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牛miR-155靶基因预测及其组织表达分析
1
作者 何学亮 徐俊杰 +7 位作者 姬小云 丁燕玲 曲畅 周小南 梁嘉豪 魏大为 史远刚 康晓龙 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第1期11-18,共8页
为探究bta-miR-155在牛重要组织中的潜在功能,使用miRDB、TargetScan和miRWalk在线软件预测bta-miR-155靶基因,利用DAVID在线数据库对预测靶基因进行GO注释和KEGG通路富集分析;利用MEGA 11.0软件对牛、人、猪、狗、大鼠、家鼠、山羊和... 为探究bta-miR-155在牛重要组织中的潜在功能,使用miRDB、TargetScan和miRWalk在线软件预测bta-miR-155靶基因,利用DAVID在线数据库对预测靶基因进行GO注释和KEGG通路富集分析;利用MEGA 11.0软件对牛、人、猪、狗、大鼠、家鼠、山羊和恒河猴的miR-155进行保守性分析并进行系统进化树构建;最后利用RT-qPCR技术对bta-miR-155在牛主要组织心、脾、肺、肾、睾丸、股二头肌和背最长肌中的表达进行检测。结果表明,bta-miR-155位于牛基因组1号染色体,其成熟序列在各物种间保守性较高,只有猪、家鼠和大鼠在12 nt或23 nt处不完全保守或缺失,且有24个预测靶基因;GO功能分析发现,bta-miR-155靶基因富集程度高的条目主要有RNA聚合酶Ⅱ启动子对pri-miRNA转录的正向调控、NF-kappaB转录因子活性的正调控、白细胞介素-1β产生的正调控、平滑肌细胞增殖的正向调节和成肌细胞分化的负调控等;KEGG通路显著富集于脂质和动脉粥样硬化、白细胞分化抗原36、固醇调节元件结合蛋白1、NOD样受体、白细胞介素18和脂肪细胞因子等信号通路。bta-miR-155的组织表达分析结果表明,bta-miR-155在成年牛股二头肌中的表达量最高,在心肌中的表达量最低;成年牛背最长肌中bta-miR-155的表达量显著高于犊牛(P<0.05)。综上,btamiR-155在牛肌肉组织中的高表达提示其可能在肌肉生长发育过程中发挥重要作用,为后续开展bta-miR-155在牛肌肉发育、肌纤维类型转化中的分子功能探究奠定了基础。 展开更多
关键词 牛 bta-miR-155 靶基因预测 组织表达
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hsa-miR-381-3p的靶基因预测及生物信息学分析
2
作者 黄亚楠 杨晓菲 +2 位作者 汤涓 李林倬 李兵 《医学理论与实践》 2025年第4期559-563,共5页
目的:通过分析hsa-miR-381-3p的保守性及靶基因,探索其可能发挥的生物学作用。方法:首先,通过UCSC基因组浏览器,比较人类与其他物种的基因组序列,分析hsa-miR-381-3p的序列保守性。再利用miR-Gator数据库探索hsa-miR-381-3p在不同器官... 目的:通过分析hsa-miR-381-3p的保守性及靶基因,探索其可能发挥的生物学作用。方法:首先,通过UCSC基因组浏览器,比较人类与其他物种的基因组序列,分析hsa-miR-381-3p的序列保守性。再利用miR-Gator数据库探索hsa-miR-381-3p在不同器官和疾病中的表达情况。随后,预测hsa-miR-381-3p的潜在靶基因,使用miRDB、mirDIP和TargetScan数据库,并与miRTarBase数据库整合以提高准确性。进行蛋白质—蛋白质相互作用分析,揭示基因相互作用网络。最后,通过DAVID 6.8工具进行GO功能和KEGG通路富集分析,深入理解hsa-miR-381-3p的生物学功能和作用机制。结果:miR-381-3p序列在多个物种间保守,表明其在生物学过程中的重要性和演化稳定性。鉴定出279个与miR-381-3p相互作用的靶基因,包括BRD4、MDM2等,主要功能是与蛋白质和RNA结合,调控转录因子和辅因子活性,在基因表达调控中起关键作用。KEGG通路分析显示,这些靶基因涉及35个信号通路,包括干细胞多能性、轴突导向等,这些通路在细胞生命活动中至关重要。结论:hsa-miR-381-3p在调控关键信号通路中的作用,使其在肿瘤诊断和治疗领域具有应用前景。 展开更多
关键词 hsa-miR-381-3p 生物信息学 靶基因预测 蛋白质—蛋白质相互作用 肿瘤
