2019—2023年分离自淮安市国家致病菌识别网哨点医院临床标本的肺炎克雷伯菌,使用VITEK 2 Compact对菌株进行鉴定,拉丝试验判断黏液表型,微量肉汤稀释法测定hmKp的耐药性。应用全基因组测序技术进行分子分型,并对菌株携带的毒力和耐药基因进行注释。结果共收集hmKp 60株,主要分离自痰标本(33.33%)和血标本(28.33%)。60株菌株基因组平均大小为5.6 Mb,平均GC含量为57.09%。多位点序列分型(ST)显示,有28种ST型,优势ST型为ST11(11.67%)、ST15(11.67%)和ST412(10.00%)。核心基因组多位点序列分型(cgMLST)分析发现,部分菌株高度同源,未发现暴发菌株。多重耐药菌株占60.00%,耐亚胺培南菌株占28.33%。共携带64种耐药基因,其中84.38%的耐药基因位于可移动原件上,磷霉素相关耐药基因、超广谱β-内酰胺类抗生素相关耐药基因在菌株中携带率较高,分别为100%、98.33%。碳青霉烯类耐药基因blaKPC-2,21.67%由ST11、ST1和ST15菌株携带;blaNDM-5基因3.33%由ST76菌株携带。共携带101种毒力基因,其中Colibactin和Ⅵ型分泌系统相关毒力基因种类最多。所有菌株均携带荚膜合成调节相关基因(rcsA、rcsB)、外排泵相关基因(acrA、acrB)和肠杆菌素相关基因(entABCEF、fepABCDFG、fes)。结论淮安地区临床分离的hmKp呈现多重耐药,优势ST型为ST11、ST15和ST412,携带多种能够进行水平转移的耐药基因和毒力基因,应加强防控措施。 展开更多
关键词 高黏液肺炎克雷伯菌 耐药性 耐药基因 毒力基因 基因组测序 高毒力
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基于全基因组关联分析筛选冬季项目运动员睾酮水平相关遗传标记
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作者 梅涛 李燕春 +2 位作者 杨贤罡 杨晓琳 何子红 《体育科学》 北大核心 2025年第3期78-88,共11页
目的:分析冬季项目运动员睾酮水平特征,通过全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)筛选与冬季项目运动员睾酮水平相关的遗传标记,并采用生物信息学方法分析遗传标记的可能作用机制,以期为冬季项目运动员选材和科学化训... 目的:分析冬季项目运动员睾酮水平特征,通过全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)筛选与冬季项目运动员睾酮水平相关的遗传标记,并采用生物信息学方法分析遗传标记的可能作用机制,以期为冬季项目运动员选材和科学化训练提供依据。方法:以冬季项目运动员作为研究对象(n=456),分析不同水平运动员(普通运动员、精英运动员)睾酮水平的分布和差异。应用PLINKv1.9软件,以冬季项目运动员(n=190)的睾酮水平作为表型变量,性别、年龄以及基因组主成分分析中特征值最大的前5个主成分作为协变量进行GWAS分析,采用3D SNP对纳入模型的单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNPs)进行生物功能注释。结果:1)精英运动员的睾酮水平显著高于普通运动员(P<0.01)。2)男性精英运动员的睾酮水平符合正态分布(P=0.09),睾酮水平范围为14.04~35.65 nmol/L,男性普通运动员的睾酮水平符合正态分布(P=0.20),睾酮水平范围为9.27~28.07 nmol/L;女性精英运动员的睾酮水平不符合正态分布(P=0.01),睾酮水平范围为0.88~4.44 nmol/L,女性普通运动员的睾酮水平符合正态分布(P=0.20),睾酮水平范围为0.19~3.04 nmol/L。3)rs7092867、rs9423319、rs9423320等413个SNPs与睾酮水平显著关联(P<1×10^(-5)),其中位于10号染色体ACADSB基因上的6个SNPs(rs7092867、rs9423319、rs9423320、rs9423321、rs9423322、rs9423252)达到了全基因组水平上的显著性(P<5×10^(-8))。