目的通过生物信息学分析核受体亚家族6 A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在胃癌中的作用,旨在阐明NR6A1在胃癌中诊断和预后价值,也包括其与免疫细胞浸润的关系。方法肿瘤基因组图谱(the cancer genome at...目的通过生物信息学分析核受体亚家族6 A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在胃癌中的作用,旨在阐明NR6A1在胃癌中诊断和预后价值,也包括其与免疫细胞浸润的关系。方法肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库用于分析NR6A1在胃癌组织与癌旁组织中的表达差异。利用Kaplan-Meier数据库分析NR6A1表达与胃癌患者生存预后的关系,使用R包建立诊断的受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线和列线图(nomogram)模型。cBioPortal和MethSurv数据库用于分析NR6A1基因突变和DNA甲基化,以及对胃癌患者生存预后的影响。仙桃学术用于分析NR6A1表达与免疫细胞浸润丰度的关系。STRING数据库分析与NR6A1蛋白质相互作用网络信息。基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析NR6A1相关基因的功能。使用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1上游的转录因子。NR6A1具有转录因子的功能,通过GRNdb数据库预测其下游靶基因,并富集分析相关靶基因的功能。结果TCGA数据库结果表明,NR6A1在胃癌中高表达;Kaplan-Meier数据库提示高表达NR6A1的胃癌患者预后差。ROC曲线分析表明,NR6A1可作为胃癌组织的诊断标志物(AUC=0.851)。基因突变分析,NR6A1基因突变率为2.70%,且发生基因突变的患者预后差。甲基化分析表明,在13个DNA甲基化CpG位点中,cg13409170的低甲基化与患者预后不良有关。免疫浸润分析表明,NR6A1高表达与多种免疫细胞浸润呈负相关。GO和KEGG分析主要富集在RNA转运和降解通路中。利用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1的上游转录因子为KLF5和E2F6。GRNdb数据库预测出转录因子NR6A1的7个下游靶基因(PLEKHG5、GTF2IRD1、CEL、SPRY2、MSL1、HNF4A-AS1、ADNP-AS1),靶基因富集分析功能主要包括突触前易化、Ras蛋白信号转导调控、小GTP酶介导的信号导调控等通路。结论NR6A1在胃癌组织中高表达,其高表达、基因突变、低甲基化与患者预后差有关,且NR6A1和免疫细胞浸润丰度相关,可作为胃癌预后可靠的标志物。展开更多
核受体在细胞稳态的维持以及疾病的发生发展等方面发挥着重要的作用。为了探究核受体亚家族6A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在肝癌中的作用及机制,首先,分析了癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,...核受体在细胞稳态的维持以及疾病的发生发展等方面发挥着重要的作用。为了探究核受体亚家族6A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在肝癌中的作用及机制,首先,分析了癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)等数据库信息,发现NR6A1在肝癌中异常高表达且与患者预后不良有关;然后,通过CCK-8(Cell Counting Kit-8)、5-乙炔基-2′-脱氧尿苷(5-ethynyl-2′-deoxyuridine,EdU)、划痕实验发现,干扰NR6A1使肝癌细胞的增殖明显受到抑制但不影响细胞的迁移;其次,通过免疫共沉淀、免疫荧光、RNA干扰和过表达等实验,鉴定出N-myc下游调控基因1(N-myc downstream-regulated gene 1,NDRG1)是NR6A1在肝癌中的互作蛋白质,二者在肝癌中的表达呈正相关,且NR6A1正调控NDRG1的表达;最后,利用功能拯救实验证实,干扰NDRG1可以抑制NR6A1过表达造成的肝癌细胞增殖增强的现象。综上可知,NR6A1通过与NDRG1相互结合且上调NDRG1的表达来发挥促癌作用。展开更多