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小麦miR164基因家族的生物信息学分析及靶基因预测
3
作者 武宁静 徐渴 +3 位作者 曹慧雯 张树华 赵勇 杨学举 《中国科技论文在线精品论文》 2024年第1期50-58,共9页
miR164家族是植物中一类特有的保守小RNA分子,广泛参与植物的生长发育及各种逆境胁迫响应。为了解小麦Tae-miR164基因家族成员的进化特征、表达模式及功能,对PmiREN数据库中Tae-miR164基因进行了生物信息学分析。结果共鉴定到13个家族成... miR164家族是植物中一类特有的保守小RNA分子,广泛参与植物的生长发育及各种逆境胁迫响应。为了解小麦Tae-miR164基因家族成员的进化特征、表达模式及功能,对PmiREN数据库中Tae-miR164基因进行了生物信息学分析。结果共鉴定到13个家族成员,成簇于小麦Chr1、Chr2和Chr6等3条染色体上。序列比对发现Tae-miR164家族13个成员的成熟序列均为21 bp,且相似性较高,仅在5’端第21个核苷酸处存在差异,前体序列均能形成稳定的二级茎环结构,成熟的miRNA序列处于5’端臂上。进化树分析表明,拟南芥、水稻、玉米、二穗短柄草、大麦、谷子、苜蓿、番茄和小麦中Tae-miR164家族成员主要分为4个分支。靶基因预测表明,Tae-miR164基因家族成员对应的靶基因为NAC转录因子家族成员。转录组数据分析表明,Tae-miR164a/b/c/d/e/f/g/h/i/m在小麦6个组织中均有表达,Tae-miR164j/k/l在花和籽粒中几乎不表达。实时荧光定量PCR结果表明,低温(4℃)胁迫处理48 h的小麦茎基部中Tae-miR164家族成员呈明显上调的表达模式。本研究为小麦Tae-miR164家族成员的功能鉴定奠定了理论基础。 展开更多
关键词 农艺学 小麦 Tae-miR164基因家族 系统进化 靶基因预测
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miRNA-200b在糖尿病小鼠海马体中的异常表达及靶基因预测
4
作者 马广辉 李汶柯 +2 位作者 蒙鑫 王会岩 董媛 《吉林医药学院学报》 2024年第4期250-256,共7页
目的分析糖尿病小鼠海马体miRNA-200b表达情况,并预测miRNA-200b靶基因。方法采用链脲佐菌素或联合高糖高脂饮食分别诱导1型和2型糖尿病小鼠模型,建模后处死小鼠,分离海马体组织,利用荧光定量PCR测定miRNA-200b表达量。通过miRWalk、mi... 目的分析糖尿病小鼠海马体miRNA-200b表达情况,并预测miRNA-200b靶基因。方法采用链脲佐菌素或联合高糖高脂饮食分别诱导1型和2型糖尿病小鼠模型,建模后处死小鼠,分离海马体组织,利用荧光定量PCR测定miRNA-200b表达量。通过miRWalk、miRDB和miRPathDB三个基因数据库预测miRNA-200b靶基因,进行GO分析和KEGG分析。结果成功建立糖尿病小鼠模型。糖尿病小鼠海马体中miRNA-200b表达量比正常小鼠下降(P<0.05)。生物信息学预测显示,miRNA-200b筛选到3个靶基因,分别是GAB1、SLC5A3和GICCL1,靶基因功能富集于糖代谢、脑部神经营养等信号通路。结论miRNA-200b在糖尿病小鼠海马体中显著下降,有望成为糖尿病治疗的新靶点。 展开更多
关键词 糖尿病 海马体 miRNA-200b 靶基因预测
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microRNA靶基因预测算法研究概况及发展趋势 被引量：17
5
作者 茹松伟 申卫红 +2 位作者 杨鹏程 赵屹 邵启祥 《生命科学》 CSCD 2007年第5期562-567,共6页
microRNA(miRNA)是一类约22个核苷酸(nt)长的非编码小分子RNA,广泛存在于动植物细胞中,通过和靶基因的不精确互补配对而裂解mRNA或抑制翻译的起始。准确地预测miRNA靶基因和正确地认识miRNA及其靶基因的作用机理已成为当前研究的热点。... microRNA(miRNA)是一类约22个核苷酸(nt)长的非编码小分子RNA,广泛存在于动植物细胞中,通过和靶基因的不精确互补配对而裂解mRNA或抑制翻译的起始。准确地预测miRNA靶基因和正确地认识miRNA及其靶基因的作用机理已成为当前研究的热点。作者试图对目前常用的10余个高等生物miRNA靶基因预测软件的实现原理、适用对象及各算法的创新之处等加以综述,以便为进行靶基因预测算法设计人员提供参考,对生物学实验验证提供更好的理论指导。 展开更多
