基于小RNA深度测序和RT-PCR鉴定鹅绒藤花叶病的病毒病原 被引量：1

1

作者 杜江 马振男 +1 位作者 王德富 牛颜冰 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2229-2239,共11页

鹅绒藤(Cynanchum chinense)是一种传统中药,为明确造成鹅绒藤叶片花叶症状的原因,本研究采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR的方法鉴定引起山西太谷鹅绒藤病毒花叶症状的病原,并通过生物信息学的手段对病毒序列进行分析。结果表明,发病... 鹅绒藤(Cynanchum chinense)是一种传统中药,为明确造成鹅绒藤叶片花叶症状的原因,本研究采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR的方法鉴定引起山西太谷鹅绒藤病毒花叶症状的病原,并通过生物信息学的手段对病毒序列进行分析。结果表明,发病鹅绒藤样品经小RNA深度测序技术共获得15039334个原始序列,将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释,结果显示病原为苜蓿花叶病毒(AMV)和黄瓜花叶病毒(CMV)。利用特异引物克隆了AMV和CMV的外壳蛋白(CP)和移动蛋白(MP)基因全序列,分别命名为AMV-BR和CMV-BR。通过序列比对分析,发现AMV-BR CP氨基酸序列和核苷酸序列与AMV分离物AMV-Gyn(MH332899)、Dich-rep(MW835989)和VIC-320(MF075254)的相似性均达到100%;MP氨基酸序列和核苷酸序列与AMV分离物AMV-Gyn(MH332899)的相似性最高,均为99.3%。CMV-BR CP氨基酸序列和核苷酸序列与CMV亚组ⅠA中CMV分离物YA17(MH119159)的相似性最高,分别为100%和99.1%;MP氨基酸序列和核苷酸序列与CMV亚组Ⅰ分离物PV-0185(ON013887)的相似性最高,分别为98.2%和96.4%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CMV-BR属于CMV亚组Ⅰ中的成员。这是首次在山西鹅绒藤上检测到AMV和CMV,该研究有助于深入了解AMV、CMV的分子进化,也为鹅绒藤病毒病的防治提供一定的理论依据。 展开更多

关键词 鹅绒藤 黄瓜花叶病毒 苜蓿花叶病毒 小rna深度测序

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基于小RNA深度测序技术鉴定上海市郊区南瓜病毒种类

2

作者 袁瑗 奚丹丹 +4 位作者 方草创 张红梅 田守波 吕铎 马坤 《上海农业学报》 2024年第6期81-88,共8页

为鉴定上海市郊区秋季南瓜棚中的主要流行病毒病,于2020—2022年在奉贤区和青浦区采集21份南瓜叶片进行小RNA深度测序及PCR检测验证。结果表明:共鉴定出4种病毒,分别为新德里番茄曲叶病毒(ToLCNDV)、中国南瓜曲叶病毒(SLCCNV)、南瓜黄... 为鉴定上海市郊区秋季南瓜棚中的主要流行病毒病,于2020—2022年在奉贤区和青浦区采集21份南瓜叶片进行小RNA深度测序及PCR检测验证。结果表明:共鉴定出4种病毒,分别为新德里番茄曲叶病毒(ToLCNDV)、中国南瓜曲叶病毒(SLCCNV)、南瓜黄矮化失调病毒(CYSDV)和瓜类褪绿黄化病毒(CCYV)。其中,ToLCNDV和SLCCNV在不同年份和区域均被检测出,是上海市奉贤区和青浦区南瓜的主要流行病毒。此外,ToLCNDV和SLCCNV在黄瓜、甜瓜和西瓜中也被检测出。对来自15个国家64个ToLCNDV分离株的外壳蛋白(CP)序列进行系统进化树分析,结果显示:ToLCNDV的适应性进化与地理因素有关,ToLCNDV分离株被分为欧洲型和亚洲型两大类,中国内地的ToLCNDV分离株应来自中国台湾。 展开更多

关键词 小rna深度测序 上海 南瓜病毒病

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基于小RNA深度测序技术对呼和浩特地区紫花苜蓿病毒病病原检测及分析

3

作者 陈方淇 王乐 +5 位作者 吴杰 贾瑞芳 张园园 赵君 陈正强 林克剑 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2024年第9期76-86,共11页

内蒙古地区是我国紫花苜蓿主产区之一,苜蓿病毒病的大面积发生严重影响了内蒙古地区紫花苜蓿的产量和质量。本研究利用小RNA深度测序技术结合RT-PCR/PCR,对内蒙古呼和浩特地区采集的8份紫花苜蓿病样进行病原鉴定,结果表明8份病样被苜蓿... 内蒙古地区是我国紫花苜蓿主产区之一,苜蓿病毒病的大面积发生严重影响了内蒙古地区紫花苜蓿的产量和质量。本研究利用小RNA深度测序技术结合RT-PCR/PCR,对内蒙古呼和浩特地区采集的8份紫花苜蓿病样进行病原鉴定,结果表明8份病样被苜蓿花叶病毒(AMV)、紫花苜蓿alpha双生病毒1(MsAPV1)、紫花苜蓿alpha双生病毒2(MsAPV2)、紫花苜蓿amavirus病毒1(MsAV1)和紫花苜蓿delta双生病毒1(MsDPV1)5种病毒所侵染,检出率分别为25.0%、75.0%、50.0%、37.5%、62.5%。样品1、3、4、6、7、8被两种以上的病毒复合侵染,其中样品4受到5种病毒的复合侵染。对5种病毒进行核苷酸系统进化分析,结果显示呼和浩特地区紫花苜蓿病毒分离物AMV/PP080165、MsAPV1/PP100171、MsAPV2/PP100172、MsAV1/PP100173和MsDPV1/PP100174分别与AMV/MZ22178.1、MsAPV1/MT787573.1、MsAPV2/MZ221805.1、MsAV1/OL521710.1和MsDPV1/ON669073.1亲缘关系最近。本研究首次对呼和浩特地区紫花苜蓿病毒病进行系统鉴定和分析,为进一步研究内蒙古地区紫花苜蓿病毒病病原的遗传进化和防治奠定了基础。 展开更多

