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帘蛤科贝类rDNA内转录间隔区序列的研究(英文) 被引量：14
1
作者 程汉良 夏德全 +3 位作者 吴婷婷 孟学平 吉红九 董志国 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第8期702-710,共9页
根据18SrDNA、5.8SrDNA和28SrDNA保守序列设计引物,应用聚合酶链式反应(PCR)扩增了文蛤(MeretrixmeretrixL.)、青蛤(CyclinasinensisG.)、硬壳蛤(MercenariamercenariaL.)和江户布目蛤(ProtothacajedoensisL.)4种帘蛤科贝类的第一内转... 根据18SrDNA、5.8SrDNA和28SrDNA保守序列设计引物,应用聚合酶链式反应(PCR)扩增了文蛤(MeretrixmeretrixL.)、青蛤(CyclinasinensisG.)、硬壳蛤(MercenariamercenariaL.)和江户布目蛤(ProtothacajedoensisL.)4种帘蛤科贝类的第一内转录间隔区(ITS1)和第二内转录间隔区(ITS2)序列,并进行了测序。结果表明,文蛤、青蛤、硬壳蛤和江户布目蛤的ITS1扩增产物大小分别为978bp、663bp、757bp和942bp,GC含量分别为61.55%、60.78%、62.48%和64.86%～64.97%,其中ITS1序列长度分别为900bp、585bp、679bp和864bp,是迄今已报道双壳贝类中变化范围最大的,GC含量分别为61.67%、61.03%、63.03%和65.51%～65.62%,江户布目蛤种内ITS1序列有个体差异;ITS2扩增产物大小分别为644bp、618～620bp、593bp和513～514bp,GC含量分别为61.18%、61.29%～61.81%、62.73%和61.48%～61.60%,其中ITS2序列长度分别为412bp、386～388bp、361bp和281～282bp,GC含量分别为65.29%、65.21%～66.06%、67.87%和67.38%～67.62%,青蛤和江户布目蛤种内ITS2序列有个体差异。4种蛤ITS1和ITS2序列种间差异很大,有明显的长度多态性,ITS2种间序列相似度73.0%～89.1%,与ITS1的种间序列相似度48.7%～81.5%相比略高。此外,在4种蛤ITS1和ITS2序列中各发现2个与rRNA加工有关的保守区。通过对ITS1和ITS2序列的组装获得了4种蛤5.8SrRNA基因完整序列,序列长度都是157bp,GC含量57.96%～58.60%,4种蛤5.8SrRNA基因相对保守,种间序列差异度0-6.0%,共有10个变异位点,其中转换4处,颠换6处,硬壳蛤和江户布目蛤5.8SrRNA基因序列完全相同。以ITS2序列(包含5.8SrRNA和28SrRNA基因部分序列)为标记,调用北极蛤科的Arcticaislandica相应序列数据作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示江户布目蛤与硬壳蛤亲缘关系最近,青蛤与其他3物种的亲缘关系最远。 展开更多
关键词 帘蛤科 核糖体DNA 内转录间隔区 5.8S RRNA基因 系统发育分析 物种鉴定
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金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析 被引量：20
2
作者 吴琦 曾子贤 +2 位作者 邵继荣 陈惠 唐宇 《草业学报》 CSCD 2007年第5期127-132,共6页
以2份金荞麦为材料，对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增，均获得长约700bp的特异性产物。测序结果表明，金荞麦1号样品包含ITS序列660bp，金荞麦2号样品包含ITS序列646bp，在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金... 以2份金荞麦为材料，对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增，均获得长约700bp的特异性产物。测序结果表明，金荞麦1号样品包含ITS序列660bp，金荞麦2号样品包含ITS序列646bp，在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明，其同源率为80．2％～93．1％，变异位点主要在ITS1，表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。 展开更多
关键词 金荞麦 内转录间隔区(ITS)序列 PCR 序列分析
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小秦艽rRNA基因内转录间隔区测序鉴定的初步研究 被引量：6
3
作者 姬可平 张西玲 +2 位作者 刘丽莎 路权云 陈彻 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期313-316,共4页