关键词 MICRORNAS 靶基因预测 生物信息学 RNA干扰
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miR-171基因家族进化分析及靶基因预测 被引量：13
6
作者 王艳芳 周瑞莲 赵彦宏 《生命科学研究》 CAS CSCD 2015年第6期479-483,共5页
运用生物信息学方法在miRBase中搜索植物miR-171基因家族的序列,分析miR-171序列的进化特征并预测其靶基因。结果表明,在38种植物中共搜索到219条miR-171序列,大部分miR-171基因都存在于基因间隔区。进化分析表明,miR-171基因家族的进... 运用生物信息学方法在miRBase中搜索植物miR-171基因家族的序列,分析miR-171序列的进化特征并预测其靶基因。结果表明,在38种植物中共搜索到219条miR-171序列,大部分miR-171基因都存在于基因间隔区。进化分析表明,miR-171基因家族的进化与物种进化关联不大。采用3个miRNA靶基因预测软件对大豆和玉米miR-171基因的靶基因进行预测,发现了miR-171可能参与生长因子、转录因子、蛋白酶等的调控,作用范围非常广泛。 展开更多
关键词 miR-171 基因家族 分子进化 靶基因预测
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miR-124基因家族的分子进化与靶基因预测 被引量：6
7
作者 彭娟 李思光 +1 位作者 罗丹丹 罗玉萍 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期167-178,共12页
MicroRNA(miRNA)是一类内源基因编码的长度约22个核苷酸的非编码单链RNA分子。依据其在进化中高度保守的特点,利用生物信息学方法在目前已测序的物种中搜寻在哺乳动物中枢神经系统特异表达的miR-124基因的同源序列。在80个不同的动物物... MicroRNA(miRNA)是一类内源基因编码的长度约22个核苷酸的非编码单链RNA分子。依据其在进化中高度保守的特点,利用生物信息学方法在目前已测序的物种中搜寻在哺乳动物中枢神经系统特异表达的miR-124基因的同源序列。在80个不同的动物物种中找到了150条miR-124基因的同源序列,其中27条为新发现的序列。目前发现的miR-124基因中,除线虫cel-mir-124和小鼠mmu-mir-124-2位于内含子之外,其他均位于基因间隔区。不同物种中,miR-124基因成熟序列的相似性为89.54%,前体序列为41.98%。miR-124基因在大多数无脊椎动物中为单拷贝,而在脊椎动物中大多为多拷贝,表明从无脊椎动物到脊椎动物进化过程中miR-124基因发生了重复。靶基因预测结果显示,在人、小鼠和大鼠等哺乳动物中mir-124大多靶位点也是保守的。 展开更多
关键词 MICRORNA miR-124 分子进化 靶基因预测
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蒙古冰草苗期抗旱相关microRNA的差异表达分析及靶基因预测 被引量：4
8
作者 马艳红 张旭婷 +3 位作者 于肖夏 刘旭婷 高慧 于卓 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1168-1174,共7页
为明确蒙古冰草抗旱相关microRNA(miRNA)的表达特征及其靶基因,利用实时荧光定量PCR技术,对前期测序筛选到的4个miRNA(amo-miR21、amo-miR44、amo-miR62、amo-miR82)在干旱胁迫下的苗期差异表达情况进行了定量验证,用Target Finder软件... 为明确蒙古冰草抗旱相关microRNA(miRNA)的表达特征及其靶基因,利用实时荧光定量PCR技术,对前期测序筛选到的4个miRNA(amo-miR21、amo-miR44、amo-miR62、amo-miR82)在干旱胁迫下的苗期差异表达情况进行了定量验证,用Target Finder软件和psRNATarget数据库在线预测其靶基因,并用MegAlign软件对预测的靶基因进行了同源性比对分析。结果表明,干旱胁迫下,蒙古冰草中amo-miR21、amo-miR82和amo-miR62的表达量呈上调趋势,而amo-miR44的表达呈下调趋势,与前期测序结果相符;4个miRNA共预测出32个靶基因,其中,amo-miR44在玉米、水稻和小麦数据库中未发现同源的靶基因,在拟南芥、大麦、蒺藜苜蓿中发现的靶基因相似性较低;而amo-miR21、amo-miR82和amo-miR62的靶基因均与小麦中预测的靶基因存在较高同源性(68.6%~95.6%),推测这3个靶基因是参与干旱逆境胁迫响应的基因。 展开更多