关键词 紫花苜蓿 苜蓿病毒病 小rna深度测序 系统进化分析

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基于小RNA深度测序技术鉴定侵染广东辣椒的病毒种类 被引量：20

4

作者 汤亚飞 裴凡 +5 位作者 李正刚 佘小漫 于琳 蓝国兵 邓铭光 何自福 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第13期2256-2267,共12页

【目的】病毒病是广东省辣椒生产上主要病害之一,田间病株率一般为5%—30%,严重时可达100%。本研究旨在探明危害广东辣椒的病毒种类,为辣椒病毒病的防控提供理论依据。【方法】2013—2016年,从广东省广州、佛山、惠州、江门、梅州、湛... 【目的】病毒病是广东省辣椒生产上主要病害之一,田间病株率一般为5%—30%,严重时可达100%。本研究旨在探明危害广东辣椒的病毒种类,为辣椒病毒病的防控提供理论依据。【方法】2013—2016年,从广东省广州、佛山、惠州、江门、梅州、湛江、茂名和韶关8市辣椒主要种植区采集疑似病毒病辣椒样品125份,分别提取每份辣椒病样总RNA,对从茂名、梅州、韶关3市采集的病样按地点和症状混合成7份混合病样进行小RNA深度测序分析,根据小RNA深度测序分析结果,对每种病毒分别根据小RNA深度测序拼接的基因片段序列和GenBank数据库中与该拼接序列同源性最高的病毒基因组序列保守区设计2对特异性引物,以小RNA深度测序的病样RNA为模板进行RT-PCR扩增,根据扩增效果对引物进行筛选,进一步应用筛选出的引物,对采集于广东省的125份辣椒病样分别进行RT-PCR检测,根据检测结果明确危害广东辣椒的病毒种类。【结果】从采集于广东省8市的辣椒主要种植区的125份病样中检测到14种病毒,按照检出率从高到低依次为辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus,PMMoV)(44.0%)、甜椒内源RNA病毒(Bell pepper endornavirus,BPEV)(32.8%)、烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)(31.2%)、辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV)(29.6%)、辣椒黄脉病毒1(Pepper vein yellow virus 1,PeVYV-1)(26.4%)、甜椒斑驳病毒(Pepper veinal mottle virus,PVMV)(25.6%)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)(18.4%)、辣椒环斑病毒(Chilli ringspot virus,ChiRSV)(16.8%)、辣椒黄脉病毒6(Pepper vein yellow virus 6,PeVYV-6)(16.8%)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)(15.2%)、辣椒褪绿病毒(Capsicum chlorosis virus,Ca CV)(14.4%)、蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2,BBWV-2)(9.6%)、辣椒隐症病毒1(Pepper cryptic virus 1,PCV1)(8.8%)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)(4.0%)。其中,PMMoV、BPEV、TMGMV、ChiVMV、PeVYV-1和PVMV 6种病毒的检出率在25%以上,但PMMo V、Chi VMV和PVMV分布广泛,PMMo V除了茂名外,Chi VMV除了韶关外,其他7市辣椒产区均有分布;PVMV广泛分布于8市辣椒产区,根据检出率和分布范围,得出PMMo V、Chi VMV和PVMV是危害广东辣椒的优势病毒。同时发现,广东辣椒上多种病毒复合侵染现象普遍,在本研究125份病样中病毒复合侵染率达到88.0%,其中2种、3种、4种、5种、6种、7种和8种病毒复合侵染检出率分别为28.0%、25.6%、12.0%、9.6%、6.4%、1.6%和2.4%,由此可知,2种和3种病毒复合侵染是主要侵染形式。【结论】危害广东辣椒的病毒有14种,其中PMMo V、Chi VMV和PVMV为优势病毒,且复合侵染普遍,2种和3种病毒复合侵染是主要侵染形式。 展开更多

关键词 辣椒病毒病 种类鉴定 小rna深度测序 RT-PCR 广东省

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基于小RNA深度测序技术鉴定侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类 被引量：5

5

作者 王佳 白莹雪 +4 位作者 祝宁 齐长红 任俊达 韩成贵 尚巧霞 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期225-232,241,共9页

