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高质量临床微生物基因组参考数据库构建的思考
1
作者 刘东来 吴林寰 +3 位作者 关文达 庞慧芳 胡松年 许四宏 《中国食品药品监管》 2024年第6期32-39,共8页
病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术因其检测时间短、分辨率高,能识别罕见、新发病原体引发的感染或者混合感染等优势,已经被广泛地应用于临床疑难感染的辅助诊断。然而,由于目前尚缺乏标准化生物信息学分析流程和高质量临床微生物基因... 病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术因其检测时间短、分辨率高,能识别罕见、新发病原体引发的感染或者混合感染等优势,已经被广泛地应用于临床疑难感染的辅助诊断。然而,由于目前尚缺乏标准化生物信息学分析流程和高质量临床微生物基因组参考数据库等问题,一定程度上制约了该技术临床应用的进一步发展。本文介绍了高质量临床微生物基因组参考数据库建设现状,探讨了高质量临床微生物基因组参考数据库构建的技术要求、质量控制过程和实现方式,并提出相关思考和建议。 展开更多
关键词 病原宏基因组高通量测序 生物信息学分析 微生物基因组参考数据库 建设现状 技术要求
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利用微生物基因组开发新型抗生素 被引量：4
2
作者 谢建平 乐军 王洪海 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期396-400,共5页
关键词 微生物基因组 药物开发 生物信息学 靶位 药物筛选模型 抗生素
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模式生物基因组研究进展 被引量：8
3
作者 景志忠 才学鹏 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 2004年第3期506-511,共6页
我们重点介绍了模式生物基因组计划的研究进展情况 ,以阐明其基因组的结构、功能以及生物进化关系间的普遍规律 ,从而揭示生命的本质及生物间的相互联系。同时明确模式生物在比较基因组学研究中的地位和作用 ,为研究高等生物特别是人类... 我们重点介绍了模式生物基因组计划的研究进展情况 ,以阐明其基因组的结构、功能以及生物进化关系间的普遍规律 ,从而揭示生命的本质及生物间的相互联系。同时明确模式生物在比较基因组学研究中的地位和作用 ,为研究高等生物特别是人类的生、老、病。 展开更多
关键词 模式生物基因组 比较基因组学 人类基因组计划 分子发生机制 细胞凋亡
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微生物基因组研究及其对生命科学的影响 被引量：6
4
作者 阚凤玲 陈文新 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第3期331-333,共3页
关键词 微生物基因组 模式生物 生命科学 HGP
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微生物基因组研究进展 被引量：10
5
作者 刘先凯 王恒睴 +1 位作者 黄留玉 黄翠芬 《生物技术通讯》 CAS 2004年第5期481-485,共5页
本文综述了微生物全基因组测序的基本方法,数据收集和组装,序列缺口的填充、全基因组序列注释。同时对微生物基因组的研究现状和重大意义也作了简单概述。
关键词 列缺 微生物基因组 研究进展 数据收集 研究现状 全基因组测序 全基因组序列 填充
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微生物基因组上药物作用靶位的识别 被引量：3
6
作者 孙建和 陆苹 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期9-12,共4页
在基因组时代 ,开发抗微生物的新药离不开基因组研究 ,基因组测序和生物信息学的迅猛发展使得微生物基因组上药物作用靶位的识别成为可能 ,并将使得细菌、真菌和寄生虫等对抗生素的耐药性成为过去。
关键词 微生物基因组 药物靶位 DNA微阵列 抗生素
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微生物基因组的生物信息学研究平台的建立 被引量：1
7
作者 赵贵军 何智良 +2 位作者 卢阳 叶兰汀 徐安龙 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期22-28,共7页
