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牛科物种THRSP基因的分子特征及功能比较分析 被引量:1
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作者 吴宇 王荣平 +3 位作者 朱伟 范新阳 滕晓红 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期74-87,共14页
【目的】探究牛科物种THRSP基因的序列特征、功能差异及系统发育关系。【方法】从NCBI和Ensembl数据库下载常见牛科物种和非牛科物种的THRSP基因及其编码产物的氨基酸序列,进一步利用比较基因组学和生物信息学方法对所得数据进行比较分... 【目的】探究牛科物种THRSP基因的序列特征、功能差异及系统发育关系。【方法】从NCBI和Ensembl数据库下载常见牛科物种和非牛科物种的THRSP基因及其编码产物的氨基酸序列,进一步利用比较基因组学和生物信息学方法对所得数据进行比较分析。【结果】牛科物种THRSP基因转录区的结构相似,编码序列一致性高(93.2%~96.9%),但非翻译区和内含子差异较大。牛科THRSP蛋白均为亲水性核蛋白,无跨膜区和信号肽,都包含1个Spot_14或Spot_14超家族保守结构域,其参与的生物学路径主要与脂类的生物合成有关,分子功能主要与脂肪酸合酶活性和蛋白同源二聚化活性相关。与牛科THRSP互作的蛋白质主要与脂肪酸的合成和β-氧化、蛋白质代谢和转运、跨细胞膜或细胞器的物质转运、溶酶体与吞噬体的融合等生物学过程有关。牛科THRSP蛋白的氨基酸组成、理化特性、基序组成模式、保守结构域、功能修饰位点和高级结构高度相似,但表现出属间差异。系统发育分析表明:牛科物种同属动物间THRSP蛋白的亲缘关系更近。【结论】牛科物种THRSP序列和结构一致性高、功能相似,是一种在细胞核中发挥功能作用的亲水蛋白,推测其参与牛科物种脂合成的调节。 展开更多
关键词 牛科物种 THRSP基因 分子特征 功能 生物学路径
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牛科物种FSHβ基因外显子1和外显子2遗传特征分析 被引量:3
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作者 哈福 李大林 +4 位作者 袁跃云 吴志勇 袁峰 霍金龙 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期61-68,共8页
促卵泡素(follicle-stimulating hormone,FSH)对刺激动物卵泡发育和促进精子生成具有重要作用,但有关牛科物种FSH基因的群体遗传特征还不十分清楚。本文针对FSHβ基因外显子1和外显子2,采用PCR-SS-CP结合PCR产物直接测序技术对353头水牛... 促卵泡素(follicle-stimulating hormone,FSH)对刺激动物卵泡发育和促进精子生成具有重要作用,但有关牛科物种FSH基因的群体遗传特征还不十分清楚。本文针对FSHβ基因外显子1和外显子2,采用PCR-SS-CP结合PCR产物直接测序技术对353头水牛(来自11个水牛群体)、30头牦牛和30头大额牛样品进行了群体变异检测,并结合NCBI数据库中已发表的普通牛、山羊和绵羊等物种同源序列进行了群体遗传和生物信息学分析。在FSHβ基因外显子1中,水牛中发现1个核苷酸替换和1个缺失,即c.-49A>G和c.-31delG;其中,SNP-49在河流型和沼泽型水牛中均存在,等位基因c.-49A为优势等位基因,而c.-31delG只存在于沼泽型水牛中,且为杂合状态,基因频率为0.077。在牦牛外显子1中检测到c.-37G>A和c.-12T>C替换,且为连锁遗传的,而在大额牛外显子1中未检测到SNP位点。在FSHβ基因外显子2中,水牛中发现c.132G>A替换,该位点在河流型和沼泽型水牛均存在,但等位基因频率在两类水牛间不一致。在牦牛外显子2中检测到c.9C>T和c.21C>T替换,该替换也存在于普通牛中;大额牛外显子2为单态,未见SNP位点。生物信息学分析显示,在一些牛科物种FSHβ基因外显子2中发现的SNP位点均为同义替换,揭示了其序列的高度保守性。在牛科物种中,山羊和绵羊FSHβ基因第36位密码子编码氨基酸与其他物种不同,可作为区分它们的遗传标记。 展开更多
关键词 牛科物种 促卵泡激素 β-亚基基因 1 2外显子 PCR-SSCP
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牛科物种FEZF2基因分子特征、功能预测及进化分析 被引量:1
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作者 保志鹏 涂兴调 +4 位作者 张自芳 谷丽娇 范新阳 钱林东 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期574-586,共13页