随着草莓保护地栽培面积的增加和无性繁殖种苗的繁殖与调运,草莓病毒病的发生与流行日益严重。为明确侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类,应用小RNA深度测序技术进行检测,并利用RT-PCR技术对结果进行验证及序列分析。结果表明,从来自我... 随着草莓保护地栽培面积的增加和无性繁殖种苗的繁殖与调运,草莓病毒病的发生与流行日益严重。为明确侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类,应用小RNA深度测序技术进行检测,并利用RT-PCR技术对结果进行验证及序列分析。结果表明,从来自我国7省市的41株具有典型病毒病症状的草莓种苗样品中检测到草莓斑驳病毒strawberry mottle virus(SMoV)、草莓镶脉病毒strawberry vein banding virus(SVBV)和草莓轻型黄边病毒strawberry mild yellow edge virus(SMYEV)3种。SMoV、SVBV和SMYEV的检出率分别为34.1%、24.4%和2.4%。选取不同产地草莓种苗上检出的不同病毒进行部分序列测定和分析,获得了3个SMoV分离物(四川分离物schhy13、辽宁分离物lnhy23和河北分离物hbhy28)的部分RNA13′端非编码区606 bp核苷酸序列,其一致性为98.12%~99.34%。测定并获得了5个SVBV分离物(辽宁分离物lnhy15、lnhy17、lnhy24、河北分离物hbhy28和陕西分离物shaxhy35)的ORF6的部分基因及其5′端非编码区的核苷酸序列,其中部分ORF6基因序列的一致性为97.98%~99.8%。仅1个辽宁样品中检测到SMYEV,获得了辽宁分离物lnhy26,其CP基因序列与中国甘肃分离物sy02的一致性为99.02%。病毒侵染草莓植株产生的典型症状有叶片畸形、变色和植株矮化。存在2种病毒和3种病毒复合侵染的情况,占所有阳性样品的41.2%。辽宁和河北的‘红颜’种苗中检出SMoV和SVBV或SMoV、SVBV和SMYEV的复合侵染情况;四川和陕西的‘红颜’种苗仅检出SMoV或SVBV,而其他省市和品种均未检出病毒。研究结果可以为草莓病毒的检测以及草莓病毒病的科学防治提供依据。 展开更多

关键词 草莓病毒病 小rna深度测序技术 RT-PCR 病毒检测

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利用小RNA深度测序技术鉴定海南南瓜病毒种类 被引量：11

6

作者 车海彦 曹学仁 +1 位作者 刘勇 罗大全 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2017年第11期2106-2111,共6页

2016年在海南乐东、昌江、澄迈、海口、文昌、儋州等地采集疑似被病毒病感染的南瓜叶片样品6个,将样品合并,采用小RNA深度测序技术对上述混合样本的病毒种类进行鉴定,发现样本中含有黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、番木瓜环... 2016年在海南乐东、昌江、澄迈、海口、文昌、儋州等地采集疑似被病毒病感染的南瓜叶片样品6个,将样品合并,采用小RNA深度测序技术对上述混合样本的病毒种类进行鉴定,发现样本中含有黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、番木瓜环斑病毒(Papara ringspot virus,PRSV)、黄瓜绿斑驳病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)和中国南瓜曲叶病毒(Squash leaf curl China virus,SLCCNV),通过PCR方法进一步验证了深度测序结果的准确性。SLCCNV在4个样品中存在,P-CJ分离物的DNA-A和DNA-B组分全长分别为2 735 bp(登录号为MF062251)和2 722 bp(登录号为MF062252)。DNA-A和DNA-B组分均与SLCCNV分离物的同源性最高,同源性分别为89.2%~99.3%和79.1%~98.8%;P-CJ分离物与从中国植物样品中分离到的SLCCNV聚在同一进化分支上。上述研究结果表明,P-CJ是SLCCNV的一个分离物。 展开更多

关键词 小rna深度测序 海南 南瓜病毒病

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小RNA深度测序技术分析西瓜花叶病毒蜀葵分离物 被引量：4

7

作者 张丽 于沛侠 +4 位作者 齐永红 裴燕妮 咸珅 王德富 牛颜冰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期324-332,共9页

蜀葵病毒病害的发生对其生长造成严重影响,明确蜀葵病毒病害的种类及变异进化对蜀葵病毒病害的防治具有重要意义。利用小RNA深度测序技术对具有明显脉明、花叶症状的蜀葵叶片进行鉴定。结果发现,感病蜀葵被西瓜花叶病毒(Watermelon mosa... 蜀葵病毒病害的发生对其生长造成严重影响,明确蜀葵病毒病害的种类及变异进化对蜀葵病毒病害的防治具有重要意义。利用小RNA深度测序技术对具有明显脉明、花叶症状的蜀葵叶片进行鉴定。结果发现,感病蜀葵被西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus, WMV)、锦葵脉明病毒(Mala vein cleaning virus, MVCV)和一种新的RNA病毒[暂命名为蜀葵病毒1号(Althaea rosea virus1, ArV1)]所侵染。为进一步明确WMV蜀葵分离物(WMV-Tg)的进化关系,对病毒WMV-Tg全基因组进行扩增,获得全长为10 046个核苷酸序列(nt)。序列分析结果显示,WMV-Tg与已报道的WMV分离物基因组核苷酸序列的同源性为83.3%～90.2%。系统进化关系表明,WMV-Tg与WMV-Pg聚为一簇,亲缘关系最近。对蜀葵WMV-Tg来源的小RNA(WMV-derived small interfering RNAs, WMV-vsiRNAs)的长度分布、5′碱基偏好性、极性分布以及热点区分布的分析,有助于加深对WMV-vsiRNAs的了解,并为进一步研究病毒来源的小RNA(virus-derived small interfering RNAs, vsiRNAs)在抗病毒防御中的功能,以及为蜀葵病毒病的防治奠定理论基础。 展开更多

