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题名基于高通量测序的铁皮石斛叶片转录组分析
被引量：15
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作者
吴超
彭娟
向林
顾敏
秦德辉
丁晓瑜
郭方其
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机构
浙江省农业科学院园艺研究所
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出处
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第12期3334-3346,共13页
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基金
浙江省自然科学基金项目(LQ14C160001)资助
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文摘
采用新一代高通量测序技术Illumina Hi Seq 2000对铁皮石斛(Dendrobium officinale)转录组进行测序,共获得11 153 295 000 nt数据。对测序获得数据(reads)进行序列拼接组装,共获得121 596个单基因簇,序列平均长度为660 bp,整体序列信息达到了40.16 Mb。再应用生物信息学相关数据库进行比对,结果表明,本测定获得的52 345个Unigene能够在数据库中检索到相关功能注释。通过GO数据库比对,测序获得Unigene功能分类可分为3大类57个分支,其中有大量的Unigene与细胞、催化活性、细胞部分、细胞器等相关功能。通过COG数据库比对,测序获得Unigene功能注释到25类直系同源蛋白分类中如转录、复制,重组和修复、翻译,核糖体结构和生物起源等。以KEGG数据库作为参考,依测序获得Unigene可定位到128个代谢途径分支,如脂类代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢等。进一步利用软件查找SSR位点发现,从Unigene中共找到9 892个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AAG/CTT、CCG/CGG和AGG/CCT。
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关键词
铁皮石斛转录组
生物信息学
功能注释
SSR
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Keywords
Dendrobium officinale
Transcriptome
Bioinformatics
Gene annotation
Simple sequence repeat
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分类号
S567.239
[农业科学—中草药栽培]
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