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比较分子相似性指数分析(CoMSIA)用于皮质类固醇化合物的研究
1
作者 王远强 熊清 林治华 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期67-73,共7页
比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法用于皮质类固醇类化合物的3D-QSAR研究,较系统地分析了立体场、静电场、疏水场、氢键受体场与氢键配体场及其协同作用对皮质类固醇化合物与人体CBG亲合力的贡献,并建立相应的3D-QSAR模型.研究结果表... 比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法用于皮质类固醇类化合物的3D-QSAR研究,较系统地分析了立体场、静电场、疏水场、氢键受体场与氢键配体场及其协同作用对皮质类固醇化合物与人体CBG亲合力的贡献,并建立相应的3D-QSAR模型.研究结果表明,使用静电场与立体场协同作用建立的3D-QSAR模型(r2=0.995,q2=0.882),对该类化合物具有良好预测能力.通过静电场、立体场等值面可直观分析到叠合分子周围的各种作用对化合物与CBG间亲合力的影响,对皮质类固醇类化合物的结构改造具有指导作用. 展开更多
关键词 比较分子相似性分析 皮质类固醇 三维定量构效关系
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用比较分子力场和比较分子相似性指数分析方法对氮蒽类化合物抗癌活性的三维定量构效关系研究(英文) 被引量：2
2
作者 栾锋 姚小军 +1 位作者 张海霞 刘满仓 《兰州大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期71-78,共8页
用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建... 用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建的模型优于用CoMFA构建的模型．通过CoMSIA分析,用训练集所建立的模型有较好的统计性(20个化合物,q2=0．666,r2=0．916),测试集化合物的预测活性与实验值有很好的一致性．本文还给出了主要分子力场的等势线图． 展开更多
关键词 比较分子力场 比较分子相似性指数分析方法 三维定量构效关系
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家蝇GABA受体抑制剂的比较分子相似性指数分析模型研究 被引量：4
3
作者 沈斌 张晔 +2 位作者 裴剑锋 巨修练 任天瑞 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期221-226,共6页
目的:寻找家蝇GABA 受体抑制剂的化学结构与生物活性之间的关系,为设计合成新的更高活性的家蝇GA-BA 受体抑制剂提供理论依据,从而为新农药的创制提供线索。方法:选择三类29个家蝇GABA 受体抑制剂,在SGI 工作站上,用SYBYL6.9软件,进行... 目的:寻找家蝇GABA 受体抑制剂的化学结构与生物活性之间的关系,为设计合成新的更高活性的家蝇GA-BA 受体抑制剂提供理论依据,从而为新农药的创制提供线索。方法:选择三类29个家蝇GABA 受体抑制剂,在SGI 工作站上,用SYBYL6.9软件,进行比较分析相似性指数分析。结果:模型的传统相关系数r^2=0.929,交叉验证系数q^2=0.713,F(4,24)=78.392,标准偏差S=0.273。结论:在CoMSIA 模型中,影响抑制剂活性的主要因素包括立体场,静电场和疏水场,对抑制剂的这些属性的合理设计可能增加抑制剂的生物活性。 展开更多
关键词 家蝇 GABA受体抑制剂 比较分子相似性指数分析 三维定量构效关系 Γ-氨基丁酸 杀虫剂 农药创制
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分子对接结合比较分子相似性指数分析用于雌激素类化合物活性预测和分子机理研究 被引量：2
4
作者 杨旭曙 王晓栋 +3 位作者 季力 李荣 孙成 王连生 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第22期2735-2741,共7页
雌激素类化合物通过干扰人和野生动物正常内分泌的功能,对人和野生动物的健康产生严重的负面影响.对雌激素类化合物雌激素活性的分子机理和活性预测一直受到广泛的关注.以44个结构差异较大的化合物为研究对象,发展了基于雌激素受体(α亚... 雌激素类化合物通过干扰人和野生动物正常内分泌的功能,对人和野生动物的健康产生严重的负面影响.对雌激素类化合物雌激素活性的分子机理和活性预测一直受到广泛的关注.以44个结构差异较大的化合物为研究对象,发展了基于雌激素受体(α亚型)结构的比较分子相似性指数分析方法(COMSIA),研究雌激素类化合物结构与活性的关系,对雌激素化合物活性进行预测,建立了相关性显著、预测能力强的定量模型(R2=0.965,Q2LOO=0.599,R2pred=0.825).并且阐明了影响化合物雌激素活性的分子结构特征,揭示了受体结合腔中起关键作用的氨基酸残基以及这些氨基酸残基与配体化合物作用的具体方式。 展开更多