关键词 蜀葵 西瓜花叶病毒 小rna深度测序

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利用小RNA深度测序技术鉴定上海地区‘红美人’柑橘病毒种类 被引量：2

8

作者 张丽勍 管丽琴 +3 位作者 蒋飞 方献平 李水根 张学英 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期102-108,114,共8页

为明确上海地区‘红美人’柑橘的病毒种类,2020年4月在崇明、金山、奉贤、嘉定、闵行和浦东采集疑似病毒感染的叶片样品11份,采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR对不同来源的混合样品进行病毒种类鉴定。结果表明,样品中含有柑橘衰退病毒Ci... 为明确上海地区‘红美人’柑橘的病毒种类,2020年4月在崇明、金山、奉贤、嘉定、闵行和浦东采集疑似病毒感染的叶片样品11份,采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR对不同来源的混合样品进行病毒种类鉴定。结果表明,样品中含有柑橘衰退病毒Citrus tristeza virus(CTV)、柑橘黄化脉明病毒Citrus yellow vein clearing virus(CYVCV)、柑橘树皮裂纹类病毒Citrus bark cracking viroid(CBCVd)和柑橘类病毒ⅤCitrus viroid V(CVd-Ⅴ)。同时发现,上海地区‘红美人’柑橘病毒复合侵染现象普遍。基于CTV和CYVCV的CP全长基因及CBCVd和CVd-Ⅴ全基因组序列系统进化分析结果表明:除了CYVCV的分离物与地理来源具有明显的相关性外,其余病毒及类病毒均没有严格的地域相关性。研究结果为开展‘红美人’柑橘种苗病毒检测及病毒病的防治奠定基础。 展开更多

关键词 柑橘 小rna深度测序 病毒鉴定

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利用小RNA深度测序技术检测灰飞虱病毒种类 被引量：1

9

作者 朴君 张璐婕 +2 位作者 朴敬爱 周益军 李硕 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期281-288,共8页

灰飞虱是一种重要农业害虫,作为病毒介体,可以传播多种植物病毒引起水稻、小麦和玉米等粮食作物病毒病害。目前对于灰飞虱体内昆虫病毒种类尚缺乏系统认识,难以开展利用昆虫病毒防治灰飞虱相关研究工作。为挖掘灰飞虱体内昆虫病毒资源,... 灰飞虱是一种重要农业害虫,作为病毒介体,可以传播多种植物病毒引起水稻、小麦和玉米等粮食作物病毒病害。目前对于灰飞虱体内昆虫病毒种类尚缺乏系统认识,难以开展利用昆虫病毒防治灰飞虱相关研究工作。为挖掘灰飞虱体内昆虫病毒资源,本文通过小RNA深度测序技术对灰飞虱所携带的病毒种类进行分析鉴定。结果显示,测序数据比对得到13种病毒,涉及8个病毒科和2种未分类病毒。除占据优势的水稻条纹病毒外,其余均为专性寄生的昆虫病毒,包括5种正链RNA病毒、2种单链DNA病毒和5种双链DNA病毒。在这些病毒中,发现了一种与果蝇A病毒较相似的新病毒,克隆出其依赖RNA的RNA聚合酶(RdRP)基因1-1 932位核酸序列,经Blast比对和系统进化分析,在氨基酸序列中发现RdRP掌型亚结构域保守区呈现复制酶置换四体病毒科(Permutotetraviridae)病毒所具有的"C-A-B"排列样式,确定该病毒是一种新的类复制酶置换四体病毒,暂命名为Laodelphax striatellus permutotetra-like virus(LsPLV)。这是首次在半翅目昆虫中发现类复制酶置换四体病毒。本研究表明灰飞虱体内昆虫病毒种类较为丰富,为今后利用昆虫病毒生物防治灰飞虱奠定了基础。 展开更多

关键词 灰飞虱 昆虫病毒 小rna深度测序 类复制酶置换四体病毒

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利用小RNA深度测序技术鉴定白芷病毒病病原

10

作者 杜江 姚东作 +3 位作者 王晨燕 崔丽艳 王德富 牛颜冰 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2023年第1期75-81,共7页

[目的]白芷(Angelica dahurica)是一种药用历史悠久的传统中药,本研究利用小RNA深度测序技术明确引起山西太谷白芷花叶、褪绿症状的病原,为白芷病毒病的防控提供依据。[方法]将采集的白芷病样进行小RNA深度测序,通过RT-PCR和序列相似性... [目的]白芷(Angelica dahurica)是一种药用历史悠久的传统中药,本研究利用小RNA深度测序技术明确引起山西太谷白芷花叶、褪绿症状的病原,为白芷病毒病的防控提供依据。[方法]将采集的白芷病样进行小RNA深度测序,通过RT-PCR和序列相似性分析明确白芷病毒病的分类地位。[结果]白芷样品经小RNA深度测序共获得22158005个原始序列,将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释,结果显示比对到黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)3条正义链RNA 3、RNA 2、RNA 1的比对率分别为2.14%、1.28%和1.10%。利用特异引物克隆了CMV-BZ RNA3的外壳蛋白和移动蛋白基因全序列。通过序列比对分析,发现CMV-BZ CP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组ⅠB中CMV分离物(CMV-SD-YT和CMV-SXCH)和(CMV-SD-QD)的相似性最高,分别为99.1%和99.5%;MP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组Ⅰ分离物Ah的相似性最高,为99.3%和99.0%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CMV-BZ与中国大多数CMV分离物聚为一类,属于CMV亚组Ⅰ中的成员。[结论]首次在山西白芷上检测到CMV,该研究有助于深入了解CMV的分子进化,为白芷产业的健康发展提供一定启示,也为病毒病的防治提供一定的理论依据。 展开更多

