目的评价多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable number tandem repeat assay，MLVA）方法对副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）的分型能力，初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列（variable...目的评价多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable number tandem repeat assay，MLVA）方法对副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）的分型能力，初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列（variablen umber tandemrepeat，VNTR）的基因分布特征。方法依据血清型和脉冲场凝胶电泳分析型别选择2006年一2011年分离自临床和食品中的108株VP菌株。采用MLVA方法对其进行基因分型，评价该方法对VP菌株8个VNTR位点的分型能力。结果MLVA8个位点将108株VP菌株分为101个型别，分辨系数为99．86％；将主流血清型03：K6共46株菌分为44个型别，分辨系数为99．71％。MLvA8个位点的多态性都较好（DI均〉0．60），各位点多态性指数由高到低，依次为TR7，TR4，TR10，TR2，TR1，TR8，TR5，TR9。结论MLVA8个位点的联合应用适合于对VP菌株的分型。MLVA对VP的分型研究具有很好的应用前景。展开更多
目的利用可变数目串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)和全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)分析一起学校结核病疫情的传播情况,探讨2种基因分型方法在处理学校结核传播中的作用。方法对2019年北京市首起学校耐...目的利用可变数目串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)和全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)分析一起学校结核病疫情的传播情况,探讨2种基因分型方法在处理学校结核传播中的作用。方法对2019年北京市首起学校耐多药肺结核聚集性疫情中获得的6株菌株分别进行菌种鉴定、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)、VNTR以及WGS分析,分析菌株的分型特征,确定传播链。结果6株阳性培养菌株共涉及2个年级4个班的6名学生,其中1人为首发病例,3人是首发病例的密切接触者,另外2人为一般接触者。经菌种鉴定6株菌株均为结核分枝杆菌。Spoligotyping分型结果显示5株菌株为北京基因型,另1株无结果。VNTR基因分型将6株菌株分成3个簇,菌株成簇率为66.7%,最大的一簇包含4株菌株,基因型相同,表明存在一定程度的近期传播。其余2株为单一菌株,分别在1~2个位点上与其他4株菌相差1.0~1.6个拷贝。WGS结果显示6株菌株间基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)差异均>12个SNP,按照本研究分子生物学鉴定标准,6株菌株间异质性较大,不存在同源性。结论WGS较VNTR基因分型方法在判断结核病近期传播方面有更高的精度和优势。在学校发生结核病疫情,尤其是有耐药结核病例时,WGS能更加精准的鉴定结核病近期传播情况,应作为传统流行病学的补充。展开更多
目的 在规范化的结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，MTB）可变数目串联重复序列（variable number of tandem repeats，VNTR）基因分型的基础上，构建我国31个省（自治区、直辖市）VNTR数据库，每个省优化一套VNTR位点组合，...目的 在规范化的结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，MTB）可变数目串联重复序列（variable number of tandem repeats，VNTR）基因分型的基础上，构建我国31个省（自治区、直辖市）VNTR数据库，每个省优化一套VNTR位点组合，为我国结核病预防控制策略的制定提供科学依据。方法 对2007－2008年全国结核病耐药性基线调查的4 116株MTB15位点VNTR（15-VNTR）基因分型。汉高指数（Hunter-Gaston Index，HGI）分析每个位点的分辨率。依据谱系流行特征，以分辨率高和稳定性强为原则，为各省设计一套VNTR优化组合（12-VNTR、10-VNTR、8-VNTR和5-VNTR），采用HGI和成簇率进行评价。结果 完成了涵盖率为96.36%（3 966/4 116）MTB完整15-VNTR图谱。发现QUB11b、MIRU26等7个高分辨率位点；QUB26、MIRU16、Mtub21、QUB11b在部分地区遗传稳定性差。内蒙古自治区、重庆市、黑龙江省的最优组合为10-VNTR，其他各省的最佳组合为8-VNTR。结论 VNTR数据库的建立将推动全国范围MTB传染源的追踪；各省优化VNTR组合的推出有助于当地结核病疫情的监测和群体遗传学的研究。展开更多
文摘目的评价多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable number tandem repeat assay，MLVA）方法对副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）的分型能力，初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列（variablen umber tandemrepeat，VNTR）的基因分布特征。方法依据血清型和脉冲场凝胶电泳分析型别选择2006年一2011年分离自临床和食品中的108株VP菌株。采用MLVA方法对其进行基因分型，评价该方法对VP菌株8个VNTR位点的分型能力。结果MLVA8个位点将108株VP菌株分为101个型别，分辨系数为99．86％；将主流血清型03：K6共46株菌分为44个型别，分辨系数为99．71％。MLvA8个位点的多态性都较好（DI均〉0．60），各位点多态性指数由高到低，依次为TR7，TR4，TR10，TR2，TR1，TR8，TR5，TR9。结论MLVA8个位点的联合应用适合于对VP菌株的分型。MLVA对VP的分型研究具有很好的应用前景。
文摘目的利用可变数目串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)和全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)分析一起学校结核病疫情的传播情况,探讨2种基因分型方法在处理学校结核传播中的作用。方法对2019年北京市首起学校耐多药肺结核聚集性疫情中获得的6株菌株分别进行菌种鉴定、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)、VNTR以及WGS分析,分析菌株的分型特征,确定传播链。结果6株阳性培养菌株共涉及2个年级4个班的6名学生,其中1人为首发病例,3人是首发病例的密切接触者,另外2人为一般接触者。经菌种鉴定6株菌株均为结核分枝杆菌。Spoligotyping分型结果显示5株菌株为北京基因型,另1株无结果。VNTR基因分型将6株菌株分成3个簇,菌株成簇率为66.7%,最大的一簇包含4株菌株,基因型相同,表明存在一定程度的近期传播。其余2株为单一菌株,分别在1~2个位点上与其他4株菌相差1.0~1.6个拷贝。WGS结果显示6株菌株间基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)差异均>12个SNP,按照本研究分子生物学鉴定标准,6株菌株间异质性较大,不存在同源性。结论WGS较VNTR基因分型方法在判断结核病近期传播方面有更高的精度和优势。在学校发生结核病疫情,尤其是有耐药结核病例时,WGS能更加精准的鉴定结核病近期传播情况,应作为传统流行病学的补充。
文摘目的 在规范化的结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，MTB）可变数目串联重复序列（variable number of tandem repeats，VNTR）基因分型的基础上，构建我国31个省（自治区、直辖市）VNTR数据库，每个省优化一套VNTR位点组合，为我国结核病预防控制策略的制定提供科学依据。方法 对2007－2008年全国结核病耐药性基线调查的4 116株MTB15位点VNTR（15-VNTR）基因分型。汉高指数（Hunter-Gaston Index，HGI）分析每个位点的分辨率。依据谱系流行特征，以分辨率高和稳定性强为原则，为各省设计一套VNTR优化组合（12-VNTR、10-VNTR、8-VNTR和5-VNTR），采用HGI和成簇率进行评价。结果 完成了涵盖率为96.36%（3 966/4 116）MTB完整15-VNTR图谱。发现QUB11b、MIRU26等7个高分辨率位点；QUB26、MIRU16、Mtub21、QUB11b在部分地区遗传稳定性差。内蒙古自治区、重庆市、黑龙江省的最优组合为10-VNTR，其他各省的最佳组合为8-VNTR。结论 VNTR数据库的建立将推动全国范围MTB传染源的追踪；各省优化VNTR组合的推出有助于当地结核病疫情的监测和群体遗传学的研究。