【目的】揭示牛科物种FEZF2基因的功能及其差异。【方法】从NCBI和Ensembl数据库下载牛科主要家畜FEZF2基因序列及用于比较的非牛科物种的同源序列,采用生物信息学和比较基因组学方法对牛科家畜FEZF2基因的结构、编码蛋白的理化特征、... 【目的】揭示牛科物种FEZF2基因的功能及其差异。【方法】从NCBI和Ensembl数据库下载牛科主要家畜FEZF2基因序列及用于比较的非牛科物种的同源序列,采用生物信息学和比较基因组学方法对牛科家畜FEZF2基因的结构、编码蛋白的理化特征、氨基酸组成、基序和保守结构域、高级结构、参与的生物学路径、分子功能及进化关系进行比较分析。【结果】牛科动物间FEZF2基因转录区的结构存在差异,表现为非翻译区和内含子的序列长度不一致,但它们的编码序列(coding sequence,CDS)结构模式一致,与非牛科动物的CDS结构具有共线性关系。牛科动物FEZF2蛋白都是在核内发挥生物学功能的亲水性蛋白,无信号肽序列及跨膜结构域,都含有1个COG5048保守的锌指结构域。预测显示:FEZF2蛋白参与的生物学过程主要与神经元发育调节有关,分子功能主要是与染色质结合、转录激活或抑制有关。牛科与非牛科哺乳动物的FEZF2序列都存在1个连续的甘氨酸序列重复区,水牛、牦牛、绵羊和山羊均为13G型,但普通牛和瘤牛存在12G和13G两个等位基因。各牛科物种FEZF2蛋白在氨基酸组成、序列一致性、理化特征、基序、结构域和高级结构上存在相似性,但在牛科的不同属间存在一定差异。系统发育分析显示:牛科同属动物的FEZF2蛋白遗传关系较近。【结论】本研究揭示牛科家畜间FEZF2基因CDS的结构模式高度一致;FEZF2作为核内功能蛋白可能参与了牛科物种的神经元发育和机体免疫等过程的基因表达调控。 展开更多
关键词 牛科物种 FEZF2基因 分子特征 基因功能 生物信息学与比较基因组学分析
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牛科物种FSHβ基因外显子3编码区遗传多态性及其生物信息学分析 被引量:1
4
作者 杨秋丽 哈福 +4 位作者 李大林 袁跃云 袁峰 霍金龙 苗永旺 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2013年第2期52-59,共8页
促卵泡素是动物垂体前叶分泌的重要繁殖调控激素。采用PCR产物直接测序法对河流型和沼泽型水牛、牦牛和大额牛的FSHβ基因外显子3编码区进行群体变异检测,并进行了生物信息学分析。牛科物种FSHβ基因外显子3编码区均为231 bp。在水牛中... 促卵泡素是动物垂体前叶分泌的重要繁殖调控激素。采用PCR产物直接测序法对河流型和沼泽型水牛、牦牛和大额牛的FSHβ基因外显子3编码区进行群体变异检测,并进行了生物信息学分析。牛科物种FSHβ基因外显子3编码区均为231 bp。在水牛中共发现16个SNP位点,其中异义替换13个,推测4个异义替换对FSH功能有显著影响(subPSEC<-3)。沼泽型水牛中发现的SNP位点均与河流型水牛共享,但它们在两类水牛中的群体遗传组成不同。在普通牛、牦牛和大额牛中分别确定8,3,1个SNP位点,但只有SNP307是异义替换,普通牛与牦牛共享该位点,推测其对FSH功能无显著影响(subPSEC>-3)。在山羊中有11个SNP位点,8个为异义替换,推测只有SNP253对FSH功能有显著影响(subPSEC<-3)。在绵羊中有3个SNP位点,皆为同义替换。确定水牛特有的核苷酸位点4个,山羊特有的位点1个,普通牛、牦牛和大额牛共有的核苷酸位点4个,山羊和绵羊中共有的位点2个,这些位点编码氨基酸的差异可能引起了不同类型牛科物种间FSHβ亚基功能上的差异性。 展开更多
关键词 牛科物种 促卵泡素β亚基基因 外显子3 多态性 生物信息学分析
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牛科物种β-酪蛋白基因的研究进展 被引量:2
5
作者 薛杰 苗永旺 《家畜生态学报》 北大核心 2015年第10期7-11,26,共6页
β-酪蛋白(CSN2)是牛科物种乳中重要的酪蛋白之一,对维持乳的理化特性具有重要作用。论文对普通牛、水牛和山羊的CSN2基因结构与功能、近年发现的变异类型及CSN2基因变异与生产性状的关联进行了综述,并对该基因在研究中存在的问题进行... β-酪蛋白(CSN2)是牛科物种乳中重要的酪蛋白之一,对维持乳的理化特性具有重要作用。论文对普通牛、水牛和山羊的CSN2基因结构与功能、近年发现的变异类型及CSN2基因变异与生产性状的关联进行了综述,并对该基因在研究中存在的问题进行了总结和展望。 展开更多
关键词 牛科物种 Β-酪蛋白 基因结构 功能 变异 生产性状
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固醇调节元件结合蛋白(SREBPs)调控牛科物种脂合成的研究进展 被引量:1
6
作者 刀文彬 欧阳依娜 +1 位作者 哈福 苗永旺 《中国牛业科学》 2022年第3期84-92,共9页
固醇调节元件结合蛋白(sterol regulatory elemental binding protein,SREBPs)是细胞核内调控脂代谢的重要转录因子,其在细胞核内通过结合下游靶基因调控区的顺式作用元件来参与转录过程,进而调控脂代谢,包括调控体脂的沉积和乳脂的合... 固醇调节元件结合蛋白(sterol regulatory elemental binding protein,SREBPs)是细胞核内调控脂代谢的重要转录因子,其在细胞核内通过结合下游靶基因调控区的顺式作用元件来参与转录过程,进而调控脂代谢,包括调控体脂的沉积和乳脂的合成。本文综述了SREBPs的结构与功能、SREBPs参与的生物学路径、SREBP1参与牛科物种体脂沉积和乳脂合成的研究进展,旨在为牛SREBPs的深入研究提供参考。 展开更多