关键词 白芷 黄瓜花叶病毒 小rna深度测序

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小RNA深度测序鉴定昭通市烟草脉斑病病毒 被引量：4

11

作者 陶永萍 尹跃艳 +5 位作者 陈旭 卢训 李婷婷 赵声春 游堂贵 丁铭 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期69-74,共6页

烟草脉斑病在云南昭通市的烟草上发生危害严重,为明确昭通市烟草脉斑病的病毒种类,本研究采集昭通市的4个烟草种植区症状表现为疑似烟草脉斑病的烟草样品,采用小RNA深度测序技术对不同来源的混合样品进行小RNA测序分析。结果显示混合样... 烟草脉斑病在云南昭通市的烟草上发生危害严重,为明确昭通市烟草脉斑病的病毒种类,本研究采集昭通市的4个烟草种植区症状表现为疑似烟草脉斑病的烟草样品,采用小RNA深度测序技术对不同来源的混合样品进行小RNA测序分析。结果显示混合样品中的病毒分别属于烟草花叶病毒属Tobamovirus、马铃薯Y病毒属Potyvirus和马铃薯卷叶病毒属Polerovirus。根据不同病毒属设计通用引物,分别对不同地区的烟草样品进行RT-PCR验证,结果表明,烟草样品中病毒种类有烟草花叶病毒、烟草脉带花叶病毒、烟草脉扭病毒和马铃薯Y病毒的PVYN、PVYN-Wi和PVYNTN株系。 展开更多

关键词 烟草脉斑病 烟草病毒 小rna深度测序

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利用小RNA深度测序技术鉴定半夏病毒病病原 被引量：5

12

作者 崔丽艳 庞小静 +3 位作者 齐永红 王宝霞 王德富 牛颜冰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1334-1341,共8页

RNA沉默是真核生物体内由病毒来源的干扰小RNA(virus-derived small interfering RNA,vsiRNA)沉默复合物介导目标RNA特异降解的一种保守机制,通过对vsiRNA分析可进行植物病毒病原鉴定。本文利用小RNA深度测序技术对感病半夏叶片进行鉴定... RNA沉默是真核生物体内由病毒来源的干扰小RNA(virus-derived small interfering RNA,vsiRNA)沉默复合物介导目标RNA特异降解的一种保守机制,通过对vsiRNA分析可进行植物病毒病原鉴定。本文利用小RNA深度测序技术对感病半夏叶片进行鉴定,结果发现,表现典型花叶症状的半夏叶片受到大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、芋花叶病毒(Dasheen mosaic virus,Ds MV)、魔芋花叶病毒(Konjac mosaic virus,KoMV)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)等多种病毒的复合侵染。为明确SMV山西半夏分离物(SMV-SXBX)的进化关系,进行SMV-SXBX全基因组克隆与分析,获得SMV-SXBX全长为9735 nt,编码一个由3 105个氨基酸组成的多聚蛋白质。通过核苷酸与氨基酸序列比对发现,SMVSXBX与半夏分离物P同源性最高,分别为91. 1%和94. 1%,且系统发育分析表明,SMV-SXBX与半夏SMV分离物P聚为一簇。同时,也对vsiRNA进行了系统分析,研究结果有望为半夏SMV的有效防治提供一定科学依据。 展开更多

关键词 半夏 大豆花叶病毒 病毒来源的干扰小rna 小rna深度测序

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利用小RNA深度测序技术鉴定江苏盐城辣椒病毒种类 被引量：3

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作者 赵小慧 刘冲 +3 位作者 郁凯 钟明娟 郑佳秋 邢锦城 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第1期37-43,共7页

2019年6月江苏省盐城市发生了较为严重的辣椒病毒病,危害症状表现为植株重度矮化、叶片黄化、蕨叶甚至畸形。将采集的11株疑似感染病毒的辣椒植株叶片研磨成浆液,再用其摩擦接种本氏烟植株,发现用其中3株辣椒的叶片浆液摩擦接种本氏烟... 2019年6月江苏省盐城市发生了较为严重的辣椒病毒病,危害症状表现为植株重度矮化、叶片黄化、蕨叶甚至畸形。将采集的11株疑似感染病毒的辣椒植株叶片研磨成浆液,再用其摩擦接种本氏烟植株,发现用其中3株辣椒的叶片浆液摩擦接种本氏烟植株后,本氏烟植株出现病毒侵染的典型症状,初步判断这些辣椒被病毒感染,但不能确定其种类和归属。为了进一步明确辣椒感染的病毒类型,将3株辣椒样品混成2份样品利用小RNA深度测序技术和生物信息学分析法进行检测,结果发现样品1被蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2,BBWV2)、苜蓿花叶病毒(Alfalfa mosaic virus,AMV)和辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV)3种病毒复合侵染,从样品2中检测到BBWV21种病毒,通过RT-PCR检测验证了这一结果的可靠性。最后利用RT-PCR方法对田间采集的11份辣椒样品和接种的本氏烟植株进行毒源鉴定,其中2株辣椒样品及其接种的本氏烟叶片上鉴定出了BBWV2、ChiVMV和AMV,这3种病毒侵染辣椒在江苏省均为首次发现。研究结果为对江苏省辣椒构成潜在严重威胁的病毒的早期诊断和及时防控提供了参考。 展开更多