关键词 蒙古冰草 干旱胁迫 MICRORNA 荧光定量RT—PCR 靶基因预测
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葡萄miR159家族生物信息学分析及靶基因预测分析 被引量：4
9
作者 葛金涛 王丽丽 +1 位作者 赵统利 刘兴满 《江西农业学报》 CAS 2018年第2期21-25,共5页
为了研究葡萄miR159基因家族在葡萄生长发育过程中发挥的作用,利用生物信息学工具和方法,对葡萄miR159家族成员进行了基因定位、前体序列二级结构预测、成熟序列保守性分析、靶基因及其功能预测以及系谱进化分析。结果显示:在葡萄miR15... 为了研究葡萄miR159基因家族在葡萄生长发育过程中发挥的作用,利用生物信息学工具和方法,对葡萄miR159家族成员进行了基因定位、前体序列二级结构预测、成熟序列保守性分析、靶基因及其功能预测以及系谱进化分析。结果显示:在葡萄miR159家族成员中vvi-miR159a和vvi-miR159b两个成员均分布在染色体15上,vvi-miR159c分布在染色体17上;葡萄miR159家族成员基本上符合进化规律;葡萄miR159家族成员的前体均可形成稳定的茎环结构,且其成熟序列都产生于其前体茎环结构的5'端臂上,其碱基序列保守性较高;葡萄miR159家族对应的靶基因主要有两个(GSVIVT01012447001与GSVIVT01037362001),经BLAST分析,主要为GAMYB转录因子家族。 展开更多
关键词 葡萄 miR159 基因家族 分子进化 靶基因预测
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人牙髓细胞中差异表达miRNA的筛选及靶基因预测 被引量：4
10
作者 杨明聪 向学熔 范小平 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1132-1135,共4页
目的筛选人牙髓细胞(human dental pulp cells,HDPCs)在未分化状态及在矿化诱导液中差异表达的miRNA并预测其靶基因。方法体外分离培养临床就诊患者来源的人牙髓细胞并鉴定后,分别在普通培养基和矿化诱导培养基中培养,用矿化诱导液诱导... 目的筛选人牙髓细胞(human dental pulp cells,HDPCs)在未分化状态及在矿化诱导液中差异表达的miRNA并预测其靶基因。方法体外分离培养临床就诊患者来源的人牙髓细胞并鉴定后,分别在普通培养基和矿化诱导培养基中培养,用矿化诱导液诱导细胞向成牙本质细胞方向分化,对细胞结节形成情况进行观察并用Vonkossa染色确定HDPCs分化情况。取培养21 d的细胞用miRNA芯片检测差异表达的miRNA,并通过miRGen数据库预测其靶基因,通过GO和KEGG Pathway进行靶基因功能富积分析。结果矿化诱导的HDPCs较未诱导的HDPCs,有72种miRNA发生1.5倍以上表达上调,61种miRNA发生1.5倍以上表达下调。通过miRNA靶标预测工具分析发现,带有靶标基因的miRNA有35个,35个miRNA的靶标基因总和1 327个,miRNA和靶标基因关系对总共2158个。结论成功筛选出HDPCs miRNAs表达谱,预测到部分靶基因。 展开更多
关键词 MIRNAS 牙髓细胞 微阵列分析 靶基因预测
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人类miR-425靶基因预测及生物信息学特征分析 被引量：2
11
作者 许宇彪 杨建荣 +3 位作者 李碧锦 何二松 林昌荣 莫凯迪 《河北医药》 CAS 2017年第7期977-980,共4页
目的采用生物信息学工具分析人类miR-425(has-miR-425)的转录调控、靶基因功能和蛋白-蛋白互作,为研究其在细胞调控过程中的作用提供理论依据。方法应用miRBase、UCSC Genome Browser等数据库,分析has-miR-425在不同物种的序列情况,以... 目的采用生物信息学工具分析人类miR-425(has-miR-425)的转录调控、靶基因功能和蛋白-蛋白互作,为研究其在细胞调控过程中的作用提供理论依据。