基于SNP标记的小麦品种遗传相似度及其检测准确度分析

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作者 许乃银 金石桥 +7 位作者 晋芳 刘丽华 徐剑文 刘丰泽 任雪贞 孙全 许栩 庞斌双 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期887-896,共10页

遗传相似度检测的准确度估计是对SNP标记法在农作物品种检测体系中应用的必要补充和完善。本研究基于2021年小麦品种SNP标记法跨实验室协同验证实验数据,分析了该方法的检测准确度及在品种间的遗传相似度。分析结果表明:(1)10个实验室... 遗传相似度检测的准确度估计是对SNP标记法在农作物品种检测体系中应用的必要补充和完善。本研究基于2021年小麦品种SNP标记法跨实验室协同验证实验数据,分析了该方法的检测准确度及在品种间的遗传相似度。分析结果表明:(1)10个实验室对55组小麦品种组合的标记位点相似度检测的总体准确度约为98%。(2)GGE双标图的品种遗传关系功能图显示,7组小麦品种的组内遗传相似度在95%以上,其余组合的遗传相似度较低。(3)依据GGE双标图的“正确度-精确度”功能图和“准确度排序”功能图,发现洛旱7号/洛旱11等品种组合的相似度检测准确度较高,晋麦47/临抗11的检测准确度一般,而济麦22/婴泊700的检测准确度较差。(4)10个实验室的检测准确度存在显著差异,其中2个实验室检测的正确度、精确度和准确度表现显著差于其余实验室。(5)各实验室检测正确度的容许误差分布于1.3%~1.9%之间,平均为1.5%;准确度的容许误差分布于1.5%~2.0%之间,平均为1.7%。其中,Lab2和Lab3的检测正确度和准确度的容许误差显著差于其余实验室。本研究构建了SNP标记法对品种相似性检测的准确度统计模型,分析了品种组合和实验室的检测准确度及其容许误差,采用GGE双标图方法对检测正确度、精确度和准确度进行可视化分析,验证了各实验室对品种位点相似性检测的准确度和可靠性,为SNP标记法在农作物品种遗传相似性检测中的准确度评价提供了理论支持和应用范例。 展开更多

关键词 小麦(Triticum aestivum L.) GGE双标图 SNP标记 遗传相似度 位点相似度 准确度

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一种新的分子遗传相似度计算方法 被引量：8

2

作者 高会江 杨运清 潘玉春 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期455-457,共3页

指出了Nei氏遗传相似度仅仅是用来描述两个二进制变量差异或相似程度的一种距离系数或相似系数 ,与个体间亲缘程度没有必然联系。根据亲缘系数的定义 ,提出新的遗传相似度计算公式即rA(x ,y) =2N2xyNxNy或rA(x ,y) =N2xyNxNy。并通过实... 指出了Nei氏遗传相似度仅仅是用来描述两个二进制变量差异或相似程度的一种距离系数或相似系数 ,与个体间亲缘程度没有必然联系。根据亲缘系数的定义 ,提出新的遗传相似度计算公式即rA(x ,y) =2N2xyNxNy或rA(x ,y) =N2xyNxNy。并通过实例验证了该公式可用于判断个体间亲缘程度方面。 展开更多

关键词 分子遗传相似度 亲缘系数 验证 公式

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基于父个体相似度的自适应遗传算法 被引量：10

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作者 田小梅 郑金华 李合军 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第18期61-63,187,共4页

标准遗传算法在产生后代个体时采用先交叉后变异的策略,一方面当父个体非常相似时,交叉操作很难产生新的个体,影响算法对新的解空间进行搜索,从而导致种群多样性的丧失;另一方面交叉产生的优秀个体再历经变异,极有可能遭破坏而影响算法... 标准遗传算法在产生后代个体时采用先交叉后变异的策略,一方面当父个体非常相似时,交叉操作很难产生新的个体,影响算法对新的解空间进行搜索,从而导致种群多样性的丧失;另一方面交叉产生的优秀个体再历经变异,极有可能遭破坏而影响算法的收敛性。该文根据染色体的相似性,给出了个体相似度的概念,并在此基础上提出了依据父个体相似度的大小自适应地选择遗传算子(交叉或变异)的遗传算法。仿真实验表明,与采用常规遗传策略的遗传算法相比,新算法能显著提高解的质量和收敛速度。 展开更多