4)在冬季项目中,ACADSB基因6个SNPs的aa基因型男性运动员的睾酮浓度显著高于Aa基因型男性运动员(P=0.014),而6个SNPs的aa基因型女性运动员的睾酮浓度有高于Aa基因型女性运动员的趋势,但未达到统计学意义(P=0.055)。5)3D SNP注释结果显示,6个SNPs在10号染色体上具有共同的3D互作基因(BUB3、C10orf88、HMX2、HMX3、IKZF5、PSTK)。结论:在冬季项目中,精英运动员的睾酮水平高于普通运动员。ACADSB基因上6个SNPs与冬季项目运动员的睾酮水平相关联,aa基因型男性运动员的睾酮浓度高于Aa基因型男性运动员。 展开更多
关键词 运动员 基因选材 冬季项目 睾酮 基因组关联分析
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新疆冬小麦种质资源粒重基因的分布与育种适用性分析
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作者 曹俊梅 周安定 +3 位作者 刘娜 哈力旦·依克热木 张新忠 刘联正 《麦类作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期37-44,共8页
小麦粒重是重要的产量构成因素之一,也是受遗传因素影响的数量性状。为了解粒重基因在新疆小麦的分布及相关分子标记在育种上的适用性,以253份新疆冬小麦品种为试验材料,利用KASP(竞争性等位基因特异性PCR)标记进行基因型检测,并与2个... 小麦粒重是重要的产量构成因素之一,也是受遗传因素影响的数量性状。为了解粒重基因在新疆小麦的分布及相关分子标记在育种上的适用性,以253份新疆冬小麦品种为试验材料,利用KASP(竞争性等位基因特异性PCR)标记进行基因型检测,并与2个年份的株高、穗长、穗粒数、千粒重、粒长、粒宽等育种选择性状进行关联分析。结果表明,优异等位基因TaSus1-7A-Hap1、TaCwi-A1b、TaTGW-7Aa、TaGS5-A1b、TaGS2-A1b、TaGS-D1a、TaSus2-2B-HapH、TaTGW6-A1a、TaGW2-6B-Hap3和TaSus2-2A-HapA在参试材料的分布频率分别为100%、100%、84.98%、56.92%、51.78%、39.13%、33.20%、11.07%、3.16%和1.58%;14对等位基因在参试材料中共出现118种组合;标记GS5-2334-SNP、TaGS2-A1-239IND2、TGW7-986-SNP和GW2-6B-721SNP可应用于小麦粒重的辅助选择;被检测标记的连锁基因均与1个或1个以上育种性状显著相关;GS5-2334-SNP连锁基因TaGS5-A1对粒宽的效应达36.65%,对千粒重效应次之(27.76%),GS5-2334-SNP连锁基因TaGS5-A1对株高和穗粒重、GW2-6B-721SNP连锁基因TaGW2-6B和TGW7-986-SNP连锁基因TaTGW7对粒长、Sus2-2A-20SNP连锁基因TaSus2-2A对穗粒重、千粒重和粒宽的效应均达到10%以上。本研究结果可为分子标记辅助育种奠定基础。 展开更多
关键词 新疆 小麦 粒重 KASP 基因分布 育种适用性
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RNA干扰沉默褐飞虱糖转运蛋白基因4的研究
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作者 谢坤 丁汉凤 +6 位作者 李娜娜 贾素平 白静 丛韫喆 李广贤 姚方印 杨永义 《山东农业科学》 北大核心 2025年第1期22-29,共8页