关键词 雌激素类化合物 受体结构 分子对接 比较分子相似性指数分析(COMSIA) 定量结构与活性相关(QSAR)
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利用CoMFA和CoMSIA对氟乐灵抗体识别特异性进行3D-QSAR分析
5
作者 李嘉宜 姚茜 +6 位作者 黄惠威 施迪燊 刘凤银 黄新安 袁学文 杨剑萍 穆洪涛 《化学世界》 CAS 2024年第4期226-232,共7页
为了探究氟乐灵多克隆抗体PcAb-2C识别特异性与药物分子三维结构的定量关系,利用PcAb-2C的交叉反应数据,选取比较分子力场分析法(CoMFA),比较分子相似指数法(CoMSIA)进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,并建立相应的模型。结果表明:CoMF... 为了探究氟乐灵多克隆抗体PcAb-2C识别特异性与药物分子三维结构的定量关系,利用PcAb-2C的交叉反应数据,选取比较分子力场分析法(CoMFA),比较分子相似指数法(CoMSIA)进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,并建立相应的模型。结果表明:CoMFA模型的交叉验证系数(r_(cv)^(2))为0.497,非交叉验证系数(r_(ncv)^(2))为0.999;CoMSIA模型的交叉验证系数(r_(cv)^(2))为0.498,非交叉验证系数(r_(ncv)^(2))为0.979。CoMFA模型中立体场和静电场的贡献值分别为63.10%和36.90%,CoMSIA模型中疏水场、静电场和立体场的贡献值分别为54.90%、38.40%和6.70%。各力场的贡献比例表明基团的疏水作用对化合物影响较大,推测出抗原疏水性的增强特别是N,N-二丙基部位的疏水性增强,有利于诱导出亲和力更强的抗体,为设计氟乐灵半抗原提供了信息。 展开更多
关键词 氟乐灵 多克隆抗体 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数分析
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新磺酰脲类化合物除草活性的3D-QSAR分析 被引量：13
6
作者 王宝雷 马宁 +3 位作者 王建国 马翼 李正名 李永红 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第6期577-581,共5页
用比较分子力场分析(CoMFA)方法和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对所合成的新磺酰脲类化合物的除草活性进行了较为系统的3D-QSAR分析.两种方法所建立的模型对化合物的除草活性预测能力均较好,所得三维等值线图为合成高活性的化合... 用比较分子力场分析(CoMFA)方法和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对所合成的新磺酰脲类化合物的除草活性进行了较为系统的3D-QSAR分析.两种方法所建立的模型对化合物的除草活性预测能力均较好,所得三维等值线图为合成高活性的化合物能提供指导作用. 展开更多
关键词 磺酰脲 三维定量构效关系(3D-QSAR) 比较分子力场分析(CoMFA) 比较分子相似性指数分析(CoMSIA)
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五元杂环并嘧啶类胸苷酸合成酶抑制剂的构效关系和分子对接 被引量：5
7
作者 康从民 赵绪浩 +2 位作者 王新宇 程家高 吕英涛 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第2期431-438,共8页
用比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)研究了38个五元杂环并嘧啶衍生物类胸苷酸合成酶抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR),建立了相关预测模型.CoMFA和CoMSIA模型的交互验证相关系数q^2分别为0.662和0.672、非... 用比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)研究了38个五元杂环并嘧啶衍生物类胸苷酸合成酶抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR),建立了相关预测模型.CoMFA和CoMSIA模型的交互验证相关系数q^2分别为0.662和0.672、非交互验证相关系数R^2分别为0.921和0.884、外部交互验证相关系数Q_(ext^2)分别为0.85和0.81.分子对接得到的结合模式与三维定量构效关系得到的结果一致.结果表明这两种模型都具有良好的预测能力,可应用于指导化合物的设计和结构修饰,为进一步设计新型胸苷酸合成酶抑制剂提供了理论依据. 展开更多