方法应用miRBase、UCSC Genome Browser等数据库,分析has-miR-425在不同物种的序列情况,以及在基因组上下游10kb以内的Cp G岛分布情况、转录起始位置(TSS)、转录因子结合位置(TFBS)等;选择Target Scan、Pic Tar、MiRanda三种计算方法预测has-miR-425的靶基因,取三个预测结果的交集靶基因分别进行注释描述和富集分析。采用STRING软件对交集靶基因进行蛋白与蛋白互作网络分析。结果has-miR-425序列在人、大鼠、猕猴、黑猩猩之间呈现高度保守性;has-miR-425可能具有独立的启动子。共预测到319个潜在的靶基因,这些靶基因主要参与蛋白去磷酸化、细胞氮化合物反应、氮化合物反应等生物学过程;主要分子功能为酶结合、转移酶活性、金属离子结合等;主要细胞组成为:膜结合细胞器、细胞内膜有界细胞器、细胞核等。蛋白-蛋白互作分析显示靶基因中PAFAH1B1与DYNC1I2、MAP2K6与ZAK之间的关联度最高。结论通过对has-miR-425转录调控元件、靶基因的分析,为has-miR-425在细胞调控中的功能与调控机制提供了重要的理论依据。 展开更多
关键词 miR-425 转录调控 靶基因预测 生物信息学
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miR-184在碱烧伤大鼠角膜新生血管中的表达及靶基因预测分析 被引量：8
12
作者 刘成刚 周善璧 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2013年第5期588-592,共5页
目的初步探miR-184在碱烧伤诱导大鼠角膜新生血管形成过程中的作用和基因调控机制。方法碱烧伤诱导大鼠角膜新生血管形成。基质胶上建立人脐静脉血管内皮细胞体外三维培养体系。应用qRT-PCR检测miR-184的体内外表达。生物信息学方法预... 目的初步探miR-184在碱烧伤诱导大鼠角膜新生血管形成过程中的作用和基因调控机制。方法碱烧伤诱导大鼠角膜新生血管形成。基质胶上建立人脐静脉血管内皮细胞体外三维培养体系。应用qRT-PCR检测miR-184的体内外表达。生物信息学方法预测并分析miR-184靶基因。结果初步建立起血管新生的体内外研究模型,miR-184在碱烧伤大鼠角膜新生血管角膜中的表达(0.145±0.013)较正常角膜(1.015±0.189)显著下降(P<0.01),而在人脐静脉血管内皮细胞中相对表达量极少(0.007±0.004)(P<0.05)。预测的靶基因与VEGF血管生成信号通路有关。结论新生血管进程中伴随着miR-184表达量降低,提示其与血管新生密切相关,可能通过VEGF信号通路参与碱烧伤角膜新生血管形成。 展开更多
关键词 角膜新生血管 三维培养 MICRORNA 靶基因预测
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雌雄鸡胚性腺microRNA表达检测及靶基因预测分析 被引量：2
13
作者 何川 赵乐乐 +8 位作者 翟正晓 高宏巍 蒲弘俊 陈永灿 汤琳琳 杨凯旋 李世玉 黄启忠 孟和 《上海交通大学学报（农业科学版）》 2012年第5期72-77,共6页
动物胚胎发育时期伴随着复杂的基因表达和调控过程,特别是microRNA的基因转录后调控。实验应用二代测序技术测定了发育至6.5d雌雄鸡胚性腺中miRNA表达情况,并对差异表达miRNA进行了靶基因分析。检测分析结果显示,在雄性样品中发现375种m... 动物胚胎发育时期伴随着复杂的基因表达和调控过程,特别是microRNA的基因转录后调控。实验应用二代测序技术测定了发育至6.5d雌雄鸡胚性腺中miRNA表达情况,并对差异表达miRNA进行了靶基因分析。检测分析结果显示,在雄性样品中发现375种miRNA,雌性样品中发现372种miRNA。针对30种在两性性腺中显著差异表达的miRNA,实验采用3个软件(Targetscan 6.0,MirTarget2与miRanda)进行靶基因预测分析,共预测出12 477个靶基因,这些基因显著富集在205个GO分类和11条信号通路中。实验为鸟类性别分化调控机制研究和miRNA靶基因分析提供了基本实验数据和方法学参考。 展开更多
关键词 鸡胚 性腺 微小RNA 靶基因预测 第2代测序技术
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蒙古沙冬青保守microRNAs的鉴定及靶基因预测 被引量：1
14
作者 高飞 孙鹏 +5 位作者 陈静 李章磊 张孜宸 李华云 王宁 周宜君 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期485-494,共10页