随着人类基因组计划及其它测序工作顺利进行,人们已经得到了大量的基因序列。如何阐明这些序列的功能和意义,是功能基因组学的主要任务。生物信息学和比较基因组学为加速这一进程提供了有利的工具。该研究建立了对已经完成全基因组测序... 随着人类基因组计划及其它测序工作顺利进行,人们已经得到了大量的基因序列。如何阐明这些序列的功能和意义,是功能基因组学的主要任务。生物信息学和比较基因组学为加速这一进程提供了有利的工具。该研究建立了对已经完成全基因组测序和部分测序的25种细菌的基因组的生物信息学研究平台,提供了WEB形式的服务(http://202.116.74.108)。25种细菌的全基因组蛋白质序列可以在NCBI的ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geabank/genomes/bacteria下载。该系统可以按照基因序列号、功能和种属名查询基因序列,根据美国国家信息中心(NCBI)的功能代码表对每个基因进行了自动和手工分类,并可查询分类情况,在此基础上建立了几种亲缘关系相近的种属的同源基因相互注释功能的应用。 展开更多
关键词 微生物基因组 生物信息学 研究平台 细菌基因组 功能注释
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晋西北酸粥发酵过程中微生物基因组DNA提取方法的比较 被引量：5
8
作者 常健 王琪 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期209-212,233,共5页
为了找到一种简单高效的晋西北酸粥发酵过程中微生物基因组DNA提取方法,本文采取对提取的微生物基因组DNA进行浓度测定的方法,比较了溶菌酶-SDS-蛋白酶K法、改良CTAB法和改良CTAB-溶菌酶法三种方法的提取效果。结果表明:溶菌酶-SDS-蛋白... 为了找到一种简单高效的晋西北酸粥发酵过程中微生物基因组DNA提取方法,本文采取对提取的微生物基因组DNA进行浓度测定的方法,比较了溶菌酶-SDS-蛋白酶K法、改良CTAB法和改良CTAB-溶菌酶法三种方法的提取效果。结果表明:溶菌酶-SDS-蛋白酶K法效果最好,可以获得质量较高的微生物基因组DNA,DNA浓度为1657.53 ng/μL;改良CTAB-溶菌酶法比溶菌酶-SDS-蛋白酶K法效果差,DNA浓度为1308.08 ng/μL;改良CTAB法对微生物基因组DNA的提取效果比溶菌酶-SDS-蛋白酶K法更差,DNA浓度为1098.36 ng/μL。以提取到的微生物基因组总DNA为模板,进行16S r DNA基因的PCR扩增,在回收产物中目的条带清晰,表明提取到的微生物基因组DNA含量高、结构完整。整体实验结果表明,溶菌酶-SDS-蛋白酶K法对于提取晋西北酸粥发酵过程中微生物基因组DNA效果最好。 展开更多
关键词 晋西北酸粥 微生物基因组DNA 提取方法
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中国微生物基因组研究 被引量：1
9
作者 喻子牛 邵宗泽 孙明 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1408-1408,共1页
ISBN：9787030357236定价：190开本：16装帧：平装页码：692初版时间：2012-10-1专业分类：微生物学读者对象：《中国微生物基因组研究》内容属微生物学科前沿领域,可供从事医学、农业、工业、环境、生态、动物医学、植物病原微生物研... ISBN：9787030357236定价：190开本：16装帧：平装页码：692初版时间：2012-10-1专业分类：微生物学读者对象：《中国微生物基因组研究》内容属微生物学科前沿领域,可供从事医学、农业、工业、环境、生态、动物医学、植物病原微生物研究的研究人员、教师和研究生参考。 展开更多
关键词 微生物基因组 中国 动物医学 病原微生物 学科前沿 读者对象 微生物学 专业分类
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环境微生物基因组学的生态学管窥 被引量：2
10
作者 张黎 周青 《中国生态农业学报》 CAS CSCD 2008年第5期1322-1325,共4页
自然界约99%的微生物不能通过传统的分离筛选途径进行培养(即未培养微生物),为获得新的基因资源,更全面地认识微生物多样性和微生物在自然环境和生物圈中的重要作用,近年来随着分子生物学的快速发展及其在微生物研究中的广泛运用,以环... 自然界约99%的微生物不能通过传统的分离筛选途径进行培养(即未培养微生物),为获得新的基因资源,更全面地认识微生物多样性和微生物在自然环境和生物圈中的重要作用,近年来随着分子生物学的快速发展及其在微生物研究中的广泛运用,以环境中未培养微生物为研究对象的新兴学科——环境微生物基因组学成为国内外学者的研究热点。本文介绍了环境微生物基因组学的分析研究策略及生态作用:从环境样品中直接提取所有微生物的总DNA,采用适宜的载体克隆到宿主细胞中构建宏基因组文库,再筛选新的活性物质或基因;从生态学角度分析微生物不可培养的原因,可利用环境微生物基因组技术进行土壤污染修复、畜禽养殖除臭、鉴定新物种以及确定特定生态环境体系中未培养微生物种群与群落的结构组成及物种的进化模式。 展开更多