关键词 五元芳杂环并嘧啶衍生物 三维定量构效关系 比较分子场分析法 比较分子相似性指数分析法 分子对接
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氰基吡咯烷类FAP抑制剂的分子对接及3D-QSAR研究 被引量：3
8
作者 汪斌 常自超 +3 位作者 舒茂 王远强 林勇 林治华 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期947-953,共7页
成纤维细胞激活蛋白(FAP)与肿瘤微血管的形成和肿瘤的生长密切相关,是药物设计的理想靶点。本文运用分子对接分析51个(4-喹啉)-甘氨酰-氰基吡咯烷衍生物与FAP受体的相互作用,研究结果表明吡咯烷衍生物与FAP受体ASP46、THR51、GLN721等... 成纤维细胞激活蛋白(FAP)与肿瘤微血管的形成和肿瘤的生长密切相关,是药物设计的理想靶点。本文运用分子对接分析51个(4-喹啉)-甘氨酰-氰基吡咯烷衍生物与FAP受体的相互作用,研究结果表明吡咯烷衍生物与FAP受体ASP46、THR51、GLN721等氨基酸残基形成氢键和立体作用。采用比较分子力场分析(Co MFA)和比较分子相似性指数分析(Co MSIA)组合场进行3D-QSAR研究。Co MFA和Co MSIA模型的q2及r2分别为0.821,0.967和0.710,0.951,3D-QSAR结果表明模型具有较强的预测能力。3D-QSAR等势图显示小分子的立体、静电、疏水、氢键等性质影响生物活性,与分子对接结果一致,为设计出更高活性吡咯烷类抑制剂提供借鉴。 展开更多
关键词 成纤维细胞激活蛋白 分子对接 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析
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苯并噁嗪酮衍生物的3D-QSAR分析 被引量：4
9
作者 蒋玉仁 秦伟 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1859-1863,共5页
苯并噁嗪酮衍生物是近年来发现的一类抗血小板聚集化合物,在前人研究的基础上利用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对23个苯并噁嗪酮衍生物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究.其中CoMFA模型交叉验证系数Q2=0.7... 苯并噁嗪酮衍生物是近年来发现的一类抗血小板聚集化合物,在前人研究的基础上利用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对23个苯并噁嗪酮衍生物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究.其中CoMFA模型交叉验证系数Q2=0.703,回归系数R2=0.994,计算值与实验值的平均方差SEE=0.053,统计方差比F=184.773;CoMSIA模型Q2=0.847,R2=0.992,SEE=0.058,F=171.670.两种方法得到的模型都具有较好的预测能力.结果表明,标题化合物中8-位取代基R1静电效应起主要作用;2-位取代基R2立体效应占主导作用,但官能团大小要适中.根据研究结果设计了六种活性较高的化合物. 展开更多
关键词 苯并噁嗪酮衍生物 三维定量构效关系 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析
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CCR5小分子拮抗剂结构与抗HIV活性构效关系的研究
10
作者 文晓荣 王娟 +2 位作者 林勇 胡勇 林治华 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期577-583,共7页
目的本文针对51个具有CCR5拮抗剂作用的咪唑并吡啶衍生化合物进行构效关系研究,希望能够为设计此类小分子药物提供依据。方法运用比较分子力场分析(Co MFA)和比较分子相似性指数分析(Co MSIA)这2种经典的三维定量构效关系(3D-QSAR)方法... 目的本文针对51个具有CCR5拮抗剂作用的咪唑并吡啶衍生化合物进行构效关系研究,希望能够为设计此类小分子药物提供依据。方法运用比较分子力场分析(Co MFA)和比较分子相似性指数分析(Co MSIA)这2种经典的三维定量构效关系(3D-QSAR)方法,分别建立了相应的模型,进行分子结构和抗病毒活性彼此关系的分析。结果 Co MFA模型的交叉验证系数q^2和相关系数r^2分别为0.617和0.825,立体场和静电场对活性的贡献为62%和38%;Co MSIA模型的交叉验证系数q^2和相关系数r^2分别为0.599和0.810,立体场、静电场、疏水场、氢键供体场和受体场对活性的贡献分别为9.8%、12.5%、33.8%、30.8%和13.1%。结论这2种模型都显示出了较好的预测性和稳定性,其三维等势图也证实了这些化合物拮抗CCR5的构效关系。 展开更多
