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两种软珊瑚EST-SSR通用性引物的研发
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作者 王沛政 盖如新 +2 位作者 夏利栋 董娴娴 郁强 《海南热带海洋学院学报》 2023年第2期17-24,共8页
基于短指软珊瑚(Sinularia ceramensis)和花环肉质软珊瑚(Sarcophyton ehrenbergi)转录组数据,比较了上述两种软珊瑚转录组SSR序列的差异。利用合成的100条EST-SSR引物和4属11种30株软珊瑚样本进行通用性筛选。研究表明,在短指软珊瑚和... 基于短指软珊瑚(Sinularia ceramensis)和花环肉质软珊瑚(Sarcophyton ehrenbergi)转录组数据,比较了上述两种软珊瑚转录组SSR序列的差异。利用合成的100条EST-SSR引物和4属11种30株软珊瑚样本进行通用性筛选。研究表明,在短指软珊瑚和花环肉质软珊瑚转录组数据中分别检测到2914个和2335个微卫星,两种软珊瑚最多的重复类型均为三核苷酸序列重复,优势重复基元均为TA/AT。筛选出8对扩增稳定的EST-SSR引物,Sinularia属和Sarcophyton属的扩增率分别为87.50%和96.43%,Aldersladum属的扩增率为56.25%,Lobophytum属的扩增率为37.50%。这8对种属间通用性较好的EST-SSR标签序列能为今后软珊瑚多样性研究提供借鉴。 展开更多
关键词 短指软珊瑚 花环肉质软珊瑚 转录组测序 EST-SSR 通用性
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