关键词 相似度 自适应遗传算法 基于父个体相似度的自适应遗传算法

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5个罗非鱼群体的遗传分析与分子标记 被引量：18

4

作者 杜诚 卢迈新 +3 位作者 叶星 劳海华 黄樟翰 白俊杰 《大连水产学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期25-28,共4页

采用经过筛选的 15条随机引物对奥利亚罗非鱼Oreochromisaureus(Au) 和 4个尼罗罗非鱼群体Oreochromisniloticus即尼罗美国群体Ⅰ (AnⅠ)、美国群体Ⅱ (AnⅡ)、美国群体Ⅲ (AnⅢ )、“吉富”群体 (GF) 进行RAPD分析。结果发现: 1 ) ... 采用经过筛选的 15条随机引物对奥利亚罗非鱼Oreochromisaureus(Au) 和 4个尼罗罗非鱼群体Oreochromisniloticus即尼罗美国群体Ⅰ (AnⅠ)、美国群体Ⅱ (AnⅡ)、美国群体Ⅲ (AnⅢ )、“吉富”群体 (GF) 进行RAPD分析。结果发现: 1 ) 各罗非鱼群体内的平均遗传相似度依次为Au(0 9236)、AnⅠ (0 8158)、AnⅡ (0 7813)、AnⅢ (0 7853)、GF (0 7458); Au与AnⅠ、AnⅡ、AnⅢ及GF的种群间平均遗传距离分别为 0 3154、0 2755、0 2685和 0 2392。2) 用引物S509、S506、S471扩增出具有群体特异性的带, 其中用S509扩增的 1 600bp、2 000bp两片段为 4个尼罗群体所特有, 可作为区别Au的分子标记; 用S506扩增的 2 000bp片段为AnⅠ、AnⅡ、GF所特有, 可以作为与AnⅢ区别的分子标记; 用S471扩增的 150bp片段为AnⅡ所特有, 可作为区别GF和AnⅠ的分子标记。 展开更多

关键词 罗非鱼 RAPD 遗传分析 分子标记 遗传相似度

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罗氏沼虾6个养殖群体遗传多样性的微卫星分析 被引量：31

5

作者 孙成飞 叶星 +2 位作者 董浚键 田园园 梁健辉 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期20-26,共7页

采用微卫星分子标记技术比较了中国和泰国罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）养殖群体的遗传多样性及遗传结构。使用12对荧光标记微卫星引物扩增3个广东罗氏沼虾养殖群体、1个江苏养殖群体以及2个泰国养殖群体,结果显示所检测的12... 采用微卫星分子标记技术比较了中国和泰国罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）养殖群体的遗传多样性及遗传结构。使用12对荧光标记微卫星引物扩增3个广东罗氏沼虾养殖群体、1个江苏养殖群体以及2个泰国养殖群体,结果显示所检测的12个微卫星位点均具有较高的多态性[多态信息含量（PIC）=0.853-0.941]。各群体均具有较高的遗传多样性水平[期望杂合度（He）=0.848-0.896]。群体间遗传分化指数（Fst）及AMOVA分析显示,群体间遗传分化属于中低水平（Fst〈0.15）,遗传变异有5.27%来自群体之间,94.73%来自于群体内部。遗传距离分析显示江苏群体和广东群体2的遗传距离（Da）最近（0.160 8）;而广东群体1和泰国群体2之间的遗传距离最远（0.695 8）。基于遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,6个群体聚为2个大支,广东3个群体与江苏群体聚为一支,泰国的2个群体聚为另一支。研究结果显示所分析的中国和泰国罗氏沼虾养殖群体均具有较高的遗传多样性,但彼此亲缘关系较远。 展开更多