关键词 辣椒 小rna深度测序 病毒病

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基于小RNA深度测序和RT-PCR检测侵染大豆的病毒种类 被引量：1

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作者 王秋实 闫哲 +3 位作者 李玮瑜 杨爱珍 任俊达 尚巧霞 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2021年第4期25-32,共8页

[目的]大豆病毒病的发生影响大豆的产量和品质。本研究应用小RNA深度测序技术检测山西省太谷县侵染大豆的病毒种类,研究结果可以为防控大豆病毒病提供依据。[方法]2019年在山西省晋中市太谷县大豆田调查大豆病毒病发生情况,并采集36份... [目的]大豆病毒病的发生影响大豆的产量和品质。本研究应用小RNA深度测序技术检测山西省太谷县侵染大豆的病毒种类,研究结果可以为防控大豆病毒病提供依据。[方法]2019年在山西省晋中市太谷县大豆田调查大豆病毒病发生情况,并采集36份样品进行小RNA深度测序,经RT-PCR检测和序列测定分析结果明确山西省侵染大豆的病毒种类。[结果]太谷县所调查大豆的主要症状是叶片变色、畸形和植株矮化等。采集有典型症状的36份样品经小RNA深度测序共获得32716152条小RNA序列。将拼接获得的contigs与NCBI数据库进行比对,最终获得377个被注释的contigs,包括黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)105条contigs、大豆花叶病毒(soybean mosaic vi‐rus,SMV)267条contigs、蚕豆萎蔫病毒2号(broad bean wilt virus 2,BBWV-2)5条contigs。选用以上病毒的特异性引物进行RT-PCR检测,选取病毒阳性样品进行序列测定和分析,验证了小RNA深度测序分析的结果。获得了CMV、SMV和BBMV2山西太谷大豆分离物(STS)的部分序列(GenBank登录号为MW556479,MW556478和MW556484),与来自NCBI数据库中不同地区的病毒分离物序列分别进行了比较,同源一致性为93.59%~99.59%。在采集的大豆样品中可以检测到CMV、SMV和BBWV-2三种病毒,检出率分别为97.2%、94.4%和13.9%。其中34株样品均为不同病毒的复合侵染,复合侵染率为97.1%,同时被CMV和SMV侵染的样品有29株,同时被3种病毒侵染的样品有5株。[结论]危害山西省太谷县大豆的病毒有CMV、SMV和BBWV-2,其中CMV、SMV为优势病毒,应控制毒源和传毒媒介来降低该地区大豆病毒病发生危害。 展开更多

关键词 大豆病毒病 小rna深度测序 RT-PCR检测 病毒检测

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基于小RNA深度测序的烟草脉坏死病病原分子鉴定及其全基因组序列分析

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作者 莫翠萍 陈锦清 +7 位作者 韦学平 崔丽贤 罗婉笛 李金哲 谢慧婷 秦碧霞 蔡健和 李战彪 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1387-1396,共10页

【目的】明确引起广西河池市南丹县烟草呈现斑驳花叶、叶脉坏死等症状的病毒病原,为烟草病毒病的综合防治提供理论依据。【方法】2022年5月,从河池市南丹县采集5份表现叶脉坏死、花叶等症状的烟草叶片样品,采用小RNA深度测序技术、反转... 【目的】明确引起广西河池市南丹县烟草呈现斑驳花叶、叶脉坏死等症状的病毒病原,为烟草病毒病的综合防治提供理论依据。【方法】2022年5月,从河池市南丹县采集5份表现叶脉坏死、花叶等症状的烟草叶片样品,采用小RNA深度测序技术、反转录PCR(RT-PCR)、摩擦接种、分段克隆、系统进化及重组分析等方法对样品进行鉴定及遗传进化分析。【结果】小RNA深度测序获得与GenBank数据库中马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)不同分离物具有较高核苷酸相似性(99.00%~100.00%)的5条序列,将5条序列拼接后获得1条全长为9708 nt的全基因组序列;通过鉴别寄主苋色藜(Chenopodium amaranticolor)单斑分离的方法获得单一病毒,利用该分离纯化后的病毒单斑接种普通烟K326和本氏烟,其中K326的新叶产生坏死症状,而本氏烟的新叶呈不规则深绿色病斑症状;分别提取K326和本氏烟的叶片样品总RNA,通过RT-PCR检测、分段克隆的方法获得病毒分离物的全基因组序列,结果显示2个烟草品种中的病毒序列与小RNA深度测序获得的序列相似性达99.90%;将序列在GenBank中进行BLAST分析发现,研究获得的序列与已登录GenBank的PVY各分离物具有较高的核苷酸相似性,其中与我国黑龙江省马铃薯分离物PVY HLJ26(MF134425)的核苷酸相似性最高,为99.01%,表明研究获得的病毒序列为PVY分离物,命名为PVY-GXnd1(OP131591)。重组分析发现,PVY-GXnd1是由PVYO-139(U09509.1)、PVYN-Mont(AY884983.1)和PVYN-605(X97895.1)重组而来的新PVY分离物,重组主要发生在3个区域,分别是1~498、2415~5816和8555~9373 nt,覆盖PVY的P1、P3、6K1、CI、6K2、Vpg、Nib和CP蛋白编码区,包含了PVYN-Wi和PVYNTN株系的2种不同重组结构特征,表明PVYGXnd1株系更接近PVYNTN-NW株系;基于PVY编码区构建的系统发育进化树分析表明,PVY-GXnd1与我国黑龙江省分离物PVY HLJ26处于同一小分支,具有较近的亲缘关系,而该分离物归属于PVYNTN-NW(SYR-II)株系,与重组分析结果一致。【结论】侵染广西河池市南丹县烟草引起叶脉坏死症状的病毒PVY-GXnd1为一株PVYNTN-NW(SYR-II型)重组株系。 展开更多