蒙古沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）是生长在荒漠中的木本植物,对于我国西北部干旱、半干旱区域的植被维护与恢复具有重要价值。蒙古沙冬青对干旱、低温等多种逆境具有较高的耐受性,是研究林木耐受逆境生理与分子机制的合适材料。... 蒙古沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）是生长在荒漠中的木本植物,对于我国西北部干旱、半干旱区域的植被维护与恢复具有重要价值。蒙古沙冬青对干旱、低温等多种逆境具有较高的耐受性,是研究林木耐受逆境生理与分子机制的合适材料。MicroRNA（miRNA）是一类长度约为21个核苷酸的内源性非编码小分子RNA,在植物生长发育和逆境应答等生物学过程中发挥着重要的调控作用。目前,许多植物物种的miRNAs已经获得鉴定,但未见蒙古沙冬青miRNAs的相关报道。文章应用高通量测序和生物信息学分析方法对蒙古沙冬青幼苗保守miRNAs的类型、表达丰度以及靶基因进行了分析和预测。共鉴定了10个家族的19种保守miRNAs,其表达丰度介于55~1920269个拷贝之间。通过在线软件psRNATarget预测了其中14个保守miRNAs的靶基因。对于这些靶基因的功能分析表明,蒙古沙冬青的保守 miRNA 主要通过转录调控、激素信号途径、物质代谢和胁迫应答等生物学过程参与植物生长发育和环境响应。 展开更多
关键词 蒙古沙冬青 MICRORNAS 高通量测序 靶基因预测
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绒山羊皮肤毛囊miR-1298-5P靶基因预测及表达载体构建 被引量：1
15
作者 张桂山 徐晶 +2 位作者 孙丽敏 白曼 姜怀志 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2017年第1期28-32,共5页
探讨辽宁绒山羊皮肤毛囊不同发育时期miR-1298-5P的调控作用及其与靶基因的潜在关系,为miR-1298-5P与其靶基因对皮肤毛囊发育作用提供理论依据。以辽宁绒山羊皮肤毛囊组织为材料,通过miRNA的分离、表达、靶基因预测筛选表达及靶位点3... 探讨辽宁绒山羊皮肤毛囊不同发育时期miR-1298-5P的调控作用及其与靶基因的潜在关系,为miR-1298-5P与其靶基因对皮肤毛囊发育作用提供理论依据。以辽宁绒山羊皮肤毛囊组织为材料,通过miRNA的分离、表达、靶基因预测筛选表达及靶位点3'UTR表达载体构建,采用RT-PCR进行表达检测,用生物信息学方法预测miR-1298-5P的靶基因,并对其靶基因Fg F2的靶位点进行克隆测序、缺失突变。miR-1298-5P及其靶基因在皮肤毛囊不同发育时期均呈现差异性表达,二者之间呈现一种负调控趋势,其可能对皮肤毛囊周期性发育起到一定的调控作用。靶基因预测发现Fg F2的3'UTR存在mi R-1298-5P种子区结合位点,并成功构建了Fg F2 3'UTR表达载体,该载体的成功构建为后期过表达转染体系的建立和功能基因的验证奠定了基础。 展开更多
关键词 辽宁绒山羊 皮肤毛囊 miR-1298-5P FGF2 靶基因预测 表达载体构建
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miRNA在植物病毒基因组中的靶基因预测及分析 被引量：1
16
作者 王艳芳 赵彦宏 +1 位作者 于佳丽 刘林德 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期132-135,共4页
microRNA(miRNA)是一类长约22nt的内源性的非编码小RNA,在植物的生长发育和胁迫响应中起重要调控作用。本文通过生物信息学的方法,在miRBase中下载了12种植物的miRNA序列;在DPVweb和VIDE病毒数据库中查找侵染这些植物的病毒,并在NCBI数... microRNA(miRNA)是一类长约22nt的内源性的非编码小RNA,在植物的生长发育和胁迫响应中起重要调控作用。本文通过生物信息学的方法,在miRBase中下载了12种植物的miRNA序列;在DPVweb和VIDE病毒数据库中查找侵染这些植物的病毒,并在NCBI数据库中搜索其基因组序列,共获得173种病毒的基因组序列。用psRNATarget在线软件预测植物miRNA在植物病毒中的靶基因,发现植物miRNA可能参与调控包括聚合蛋白、衣壳蛋白、逆转录酶、复制相关基因、通读蛋白、依赖RNA的RNA聚合酶等多种植物病毒基因的表达。 展开更多