关键词 固醇调节元件结合蛋白 牛科物种 脂合成 调控
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牛科物种FSHβ基因密码子偏好性分析
7
作者 周芳廷 保志鹏 +6 位作者 赵学成 李卫真 杜平 康定富 董书承 余选富 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2018年第1期47-55,共9页
【目的】为了确定牛科物种FSHβ基因密码子使用上的偏好性及差异。【方法】采用PCR产物直接测序法对36头槟榔江水牛、32头滇东南水牛、26头大额牛和29头中甸牦牛的FSHβ基因编码区序列进行了群体变异检测,并结合已发表的普通牛、野牛、... 【目的】为了确定牛科物种FSHβ基因密码子使用上的偏好性及差异。【方法】采用PCR产物直接测序法对36头槟榔江水牛、32头滇东南水牛、26头大额牛和29头中甸牦牛的FSHβ基因编码区序列进行了群体变异检测,并结合已发表的普通牛、野牛、山羊和绵羊的同源序列,对牛科物种FSHβ基因同义密码子使用的偏好性及其差异进行了深入分析。【结果】各牛科物种共同偏好使用UUC、CUG、AUC、GUG、UCC、AGC、CCC、CCA、ACC、ACG、GCA、UAC、CAG、ACC、GAC、GAG、UGC、AGA、AGG、GGC等20种密码子。除CCA、GCA和AGA之外,其余密码子均以G/C结尾。编码His的两个同义密码子CAU、CAC在沼泽型水牛中无偏好性,在河流型水牛中则偏好使用CAU。编码Lys的两个密码子AAA、AAG在河流型和沼泽型水牛中无偏好性,在野牛和山羊中偏好使用AAG,而牦牛、普通牛、大额牛和绵羊则偏好使用AAA。基于密码子的RSCU值构建的聚类树显示:河流型与沼泽型水牛聚为一类,牦牛、普通牛、大额牛和绵羊聚为一类,野牛与山羊聚为一类。【结论】各牛科物种FSHβ基因在密码子使用上均存在一定的偏好性,但差异较小,且都偏好性使用以G/C结尾的密码子,其中河流型与沼泽型水牛的偏好性最相似。 展开更多
关键词 牛科物种 槟榔江水牛 FSHΒ基因 密码子偏好性 RSCU值 聚类分析
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牛科家养动物硬脂酰辅酶A脱氢酶1基因的研究进展 被引量:2
8
作者 薛杰 范新阳 苗永旺 《中国牛业科学》 2019年第2期49-54,共6页
硬脂酰辅酶A脱氢酶1(stearoyl-CoA desaturase-1,SCD1)是哺乳动物脂肪细胞中饱和脂肪酸转换为单一不饱和脂肪酸的关键酶,对动物机体及动物产品中脂肪酸的组成和含量有重要的影响。本文对普通牛、水牛、山羊和绵羊等牛科常见家养动物的S... 硬脂酰辅酶A脱氢酶1(stearoyl-CoA desaturase-1,SCD1)是哺乳动物脂肪细胞中饱和脂肪酸转换为单一不饱和脂肪酸的关键酶,对动物机体及动物产品中脂肪酸的组成和含量有重要的影响。本文对普通牛、水牛、山羊和绵羊等牛科常见家养动物的SCD1基因的结构与功能、变异类型及其与经济性状关联的研究进展进行了综述,并对该基因的未来研究进行了展望。 展开更多
关键词 牛科物种 SCD1基因 基因结构 功能 变异 生产性状
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牛科家养动物催产素(OXT)基因研究进展
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作者 蒋发俊 范新阳 苗永旺 《中国牛业科学》 2023年第5期61-67,共7页
催产素(oxytocin,OXT)系全球首个被测序并人工合成的9肽神经内分泌激素,能以神经递质和激素两种形式发挥功能。以激素发挥功能时,需要与催产素受体(oxytocin receptor,OXTR)结合形成复合物方可发挥生理功能。OXT存在于机体多个组织器官... 催产素(oxytocin,OXT)系全球首个被测序并人工合成的9肽神经内分泌激素,能以神经递质和激素两种形式发挥功能。以激素发挥功能时,需要与催产素受体(oxytocin receptor,OXTR)结合形成复合物方可发挥生理功能。OXT存在于机体多个组织器官,具有广泛的生物学功能,尤其在哺乳动物泌乳过程中发挥重要的调控作用。本文综述了牛科物种OXT基因结构及其编码多肽的分子特征、OXT与OXTR间的定位与相互识别过程、OXT调控泌乳过程的机制及其在动物生产中的应用,并对其下一步研究进行了展望,以期为深入解析OXT基因的结构与功能提供参考。 展开更多
关键词 牛科物种 OXT基因 结构与功能 共翻译机制 动物生产
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河流型与沼泽型水牛CSN3基因密码子使用特征分析 被引量:3