目的 :对小秦艽种籽中提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区进行碱基序列测定 ,以期从分子水平建立对秦艽种籽的鉴定标准。方法 :常规提取小秦艽种籽DNA ,利用合成的特异性引物对其DNA中rRNA基因内转录间隔区进行套式PCR扩增 ,将扩增产物以... 目的 :对小秦艽种籽中提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区进行碱基序列测定 ,以期从分子水平建立对秦艽种籽的鉴定标准。方法 :常规提取小秦艽种籽DNA ,利用合成的特异性引物对其DNA中rRNA基因内转录间隔区进行套式PCR扩增 ,将扩增产物以四色荧光标记的双脱氧末端终止循环法进行碱基序列测定。结果 :经琼脂糖凝胶电泳证实rRNA基因内转录间隔区PCR扩增产物存在 ,测序后得到了小秦艽种籽rRNA基因内转录间隔区的碱基序列。结论 展开更多
关键词 小秦艽 中药材 DNA测序 RRNA基因 内转录间隔区
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米氏凯伦藻18SrDNA和转录间隔区序列分析 被引量：9
4
作者 郑俊斌 张凤英 +1 位作者 马凌波 陆亚男 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期680-685,共6页
对赤潮多发藻米氏凯伦藻（Karenia mikimotoi）核糖体18SrDNA及其转录间隔（ITS）区序列PCR扩增并测序，获得18SrDNA和ITS基因序列长度分别为1690bp和654bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析，分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计... 对赤潮多发藻米氏凯伦藻（Karenia mikimotoi）核糖体18SrDNA及其转录间隔（ITS）区序列PCR扩增并测序，获得18SrDNA和ITS基因序列长度分别为1690bp和654bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析，分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域，并用邻接法构建系统进化树，研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻（Karena brevis）、微小卡罗藻（Karlodinium micrum）等分类学上较近的藻种18SrDNA序列相似度为97％～99％，远大于微小原甲藻（Prorocentrum minimum）、海洋原甲藻（P．micans）、塔玛亚历山大藻（Alexandrium tamarense）等在分类学上相距较远的藻种，各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18SrDNA序列。以18SrDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致，18SrDNA序列相对保守，适合进行属以上关系的系统进化分析，而ITS序列变异较大，适合种属间鉴别分析，且ITS1和ITS2是变异很大的区域，适合种间的分子特异性鉴定，这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据，进而为治理赤潮提供帮助。 展开更多
关键词 米氏凯伦藻 核糖体18S RDNA 转录间隔区 系统进化 分子鉴定
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柞蚕微孢子核糖体基因和转录间隔区的序列及系统进化分析 被引量：5
5
作者 王林玲 陈克平 +2 位作者 姚勤 高贵田 赵远 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第8期1674-1679,共6页
目的研究柞蚕微孢子(Nosemaantheraeae)的核糖体基因,转录间隔区(ITS)以及它们的排列顺序,为柞蚕微孢子的分类和系统进化分析提供分子生物学方面的依据。方法采用特异引物进行PCR扩增,克隆和测序。用DNAStar软件,用ClustalW的比对方法... 目的研究柞蚕微孢子(Nosemaantheraeae)的核糖体基因,转录间隔区(ITS)以及它们的排列顺序,为柞蚕微孢子的分类和系统进化分析提供分子生物学方面的依据。方法采用特异引物进行PCR扩增,克隆和测序。用DNAStar软件,用ClustalW的比对方法得到遗传距离和系统进化树。结果得到柞蚕微孢子的核糖体小亚基rRNA(SSUrRNA),转录间隔区(ITS),5SrRNA的全长,得到核糖体大亚基rRNA(LSUrRNA)的部分序列。结论柞蚕微孢子的核糖体基因排列顺序为LSU-ITS1-SSU-ITS2-5S与Nosemabombycis相同,是一种比较特殊的排列方式。将微孢子SSUrRNA基因和ITS结合起来分析微孢子的亲缘关系是一个新的尝试。 展开更多
关键词 柞蚕微孢子 核糖体基因 转录间隔区 排列顺序 系统分析
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核糖体DNA的内转录间隔区序列标记在真菌分类鉴定中的应用 被引量：39
6
作者 林剑伟 阙友雄 +2 位作者 陈天生 许莉萍 张木清 《生物技术通讯》 CAS 2007年第2期292-294,共3页
传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故... 传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故可为真菌学的研究提供丰富的遗传信息。简要综述了ITS序列分析技术在真菌分类鉴定中的应用现状、相关问题及前景。 展开更多
关键词 核糖体DNA 内转录间隔区 分类 真菌