关键词 微卫星 罗氏沼虾 遗传多样性 遗传相似度 遗传距离

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中华鳖五群体遗传变异的RAPD分析 被引量：41

6

作者 刘至治 蔡完其 李思发 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期119-126,共8页

从97个10碱基随机引物中筛选出30个多态性引物,对黄河鳖、淮河鳖、洞庭湖鳖、鄱阳湖鳖及太湖鳖5个群体共100只个体进行RAPD分析。结果表明,中华鳖的遗传多样性较丰富。表现在:(1)在获得的341条RAPD扩增带中,有234条(68.6%)呈现多态性;2... 从97个10碱基随机引物中筛选出30个多态性引物,对黄河鳖、淮河鳖、洞庭湖鳖、鄱阳湖鳖及太湖鳖5个群体共100只个体进行RAPD分析。结果表明,中华鳖的遗传多样性较丰富。表现在:(1)在获得的341条RAPD扩增带中,有234条(68.6%)呈现多态性;2个引物有可明显地反映种群差异的扩增带,其中S105扩增的1408bp在黄河鳖的出现频率仅为20%,而在另外4个群体的出现频率达80%～90%;S37扩增的438bp在5个群体的出现频率大小为:黄河鳖85%>淮河鳖65%>洞庭湖鳖55%>鄱阳湖鳖40%>太湖鳖20%,呈现出从黄河到淮河到长江、从长江的中游到下游逐步降低的遗传渐变现象;(2)多态位点比例(P)的大小顺序为:太湖鳖59.25%>洞庭湖鳖56.52%>鄱阳湖鳖55.80%>淮河鳖55.03%>黄河鳖54.43%,但5个群体间的差异不显著(F=0.644<F0.05;4,145=2.45);5群体内的遗传多态度(π)在0.3644～0.3883间;(3)群体内遗传相似度大小顺序为:淮河鳖0.782>黄河鳖0.771>鄱阳湖鳖0.768>洞庭湖鳖0.750>太湖鳖0.722,其中太湖鳖与黄河鳖、淮河鳖、鄱阳湖鳖3个群体间的差异显著(P<0.05);(4)分子方差分析(AMOVA)表明,黄河鳖与淮河鳖、洞庭湖鳖及鄱阳湖鳖3个群体间,太湖鳖与黄河鳖、淮河鳖2个群体间有极显著的遗传分化(P<0.001);(5)根据遗传距离,用UPGMA和NJ法进行聚类分析表明:? 展开更多

关键词 中华鳖 群体 遗传变异 RAPD 遗传多态度 遗传距离 遗传相似度

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长江、珠江、黑龙江三水系的鲢、镛、草鱼原种种群的生化遗传结构与变异 被引量：51

7

作者 李思发 王强 陈永乐 《水产学报》 CAS 1986年第4期351-372,共22页

用LKB平板电泳仪聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了长江、珠江及黑龙江的鲢、鳙及草鱼的原种8个种群16个酶位点的遗传变异。同种鱼不同水系种群之间存在着明显的生化遗传差异。长江、珠江、黑龙江鲢鱼种群的多态位点的比例分别是13.3％、26.7％... 用LKB平板电泳仪聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了长江、珠江及黑龙江的鲢、鳙及草鱼的原种8个种群16个酶位点的遗传变异。同种鱼不同水系种群之间存在着明显的生化遗传差异。长江、珠江、黑龙江鲢鱼种群的多态位点的比例分别是13.3％、26.7％、13.3％,平均杂合度分别是0.0493、0.0484、0.0511;长江、珠江鳙鱼种群的多态位点的比例都是31.3％,平均杂合度分别是0.1375,0.0977;长江、珠江、黑龙江草鱼种群的多态位点比例分别是30％,38％,23.1％,平均杂合度分别是0.1241,0.0961,0.0525。南方种群的多态位点比例有比北方的高的趋向。长江鲢—珠江鲢,长江鲢—黑龙江鲢,珠江鲢—黑龙江鲢的遗传相似度依次是0.9957,0.9955及0.9696;长江鳙—珠江鳙的遗传相似度是0.9955;长江草鱼—珠江草鱼,珠江草鱼—黑龙江草鱼,长江草鱼—黑龙江草鱼的遗传相似度依次是0.9679、0.9483及0.9324。长江种群与珠江种群这两个中央群体间的遗传差异较小,边缘群体黑龙江种群与中央群体长江、珠江种群间的遗传差异较大。黑龙江草鱼种群很小,其资源的保护工作应引起注意。 展开更多