关键词 咪唑并吡啶衍生物 CCR5拮抗剂 三维定量构效关系 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析
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马来酰胺类糖原合成酶激酶-3β抑制剂的分子对接和三维定量构效关系(英文) 被引量：4
11
作者 魏卓 张怀 +1 位作者 崔巍 计明娟 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第5期890-896,共7页
通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似... 通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)对48个化合物做三维定量构效关系的分析.两种方法得出的交互验证回归系数分别为0.669(CoMFA)和0.683(CoMSIA),证明该模型具有很好的统计相关性,同时也说明该模型具有较高的预测能力.根据该模型提供的信息,设计出9个预测活性较好的分子. 展开更多
关键词 糖原合成酶激酶3Β 三维定量构效关系 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数分析法 分子对接
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基于对接的植物激素3D-QSAR和分子动力学模拟 被引量：3
12
作者 蒙延娟 易忠胜 +1 位作者 艾芳婷 张爱茜 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期880-890,共11页
采用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究植物雌激素类化合物与雌激素受体的相互作用机制,对接结果表明,雌激素受体活性位点的疏水和氢键作用是影响植物雌激素化合物活性的主要原因,植物雌激素类化合物主要与氨基酸残基GLU353、ARG394... 采用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究植物雌激素类化合物与雌激素受体的相互作用机制,对接结果表明,雌激素受体活性位点的疏水和氢键作用是影响植物雌激素化合物活性的主要原因,植物雌激素类化合物主要与氨基酸残基GLU353、ARG394、HIS524和LEU525之间形成氢键.然后以对接后的分子构象进行分子结构叠合,结合比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法建立了3D-QSAR模型.CoMFA模型的交叉验证相关系数(Q2)和非交叉验证相关系数(R2)值分别为0.676和0.994,标准估计误差SEE和F统计量分别为0.143和342.115;CoMSIA模型的Q2=0.565,R2=0.972,SEE=0.286和F=111.480.结果表明,CoMFA和CoMSIA模型具有良好的稳定性和预测能力,可为植物雌激素的雌激素效应研究提供有力的支持.采用MD模拟研究了小分子和受体蛋白的动力学情况,为对接结果的合理性提供了验证. 展开更多
关键词 植物雌激素 分子对接 三维定量构效关系 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析 分子动力学模拟
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噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-甲酰胺类SIRT1~3抑制剂的3D-QSAR模型建立及初步分析 被引量：1
13
作者 丁雪垒 常自超 +1 位作者 刘蒙蒙 林治华 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期250-256,共7页