关键词 烟草 小rna深度测序 马铃薯Y病毒 重组 叶脉坏死 广西

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基于小RNA深度测序鉴定湖北省荆半夏病毒病主要病原 被引量：3

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作者 王明星 陈巧环 +4 位作者 许佳伟 黄必胜 桂春 刘大会 苗玉焕 《中药材》 CAS 北大核心 2022年第11期2535-2540,共6页

目的:了解不同粒径半夏种苗的病毒病发病情况以及鉴定荆半夏病毒病主要种类,为荆半夏病毒病的防治提供参考。方法:本研究将购买于潜江的半夏种苗按粒径分级种植于田间并统计发病率,利用小RNA深度测序技术(small RNA deep sequencing)对... 目的:了解不同粒径半夏种苗的病毒病发病情况以及鉴定荆半夏病毒病主要种类,为荆半夏病毒病的防治提供参考。方法:本研究将购买于潜江的半夏种苗按粒径分级种植于田间并统计发病率,利用小RNA深度测序技术(small RNA deep sequencing)对病样进行检测,并使用透射电镜观察和RT-PCR技术从显微和分子鉴定对主要病毒种类进行验证,并对所扩增的病毒衣壳蛋白(CP)序列进行比对分析。结果:不同粒径种苗半夏病毒病发病率均较高且差异不大。湖北荆半夏的主要病毒病种类有黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、魔芋花叶病毒(Konjac mosaic virus,KoMV)、大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)和芋花叶病毒(Dasheen mosaic virus,DsMV)。结论:本研究确定了不同粒径半夏种苗的发病状况,确定了荆半夏病毒病4种主要病原,为湖北产区荆半夏种苗病毒病检测和防治提供一定理论基础。 展开更多

关键词 半夏 小rna深度测序 电镜观察 RT-PCR检测 病毒病病原鉴定

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基于小RNA深度测序和RT-PCR检测侵染广东省冬种马铃薯的病毒 被引量：7

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作者 路秉翰 汤亚飞 +3 位作者 于琳 佘小漫 邓铭光 何自福 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期604-610,共7页

为明确侵染广东省冬种马铃薯的病毒种类及优势病毒,结合小RNA深度测序技术及RTPCR检测方法,对采集于广东省冬种马铃薯7个主产区的189份疑似病样进行检测分析。结果表明,经小RNA深度测序技术检测马铃薯病毒病混合样,发现存在马铃薯Y病毒(... 为明确侵染广东省冬种马铃薯的病毒种类及优势病毒,结合小RNA深度测序技术及RTPCR检测方法,对采集于广东省冬种马铃薯7个主产区的189份疑似病样进行检测分析。结果表明,经小RNA深度测序技术检测马铃薯病毒病混合样,发现存在马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)、马铃薯S病毒(Potato virus S,PVS)和马铃薯卷叶病毒(Potato leaf-roll virus,PLRV)3种病毒。进一步设计3种病毒的特异性引物并利用国内已报道的其它5种马铃薯病毒的特异性引物进行RT-PCR检测,发现189份马铃薯病毒病疑似病样中仅检测到PVY、PVS和PLRV这3种病毒,检出率依次为75.13%、10.05%和4.76%,且3种病毒在马铃薯上还存在复合侵染,复合侵染率为14.19%,其中PVY在各马铃薯产区均可检测到。表明侵染广东省冬种马铃薯的病毒为PVY、PVS和PLRV,其中PVY是优势病毒。 展开更多

关键词 马铃薯病毒病 小rna深度测序 RT-PCR检测 病毒鉴定

原文传递

基于小RNA技术的天津地区番茄花叶病毒分子检测与基因组部分序列分析 被引量：2

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作者 金凤媚 薛俊 +1 位作者 孙海波 郝志愚 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2021年第5期176-183,共8页

