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拟南芥外显子连接序列上最佳匹配片段的偏好
1
作者 张强 赵小庆 +2 位作者 薄素玲 曹艳娟 苏文霞 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2020年第2期148-153,共6页
内含子序列通过与相应mRNA序列的匹配参与基因表达调控。采用Smith-Waterman局部比对方法,以拟南芥全基因组基因序列为基础,获得了内含子序列与其对应的外显子连接序列的最佳匹配片段。为了揭示两者之间的序列匹配特征,给出匹配频率在... 内含子序列通过与相应mRNA序列的匹配参与基因表达调控。采用Smith-Waterman局部比对方法,以拟南芥全基因组基因序列为基础,获得了内含子序列与其对应的外显子连接序列的最佳匹配片段。为了揭示两者之间的序列匹配特征,给出匹配频率在外显子序列上的分布。研究发现,匹配频率分布在外显子的边界存在显著差异,长内含子序列和第一个内含子序列对外显子连接序列的分布偏好明显区别于其他内含子序列。对于长片段、低GC含量以及高配对率的最佳匹配片段在外显子连接序列上游EJC(exon-exon junction complex)结合区域分布有明显的最小值。结果显示内含子序列和编码序列存在共同进化关系。 展开更多
关键词 内含子序列 外显子连接序列 序列比对 外显子连接复合物(ejc) 最佳匹配片段
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无义介导的mRNA降解 被引量：9
2
作者 贾晓波 胡剑 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期115-120,共6页
无义介导的mRNA降解(nonsense-mediated mRNA decay,NMD)作为真核细胞中重要RNA监控机制,识别并降解开放阅读框中含有提前终止密码子(premature termination codon,PTC)的mRNA,以避免因截短的蛋白产物积累对细胞造成毒害.NMD还调控正常... 无义介导的mRNA降解(nonsense-mediated mRNA decay,NMD)作为真核细胞中重要RNA监控机制,识别并降解开放阅读框中含有提前终止密码子(premature termination codon,PTC)的mRNA,以避免因截短的蛋白产物积累对细胞造成毒害.NMD还调控正常生理基因的表达,暗示其在真核细胞中扮演重要角色.NMD途径的关键是PTC的识别.本文通过3种模型来分别阐述发现于哺乳动物、酵母等不同有机体的识别机制.通常由NMD因子UPF1(up-frameshift)等被招募至含PTC的mRNA上,借助这些因子组装形成"功能复合体"并激活降解.但目前对于PTC识别后的过程仍认识有限,本文通过综述NMD途径的分子机制以更好地理解其生物学意义. 展开更多
关键词 提前终止密码子(PTC) 外显子连接复合体(ejc) 上游移码蛋白(UPF)
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与剪接、翻译偶联的PTC-mRNA NMD降解机制
3
作者 李天伯 杨克恭 《国外医学（分子生物学分册）》 CSCD 2002年第6期341-344,共4页
最新研究发现 ,真核细胞前体 m RNA剪接不仅仅是前体 m RNA的加工步骤 ,而且在翻译过程中也起到重要的监控作用。通过剪接 ,外显子 -外显子连接点复合物结合于 m RNA剪接位点上游 2 0 bp处。如果 m RNA剪接位点上游大于 5 0～ 5 5 bp处... 最新研究发现 ,真核细胞前体 m RNA剪接不仅仅是前体 m RNA的加工步骤 ,而且在翻译过程中也起到重要的监控作用。通过剪接 ,外显子 -外显子连接点复合物结合于 m RNA剪接位点上游 2 0 bp处。如果 m RNA剪接位点上游大于 5 0～ 5 5 bp处出现无义突变 ,则这种翻译提前终止密码子 m RNA将会在最后的翻译过程中通过外显子 -外显子连接点复合物、Upf蛋白以及帽结合蛋白之间的相互作用 ,被引入脱帽。 展开更多
关键词 剪接 翻译偶联 PRT-mRNA NMD降解机制 外显子-外显子连接点复合物 ejc
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