褐飞虱是水稻上危害最严重的害虫之一,目前的防治措施存在各种弊端,开展控制褐飞虱的探索研究可开辟新的防治途径。本研究利用dsRNA(double-stranded RNA,双链RNA)介导的RNAi(RNA interference,RNA干扰)技术,以褐飞虱糖运输蛋白基因(Nls... 褐飞虱是水稻上危害最严重的害虫之一,目前的防治措施存在各种弊端,开展控制褐飞虱的探索研究可开辟新的防治途径。本研究利用dsRNA(double-stranded RNA,双链RNA)介导的RNAi(RNA interference,RNA干扰)技术,以褐飞虱糖运输蛋白基因(Nlst4)为靶标,在体外合成Nlst4的dsRNA,将其饲喂褐飞虱若虫后,其体内目标基因表达量显著下降,产生致死表型;构建Nlst4的RNAi干扰载体,通过农杆菌侵染转化培育转基因水稻,褐飞虱取食后,体内目标基因转录水平显著降低,1龄、2龄若虫发育历期显著延长,但未出现致死表型。试验结果证实,利用RNAi技术通过培育转基因水稻防治褐飞虱存在可行性,可为后续转基因抗褐飞虱水稻的培育提供科学依据。 展开更多
关键词 褐飞虱 RNA干扰 糖转运蛋白基因4 人工饲喂 基因水稻
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基于BSA-Seq定位胡麻耐盐相关基因位点
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作者 张艳萍 叶春雷 +3 位作者 齐燕妮 陈军 赵玮 柴宗文 《北方园艺》 北大核心 2025年第3期27-34,共8页
以胡麻耐盐材料STS和盐敏感材料DYMS及其杂交后代RIL群体为试材,采用BSA-Seq方法,研究筛选与胡麻抗盐相关的QTLs,以期为胡麻创新培育耐盐种质和分子标记辅助育种提供参考依据。结果表明:经过一系列分析筛选出14个与胡麻耐盐相关的SNP位... 以胡麻耐盐材料STS和盐敏感材料DYMS及其杂交后代RIL群体为试材,采用BSA-Seq方法,研究筛选与胡麻抗盐相关的QTLs,以期为胡麻创新培育耐盐种质和分子标记辅助育种提供参考依据。结果表明:经过一系列分析筛选出14个与胡麻耐盐相关的SNP位点,其中第2号染色体上分布了8个,第3条染色体上分布了2个,第5、6、9号和13号染色体上各分布1个。通过实时荧光定量PCR过表达验证,获得一个候选基因Lus_GLEAN_10024365,其在第2号染色体上,scaffold208号位点5913,基因长度4981 bp。通过注释发现Lus_GLEAN_10024365与胞间连丝胼胝质(β-1,3-葡萄糖聚合物)结合蛋白合成相关,而胼胝质在盐胁迫过程中会有沉积。有关该基因与胼胝质合成与代谢的相关性尚需进一步深入研究。 展开更多
关键词 胡麻 BSA-Seq 抗盐基因
原文传递
猴樟CbbHLH96基因启动子克隆与表达
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作者 张丽华 韩浩章 +4 位作者 赵荣 李素华 王芳 张楠 王晓立 《东北林业大学学报》 北大核心 2025年第4期23-29,46,共8页
转录因子CbbHLH96参与猴樟响应碱胁迫过程,为弄清CbbHLH96参与植物耐碱胁迫的工作模式和信号传递途径,采用PCR技术克隆获得CbbHLH96基因5’端缺失型启动子片段,采用双荧光素酶报告基因技术分析外源茉莉酸甲酯、水杨酸和ABA处理后的启动... 转录因子CbbHLH96参与猴樟响应碱胁迫过程,为弄清CbbHLH96参与植物耐碱胁迫的工作模式和信号传递途径,采用PCR技术克隆获得CbbHLH96基因5’端缺失型启动子片段,采用双荧光素酶报告基因技术分析外源茉莉酸甲酯、水杨酸和ABA处理后的启动子片段表达活性。研究表明:获得的CbbHLH96基因启动子片段长为1976 bp;顺式作用元件分析发现CbbHLH96基因启动子片段中包含光响应调控元件、茉莉酸甲酯响应调控元件、ABA响应元件、乙烯响应元件、干旱诱导响应元件、赤霉素响应元件、防御和应激反应元件、水杨酸响应元件;采用双荧光素酶报告基因技术分析发现,bHLH96-Luc3、bHLH96-Luc4片段具备最高的启动子活性;BDGP在线软件的分析发现,CbbHLH96基因启动子序列的转录起始位点及可能的核心启动子区域应该在bHLH96-Luc4片段的1593~1643 bp位置;水杨酸和茉莉酸甲酯处理均抑制启动子片段bHLH96-Luc3、bHLH96-Luc4的表达活性,ABA处理则增加了启动子片段bHLH96-Luc3的表达活性,抑制了bHLH96-Luc4的表达活性。CbbHLH96基因启动子序列的活性区域在bHLH96-Luc3、bHLH96-Luc4片段,转录因子CbbHLH96功能受水杨酸和茉莉酸甲酯代谢的负向调控,受ABA代谢途径的正向调控。 展开更多