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兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析 被引量：7
7
作者 贾小勇 杨光友 +1 位作者 古小彬 赖松家 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期545-550,共6页
为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别... 为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%～88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%～100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。 展开更多
关键词 痒螨 痒螨株 分类地位 兔 水牛 第二内部转录间隔区(ITS-2) 系统发育
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用内转录间隔区通用引物的聚合酶链反应快速测定念珠菌菌种 被引量：13
8
作者 王英 顾军 刘维达 《临床皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期69-71,共3页
目的:应用内转录间隔区(ITS)通用引物建立一种较为快速、简便的检测和鉴定念珠菌的聚合酶链反应(PCR)方法。方法:采用两对ITS通用引物ITS1、ITS4和ITS86、ITS4对7种(8株)念珠菌菌悬液进行PCR扩增。结果:两对引物3.5h内对7种念珠菌的菌... 目的:应用内转录间隔区(ITS)通用引物建立一种较为快速、简便的检测和鉴定念珠菌的聚合酶链反应(PCR)方法。方法:采用两对ITS通用引物ITS1、ITS4和ITS86、ITS4对7种(8株)念珠菌菌悬液进行PCR扩增。结果:两对引物3.5h内对7种念珠菌的菌悬液扩增出种特异的DNA条带,而第2对引物其种特异性更强。结论:采用ITS通用引物结合快速PCR检测法,可快速、简便、特异、敏感地检测出念珠菌,并能同时鉴定到种,这将在今后念珠菌病的早期诊断和治疗上有潜在的应用价值。 展开更多
关键词 内转录间隔区 念珠菌 聚合酶链反应 引物 微生物检验
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奥利亚罗非鱼与尼罗罗非鱼rDNA内转录间隔区序列特征 被引量：5
9
作者 陈雪峰 李红霞 +2 位作者 俞菊华 唐永凯 李建林 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期92-96,共5页
核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)是经常被用作种和种群水平系统研究的分子序列。本文分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)内转录间隔区,包括部分18S序列,ITS1、5.8S、ITS2全序... 核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)是经常被用作种和种群水平系统研究的分子序列。本文分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)内转录间隔区,包括部分18S序列,ITS1、5.8S、ITS2全序列及部分28S序列。4尾奥利亚罗非鱼的10个克隆序列分析表明,其存在长度不同的a、b两种类型ITS1。a型长为536 bp,GC含量为69.96%;b型长为520 bp,GC含量为69.04%～69.42%。4尾尼罗罗非鱼的10个克隆序列分析表明,其只存在a型ITS1,长为536～540 bp,GC含量为69.42%～70.19%。与b型ITS1相比,a型ITS1在16～31 nt有16 bp片段(GGCCCGCCTGCGGCGC)的插入。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼共20条ITS序列中,5.8S长度均为157 bp,GC含量为56.69%～57.96%;ITS2为408 bp,GC含量为72.79%～74.26%。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼ITS区序列相似性高达98.2%,表明这两种罗非鱼亲缘关系很近。此外,本文对14尾奥利亚罗非鱼、15尾尼罗罗非鱼以及15尾奥尼罗非鱼[O.aureus(♂)×O.niloticus(♀)]ITS1的扩增结果显示,奥利亚罗非鱼均有a、b两种类型ITS1;15尾尼罗罗非鱼中1尾为a、b两类型ITS1,14尾为a型ITS1;15尾奥尼罗非鱼中则有6尾具有a、b两类型ITS1,9尾为单一的a型ITS1。分析表明,奥利亚罗非鱼在ITS1这个位点一致性高,但尼罗罗非鱼中有1尾混杂了奥利亚罗非鱼的基因,同时也说明分子生物学手段应用于种质鉴定比形态学手段更为精确。 展开更多
关键词 奥利亚罗非鱼 尼罗罗非鱼 内转录间隔区 序列特征 种质鉴定
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我国尖音库蚊复合组蚊虫核糖体DNA第2内转录间隔区序列测定与分析 被引量：14
10
作者 宋社吾 赵彤言 +1 位作者 蒋书楠 陆宝麟 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2003年第2期74-82,共9页