关键词 未培养微生物 环境微生物基因组 基因组文库 微生物生态作用
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基于微生物基因组序列开发疫苗的研究进展与分析 被引量：1
11
作者 岳立广 朱晶 宋宗明 《微生物学免疫学进展》 2007年第4期69-74,共6页
疫苗的问世,使得许多危害人类健康的疾病得到了控制,对全世界人类预防和治疗疾病方面发挥了不可磨灭的作用,而一些特殊的病原体所引起的人类疾病的危害性是极大的,但采用传统的方法根本无法制备其安全有效的疫苗。直到20世纪末,微生物... 疫苗的问世,使得许多危害人类健康的疾病得到了控制,对全世界人类预防和治疗疾病方面发挥了不可磨灭的作用,而一些特殊的病原体所引起的人类疾病的危害性是极大的,但采用传统的方法根本无法制备其安全有效的疫苗。直到20世纪末,微生物全基因组测序、生物信息学分析、蛋白质组学和DNA芯片技术的发展为疫苗研究领域带来了前所未有的变革。基于微生物基因组序列开发疫苗的新方法应运而生,为采用传统方法无法取得成功的疫苗的制备带来了光明。本文从基于微生物基因组序列开发疫苗的可行性、原理、实验方法以及应用等方面进行了综述。 展开更多
关键词 疫苗 微生物基因组 生物信息 DNA芯片 蛋白质
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微生物基因组研究进展及其对生命科学的影响 被引量：1
12
作者 胡福泉 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期375-377,共3页
关键词 微生物学 微生物基因组 生命科学 影响
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微生物基因组研究进展 被引量：2
13
作者 张湘燕 郭晓奎 《国外医学（微生物学分册）》 2003年第2期10-12,31,共4页
微生物基因组研究近年来发展很快,借助基因测序技术已完成多种微生物基因组测序。原核细胞生物基因组与真核细胞基因组具有各自特点。许多由基因控制的细菌遗传性状与细菌毒力有关,选择合适的靶基因研究可用于发展疫苗和开发新的诊断工... 微生物基因组研究近年来发展很快,借助基因测序技术已完成多种微生物基因组测序。原核细胞生物基因组与真核细胞基因组具有各自特点。许多由基因控制的细菌遗传性状与细菌毒力有关,选择合适的靶基因研究可用于发展疫苗和开发新的诊断工具。同时,加快基因组功能性研究迫在眉睫。 展开更多
关键词 微生物 基因组 研究进展 原核细胞生物基因组 真核细胞基因组 特点 基因测序技术
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分子生物学教材中的真核生物基因组重复序列
14
作者 田英芳 贾志宏 +1 位作者 夏海滨 杨建雄 《生物学杂志》 CAS CSCD 2013年第6期99-102,共4页
现行的高校分子生物学教材中主要以重复频率为依据对重复序列进行分类,对于小卫星DNA及微卫星DNA是属于高度或是中度重复序列存在不同见解。提出依据重复频率及空间结构分布两个方面对重复序列进行分类,并建议按照重复频率将小卫星DNA... 现行的高校分子生物学教材中主要以重复频率为依据对重复序列进行分类,对于小卫星DNA及微卫星DNA是属于高度或是中度重复序列存在不同见解。提出依据重复频率及空间结构分布两个方面对重复序列进行分类,并建议按照重复频率将小卫星DNA及微卫星DNA归属于中度重复序列。 展开更多
关键词 真核生物基因组 重复序列 卫星DNA 小卫星DNA 微卫星DNA
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寻找微生物基因组中适合高通量药物筛选靶点的功能未知基因
15
作者 谢建平 乐军 王洪海 《生命的化学》 CAS CSCD 2002年第1期84-86,共3页
关键词 微生物基因组 功能未知基因 筛选 药物靶点 噬菌体展示
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微生物基因组与抗微生物药物的发展 被引量：2
16
作者 刘晓颖 《国外医学（流行病学．传染病学分册）》 2002年第3期138-140,共3页