关键词 CbbHLH96基因启动子 表达分析 双荧光素酶报告基因技术 猴樟
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番茄颈腐根腐病抗性基因Frl的定位研究
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作者 叶青静 王荣青 +5 位作者 姚祝平 阮美颖 周国治 万红建 李志邈 程远 《核农学报》 CAS 北大核心 2025年第2期244-254,共11页
番茄颈腐根腐病是近年来极具破坏性的番茄土传病害之一,严重影响番茄的品质和产量。为挖掘番茄颈腐根腐病抗性相关基因,本研究利用全基因关联分析(GWAS)和遗传定位对番茄颈腐根腐病抗性基因进行研究。首先对来自国内外的200份番茄材料... 番茄颈腐根腐病是近年来极具破坏性的番茄土传病害之一,严重影响番茄的品质和产量。为挖掘番茄颈腐根腐病抗性相关基因,本研究利用全基因关联分析(GWAS)和遗传定位对番茄颈腐根腐病抗性基因进行研究。首先对来自国内外的200份番茄材料进行全基因组关联分析,在番茄9号染色体定位到抗颈腐根腐病的位点,再利用抗病材料KP13及感病材料T15196的双亲群体进行连锁作图,综合GWAS和连锁作图结果,将Frl定位于标记SSR105和FrlSNP20之间,遗传距离约为0.8 cM,物理距离约为93 kb。筛选出4个属于番茄谷胱甘肽硫转移酶(SlGST)家族成员的候选基因Solyc09g011510.2.1、Solyc09g011580.2.1、Solyc09g011600.2.1和Solyc09g011630.2.1。获得1个与抗病性状紧密连锁的标记FrlSNP25,利用该标记对94个番茄材料进行抗性鉴定,样品基因型与颈腐根腐病抗性鉴定表型吻合率92.55%。本研究为番茄抗颈腐根腐病种质创新和揭示番茄抗颈腐根腐病抗性机理奠定了基础。 展开更多
关键词 番茄 颈腐根腐病 基因定位 抗性鉴定
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中甸刺玫的叶绿体基因组特征及种内变异
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作者 王其刚 曹世睿 +5 位作者 王慧纯 马长乐 晏慧君 邱显钦 景维坤 蹇洪英 《广西植物》 北大核心 2025年第1期15-30,共16页
中甸刺玫(Rosa praelucens)是云南香格里拉市的特有“极危”植物和国家二级重点保护植物,也是著名的高山花卉和重要的十倍体月季种质资源,种内存在丰富的表型多样性。为了澄清中甸刺玫种内表型变异的遗传背景,该文利用二代测序技术对40... 中甸刺玫(Rosa praelucens)是云南香格里拉市的特有“极危”植物和国家二级重点保护植物,也是著名的高山花卉和重要的十倍体月季种质资源,种内存在丰富的表型多样性。为了澄清中甸刺玫种内表型变异的遗传背景,该文利用二代测序技术对40个不同表型的中甸刺玫代表性个体的叶绿体基因组进行测序、组装注释和比较分析。结果表明:(1)中甸刺玫的基因组序列长157173~157261 bp,植株间仅相差88 bp,共编码132个功能基因,主要为与光合作用和自我复制相关的基因。全部基因共由27155个密码子编码,以A-和U-为末端的密码子较常见。(2)中甸刺玫的叶绿体基因组共鉴定出36个重复序列和73个简单重复序列(SSRs),后者大部分为单核苷酸SSRs,主要位于大单拷贝(LSC)区的基因间隔区。(3)中甸刺玫种内叶绿体全基因组的单倍型多样性为0.928±0.027,核酸多态性(P_(i))为0.00012;位于LSC的pet N-trn D、psa A-ycf 3等基因间隔区,以及rps 16和ycf 1等基因的核酸多态性相对较高;不同表型的代表性个体的叶绿体基因组间在结构上不存在大片段或基因的逆转或者丢失。该研究结果表明,中甸刺玫种内在叶绿体基因组大小、序列和结构等方面均高度保守,其种内丰富的表型多样性并非由叶绿体基因组变异而引起。 展开更多
