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陕西省铜川市HIV-1亚型和分子传播网络分析
被引量:
4
1
作者
任强
张梦妍
+4 位作者
贾华
邹扬帆
付钰淋
李华
常文辉
《中国皮肤性病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期202-207,共6页
目的了解陕西省铜川市HIV-1亚型分布特征和传播网络情况,为精准实施当地艾滋病随访干预措施提供科学依据。方法以全国艾滋病综合防治基本信息系统截至2019年8月陕西省铜川市HIV/AIDS感染者为研究对象,2019年常规随访CD4^(+)T淋巴细胞检...
目的了解陕西省铜川市HIV-1亚型分布特征和传播网络情况,为精准实施当地艾滋病随访干预措施提供科学依据。方法以全国艾滋病综合防治基本信息系统截至2019年8月陕西省铜川市HIV/AIDS感染者为研究对象,2019年常规随访CD4^(+)T淋巴细胞检测的全血样品,提取HIV前病毒DNA,扩增pol区基因片段,构建系统进化树判断HIV-1分子亚型,TN93模型计算序列两两之间基因距离构建分子传播网络,贝叶斯系统进化分析铜川市CRF55_01B毒株进化特征。结果193例HIV/AIDS感染者中,成功扩增获得100例HIV-1 pol区基因片段,HIV-1亚型有CRF01_AE(36.00%)、CRF07_BC(29.00%)、CRF55_01B(16.00%)、B亚型(9.00%)、CRF08_BC(7.00%)、CRF68_01B(1.0%)和独特重组型01_AE/07_BC(2.00%)。以1.5%为基因距离阈值构建分子传播网络,共形成7个分子传播簇,成簇病例构成比为34.00%。多因素Logistic回归分析显示,初中及以下文化程度和毒株亚型为CRF55_01B是分子传播簇形成的促进因素。贝叶斯系统进化分析显示,铜川市CRF55_01B型毒株高度同源(后验概率0.99),最近共同祖先时间约为2009年3月。结论陕西省铜川市HIV-1亚型分布复杂多样,文化程度和HIV-1亚型类别与当地分子传播簇形成相关。分子传播网络有助于了解局部地区HIV/AIDS感染者传播特征,指导干预措施的制定。
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关键词
HIV-1
亚型
分子传播网络
贝叶斯系统进化
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职称材料
题名
陕西省铜川市HIV-1亚型和分子传播网络分析
被引量:
4
1
作者
任强
张梦妍
贾华
邹扬帆
付钰淋
李华
常文辉
机构
陕西省疾病预防控制中心艾滋病预防控制所
出处
《中国皮肤性病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期202-207,共6页
基金
陕西省重点研发计划(2020SF-111)。
文摘
目的了解陕西省铜川市HIV-1亚型分布特征和传播网络情况,为精准实施当地艾滋病随访干预措施提供科学依据。方法以全国艾滋病综合防治基本信息系统截至2019年8月陕西省铜川市HIV/AIDS感染者为研究对象,2019年常规随访CD4^(+)T淋巴细胞检测的全血样品,提取HIV前病毒DNA,扩增pol区基因片段,构建系统进化树判断HIV-1分子亚型,TN93模型计算序列两两之间基因距离构建分子传播网络,贝叶斯系统进化分析铜川市CRF55_01B毒株进化特征。结果193例HIV/AIDS感染者中,成功扩增获得100例HIV-1 pol区基因片段,HIV-1亚型有CRF01_AE(36.00%)、CRF07_BC(29.00%)、CRF55_01B(16.00%)、B亚型(9.00%)、CRF08_BC(7.00%)、CRF68_01B(1.0%)和独特重组型01_AE/07_BC(2.00%)。以1.5%为基因距离阈值构建分子传播网络,共形成7个分子传播簇,成簇病例构成比为34.00%。多因素Logistic回归分析显示,初中及以下文化程度和毒株亚型为CRF55_01B是分子传播簇形成的促进因素。贝叶斯系统进化分析显示,铜川市CRF55_01B型毒株高度同源(后验概率0.99),最近共同祖先时间约为2009年3月。结论陕西省铜川市HIV-1亚型分布复杂多样,文化程度和HIV-1亚型类别与当地分子传播簇形成相关。分子传播网络有助于了解局部地区HIV/AIDS感染者传播特征,指导干预措施的制定。
关键词
HIV-1
亚型
分子传播网络
贝叶斯系统进化
Keywords
HIV-1
Subtype
Molecular transmission network
Bayesian phylogenetic inference
分类号
R512.91 [医药卫生—内科学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
陕西省铜川市HIV-1亚型和分子传播网络分析
任强
张梦妍
贾华
邹扬帆
付钰淋
李华
常文辉
《中国皮肤性病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
4
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