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基于时序加权PPI网络的关键蛋白质识别 被引量:3
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作者 胡健 朱海湾 毛伊敏 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2019年第23期150-162,共13页
关键蛋白质是生物体内一切生命活动中不可缺少的物质基础,关键蛋白质的识别不仅可以从理论上理解生命活动机理,同时在实际应用中为药物研制、疾病治疗提供重要基础。目前,现有的关键蛋白质识别算法大多应用在静态PPI网络上,忽略了蛋白... 关键蛋白质是生物体内一切生命活动中不可缺少的物质基础,关键蛋白质的识别不仅可以从理论上理解生命活动机理,同时在实际应用中为药物研制、疾病治疗提供重要基础。目前,现有的关键蛋白质识别算法大多应用在静态PPI网络上,忽略了蛋白质的动态性和保守性,只考虑网络拓扑结构,忽略了蛋白质的生物特性,并且未能完全解决PPI网络中假阳性和假阴性问题。针对以上问题,构建一种混合动态保守蛋白质的时序加权PPI网络,并提出一种名为JTBC(Joint Topological properties,Biological properties and Complexes information)的关键蛋白质识别算法。利用基因表达数据提取动态蛋白质和保守蛋白质的活性信息,以动态调整静态PPI网络进而构建时序PPI网络,有效降低了PPI网络中的假阴性;设计一种融合双重拓扑特性的点边凝聚度DEcc(node and edge cohesion coefficient),以衡量蛋白质在PPI网络中的拓扑特性,再结合带有生物特性的蛋白质结构域信息和皮尔逊相关系数为时序PPI网络加权,以准确描述蛋白质之间的相互作用,减少了假阳性的影响;根据关键蛋白质的聚集特性和共表达特性,设计一种共表达复合物中心性方法局部评估蛋白质的重要程度。综上考虑,整合权重信息和蛋白质复合物信息来综合衡量蛋白质的关键性。实验结果表明该算法能够从全局和局部特性较准确地识别关键蛋白质。 展开更多
关键词 关键蛋白质 保守蛋白质 混合动态保守蛋白质的时序加权网络 蛋白质结构域 共表达复合物中心性
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基于互信息的通信网络节点重要性度量方法 被引量:21
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作者 马润年 王班 +2 位作者 王刚 郭晓成 刘文斌 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第3期747-752,共6页
信息化条件下的复杂网络对节点的蓄意攻击非常脆弱,因此准确发掘出网络中的核心节点并进行重点保护对提高网络抗毁性至关重要.在分析特殊条件下通信网络特征属性的基础上,借鉴通信系统中关于"信息量"的定义方法,提出了改进的... 信息化条件下的复杂网络对节点的蓄意攻击非常脆弱,因此准确发掘出网络中的核心节点并进行重点保护对提高网络抗毁性至关重要.在分析特殊条件下通信网络特征属性的基础上,借鉴通信系统中关于"信息量"的定义方法,提出了改进的适用于有向加权网络的节点重要性评估方法.在小规模混合加权网络中对该方法和已有方法进行了对比分析,验证了本文方法的有效性和优势性.构建了一种基于BBV(Barrat-Barthelemy-Vespignani)的混合加权网络演化模型,并对生成的大规模通信网络进行了节点重要性评估仿真,实验结果表明:与现有评估方法相比,本文方法能够更加简单、有效地评估网络节点的重要性. 展开更多
关键词 通信网络 节点重要性 互信息 混合加权网络
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A Mixed Mechanism of Weighted-Driven and Inner Selection in Networks
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作者 ZHANG Gui-Qing WANG Lin CHEN Tian-Lun 《Communications in Theoretical Physics》 SCIE CAS CSCD 2009年第5期947-953,共7页
For most networks, the weight of connection is changing with their attachment and inner affinity. By introducing a mixed mechanism of weighted-driven and inner selection, the model exhibits wide range power-law distri... For most networks, the weight of connection is changing with their attachment and inner affinity. By introducing a mixed mechanism of weighted-driven and inner selection, the model exhibits wide range power-law distributions of node strength and edge weight, and the exponent can be adjusted by not only the parameter δ but also the probability q. Furthermore, we investigate the weighted average shortest distance, clustering coefficient, and the correlation of our network. In addition, the weighted assortativity coefficient which characterizes important information of weighted topological networks has been discussed, but the variation of coefficients is much smaller than the former researches. 展开更多
关键词 complex network evolving weighted network clustering coefficient weighted assortativity coefficient CORRELATION
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