核受体亚家族4A组成员1(nuclear receptor subfamily 4 group A member 1,NR4A1)是由多种应激源诱导的早期转录因子,参与细胞生理活动与病理进程,尤其是在炎症相关的肺部疾病中发挥关键的调节作用,且其活性表达受转录后修饰的调节。文...核受体亚家族4A组成员1(nuclear receptor subfamily 4 group A member 1,NR4A1)是由多种应激源诱导的早期转录因子,参与细胞生理活动与病理进程,尤其是在炎症相关的肺部疾病中发挥关键的调节作用,且其活性表达受转录后修饰的调节。文章探讨了NR4A1在哮喘、急性肺损伤(acute lung injury,ALI)、肺动脉高压(pulmonary arterial hypertension,PAH)和慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary diseases,COPD)中的调控作用,并对其小泛素相关修饰物(small ubiquitin‑like modifier,SUMO)修饰、磷酸化、乙酰化转录后修饰调节机制进行综述,为进一步明确NR4A1在肺实质性疾病中转录后修饰的调控机制及寻找临床肺实质相关疾病的防治靶点提供理论依据。展开更多
文摘目的通过生物信息学分析核受体亚家族6 A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在胃癌中的作用,旨在阐明NR6A1在胃癌中诊断和预后价值,也包括其与免疫细胞浸润的关系。方法肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库用于分析NR6A1在胃癌组织与癌旁组织中的表达差异。利用Kaplan-Meier数据库分析NR6A1表达与胃癌患者生存预后的关系,使用R包建立诊断的受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线和列线图(nomogram)模型。cBioPortal和MethSurv数据库用于分析NR6A1基因突变和DNA甲基化,以及对胃癌患者生存预后的影响。仙桃学术用于分析NR6A1表达与免疫细胞浸润丰度的关系。STRING数据库分析与NR6A1蛋白质相互作用网络信息。基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析NR6A1相关基因的功能。使用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1上游的转录因子。NR6A1具有转录因子的功能,通过GRNdb数据库预测其下游靶基因,并富集分析相关靶基因的功能。结果TCGA数据库结果表明,NR6A1在胃癌中高表达;Kaplan-Meier数据库提示高表达NR6A1的胃癌患者预后差。ROC曲线分析表明,NR6A1可作为胃癌组织的诊断标志物(AUC=0.851)。基因突变分析,NR6A1基因突变率为2.70%,且发生基因突变的患者预后差。甲基化分析表明,在13个DNA甲基化CpG位点中,cg13409170的低甲基化与患者预后不良有关。免疫浸润分析表明,NR6A1高表达与多种免疫细胞浸润呈负相关。GO和KEGG分析主要富集在RNA转运和降解通路中。利用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1的上游转录因子为KLF5和E2F6。GRNdb数据库预测出转录因子NR6A1的7个下游靶基因(PLEKHG5、GTF2IRD1、CEL、SPRY2、MSL1、HNF4A-AS1、ADNP-AS1),靶基因富集分析功能主要包括突触前易化、Ras蛋白信号转导调控、小GTP酶介导的信号导调控等通路。结论NR6A1在胃癌组织中高表达,其高表达、基因突变、低甲基化与患者预后差有关,且NR6A1和免疫细胞浸润丰度相关,可作为胃癌预后可靠的标志物。
文摘核受体在细胞稳态的维持以及疾病的发生发展等方面发挥着重要的作用。为了探究核受体亚家族6A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在肝癌中的作用及机制,首先,分析了癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)等数据库信息,发现NR6A1在肝癌中异常高表达且与患者预后不良有关;然后,通过CCK-8(Cell Counting Kit-8)、5-乙炔基-2′-脱氧尿苷(5-ethynyl-2′-deoxyuridine,EdU)、划痕实验发现,干扰NR6A1使肝癌细胞的增殖明显受到抑制但不影响细胞的迁移;其次,通过免疫共沉淀、免疫荧光、RNA干扰和过表达等实验,鉴定出N-myc下游调控基因1(N-myc downstream-regulated gene 1,NDRG1)是NR6A1在肝癌中的互作蛋白质,二者在肝癌中的表达呈正相关,且NR6A1正调控NDRG1的表达;最后,利用功能拯救实验证实,干扰NDRG1可以抑制NR6A1过表达造成的肝癌细胞增殖增强的现象。综上可知,NR6A1通过与NDRG1相互结合且上调NDRG1的表达来发挥促癌作用。