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作者 范新阳 邱立华 +3 位作者 罗国祥 张永云 滕晓红 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2017年第2期238-245,共8页
本研究以54头河流型水牛和70头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、小鼠和人的序列作对照,对乳成分中重要的κ-酪蛋白(kappa casein)编码基因CSN3的密码子使用偏好性及水牛与其他物种间CSN3基... 本研究以54头河流型水牛和70头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、小鼠和人的序列作对照,对乳成分中重要的κ-酪蛋白(kappa casein)编码基因CSN3的密码子使用偏好性及水牛与其他物种间CSN3基因密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果表明:两种类型水牛CSN3基因密码子使用特征相似,河流型水牛CSN3基因共有26个偏好使用的密码子,而沼泽型水牛共有27个;其中,两类水牛偏好性较强的密码子均为GUU、UCA、AGU、CCA、AGG、GGU和GGA(RSCU≥2),河流型水牛对Asp的两种密码子GAU、GAC没有使用偏好性,而沼泽型水牛偏好使用GAC;河流型水牛编码Asp和Cys的同义密码子RSCU值为1,而沼泽型水牛只有编码Cys的同义密码子RSCU值为1。研究发现,所有物种CSN3基因均偏好使用以A/U结尾的密码子,但不同物种之间偏好使用密码子种类和数目均有差异。在密码子使用频率上,水牛CSN3基因与其他牛科物种的差异小于与小鼠、人的差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型与沼泽型水牛亲缘关系最近,聚为一类,然后依次与其他牛、绵羊、小鼠和人等物种相聚。 展开更多
关键词 河流型水牛 沼泽型水牛 牛科物种 CSN3基因 密码子偏好性 聚类分析
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动物溶菌酶基因的研究进展 被引量:6
11
作者 孙国庆 哈福 +1 位作者 苗永旺 李大林 《中国牛业科学》 2012年第3期51-54,59,共5页
溶菌酶[Lysozyme(EC3.2.1.17),LYZ]是机体先天免疫系统中一个重要的效应分子,参与机体多种免疫反应,在溶菌过程中形成一个水解体系,破坏和消除侵入动物体内的病原,从而实现机体的免疫防御。它可以有效抑制葡萄球菌、大肠杆菌等一系列病... 溶菌酶[Lysozyme(EC3.2.1.17),LYZ]是机体先天免疫系统中一个重要的效应分子,参与机体多种免疫反应,在溶菌过程中形成一个水解体系,破坏和消除侵入动物体内的病原,从而实现机体的免疫防御。它可以有效抑制葡萄球菌、大肠杆菌等一系列病原菌,是重要的奶牛乳房炎抗性因子之一。本文综述了溶菌酶基因的研究进展,包括其结构与进化、变异及应用前景等。 展开更多
关键词 溶菌酶 基因 多态性 牛科物种 乳房炎
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河流型与沼泽型水牛LEP基因同义密码子使用特征分析
12
作者 范新阳 伍姗 +4 位作者 张永云 滕晓红 赵学成 李卫真 苗永旺 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第6期28-33,37,共7页
为了了解影响泌乳性状的重要编码基因LEP基因的密码子使用特征,试验以27头河流型水牛和41头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、山羊、小鼠和人的序列作对照,对两类水牛LEP基因的同义密码子使... 为了了解影响泌乳性状的重要编码基因LEP基因的密码子使用特征,试验以27头河流型水牛和41头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、山羊、小鼠和人的序列作对照,对两类水牛LEP基因的同义密码子使用偏好性及水牛与其他物种间LEP基因密码子使用的差异和进化关系进行深入分析。结果表明:两种类型水牛LEP基因密码子使用特征相似,河流型和沼泽型水牛LEP基因均有25个偏好使用的密码子;其中两类水牛LEP基因偏好性较强的密码子均为UUC、CUG、AUC、GUC、UCC、ACC、GCC、CAC、CGG、AGG和GGG(RSCU≥2.00)。河流型水牛CCA和CCG密码子的RSCU值分别为0.09和0.35,而沼泽型水牛分别为0.34和0.10。此外,所有物种LEP基因均偏好使用以G/C结尾的密码子,但不同物种之间偏好使用密码子种类和数目均有差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型与沼泽型水牛亲缘关系最近,聚为一类,然后依次与其他牛、绵羊、山羊、小鼠和人等物种相聚。在密码子使用频率上,LEP基因与小鼠密码子偏好性差异小于与大肠杆菌和酵母密码子偏好性的差异,说明小鼠更适合作为水牛LEP基因的外源表达系统。 展开更多