目的选取33个噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-甲酰胺类SIRT1~3抑制剂,进行三维定量构效关系（3D-QSAR）研究,为筛选高活性SIRT1~3抑制剂的研究奠定基础。方法通过2种经典的比较分子力场分析（Co MFA）法和比较分子相似性指数分析（Co MSIA）法,针... 目的选取33个噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-甲酰胺类SIRT1~3抑制剂,进行三维定量构效关系（3D-QSAR）研究,为筛选高活性SIRT1~3抑制剂的研究奠定基础。方法通过2种经典的比较分子力场分析（Co MFA）法和比较分子相似性指数分析（Co MSIA）法,针对SIRT1~3抑制剂依次建立3组3D-QSAR模型,进行构效关系研究。结果 Co MFA模型交叉验证系数q2分别为0.814、0.833、0.726,相关系数r2分别为0.999、1.000、0.981;Co MSIA模型q2分别为0.716、0.785、0.608,r2分别为0.924、0.990、0.962。结论 3组3D-QSAR模型均具有较好预测能力和较强稳定性,可为SIRT1~3抑制剂的设计和筛选提供可靠的理论依据。 展开更多
关键词 SIRT1-3抑制剂 三位定量构效关系 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析
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EB病毒表位肽三维定量构效关系的建模与初步分析
14
作者 周朋朋 唐光辉 +3 位作者 刘蒙蒙 汪斌 王远强 林治华 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期1088-1091,共4页
目的建立EBV抗原表位的三维定量构效关系模型,为表位的设计与改造提供理论基础。方法从表位数据库中收集67条EBV表位抗原,采用比较分子场分析(Co MFA)和比较分子相似性指数分析(Co MSIA)方法研究EBV抗原表位平衡解离常数(KD)和半数抑制... 目的建立EBV抗原表位的三维定量构效关系模型,为表位的设计与改造提供理论基础。方法从表位数据库中收集67条EBV表位抗原,采用比较分子场分析(Co MFA)和比较分子相似性指数分析(Co MSIA)方法研究EBV抗原表位平衡解离常数(KD)和半数抑制浓度(IC50)的三维定量构效关系(3D-QSAR),并建立了相应的3D-QSAR模型。结果使用Co MFA与Co MSIA方法针对KD和IC50所建立的3D-QSAR模型均有良好的预测能力,定量预测模型的复相关系数:KD(Co MFA:Q2=0.731,R2=0.996;Co MSIA:Q2=0.723,R2=0.979),IC50(Co MFA:Q2=0.463,R2=0.992;Co MSIA:Q2=0.485,R2=0.998)。结论 3D-QSAR建模方法具有较强的稳定性和较好的预测能力,而且能够通过等值面图为EBV表位的设计提供可视化信息,为进一步的抗肿瘤多肽疫苗开发提供指导。 展开更多
关键词 抗原表位 比较分子场分析 比较分子相似性指数分析 三维定量构效关系
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含磷嘧啶类CDK9抑制剂的分子对接、3D-QSAR和分子动力学模拟 被引量：3
15
作者 唐光辉 张娅 +3 位作者 张玉萍 周朋朋 林治华 王远强 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2061-2069,共9页
选取64个具有潜力的含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶(CDK9)小分子抑制剂,采用分子对接方法研究了该类小分子与CDK9的结合作用,结果表明,分子构象、氢键形成、疏水性和氨基酸残基Cys106在此类抑制剂与CDK9的结合过程中具有重要作用.在... 选取64个具有潜力的含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶(CDK9)小分子抑制剂,采用分子对接方法研究了该类小分子与CDK9的结合作用,结果表明,分子构象、氢键形成、疏水性和氨基酸残基Cys106在此类抑制剂与CDK9的结合过程中具有重要作用.在配体叠合的基础上,运用比较分子力场分析(Co MFA)、比较分子相似性指数分析(Co MSIA)和Topomer Co MFA(T-COMFA)研究了分子结构与抑制活性的关系,发现由训练集立体场、静电场和疏水场组合的Co MSIA模型为最优模型,其内部交叉验证相关系数(Q2=0.557)、非交叉验证相关系数(R2=0.959)和外部预测相关系数(r2=0.863)具有统计学意义,该模型的三维等值线图直观显示了化合物的活性与其三维结构的关系.根据这些结果设计了10个具有新结构的含磷嘧啶类化合物,分子对接和分子动力学模拟结果表明,新化合物和CDK9的结合模式与原化合物64相同,自由能分析从理论上证明了新化合物64d的CDK9抑制活性优于化合物64,并且显示含磷基团与残基Asp109的静电场能在化合物与CDK9作用过程中有重要作用. 展开更多
关键词 含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶抑制剂 分子对接 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析 Topomer COMFA 分子动力学