关键词 长江 珠江 黑龙江 鲢鱼 鳙鱼 草鱼 原种 种群 遗传相似度 遗传距离 遗传变异

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斑鳜种内遗传多态性以及与翘嘴鳜的分子鉴别 被引量：11

8

作者 杨星 杨军峰 +6 位作者 汤明亮 彭智 赵兴高 曾可为 蔡焰直 邵雪玲 刘思阳 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期891-895,共5页

关键词 斑鳜 翘嘴鳜 RAPD 遗传相似度 遗传距离

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牙鲆连续两代减数分裂雌核发育家系的遗传特征 被引量：14

9

作者 王桂兴 刘海金 +3 位作者 张晓彦 刘永新 王玉芬 蒋丽 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期381-389,共9页

对牙鲆(Paralichthys olivaceus)减数分裂雌核发育二倍体(Meio-G1)再次诱导减数分裂雌核发育,获得连续两代雌核发育二倍体家系(Meio-G2),以Meio-G1亲本与1尾普通牙鲆雄鱼人工授精获得的家系作为对照组(control)。利用15个微卫星标记对3... 对牙鲆(Paralichthys olivaceus)减数分裂雌核发育二倍体(Meio-G1)再次诱导减数分裂雌核发育,获得连续两代雌核发育二倍体家系(Meio-G2),以Meio-G1亲本与1尾普通牙鲆雄鱼人工授精获得的家系作为对照组(control)。利用15个微卫星标记对3个家系进行遗传特征分析。结果显示,15个微卫星位点在Meio-G1、Meio-G2和对照组3个家系中,分别扩增到30、28、50个等位基因,平均等位基因数为2.0、1.9、3.3,平均观测杂合度(Ho)分别为0.875 3、0.774 2、0.908 3,平均纯合度分别为0.124 7、0.221 5、0.091 7。3个家系个体间的平均遗传相似系数分别为0.891 7、0.923 8、0.520 2,亲代与子代之间的平均相似系数分别为0.916 6、0.930 4、0.560 3。高重组率的Poli9-8tuf、Poli18tuf、Poli107tuf 3个位点在Meio-G1和Meio-G2中观测杂合度均为1.0,低重组率的Poli33tuf、Poli24MHFS两个位点在Meio-G1和Meio-G2中均全部纯合,观测杂合度为0。结果表明,Meio-G2的纯合度、个体间平均相似系数以及亲子之间的平均相似度均略高于Meio-G1,显著高于对照组家系,证明连续两代诱导减数分裂雌核发育,能提高鱼类纯合度和遗传相似度,具有固定母本遗传性状的作用。 展开更多

关键词 牙鲆 连续两代雌核发育 遗传相似度 纯合度

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野生马氏珠母贝子一代的遗传多样性 被引量：11

10

作者 丁小雷 邓凤姣 +4 位作者 王爱民 叶力 阎冰 邹准 张锡元 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期2-7,共6页

分析了海南省三亚与广西省北海两地野生贝群体内交配所得子代两群体 (SS、BB)和群体间交配(SS♀ ×BB♂ →BS)所得子代群体 (BS)各 8个个体的遗传多样性。筛选的 2 0个含 1 0碱基的随机引物中 ,其中 1 4个产生稳定的可重复的多态扩... 分析了海南省三亚与广西省北海两地野生贝群体内交配所得子代两群体 (SS、BB)和群体间交配(SS♀ ×BB♂ →BS)所得子代群体 (BS)各 8个个体的遗传多样性。筛选的 2 0个含 1 0碱基的随机引物中 ,其中 1 4个产生稳定的可重复的多态扩增结果 ,共检测出 1 2 4个位点。用修正的Shannon表型多态性指数量化三个群体的遗传多态度 ,SS、BB、BS三群体的多态度分别为 0 2 47,0 2 3 7,0 2 61。SS与BB ,SS与BS ,BB与BS三群体间的遗传相似度分别为 87 2 4% ,80 3 9% ,83 90 %。 展开更多