关键词 MIRNA 植物病毒 靶基因预测 生物信息学
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布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测与功能富集性分析 被引量：1
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作者 赵宇 罗艺晨 +8 位作者 顾国靖 李博文 李文杰 周志雄 帅学宏 伍莉 陈吉轩 黄庆洲 焦寒伟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第10期2843-2850,共8页
为进行布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测,本试验利用布鲁氏菌(Brucella)感染RAW264.7细胞后,分别运用miRanda和TargetScan软件进行差异表达的mmu-miR-671-5p靶基因的预测,预测的靶基因分别有11 953和9 252个,将预测结果取交集... 为进行布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测,本试验利用布鲁氏菌(Brucella)感染RAW264.7细胞后,分别运用miRanda和TargetScan软件进行差异表达的mmu-miR-671-5p靶基因的预测,预测的靶基因分别有11 953和9 252个,将预测结果取交集进行韦恩(Venn)分析,重叠部分的靶基因有3 681个;利用GO与KEGG进行功能富集性分析,再利用PicTar软件进一步对mmu-miR-671-5p的靶基因进行预测,将预测结果与Venn分析结果进一步取交集,结果显示,mmu-miR-671-5p的预测靶基因有7个;实时荧光定量PCR分别验证7个预测靶基因的相对表达量发现,Tnfrsf1b与Tnip 1基因相对表达量极显著降低(P<0.01);在RAW264.7细胞中转染mmu-miR-671-5p inhibitors,分别验证7个预测靶基因的相对表达量发现,Tnfrsf1b与Tnip 1基因的相对表达量极显著升高(P<0.01);对mmu-miR-671-5p与Tnfrsf1b和Tnip1的3′非翻译区(3′UTR)结合靶位点分别进行预测,结果初步表明,mmu-miR-671-5p的靶基因为Tnfrsf1b与Tnip 1,其预测结合靶位点均只有1个,分别位于Tnfrsf1b和Tnip1 3′UTR全长位置的91和305 bp。本研究结果为进一步揭示mmu-miR-671-5p在布鲁氏菌感染RAW264.7细胞过程中的功能提供科学依据。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 RAW264.7细胞 mmu-miR-671-5p 靶基因预测 功能富集性分析
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绵羊miR-376e-3p的靶基因预测与GO功能分析
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作者 马元 胡子乔 +4 位作者 张莹姣 张雁 申彩云 张富权 刘文忠 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 2017年第7期499-503,509,共6页
[目的]研究miRNA对脂肪代谢的调节作用,在一定程度上揭示脂肪代谢的分子机制。[方法]本研究选取实验室前期高通量测序结果中的miR-376e-3p进行研究,其在不同脂尾型绵羊尾部脂肪组织中差异表达显著,是脂肪代谢的关键miRNA。用3种软件对mi... [目的]研究miRNA对脂肪代谢的调节作用,在一定程度上揭示脂肪代谢的分子机制。[方法]本研究选取实验室前期高通量测序结果中的miR-376e-3p进行研究,其在不同脂尾型绵羊尾部脂肪组织中差异表达显著,是脂肪代谢的关键miRNA。用3种软件对miR-376e-3p进行靶基因预测,并对预测结果进行GO通路富集分析。[结果]MiR-376e-3p有25个潜在的靶基因,其中21个基因富集到3种分子功能,23个基因富集到14个生物学过程中,其中Vldlr具有脂蛋白粒子受体活性。[结论]推测miR-376e-3p可能通过调节其潜在靶基因Vldlr参与脂肪代谢。为进一步研究miR-376e-3p和Vldlr在绵羊脂肪代谢中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 绵羊 miR-376e-3p 靶基因预测 GO分析