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DATA类逆转录酶抑制剂的三维定量构效关系 被引量：6
16
作者 熊远珍 陈芬儿 冯筱晴 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第16期1627-1630,共4页
采用对接方法得到HIV-1抑制剂DATA(二芳基三嗪类)分子的活性构象,进一步用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性分析(CoMSIA)法对DATA类逆转录酶抑制剂(RTIs)的三维定量构效关系(3D-QSAR)进行了研究,建立3D-QSAR模型,以指导进一步结... 采用对接方法得到HIV-1抑制剂DATA(二芳基三嗪类)分子的活性构象,进一步用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性分析(CoMSIA)法对DATA类逆转录酶抑制剂(RTIs)的三维定量构效关系(3D-QSAR)进行了研究,建立3D-QSAR模型,以指导进一步结构修饰.用此模型预测了5个DATA类似物,预测偏差较小,表明了所建立的模型具有较强的预测能力. 展开更多
关键词 三维定量构效关系(3D—QSAR) DATA类似物 比较分子场分析(CoMFA) 比较分子相似性分析(CoMSIA)
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抗肾癌药物吡啶杂环类PI3K抑制剂的三维定量构效关系研究 被引量：2
17
作者 刘桦 蒲铃铃 +2 位作者 宋海星 尹小菲 梁桂兆 《中国药房》 CAS 北大核心 2018年第12期1629-1635,共7页
目的:研究抗肾癌药物吡啶杂环类磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR),为新型抗肾癌药物的设计与研发提供参考。方法:收集30个吡啶杂环类PI3K抑制剂分子的结构和活性值[即半数抑制浓度的负对数(p IC50)]数据,使用Sy... 目的:研究抗肾癌药物吡啶杂环类磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR),为新型抗肾癌药物的设计与研发提供参考。方法:收集30个吡啶杂环类PI3K抑制剂分子的结构和活性值[即半数抑制浓度的负对数(p IC50)]数据,使用Sybyl-X 1.1软件进行分子叠合后,构建比较分子力场分析(Co MFA)和比较分子相似性分析(Co MSIA)模型,对PI3K抑制剂分子的立体场、静电场、疏水场、氢键供体场和氢键受体场进行考察;使用Sybyl-X 1.1软件进行分子对接,对PI3K抑制剂分子与受体靶标蛋白的作用机制进行分析;使用Py MOL V1.5软件设计新的PI3K抑制剂分子,并利用Co MFA和Co MSIA法对其活性进行预测。结果:Co MFA和Co MSIA模型的交叉验证系数分别为0.617、0.601,拟合验证系数分别为0.969、0.974,外部验证复相关系数分别为0.656、0.670。在Co MFA模型中,立体场和静电场的贡献值分别为56.2%、43.8%;在Co MSIA模型中,立体场、静电场、疏水场、氢键供体场、氢键受体场的贡献值分别为41.0%、31.3%、21.1%、2.4%、4.2%。分子叠合后,在公共骨架R1取代基附近引入空间位阻较小、正电性及亲水性较强的基团均可有助于增强分子活性。分子对接结果显示,PI3K抑制剂分子与受体靶标蛋白中的关键氨基酸ALA805、VAL882、THR887共形成了3个氢键,长度分别为1.84、1.99、1.99?。根据上述信息共设计了6个新分子,其中2个活性较高的分子的预测p IC50分别为3.211、3.247(Co MFA法)和3.238、3.222(Co MSIA法)。结论:新建Co MFA和Co MSIA模型具有良好的预测能力和统计学稳定性。分子立体场对分子活性的贡献值大于静电场,同时疏水场对分子活性的影响也不容忽视。吡啶杂环类PI3K抑制剂与受体靶标蛋白具有较强的氢键作用。3D-QSAR可为后续新的PI3K抑制剂分子的设计、改造及药物研发提供参考。 展开更多
关键词 磷脂酰肌醇3-激酶抑制剂 三维定量构效关系 比较分子力场分析 比较分子相似性分析
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含呋喃环双酰脲类衍生物的三维定量构效关系研究 被引量：5
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作者 崔紫宁 张莉 +3 位作者 黄娟 李映 凌云 杨新玲 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1417-1423,共7页