微生物基因组及后基因组研究是继人类基因组计划后生命科学领域启动的又一巨大工程。其主要研究内容为阐明微生物基因的核苷酸序列,并在此基础上认识微生物基因组的生物学功能。对微生物基因组及后基因组的研究,有助于阐明病原微生物的... 微生物基因组及后基因组研究是继人类基因组计划后生命科学领域启动的又一巨大工程。其主要研究内容为阐明微生物基因的核苷酸序列,并在此基础上认识微生物基因组的生物学功能。对微生物基因组及后基因组的研究,有助于阐明病原微生物的耐药机制,为发现和研制新的抗微生物药物提供广阔的发展前景。 展开更多
关键词 微生物基因组 抗微生物药物 发展
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关于生物基因组活动的调控体系的思考
17
作者 郝水 《世界科技研究与发展》 CSCD 1998年第1期28-31,共4页
任何生物个体的寿命都是有限的。但生物能以有性和(或)无性方式繁殖与自己基本相似的后代。因此其种系得以延续发展。这种繁殖与自己基本相似个体的现象称为遗传。遗传学的发展和分子生物学、细胞生物学,以及发育生物学的诸多成就,使人... 任何生物个体的寿命都是有限的。但生物能以有性和(或)无性方式繁殖与自己基本相似的后代。因此其种系得以延续发展。这种繁殖与自己基本相似个体的现象称为遗传。遗传学的发展和分子生物学、细胞生物学,以及发育生物学的诸多成就,使人们认识到生物遗传的奥秘有两个方面:一是细胞中存在精细而复杂的遗传密码系统,称之为基因组(Genome);二是细胞中存在调控遗传密码有序活动(基因表达和复制)的机制。这种机制是由多层次的复杂体系实现的。 展开更多
关键词 生物基因组活动 基因组活动 调控体系
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基于分布式信源编码的微生物基因组序列压缩算法
18
作者 陈旻 王开云 《昆明学院学报》 2015年第6期106-111,共6页
提出一种基于分布式信源编码的微生物基因组序列压缩算法,用于改进微生物基因组序列压缩效率不高的现状.首先将微生物基因组序列映射为两条二进制序列并映射为两幅二值图像以便使用更多的信源相关性.然后构建分布式信源编码来同时传输... 提出一种基于分布式信源编码的微生物基因组序列压缩算法,用于改进微生物基因组序列压缩效率不高的现状.首先将微生物基因组序列映射为两条二进制序列并映射为两幅二值图像以便使用更多的信源相关性.然后构建分布式信源编码来同时传输两个二值图像.同时,为保证边信息传输的高效,优化Context加权方法被用于边信息压缩.实验结果表明,与现有微生物基因组序列压缩算法相比较,该算法能获得更高的压缩效率,并且保持较合理的运算复杂度. 展开更多
关键词 分布式信源编码 微生物基因组序列压缩 边信息 Context加权 希尔伯特空间填充
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合成、重构和改造微生物基因组
19
作者 覃重军 周敏 《生物产业技术》 2010年第5期31-35,共5页
合成生物学是生物科学领域住21世纪刚刚出现的一个新的分支学科，作为一门新兴的交叉学科，与传统生物学通过解剖生命体以研究其内在构造的办法不同，合成生物学的研究方向是从最基本的要素开始一步步建立零部件。与基因工程把一个物种... 合成生物学是生物科学领域住21世纪刚刚出现的一个新的分支学科，作为一门新兴的交叉学科，与传统生物学通过解剖生命体以研究其内在构造的办法不同，合成生物学的研究方向是从最基本的要素开始一步步建立零部件。与基因工程把一个物种的基因延续、改变并转移至另一物种的作法不同，合成生物学的目的在于建立人工生物体系，让它们像电路一样运行。 展开更多
关键词 合成生物学 微生物基因组 展望 改造 重构 分支学科 生物科学 交叉学科
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微生物基因组与药靶研究
20
作者 张湘燕 郭晓奎 《国外医学（微生物学分册）》 2004年第3期15-17,21,共4页
微生物基因组研究及其相关的技术平台发展迅速,为发现新的药靶和研制新型抗微生物药物提供了有利条件.除了毒力因子、保守基因外,其他一些分子也可成为潜在的药靶.基因功能研究为发现潜在的药靶提供了可能,也是药靶研究中的主要难点之一... 微生物基因组研究及其相关的技术平台发展迅速,为发现新的药靶和研制新型抗微生物药物提供了有利条件.除了毒力因子、保守基因外,其他一些分子也可成为潜在的药靶.基因功能研究为发现潜在的药靶提供了可能,也是药靶研究中的主要难点之一.现在已有了对候选药靶进行识别和有效性评估的系统,但还有待于进一步完善. 展开更多
关键词 微生物基因组 药靶研究 毒力因子 保守基因 有效性评估
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