关键词 河流型水牛 沼泽型水牛 牛科物种 LEP基因 密码子偏好性
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牛肌肉生长抑制素基因的研究进展
13
作者 黎仁军 苗永旺 《中国牛业科学》 2011年第5期39-42,共4页
肌肉生长抑制素,属TGF-β超家族,是一种骨骼肌生长发育的负调控因子。其生物活性的丧失或受到抑制,会导致骨骼肌增生从而引起动物肌肉的过度发育,表现为双肌性状。本文综述了MSTN基因的发现、结构特点、作用机制、在牛科物种中的研究进... 肌肉生长抑制素,属TGF-β超家族,是一种骨骼肌生长发育的负调控因子。其生物活性的丧失或受到抑制,会导致骨骼肌增生从而引起动物肌肉的过度发育,表现为双肌性状。本文综述了MSTN基因的发现、结构特点、作用机制、在牛科物种中的研究进展及其应用前景。 展开更多
关键词 肌肉生长抑制素 骨骼肌 双肌 牛科物种
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New species of Tsaidamotherium(Bovidae,Artiodactyla) from China sheds new light on the skull morphology and systematics of the genus 被引量:3
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作者 SHI QinQin 《Science China Earth Sciences》 SCIE EI CAS 2014年第2期258-266,共9页
A new species of Tsaidamotherium(Bovidae,Artiodactyla),T.brevirostrum,described here represents only the second discovery of the genus.Tsaidamotherium is a mid-sized late Miocene bovid with an odd-looking plate-like h... A new species of Tsaidamotherium(Bovidae,Artiodactyla),T.brevirostrum,described here represents only the second discovery of the genus.Tsaidamotherium is a mid-sized late Miocene bovid with an odd-looking plate-like horn-core apparatus so far known only from northwestern China.The holotype of T.brevirostrum is a cranial part of skull from the Liushu Formation(late Miocene)of the Linxia Basin.The new species differs from the type species,T.bohlini,mainly in horn-core morphology,having the frontal horn-cores proper much smaller and less distinctly separated from the plate-shaped posterior portion.Furthermore,the new species has smaller frontal sinuses,but a thicker layer of compact bone beneath the horn-core apparatus as seen in frontal section.A complete skull with a smaller horn-core apparatus is considered to represent a female individual of T.brevirostrum.The facial part of the skull,which is first known for this genus,is very short and high,with a high nasal cavity,strongly retracted nasals,and shortened premaxillae and premolar rows.All this probably suggests that the animal with an enlarged nasal cavity,like the modern Saiga and Budorcas,may have had a special adaptation to the high plateau environment. 展开更多
关键词 Linxia Basin Late Miocene BOVIDAE Tsaidamotherium Ovibovini
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