采用比较分子力场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA),对27个新型双酰基脲类化合物的杀蚊幼虫(Aedes aegypti L.)活性进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究.在CoMFA研究中,考察了网格点步长对统计结果的影响.在CoMSIA研究中... 采用比较分子力场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA),对27个新型双酰基脲类化合物的杀蚊幼虫(Aedes aegypti L.)活性进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究.在CoMFA研究中,考察了网格点步长对统计结果的影响.在CoMSIA研究中,系统考察了各种分子场组合、网格点步长和衰减因子对模型统计结果的影响,发现立体场和氢键供体场的组合得到最佳模型.所建立的CoMFA和CoMSIA模型的非交叉验证相关系数r2值分别为0.828和0.841,并都具有较强的预测能力.CoMFA和CoMSIA模型的三维等值图不仅直观地解释了结构与活性的关系,而且为后续优化该系列化合物提供了理论依据. 展开更多
关键词 昆虫生长调节剂 双酰基脲 呋喃 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析 杀幼虫活性
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含氮杂环类润滑油添加剂CoMFA-QSTR及CoMSIA-QSTR抗磨损性能模型的构建 被引量：9
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作者 刘登辉 杨奇 +4 位作者 王锐涛 王越 戴康 贺军波 高新蕾 《摩擦学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第4期421-429,共9页
依据摩擦学定量构效关系理论(QSTR),采用比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)这两种方法研究了含氮杂环类润滑油添加剂的抗磨损性能的摩擦学三维定量构效关系(3D-QSTR),并建立了相应的3D-QSTR模型.结果表明:仅利... 依据摩擦学定量构效关系理论(QSTR),采用比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)这两种方法研究了含氮杂环类润滑油添加剂的抗磨损性能的摩擦学三维定量构效关系(3D-QSTR),并建立了相应的3D-QSTR模型.结果表明:仅利用静电场构建CoMFA或CoMSIA模型时,模型预测能力最好,r^2,q^2均大于0.5.根据CoMFA或CoMSIA模型等高线图分析得出:分子静电场对含氮杂环类润滑油添加剂的抗磨损性能影响最大,在特定区域的引入带负电荷或带正电荷的基团将有助于抗磨性能的提高. 展开更多
关键词 摩擦学定量构效关系 润滑油添加剂 抗磨损性能 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析
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6-异位-5,8-O-二甲基乙酰紫草素衍生物的2D/3D-QSAR研究 被引量：5
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作者 李国栋 彭发 +2 位作者 陈兰美 陈锦灿 郑康成 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期113-121,共9页
本文综合运用密度泛函理论(DFT)、分子力学(MM2)和统计学等方法对22个具有抗人体乳腺癌(MDA-MB-231)活性的6-异位-5,8-O-二甲基乙酰紫草素类衍生物进行二维(2D)定量构效关系(QSAR)研究,同时运用比较分子相似性指数分析(Co MSIA)方法进... 本文综合运用密度泛函理论(DFT)、分子力学(MM2)和统计学等方法对22个具有抗人体乳腺癌(MDA-MB-231)活性的6-异位-5,8-O-二甲基乙酰紫草素类衍生物进行二维(2D)定量构效关系(QSAR)研究,同时运用比较分子相似性指数分析(Co MSIA)方法进行三维(3D)QSAR研究。所建最优2D-QSAR方程的留一法交叉验证系数(q2)和拟合相关系数(R2)分别为0.833和0.900;Co MSIA(SEHA)模型的q2和非交叉验证系数(r2)分别为0.624和0.999,预测相关系数R2pred为0.838,表明所建立的2D/3D-QSAR模型都具有良好的统计学意义及合理、可信的预报能力,可以预测未知化合物的活性。研究结果为理解该类化合物的作用机理和设计合成更高活性的新化合物提供理论参考。 展开更多
关键词 紫草素衍生物 5 8-O-二甲基-1 4-萘醌 抗肿瘤活性 定量构效关系 比较分子相似性指数分析法
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