关键词 中甸刺玫 叶绿体基因 比较基因 简单重复序列 核酸多态性 密码子偏好
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ASIP基因及其重组蛋白对山羊脂肪细胞脂肪沉积的效应
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作者 孙晓燕 宋昱龙 +5 位作者 蒋婧 李杰 陈灿灿 王高富 王林杰 任航行 《核农学报》 CAS 北大核心 2025年第1期38-46,I0001,共10页
为探索ASIP基因对山羊脂肪沉积的效应,本研究采集波杂山羊(BZ)和酉州乌羊(YZ)组织,并使用体外培养的山羊前脂肪细胞,采用基因克隆、实时荧光定量(qRT-PCR)、油红O染色等方法,检测ASIP基因在山羊组织和体外培养分化脂肪细胞中的表达规律... 为探索ASIP基因对山羊脂肪沉积的效应,本研究采集波杂山羊(BZ)和酉州乌羊(YZ)组织,并使用体外培养的山羊前脂肪细胞,采用基因克隆、实时荧光定量(qRT-PCR)、油红O染色等方法,检测ASIP基因在山羊组织和体外培养分化脂肪细胞中的表达规律,以及脂质生成关键基因在山羊脂肪和肌肉组织中的表达情况,分析重组ASIP蛋白对山羊脂肪细胞分化过程中脂滴形成及脂质生成关键基因表达的影响。结果表明,ASIP基因在山羊体组织中广泛表达,在肾脏和白色脂肪中的表达量最高;ASIP基因在山羊脂肪细胞分化6 d时显著升高(P<0.05),8 d时达到最高值。PPARG、LEPTIN和ATRN基因在YZ肾脂中的表达量显著高于BZ(P<0.05);PPARG、FASN和ATRN基因在BZ骨骼肌中的表达量显著高于YZ(P<0.05),FABP4和SREBP1基因的表达在两品种羊之间无显著差异。重组ASIP蛋白处理诱导山羊脂肪细胞在8 d出现明显脂肪滴,显著提高了细胞内甘油三酯含量(TG)(P<0.05),并显著或极显著上调脂肪细胞中脂质合成关键基因(PPARG、LEPTIN、FASN、FABP4、SREBP1和ATRN)的表达量。综上,ASIP基因及重组ASIP蛋白对山羊脂肪细胞的脂肪沉积可能具有正向调控作用。本研究结果为进一步解析ASIP基因调控山羊脂肪沉积机制提供了重要理论基础。 展开更多
关键词 山羊 ASIP基因 重组ASIP蛋白 脂肪细胞 脂肪沉积
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基于基因及蛋白组学技术探讨HIV/AIDS湿热证的作用机制
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作者 王娟 张淼 +3 位作者 刘飒 马素娜 张海燕 许前磊 《中华中医药学刊》 北大核心 2025年第2期72-75,I0028,共5页
目的探索艾滋病湿热证分子机制。方法通过Agilent基因表达谱芯片及iTRAQ-MS技术对艾滋病湿热证患者进行基因组学及蛋白组学检测,以比值改变≥1.15或≤0.87,P<0.05为标准共鉴定出人类免疫缺陷病毒(HIV)/艾滋病(AIDS)湿热证差异表达基... 目的探索艾滋病湿热证分子机制。方法通过Agilent基因表达谱芯片及iTRAQ-MS技术对艾滋病湿热证患者进行基因组学及蛋白组学检测,以比值改变≥1.15或≤0.87,P<0.05为标准共鉴定出人类免疫缺陷病毒(HIV)/艾滋病(AIDS)湿热证差异表达基因20个,差异表达蛋白22个。结果HIV/AIDS湿热证与健康对照组比较,趋化因子受体4(CXCR4)、核转录因子-κB抑制因子(NFκBIA)、Tribbles同源蛋白1(TRIB1)等基因表达增加,趋化因子受体1(CX3CR1)表达降低;血清中载脂蛋白A-Ⅱ(APOA-Ⅱ)、C反应蛋白(CPR)、血小板因子4(PF4)、AAT蛋白表达增多,补体因子B(CFB)、Gelsolin表达降低。结论HIV/AIDS湿热证与炎症反应密切相关,HIV/AIDS湿热证有其特定的分子生物学基础,为中医药客观化和标准化研究提供了方法和依据。 展开更多