关键词 马氏珠母贝 育种 遗传多样性 RAPD 子代群体 多态性指数 遗传相似度

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川滇高山栎群体遗传结构的初步研究 被引量：15

11

作者 李进 陈可咏 李渤生 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第2期93-98,共6页

采集海拔２２００～３８００ｍ川滇高山株８个群体以及通麦栎１个群体的样品，应用同工酶电泳的方法研究其群体遗传结构，测得Ｇｓｒ的平均值为０．１６７，与其它广泛分布、异型杂交、风媒传粉、多年生植物相比要高些，这可能与川滇高... 采集海拔２２００～３８００ｍ川滇高山株８个群体以及通麦栎１个群体的样品，应用同工酶电泳的方法研究其群体遗传结构，测得Ｇｓｒ的平均值为０．１６７，与其它广泛分布、异型杂交、风媒传粉、多年生植物相比要高些，这可能与川滇高山株垂直分布的特点有关。平均每代迁移率估计值（２．６６０）也偏低。相似生境下的川滇高山栎的遗传变异水平。 展开更多

关键词 川滇高山 通麦栎 遗传变异 遗传相似度 栎群

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用RAPD技术对鲶和褐首鲶遗传多样性的研究 被引量：6

12

作者 赵文学 孙玉华 +4 位作者 邵雪玲 成竹 蒋超 殷文莉 刘思阳 《武汉大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期782-784,共3页

用 RAPD技术对鲶天然群体和褐首鲶养殖群体进行了遗传多样性分析 .结果表明 ,鲶的遗传相似度S=0 .6 192 ,褐首鲶 S=0 .92 6 9.作为天然群体的鲶在 RAPD图谱具有比作为养殖群体的褐首鲶更为丰富的 DNA多态 ,同时也表明 ,长期的人工养殖... 用 RAPD技术对鲶天然群体和褐首鲶养殖群体进行了遗传多样性分析 .结果表明 ,鲶的遗传相似度S=0 .6 192 ,褐首鲶 S=0 .92 6 9.作为天然群体的鲶在 RAPD图谱具有比作为养殖群体的褐首鲶更为丰富的 DNA多态 ,同时也表明 ,长期的人工养殖导致遗传多样性的下降 ,自然种群个体间基因的随机交流会使遗传多样性增加 . 展开更多

关键词 鲶 褐首鲶 RAPD技术 遗传多样性 鲶形目 遗传相似度 DNA多态 遗传距离

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异源精子遗传物质对雌核发育草鱼基因组的影响分析 被引量：6

13

作者 胡海星 郑康 +3 位作者 陈金辉 刘正华 张琼宇 罗琛 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期701-710,共10页

为分析外源精子对人工诱导雌核发育草鱼基因组的影响,用随机扩增多态性和微卫星技术对经两代连续人工诱导,遗传背景一致的雌核发育草鱼以及母本草鱼和父本鲤鱼的基因组DNA进行了比较分析。10个随机引物在雌核发育草鱼中共检测到104个RAP... 为分析外源精子对人工诱导雌核发育草鱼基因组的影响,用随机扩增多态性和微卫星技术对经两代连续人工诱导,遗传背景一致的雌核发育草鱼以及母本草鱼和父本鲤鱼的基因组DNA进行了比较分析。10个随机引物在雌核发育草鱼中共检测到104个RAPD位点,在鲤鱼中检测到103个位点。7对微卫星引物在雌核发育草鱼中共扩增出4个微卫星位点,在鲤鱼中检测到22个位点。两种方法在雌核发育草鱼和鲤鱼中所检测到的位点均没有一个相同。根据RAPD和微卫星分析数据进行的遗传相似度分析表明二代人工雌核发育草鱼群体与其一代人工诱导雌核发育草鱼母本的遗传相似度从0.9903到1.000,与父本鲤鱼的遗传相似度为0.000。这些实验结果证明在适当的紫外线处理强度下,鲤鱼精子的遗传物质能够被完全破坏,不会对雌核发育草鱼的基因组造成遗传污染。 展开更多

