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基于LASSO算法的多QTL定位的模拟研究
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作者 李红旺 杜杰 杨润清 《上海交通大学学报(农业科学版)》 2014年第5期33-38,共6页
此篇文章中,应用一种基于LASSO的算法去同时定位多个数量性状位点(QTL)。在QTL定位方法中,迭代加权最小二乘法(IRLS)和极大似然法(ML)在参数估计准确性和检测效率方面效果几乎一致。但是在参数估计的稳健性和计算速度方面,迭代加权最小... 此篇文章中,应用一种基于LASSO的算法去同时定位多个数量性状位点(QTL)。在QTL定位方法中,迭代加权最小二乘法(IRLS)和极大似然法(ML)在参数估计准确性和检测效率方面效果几乎一致。但是在参数估计的稳健性和计算速度方面,迭代加权最小二乘法又明显优于极大似然估计。结合参数的先验分布信息,基于贝叶斯理论的极大似然估计能够分析多QTL模型。然而迭代加权最小二乘估计不能很好的检测多QTL。目前贝叶斯分析已经成为一个多QTL定位的重要的途径,但它主要缺点是计算时间过长,并缺乏简单有效的显著性检验。通过循环坐标下降的LASSO方法可将全模型的系数同时压缩并使之趋进于零,因此该方法能应用于快速同时估计整个基因组的非零遗传效应位点。在这个研究中,应用基于LASSO的算法去同时定位多QTL。模拟证明LASSO方法比迭代加权最小二乘法具有更高的估计精度和检测效率。 展开更多
关键词 LASSO 迭代加权最小二乘法 多qtl定位 模拟
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A Review of Molecular Makers Applied in Cowpea (Vigna unguiculata L. Walp.) Breeding 被引量:1
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作者 Huaqiang Tan Tan, Manman Tie Qian Luo Yongpeng Zhu Jia Lai Huanxiu Li 《Journal of Life Sciences》 2012年第11期1190-1199,共10页
In recent years, with the rapid development of molecular biology, molecular markers have been widely used in genetic breeding of various crops including cowpea. However, molecular researches in cowpea are lack of syst... In recent years, with the rapid development of molecular biology, molecular markers have been widely used in genetic breeding of various crops including cowpea. However, molecular researches in cowpea are lack of systematic summary. This review presents an overview of accomplishments on different aspects of molecular markers in cowpea genetic breeding, such as genetic diversity analysis, genetic linkage map construction, QTL mapping, etc. Furthermore, it provides the discussion of some existing problems about molecular markers applied in cowpea breeding and the prospect of the future development. The authors find that SSR is the most frequently used molecular marker, while SNP has not been used in the genetic diversity analysis of cowpea. And the authors also conclude that more QTL of cowpea should be located and more molecular markers linked to resistance gene should be found. This will be useful for scientists and breeders to research cowpea with the aid of molecular markers, thus accelerating improvement of cowpea varieties. 展开更多
关键词 Molecular markers COWPEA BREEDING genetic diversity review.
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影响北美大麦糖化力和蛋白质含量QTL的贝叶斯解析
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作者 姜丹 韩珊珊 +1 位作者 郭剑 杨德光 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期1403-1407,共5页
大麦的糖化力和蛋白质含量是影响大麦品质的重要指标,对此类性状进行QTL定位具有重要的经济意义。本研究分别采用传统的单QTL扫描方法和3种贝叶斯LASSO方法实现此类性状的QTL精细解析。在对大麦蛋白质含量的QTL检测上,单QTL扫描方法共... 大麦的糖化力和蛋白质含量是影响大麦品质的重要指标,对此类性状进行QTL定位具有重要的经济意义。本研究分别采用传统的单QTL扫描方法和3种贝叶斯LASSO方法实现此类性状的QTL精细解析。在对大麦蛋白质含量的QTL检测上,单QTL扫描方法共检测到了3个QTL,而3种贝叶斯方法检测到了7个QTL,其中2个与单QTL扫描方法检测的QTL吻合。在大麦糖化力的QTL检测上,传统的单QTL扫描方法共检测到了3个QTL,而3种贝叶斯方法除了检测到这3个QTL外,还检测发现了额外的2个连锁的QTL;表明贝叶斯方法在北美大麦蛋白质含量和糖化力QTL检测中可以更加有效地分离处于连锁位置或接近状态的QTL进而提高QTL的检测效力。 展开更多
关键词 贝叶斯LASSO qtl 多qtl定位
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