为了明确引起天津地区番茄果实褐化的病因,采用小RNA深度测序技术和RT-PCR技术对采自天津的番茄病样进行鉴定分析。结果表明,引起天津地区番茄果实变褐的病原为番茄花叶病毒。进一步对该病毒进行了全基因组测序,并对该病毒的外壳蛋白(CP... 为了明确引起天津地区番茄果实褐化的病因,采用小RNA深度测序技术和RT-PCR技术对采自天津的番茄病样进行鉴定分析。结果表明,引起天津地区番茄果实变褐的病原为番茄花叶病毒。进一步对该病毒进行了全基因组测序,并对该病毒的外壳蛋白(CP)、运动蛋白(MP)和126蛋白进行了序列分析。进化树分析结果表明,天津分离物的3个蛋白基因均与美国分离物USA_99-1)的进化关系最近。相似性分析结果表明,CP基因与其他分离物的平均相似性为95.53%。MP基因与其他基因分离物的平均相似性为95.21%。126蛋白基因与其他分离物的平均相似性为92.72%。对这3个基因编码的蛋白进行分析,结果表明,不同分离物之间的平均相似性均在99.0%及以上。初步表明,在天津发生的番茄花叶病毒可能是由于贸易活动由国外传入天津市。 展开更多

关键词 番茄 番茄花叶病毒 小rna深度测序 分子检测 基因序列分析

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利用小RNA测序技术鉴定吉林省甘薯病毒

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作者 张春雨 李小宇 +1 位作者 刘峰 王永志 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期165-169,共5页

在吉林省7个主要甘薯种植区共采集85份甘薯叶片样品,利用小RNA深度测序技术对混合样品进行检测,经RT-PCR和测序验证,鉴定出样品中存在10种病毒,包括6种RNA病毒和4种DNA病毒。分别是马铃薯Y病毒科马铃薯Y病毒属的甘薯羽状斑驳病毒Sweet p... 在吉林省7个主要甘薯种植区共采集85份甘薯叶片样品,利用小RNA深度测序技术对混合样品进行检测,经RT-PCR和测序验证,鉴定出样品中存在10种病毒,包括6种RNA病毒和4种DNA病毒。分别是马铃薯Y病毒科马铃薯Y病毒属的甘薯羽状斑驳病毒Sweet potato feathery mottle virus(SPFMV)、甘薯潜隐病毒Sweet potato latent virus(SPLV)、甘薯G病毒Sweet potato virus G(SPVG)、甘薯C病毒Sweet potato virus C(SPVC)、甘薯2号病毒Sweet potato virus 2(SPV2);长线形病毒科毛形病毒属的甘薯褪绿矮化病毒Sweet potato chlorotic stunt virus(SPCSV);双生病毒科菜豆金色花叶病毒属的甘薯曲叶病毒Sweet potato leaf curl virus(SPLCV);玉米线条病毒属的甘薯无症状1号病毒Sweet potato symptomless virus 1(SPSMV1);花椰菜花叶病毒科杆状DNA病毒属的甘薯杆状DNA病毒B Sweet potato badnavirus B(SPBV-B)和甘薯隐症病毒Sweet potato pakakuy virus(SPPV)。 展开更多

关键词 甘薯病毒 小rna深度测序 吉林

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一株侵染掌叶半夏的大豆花叶病毒的全基因组序列测定和vsiRNA特征分析

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作者 胡逸超 卢晓静 +4 位作者 李璞 廖咏梅 何新华 邹承武 陈琦 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期3392-3399,共8页

【目的】探究侵染掌叶半夏(Pinellia pedatisecta)的大豆花叶病毒(Soybean mosaicvirus,SMV)衍生的干扰小RNA(virus-derivedsmallinterferingRNA,vsiRNA)序列特征,为掌叶半夏抵御病毒的作用机制研究提供参考。【方法】以一株来自广西的... 【目的】探究侵染掌叶半夏(Pinellia pedatisecta)的大豆花叶病毒(Soybean mosaicvirus,SMV)衍生的干扰小RNA(virus-derivedsmallinterferingRNA,vsiRNA)序列特征,为掌叶半夏抵御病毒的作用机制研究提供参考。【方法】以一株来自广西的具有典型病毒病症状的掌叶半夏为材料,取其褪绿斑驳的叶片采用TRIzol法提取总RNA,并进行小RNA深度测序(Small RNADeepSequencing);利用快速扩增cDNA末端(Rapid AmplificationofcDNAEnds,RACE)和分段克隆技术获得病毒的全长基因组序列,利用MEGA 7.0将其与有代表性的病毒序列构建系统发育进化树并分析亲缘关系;以克隆测序获得的基因组序列作为参考进行vsiRNA特征分析。【结果】小RNA深度测序共获得4851249条高质量的读段(reads),长度为21、22和24 nt的reads具有较高的丰度,占比分别为33.4%、13.7%和11.3%。该病毒分离物的基因组全长为9735 nt,编码3105个氨基酸,其基因组全序列与SMV HZ1分离物核苷酸序列相似性为86.93%,暂命名为SMV NN;系统发育进化树显示,SMV NN与分离自半夏的SMV HZ1分离物的亲缘关系最近。将vsiRNA定位到克隆测序后获得的SMV NN的基因组上,分析该病毒的vsiRNA特征,结果发现长度为21和22 nt的vsiRNA具有较高的丰度,病毒全基因组的正链和负链均能被vsiRNA覆盖,且分别在HC-Pro和P3蛋白编码区具有最强热点。【结论】掌叶半夏主要通过dicer样核糖核酸酶4(dicer-likeribonuclease 4,DCL4)和Argonaute蛋白1(Argonaute1,AGO1)对SMV的HC-Pro和P3蛋白编码区进行剪切,主要产生长度为21和22 nt的vsiRNA,从而抑制SMV在植株体内的复制。 展开更多

关键词 掌叶半夏 病毒基因组 大豆花叶病毒 小rna深度测序 vsirna

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