关键词 艾滋病 湿热证 免疫基因
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妊娠患者ABO疑难血型基因分型及输血策略探讨
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作者 冯晨晨 陈青 +4 位作者 韦晓 史丽莉 张若洋 赵芳 肖建宇 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第2期538-545,共8页
目的:应用基因分型技术鉴定妊娠患者ABO疑难定型样本的血型,并结合临床探讨输血策略。方法:收集2021年1月至2022年12月本中心疑难血型基因检测开放平台接收的各地临床机构送检的36例ABO血型疑难的妊娠患者样本,利用血清学和基因检测方... 目的:应用基因分型技术鉴定妊娠患者ABO疑难定型样本的血型,并结合临床探讨输血策略。方法:收集2021年1月至2022年12月本中心疑难血型基因检测开放平台接收的各地临床机构送检的36例ABO血型疑难的妊娠患者样本,利用血清学和基因检测方法鉴定血型表型及基因型。结果:36例样本共检出ABO亚型20例,包括10例BA/O,3例cisAB/O,2例A/Bw,1例A2/B,1例Aw/B,1例BA/B,1例BA/A,1例Bw/O;12例ABO基因测序后未发现与异常表型相关的特异性变异;检出4例类孟买血型。结论:ABO亚型干扰妊娠患者的ABO血型鉴定,同时妊娠状态也会影响血型表型。利用基因检测技术精准确定血型基因型能够指导妊娠患者临床输血,保障母婴安全。 展开更多
关键词 ABO亚型 基因分型 输血安全 产前筛查
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甲状腺癌RET基因检测及病理学特征分析
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作者 张晓玲 刘金钊 +2 位作者 徐娟 徐孟 苗志刚 《诊断病理学杂志》 2025年第3期251-256,共6页
目的探讨甲状腺癌患者RET基因变异特点及其与病理学特征的关系。方法回顾性选取2021年12月至2023年12月在沧州市中心医院接受治疗的甲状腺癌患者247例。所有患者均行细针穿刺抽吸活检(FNAB)和组织学检测,并采用二代测序技术(NGS)进行基... 目的探讨甲状腺癌患者RET基因变异特点及其与病理学特征的关系。方法回顾性选取2021年12月至2023年12月在沧州市中心医院接受治疗的甲状腺癌患者247例。所有患者均行细针穿刺抽吸活检(FNAB)和组织学检测,并采用二代测序技术(NGS)进行基因检测。收集患者FNAB和RET基因检测结果,采用Logistic回归模型分析RET基因变异与临床病理参数的关系。结果247例甲状腺癌患者中甲状腺乳头状癌(PTC)189例、甲状腺髓样癌(MTC)44例、低分化甲状腺癌(PDTC)6例、甲状腺滤泡癌(FTC)8例;发生RET基因重排的均为PTC患者,共计39例,PTC基因重排阳性率为20.63%(39/189);发生基因突变的均为MTC患者,共计32例,MTC基因突变阳性率为72.73%(32/44)。RET基因重排阳性组患者肿瘤直径>1 cm、多发病灶、存在淋巴结转移和远处转移的比例明显高于RET基因重排阴性组(P<0.05)。RET基因突变阳性组患者肿瘤直径>1 cm、存在淋巴结转移和远处转移的比例明显高于RET基因突变阴性组(P<0.05)。Logistic多因素回归分析结果显示,淋巴结及远处转移是甲状腺癌患者RET基因重排、突变的独立预测因素(P<0.05)。结论RET基因变异主要发生于PTC和MTC患者中。RET基因变异与患者淋巴结和远处转移密切相关,临床应早期识别存在RET基因变异的人群,并匹配合适的靶向治疗药物,以提高治疗效果、改善患者预后。 展开更多
关键词 甲状腺癌 RET基因 基因重排 基因突变 诊断
