目的通过生物信息学分析核受体亚家族6 A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在胃癌中的作用,旨在阐明NR6A1在胃癌中诊断和预后价值,也包括其与免疫细胞浸润的关系。方法肿瘤基因组图谱(the cancer genome at...目的通过生物信息学分析核受体亚家族6 A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在胃癌中的作用,旨在阐明NR6A1在胃癌中诊断和预后价值,也包括其与免疫细胞浸润的关系。方法肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库用于分析NR6A1在胃癌组织与癌旁组织中的表达差异。利用Kaplan-Meier数据库分析NR6A1表达与胃癌患者生存预后的关系,使用R包建立诊断的受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线和列线图(nomogram)模型。cBioPortal和MethSurv数据库用于分析NR6A1基因突变和DNA甲基化,以及对胃癌患者生存预后的影响。仙桃学术用于分析NR6A1表达与免疫细胞浸润丰度的关系。STRING数据库分析与NR6A1蛋白质相互作用网络信息。基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析NR6A1相关基因的功能。使用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1上游的转录因子。NR6A1具有转录因子的功能,通过GRNdb数据库预测其下游靶基因,并富集分析相关靶基因的功能。结果TCGA数据库结果表明,NR6A1在胃癌中高表达;Kaplan-Meier数据库提示高表达NR6A1的胃癌患者预后差。ROC曲线分析表明,NR6A1可作为胃癌组织的诊断标志物(AUC=0.851)。基因突变分析,NR6A1基因突变率为2.70%,且发生基因突变的患者预后差。甲基化分析表明,在13个DNA甲基化CpG位点中,cg13409170的低甲基化与患者预后不良有关。免疫浸润分析表明,NR6A1高表达与多种免疫细胞浸润呈负相关。GO和KEGG分析主要富集在RNA转运和降解通路中。利用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1的上游转录因子为KLF5和E2F6。GRNdb数据库预测出转录因子NR6A1的7个下游靶基因(PLEKHG5、GTF2IRD1、CEL、SPRY2、MSL1、HNF4A-AS1、ADNP-AS1),靶基因富集分析功能主要包括突触前易化、Ras蛋白信号转导调控、小GTP酶介导的信号导调控等通路。结论NR6A1在胃癌组织中高表达,其高表达、基因突变、低甲基化与患者预后差有关,且NR6A1和免疫细胞浸润丰度相关,可作为胃癌预后可靠的标志物。展开更多
文摘目的通过生物信息学分析核受体亚家族6 A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在胃癌中的作用,旨在阐明NR6A1在胃癌中诊断和预后价值,也包括其与免疫细胞浸润的关系。方法肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库用于分析NR6A1在胃癌组织与癌旁组织中的表达差异。利用Kaplan-Meier数据库分析NR6A1表达与胃癌患者生存预后的关系,使用R包建立诊断的受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线和列线图(nomogram)模型。cBioPortal和MethSurv数据库用于分析NR6A1基因突变和DNA甲基化,以及对胃癌患者生存预后的影响。仙桃学术用于分析NR6A1表达与免疫细胞浸润丰度的关系。STRING数据库分析与NR6A1蛋白质相互作用网络信息。基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析NR6A1相关基因的功能。使用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1上游的转录因子。NR6A1具有转录因子的功能,通过GRNdb数据库预测其下游靶基因,并富集分析相关靶基因的功能。结果TCGA数据库结果表明,NR6A1在胃癌中高表达;Kaplan-Meier数据库提示高表达NR6A1的胃癌患者预后差。ROC曲线分析表明,NR6A1可作为胃癌组织的诊断标志物(AUC=0.851)。基因突变分析,NR6A1基因突变率为2.70%,且发生基因突变的患者预后差。甲基化分析表明,在13个DNA甲基化CpG位点中,cg13409170的低甲基化与患者预后不良有关。免疫浸润分析表明,NR6A1高表达与多种免疫细胞浸润呈负相关。GO和KEGG分析主要富集在RNA转运和降解通路中。利用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1的上游转录因子为KLF5和E2F6。GRNdb数据库预测出转录因子NR6A1的7个下游靶基因(PLEKHG5、GTF2IRD1、CEL、SPRY2、MSL1、HNF4A-AS1、ADNP-AS1),靶基因富集分析功能主要包括突触前易化、Ras蛋白信号转导调控、小GTP酶介导的信号导调控等通路。结论NR6A1在胃癌组织中高表达,其高表达、基因突变、低甲基化与患者预后差有关,且NR6A1和免疫细胞浸润丰度相关,可作为胃癌预后可靠的标志物。