通过对我国尖音库蚊复合组蚊虫及三带喙库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )的序列测定 ,表明rDNA ITS2序列在我国尖音库蚊复合组种内亚种间和亚种内的变异存在有重叠现象。分子系统关系分析没有发现与形态学亚种阶元分类地位... 通过对我国尖音库蚊复合组蚊虫及三带喙库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )的序列测定 ,表明rDNA ITS2序列在我国尖音库蚊复合组种内亚种间和亚种内的变异存在有重叠现象。分子系统关系分析没有发现与形态学亚种阶元分类地位的一致性 ,但在种间差异明显。 展开更多
关键词 尖音库蚊复合组 核糖体DNA第2内转录间隔区 序列测定 序列分析 RDNA-ITS2
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长苞铁杉nrDNA内转录间隔区及5.8 S的二级结构分析研究 被引量：5
11
作者 阚显照 乔才元 +1 位作者 高卉 朱国萍 《激光生物学报》 CAS CSCD 2007年第3期327-333,共7页
核糖体RNA及相邻区域的二级结构研究,作为一个重要的工具,已在一些分类等级上被应用于系统发育的分析。以长苞铁杉为实验材料,通过克隆、测序,利用最小自由能原理预测nrDNA内转录间隔区及5.8S转录本的二级结构,分析它们的结构特点,探讨... 核糖体RNA及相邻区域的二级结构研究,作为一个重要的工具,已在一些分类等级上被应用于系统发育的分析。以长苞铁杉为实验材料,通过克隆、测序,利用最小自由能原理预测nrDNA内转录间隔区及5.8S转录本的二级结构,分析它们的结构特点,探讨假基因化拷贝与功能拷贝结构上的差异。分析结果表明:(1)ITS1区的二级结构主要由几个延展的发夹结构组成,配对的亚重复单位在松科植物特有的保守序列处有部分重叠,未配对的亚重复单位通常能自身折叠,保守序列的部分碱基出现在发夹结构的环中;(2)假基因化拷贝二级结构的自由能比正常拷贝高;(3)与正常拷贝的二级结构相比,假基因化拷贝在进化速率很低的5.8S功能区发生较大的变异,且在5.8 S末端没有和26 S连接配对。 展开更多
关键词 二级结构 长苞铁杉 核rRNA 内转录间隔区 5.8 S RRNA 假基因
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利用核核糖体DNA内转录间隔区(ITS)探讨广义羽藓科系统发育 被引量：5
12
作者 张会 黄勤妮 +2 位作者 杜桂森 吴鹏程 刘霞 《云南植物研究》 CSCD 北大核心 2003年第4期491-496,共6页
利用核核糖体DNAITS序列 ,探讨了苔藓植物广义羽藓科的系统发育 ,摸索出适于扩增ITS片段的最适反应条件。实验共得到广义羽藓科 6个种的ITS序列 ,它们分别是 :Abieti nellaabietina (AJ4 174 94 ) ,Anomodonminor (AJ344 14 5 ) ,Claopo... 利用核核糖体DNAITS序列 ,探讨了苔藓植物广义羽藓科的系统发育 ,摸索出适于扩增ITS片段的最适反应条件。实验共得到广义羽藓科 6个种的ITS序列 ,它们分别是 :Abieti nellaabietina (AJ4 174 94 ) ,Anomodonminor (AJ344 14 5 ) ,Claopodiumaciculum (AJ315 96 8) ,Thuidiumpristocalyx (AJ4 16 443) ,Thuidiumassimile (AJ4 16 442 ) ,Herpetineurontoccoae(AJ315 96 7) ,其中后 5个种是国际上首次得到的。本文利用ITS序列构建羽藓科 7属、 11种植物的系统发育树 ,据Bootstrap严格一致树表明 :广义的羽藓科为并系发育 ,可分为两个主要的分支 ,牛舌藓属Anomodon ,羊角藓属Herpetineuron和多枝藓属Haplohymenium等为一支 ,而山羽藓属Abietinella ,羽藓属Thuidium ,沼羽藓属Helodium和麻羽藓属Claopodium等为另一主要分支 ,从分子水平上支持了据形态特征把原牛舌藓亚科的牛舌藓属 ,羊角藓属 ,多枝藓属提升为牛舌藓科的结论。 展开更多
关键词 核核糖体DNA 内转录间隔区 羽藓科 系统发育
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金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析 被引量：4
13
作者 牟希东 白俊杰 +1 位作者 汪学杰 罗建仁 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2008年第1期74-76,43,共4页
对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBan... 对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示，其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低，在26．0％～61．6％之间；根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树，所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。 展开更多
关键词 金鱼(Carassius auratus) 核糖体 转录间隔区1(ITS-1) 基因克隆 基因序列