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贵州省37例基因筛查阴性耳聋患者全外显子测序结果分析
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作者 岳凤娟 韩巍 +1 位作者 张嫄 曹祖威 《中华耳科学杂志》 北大核心 2025年第1期65-68,共4页
目的了解全外显子测序在贵州省耳聋患者病因诊断中的应用价值。方法回顾性纳入2022年1月至2023年4月贵州省人民医院听力科收治的永久性听力障碍患者37例。分析所有接受全外显子测序患者的数据资料。结果未发现突变位点1例,至少1个位点突... 目的了解全外显子测序在贵州省耳聋患者病因诊断中的应用价值。方法回顾性纳入2022年1月至2023年4月贵州省人民医院听力科收治的永久性听力障碍患者37例。分析所有接受全外显子测序患者的数据资料。结果未发现突变位点1例,至少1个位点突变36例,检出率97.30%;隐性遗传的单杂合突变未能明确病因2例,复合杂合突变或纯合突变34例。根据美国医学遗传学和基因组学学会指南,55个突变位点中明确致病16个(29.09%),疑似致病15个(27.27%),致病性不明确24个(43.64%),突变位点未见文献报道28个(50.91%)。结论贵州省耳聋患者热点致聋位点与全国存在差异,全外显子测序在贵州省耳聋患者病因诊断中具在重要的作用。贵州省耳聋遗传基因复杂多样,存在大量未发现的耳聋突变位点,需进一步进行基础与临床研究,以明确其致病性。 展开更多
关键词 耳聋 基因筛查 全外显子测序
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钾盐胁迫对‘六妹’羊肚菌(Morchella sextelata)菌丝逆境生理及相应基因表达的影响
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作者 李娟 宋洁 +2 位作者 刘晓红 王旭 李晓红 《北方园艺》 北大核心 2025年第3期18-26,共9页
以‘六妹’羊肚菌菌丝体为试验材料,采用固体和液体培养法,设置终浓度分别为0、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5 mol·L^(-1)的KCl处理,研究了钾盐胁迫对羊肚菌菌丝生长特性、生理指标及相应基因表达量的影响,以期为羊肚菌耐盐生理研究及... 以‘六妹’羊肚菌菌丝体为试验材料,采用固体和液体培养法,设置终浓度分别为0、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5 mol·L^(-1)的KCl处理,研究了钾盐胁迫对羊肚菌菌丝生长特性、生理指标及相应基因表达量的影响,以期为羊肚菌耐盐生理研究及栽培条件优化提供参考依据。结果表明:随培养基中KCl浓度的升高,羊肚菌菌丝的生长受到抑制,表现为菌丝纤细、分枝增多,黄色素增多,无法形成菌核,生长速度下降,生长速度抑制率为23.00%~76.11%。随KCl胁迫浓度的增加,‘六妹’羊肚菌菌丝中的丙二醛(MDA)和过氧化氢(H_(2)O_(2))含量、抗坏血酸(ASA)和谷胱甘肽(GSH)含量呈现升高趋势。抗氧化酶中的超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)和谷胱甘肽还原酶(GR)活性均呈现出先升高后下降的趋势,在0.3 mol·L^(-1)KCl处理下达到最高值。抗氧化酶基因MnSOD、CAT1、GPX和GR的相对表达量先升高后下降,在0.3 mol·L^(-1)KCl处理下达到最大值。综上,钾盐胁迫抑制‘六妹’羊肚菌菌丝生长和菌核形成,加快菌丝老化,促进菌丝体中丙二醛和活性氧含量的增加。在低浓度钾盐胁迫下,羊肚菌菌丝通过调节抗氧化酶关键基因的表达,启动抗氧化酶系统来减少菌丝氧化损伤,而在高浓度钾盐胁迫下,抗氧化酶基因表达量下降,酶活性受到抑制,羊肚菌菌丝体通过提高抗氧化物质ASA和GSH含量应对氧化损伤。 展开更多
关键词 钾盐胁迫 羊肚菌 抗氧化酶 基因表达
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