关键词 雌核发育草鱼 RAPD 微卫星 遗传相似度 异源遗传物质

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16个天然冰草种群遗传多样性RAPD分析 被引量：13

14

作者 李景欣 云锦凤 郭军 《草地学报》 CAS CSCD 2005年第3期190-193,共4页

采用57个10 bp随机引物,对16个天然冰草(Agropyron crtstatum)种群352个单株的基因组DNA进行RAPD多态性检测.结果表明:从57个RAPD引物中选出多态性标记的引物11个;检测出125个位点,102个显多态性;用Shannon多样性指数量化的遗传多态度为... 采用57个10 bp随机引物,对16个天然冰草(Agropyron crtstatum)种群352个单株的基因组DNA进行RAPD多态性检测.结果表明:从57个RAPD引物中选出多态性标记的引物11个;检测出125个位点,102个显多态性;用Shannon多样性指数量化的遗传多态度为2.19,种群内和种群间遗传变异比例分别为60%和40%,种群间的遗传相似度在0.7702～0.9776之间,遗传距离的变化范围为0.0226～0.2611;聚类分析结果表明:16个种群大致可分为4类,生境和表型相近的种群基本聚为一类,和形态学研究的结果基本一致,证明物种变异与生境密切相关. 展开更多

关键词 冰草 遗传多样性 遗传相似度 遗传距离 聚类分析 随即扩增多态DNA 种群

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两个人工雌核发育草鱼群体遗传纯合性分析 被引量：3

15

作者 赵如榕 肖亚梅 +3 位作者 彭亮跃 陈松 周工健 刘筠 《晓庄学院自然科学学报》 CAS 北大核心 2008年第2期110-114,共5页

为了进一步了解和掌握2005年、2006年两个人工雌核发育草鱼群体的纯合性,以普通草鱼为对照,采用多个随机引物进行RAPD-PCR扩增,对两个人工雌核发育草鱼群体进行了遗传纯合性分析.实验结果表明:普通草鱼多态位点比例为27.28%,群体内遗传... 为了进一步了解和掌握2005年、2006年两个人工雌核发育草鱼群体的纯合性,以普通草鱼为对照,采用多个随机引物进行RAPD-PCR扩增,对两个人工雌核发育草鱼群体进行了遗传纯合性分析.实验结果表明:普通草鱼多态位点比例为27.28%,群体内遗传相似度系数为0.9322;2005年人工雌核发育草鱼多态位点比例为16.00%,群体内遗传相似度系数为0.9616;2006年人工雌核发育草鱼的多态位点比例为19.59%,群体内遗传相似度系数为0.9515.分析表明,两个人工雌核发育草鱼群体的遗传纯合度高于普通草鱼,2006年人工雌核发育草鱼群体的遗传纯合性较2005年低. 展开更多