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福木假尾孢菌Pseudocercospora elaeodendri的转录间隔区序列分析 被引量：5
14
作者 谢婉凤 郭文硕 +1 位作者 冯丽贞 黄秀萍 《福建林学院学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期293-296,共4页
PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离... PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离分析结果发现,试验菌株仅与同源性为100%的未知种名的假尾孢菌聚为一类。比较不同种的ITS碱基序列,结果表明,试验菌株与其它种之间的差异碱基分布于ITS1和ITS2区域,说明ITS能够体现假尾孢属的种间变异。 展开更多
关键词 福木假尾孢 转录间隔区 系统发育 分子鉴定
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山丘疫区杜氏利什曼原虫核糖体基因内转录间隔区的克隆及序列分析 被引量：4
15
作者 田玉 陈建平 胡孝素 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期294-296,共3页
目的　构建我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株前鞭体核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区 (ITS)片段克隆 ,并进行测序及同源性分析。　方法　提取杜氏利什曼原虫前鞭毛体DNA进行PCR扩增 ,将扩增出rDNAITS片段克隆入pMD18 Tvector上 ,双脱氧链... 目的　构建我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株前鞭体核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区 (ITS)片段克隆 ,并进行测序及同源性分析。　方法　提取杜氏利什曼原虫前鞭毛体DNA进行PCR扩增 ,将扩增出rDNAITS片段克隆入pMD18 Tvector上 ,双脱氧链末端终止法测序。　结果　扩增出约 10 0 0bp的rDNAITS片段。测序结果表明山丘疫区的2株利什曼原虫L .d .SC10和L .d .6分别为 10 2 7bp和 10 2 8bp。序列分析结果表明 ,L .d .SC10和L .d .6有一定差异。　结论　获得了我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株L .d .SC10和L .d .6的前鞭体rDNAITS序列。 展开更多
关键词 杜氏利什曼原虫 疫区 核糖体基因 内转录间隔区 测序 扩增 克隆 分离株 序列分析 同源性分析
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黑龙江野鲤核糖体内转录间隔区1(ITS-1)的克隆及二级结构的预测与分析 被引量：3
16
作者 钟立强 张成锋 +3 位作者 蔡生力 刘红 李冰 朱健 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期778-783,共6页
黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了... 黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示:所克隆的黑龙江野鲤ITS-1序列长度为365 bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为21.4%、12.3%、34.0%和32.3%;与从GenBank中检索到的6种鲤科鱼类的ITS-1序列相比较,相似性较低,介于24.9%至59.5%之间;同时利用最小自由能原理预测7种鲤科鱼类ITS-1序列的二级结构,并分析了其结构特点。根据鲤鱼与其他6种鲤科鱼类的ITS-1序列的同源性构建NJ系统进化树,与根据该保守序列形成的发夹结构的相似性构建的进化树大致相同,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。因此,一、二级结构相结合将是研究物种分子系统学的重要手段。 展开更多
关键词 黑龙江野鲤 内转录间隔区1(ITS-1) 基因克隆 二级结构
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吕氏泰勒虫和尤氏泰勒虫内转录间隔区基因序列的测定与系统进化分析 被引量：2
17
作者 牛庆丽 邱家祥 +11 位作者 关贵全 马米玲 刘志杰 党志胜 刘爱红 高金亮 任巧云 李有全 刘军龙 白启 罗建勋 殷宏 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期365-369,共5页
自试验感染吕氏泰勒虫（渭源株）和尤氏泰勒虫（隆德株）绵羊的血液中纯化虫体，提取虫体基因组DNA，通过PCR扩增内转录间隔区（ITS1-5．8S-ITS2 rRNA）基因，然后进行测序，构建了系统发生树并与GenBank中各种动物梨形虫的ITS1-5．8S-I... 自试验感染吕氏泰勒虫（渭源株）和尤氏泰勒虫（隆德株）绵羊的血液中纯化虫体，提取虫体基因组DNA，通过PCR扩增内转录间隔区（ITS1-5．8S-ITS2 rRNA）基因，然后进行测序，构建了系统发生树并与GenBank中各种动物梨形虫的ITS1-5．8S-ITS2 rRNA基因序列进行比较。结果显示，这两种泰勒虫的ITS1-5．8S-ITS2 rRNA基因大小为817-842bp，同源性高达96．8％，分布在同一大枝上。通过比较ITS基因的同源性，尤其是ITS2基因的变异性，可以区别这两种泰勒虫与其他梨形虫。 展开更多