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向日葵锈病抗性相关microRNA的挖掘及其靶基因预测 被引量：3
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作者 龚静 路妍 +1 位作者 宋阳 景岚 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期687-700,共14页
前期利用高通量测序技术及生物信息学分析方法,在向日葵上预测筛选到10个差异表达的新microRNA(miRNA)可能与锈病抗性相关。本试验利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,对筛选到的10个miRNA做进一步的定量验证。结果表明,相比于水处理的... 前期利用高通量测序技术及生物信息学分析方法,在向日葵上预测筛选到10个差异表达的新microRNA(miRNA)可能与锈病抗性相关。本试验利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,对筛选到的10个miRNA做进一步的定量验证。结果表明,相比于水处理的健康叶片(对照组A),接种锈菌300生理小种的叶片中(抗病组B)HanmiR21、Han-miR25、Han-miR42表达量呈上调趋势,Han-miR11、Han-miR34、Han-miR43、Han-miR47、Han-miR67表达量呈下调趋势;接种锈菌737生理小种的叶片中(感病组C)Han-miR25、Han-miR42的表达量呈上调趋势,Han-miR11、Han-miR21、Han-miR34、Han-miR43、Han-miR47、Han-miR67表达量呈下调趋势。qRT-PCR的检测结果与前期高通量测序结果 80%相一致。利用miRanda软件预测靶基因,10个miRNA共预测到117个靶基因,其中86个靶基因获得其生物信息学功能注释。运用miRBase数据库,对10个新预测miRNA进行同源性分析发现,新预测的10个miRNA与拟南芥、烟草、水稻等作物中参与病害逆境胁迫响应的miRNA有较高相似性(62%~100%)。定量检测和验证miRNA作用的靶基因时发现,抗病组表达量上调的Han-miR21对应的靶基因有1个下调、表达量下调的Han-miR43对应的靶基因有3个上调,符合miRNA与其靶基因互作的规律。 展开更多
关键词 向日葵锈病 抗锈相关miRNA 靶基因预测 QRT-PCR
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miR-423-5p在牛肌肉组织中表达及其靶基因预测 被引量：1
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作者 陈雯 张伟伟 +3 位作者 邵淑丽 付学鹏 黄鑫 李铁 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第5期785-793,共9页
miR-423-5p在细胞中具有重要的生物学功能,如在肌细胞中能影响细胞的增殖。根据miRBase及NCBI网站显示的相关信息利用分析软件对miR-423在各物种之间的同源性进行了分析。取成年西门塔尔牛体内的骨骼肌、小肠、心脏组织利用茎环荧光定量... miR-423-5p在细胞中具有重要的生物学功能,如在肌细胞中能影响细胞的增殖。根据miRBase及NCBI网站显示的相关信息利用分析软件对miR-423在各物种之间的同源性进行了分析。取成年西门塔尔牛体内的骨骼肌、小肠、心脏组织利用茎环荧光定量PCR进行miR-423-5p表达量检测,将牛骨骼肌卫星细胞(MDSCs)分化处理不同时长后进行检测;最后通过在线软件(TargetScan、PicTar)预测其可能结合的靶基因。结果表明,miR-423-5p在各物种间具有较高的同源性,在骨骼肌中表达量明显高于其他组织。在MDSCs中,随着细胞分化时间的延长,miR-423-5p表达量逐渐升高。miR-423-5p在12个基因mRNA的3′-UTR上含有潜在的结合位点,其中部分靶基因参与细胞的增殖、分化和凋亡。结果提示,miR-423-5p可能参与细胞的生长代谢,调节细胞的增殖与分化。 展开更多
关键词 miR-423-5p 茎环荧光定量PCR 靶基因预测 牛
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