关键词 草鱼 人工雌核发育 RAPD 遗传相似度

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我国主推玉米品种亲本的遗传结构解析 被引量：3

16

作者 李晶晶 张文洋 +2 位作者 王利锋 王浩 李会勇 《河南农业科学》 北大核心 2021年第1期27-34,共8页

基于56K玉米基因芯片对我国常用玉米骨干亲本自交系进行遗传结构解析,并对我国主推玉米品种的亲本进行杂种优势模式分析,以期为玉米育种提供指导和参考。结果表明,从56000个单核苷酸多态性(SNP)位点中共筛选到35261个高质量SNP标记,所... 基于56K玉米基因芯片对我国常用玉米骨干亲本自交系进行遗传结构解析,并对我国主推玉米品种的亲本进行杂种优势模式分析,以期为玉米育种提供指导和参考。结果表明,从56000个单核苷酸多态性(SNP)位点中共筛选到35261个高质量SNP标记,所检测到的最小等位基因频率(MAF)平均值为0.28,有12.56%的SNP位点处于0.45≤MAF≤0.50,具有较高的多态性水平;多态信息含量(PIC)为0.10~0.50,平均值为0.37。聚类分析结果表明,71份玉米自交系共划分为5个类群,其中,Ⅰ类群是以PH6WC为代表的坚秆综合种(BSSS)类种质;Ⅱ类群以PH4CV、迪卡517父本和登海505父本等父本自交系为主;Ⅲ类群以Reid、P群及欧洲父本自交系为主;Ⅳ类群以综3和综31为代表的国内种质为主;Ⅴ类群以SPT、Suwan及CIMMYT热带种质为主。同时,针对我国16个主推玉米品种的亲本自交系SNP差异,共筛选出7615个多态位点和7592个保守位点。 展开更多

关键词 玉米杂交种亲本 自交系 单核苷酸多态性 遗传相似度 聚类分析 杂种优势

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基于55K SNP芯片分析的优质小麦的遗传多样性 被引量：1

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作者 张楠 彭义峰 +3 位作者 李亚青 张士昌 李孟军 何明琦 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期264-271,共8页

为分析优质小麦品种的遗传多样性,探讨其亲缘关系,以45个优质小麦品种和5个优质高代品系为试验材料,利用55KSNP芯片对其杂合度、遗传相似度、群体遗传结构和染色体低多态性区段进行分析。结果表明,45个优质小麦品种的遗传相似度系数(GS)... 为分析优质小麦品种的遗传多样性,探讨其亲缘关系,以45个优质小麦品种和5个优质高代品系为试验材料,利用55KSNP芯片对其杂合度、遗传相似度、群体遗传结构和染色体低多态性区段进行分析。结果表明,45个优质小麦品种的遗传相似度系数(GS)为0.488~0.928,平均值为0.603,其中16个品种与其他品种的GS均高于0.800;50个优质小麦品种(系)可分为2个类群7个亚群,其中类群1可分为6个亚群。除亚群Ⅴ的10个品种外,其余亚群品种的遗传聚类结果与品种系谱来源较为吻合。B基因组的多态性SNP位点最多,A基因组次之,D基因组最少。在21条染色体中,4D染色体上的多态性SNP位点最少。A基因组和D基因组染色体低多态性区段高于B基因组。在优质小麦选育过程中,A基因组和D基因组受到的选择压力高于B基因组。 展开更多

关键词 优质小麦 SNP芯片 遗传多样性 遗传相似度系数 进化树分析

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长江水系青鱼遗传多样性的研究 被引量：18

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作者 方耀林 余来宁 +1 位作者 许映芳 姚雁鸿 《湖北农学院学报》 2004年第1期26-29,共4页

应用40个10碱基随机引物对长江干流金口和瑞昌江段的青鱼(Mylopharyngodonpiceus)群体以及长江水系的湘江青鱼群体进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,其中29个引物能扩增出1～10条清晰的RAPD带,有14个引物(占全部引物的35%)在青鱼不同个体... 应用40个10碱基随机引物对长江干流金口和瑞昌江段的青鱼(Mylopharyngodonpiceus)群体以及长江水系的湘江青鱼群体进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,其中29个引物能扩增出1～10条清晰的RAPD带,有14个引物(占全部引物的35%)在青鱼不同个体的扩增产物中有多态性DNA片断。结果表明,青鱼金口、瑞昌、湘江3个群体的遗传相似度的平均值分别为0.9524、0.9612、0.9578,3个群体的Shannon遗传多样性值分别为0 2057、0.1483、0.1821。群体间的遗传相似度依次为金口-湘江:0.9487,瑞昌-湘江:0 9503,金口-瑞昌:0.9512,群体间的遗传相似度低于群体内的遗传相似度,遗传变异度则相反。3个群体的遗传分化指数为14.6%。 展开更多