关键词 系统进化分析 吕氏泰勒虫 尤氏泰勒虫 内转录间隔区基因
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金焰笛鲷rDNA基因转录间隔区ITS-1序列分析 被引量：2
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作者 徐田军 刘楚吾 +1 位作者 刘丽 吴勇 《南方水产》 CAS 2006年第5期61-64,共4页
以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G+C(69.8%)含量明显高于 A+T 含量(... 以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G+C(69.8%)含量明显高于 A+T 含量(30.2%)。将此引物在笛鲷属其他4种鱼类中扩增,发现该对引物有很好的通用性;比较发现在不同种中 ITS-1存在着较大的差异,适合将其应用于分子系统学和种质资源方面的研究。 展开更多
关键词 金焰笛鲷 内转录间隔区(ITS-1) 序列分析
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肾形肾状线虫个体间rDNA内转录间隔区的变异 被引量：2
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作者 邓艳凤 徐红兵 +1 位作者 田忠玲 郑经武 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期252-260,共9页
利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫（Rotylenchulus reniformis,RN）种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因（rDNA）内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列进行PCR扩增及序列变异分析。结... 利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫（Rotylenchulus reniformis,RN）种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因（rDNA）内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列进行PCR扩增及序列变异分析。结果显示不同的群体间均获得2种PCR产物,标记为变异类型Ⅰ（RN_VAR1）和变异类型Ⅱ（RN_VAR2）。基于每个群体内2条雌虫分别挑取各变异类型的5个克隆测序,共得到60个克隆序列。经序列比对分析,发现肾形肾状线虫rDNA基因2种类型的ITS区变异很大,其中变异类型Ⅰ序列长度为705-712bp,鸟嘌呤和胞嘧啶（guanine and cytosine content,GC）含量为45.1%-46.7%;变异类型Ⅱ序列长度为854-860bp,GC含量为48.4%-50.0%。2种类型的ITS相似度（包括5.8SRNA基因）仅为62.1%-65.6%,而各rDNA变异类型内部各个克隆序列也存在差异,变异类型Ⅰ内个体间相似度为89.9%-100%;变异类型Ⅱ内个体间相似度为91.4%-99.8%。系统进化分析表明2种变异序列明显分成2支,同时通过ITS序列分析无法将3个地方群体区分开来。经实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qPCR）检测发现RN_VAR1含量稍大于RN_VAR2,分别占保守18S基因的rDNA重复单位含量的56%和40%。同时,还发现肾形肾状线虫的2种rDNA-ITS变异类型与已报道的2种18SRNA基因变异类型相对应,表明肾形肾状线虫存在2种rDNA变异类型。 展开更多
关键词 肾形肾状线虫 RDNA 内转录间隔区 序列变异
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香蕉枯萎病菌4个生理小种核糖体DNA内转录间隔区的RFLP分析 被引量：1
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作者 舒灿伟 曾蕊 +1 位作者 杨媚 周而勋 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期52-56,共5页
【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶... 【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶对这些小种的ITS产物进行RFLP分析。【结果】PCR扩增结果表明:来自4个生理小种的8个菌株均可扩增得到568 bp的ITS单一片段,但这些生理小种间的片段没有明显的多态性;对这些生理小种ITS产物进行RFLP分析发现,不同生理小种之间的差异很小。【结论】PCR-RFLP技术不适用香蕉枯萎病菌生理小种的分析鉴定。 展开更多
关键词 香蕉枯萎病菌 生理小种 内部转录间隔区 聚合酶链式反应 限制性片段长度多态性
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