关键词 长江水系 青鱼 遗传多样性 RAPD 遗传相似度 遗传变异度 遗传分化指数

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应用RAPD标记对杉木属两个种遗传多态性的研究 被引量：7

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作者 尤勇 《聊城师院学报（自然科学版）》 1998年第4期72-74,共3页

选用４０个随机引物对杉木属的两个种杉木（ＣｕｎｎｉｎｇｈａｍｉａｌａｎｃｅｏｌａｔａＨｏｏｋ）和德昌杉木（ＣｕｎｎｉｎｇｈａｍｉａｕｎｉｃａｎａｌｉｃｕｌａｔａＤ．Ｙ．ＷａｎｇｅｔＨ．Ｌ．Ｌｉｕ）进行了ＲＡＰＤ分析，... 选用４０个随机引物对杉木属的两个种杉木（ＣｕｎｎｉｎｇｈａｍｉａｌａｎｃｅｏｌａｔａＨｏｏｋ）和德昌杉木（ＣｕｎｎｉｎｇｈａｍｉａｕｎｉｃａｎａｌｉｃｕｌａｔａＤ．Ｙ．ＷａｎｇｅｔＨ．Ｌ．Ｌｉｕ）进行了ＲＡＰＤ分析，在两个杉木种中共获得了１８２个ＲＡＰＤ位点，其中９８个为多态位点．多态位点达到５３．８４％．两个杉木种的遗传相似度Ｓ＝０．６４４１８，它们的遗传距离为０．３５５８０２．杉木与德昌杉木的遗传相似度略低于我们所作的大陆其它杉木种源区间的平均遗传相似度．从两个种间的遗传相似度和遗传距离来看，将德昌杉木单独定为一个新种是不确切的，作者赞成将德昌杉木认定为一个地方居群的观点． 展开更多

关键词 杉木 RAPD 遗传相似度 遗传距离 遗传多态性

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基于GBS-SNP的武夷茶树(Camellia sinensis,Synonym:Thea bohea L.)遗传分析及标记开发 被引量：6

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作者 李力 罗盛财 +8 位作者 王飞权 黎巷汝 冯花 石玉涛 叶江华 刘菲 赵佳林 李舒莹 张渤 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期310-324,共15页

为深入了解武夷茶树(Camelliasinensis,异名:TheaboheaL.)的遗传多样性与背景关系,收集126个武夷茶树品种/品系与223个来自12个不同地区的优异茶树品种/品系,共349份茶树资源。采用基因分型测序(Genotyping by sequencing,GBS)技术筛选... 为深入了解武夷茶树(Camelliasinensis,异名:TheaboheaL.)的遗传多样性与背景关系,收集126个武夷茶树品种/品系与223个来自12个不同地区的优异茶树品种/品系,共349份茶树资源。采用基因分型测序(Genotyping by sequencing,GBS)技术筛选出973个高质量核心SNP进行茶树遗传多样性及背景关系分析。基于模型的遗传结构(Structure)、系统发育树(NJtree)和主成分分析(PCA)结果表明,349个茶树可分为5个亚群,亚群聚类主要是基于茶树之间的亲缘关系,而不是树型或叶形等形态特征。基因流分析表明,从闽南地区到武夷山地区和武夷山地区到浙江地区存在基因渗入。遗传相似度分析显示,在349个茶树中有136对样本的遗传相似系数大于0.9,其中有26对涉及武夷茶树品种/品系。通过两两比对的辨识度分析,从973个SNP标记中筛选出21个可100%识别349个茶树品种/品系的SNP标记,其中18个SNP标记即可100%识别126个武夷茶树品种/品系,并建立遗传指纹图谱与开发鉴定引物。研究结果为今后武夷茶树种质资源的管理和育种提供有价值的信息。 展开更多

关键词 武夷茶 基因分型测序 遗传相似度 基因流 指纹图谱 鉴定引物

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