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三代测序与靶向捕获技术联用进行高分辨HLA基因分型及MHC区域单倍体型精细鉴定 被引量:4
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作者 陈佳 舒明月 +6 位作者 里进 付爱思 杨帆 王邹 李一荣 邓子新 刘天罡 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期337-348,共12页
人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)的高分辨率、精准分型对于组织配型以及HLA相关疾病研究具有重要意义。本研究以12位原发性肝细胞癌病人的外周血为供试样本,分析二、三代测序数据用于高分辨率HLA分型的优劣势,同时结合探... 人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)的高分辨率、精准分型对于组织配型以及HLA相关疾病研究具有重要意义。本研究以12位原发性肝细胞癌病人的外周血为供试样本,分析二、三代测序数据用于高分辨率HLA分型的优劣势,同时结合探针捕获与三代测序技术对YH、HeLa标准细胞系以及一个原发性肝细胞癌病人的主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)区域进行靶向分析,探究长读长测序技术对于整个MHC区域精细分析的潜力。研究表明:(1)二、三代测序技术均能实现6~8位高分辨HLA分型,且两者分型结果一致。但是三代数据的覆盖均一度显著优于二代,不会出现明显的"断层"现象;(2)超长的三代数据可直接跨越整个扩增子,对于基因单倍体型的判定(phasing)具有明显优势。样本中92.79%的HLA基因能够得到准确的单倍体分型结果,远高于二代的75.65%;(3)长读长的三代测序数据不但能实现对MHC区域的更好组装,还具有对整个MHC共计3.6 Mb区域进行phasing的能力,而这将有助于明确各个突变位点、等位基因、非编码区等基因原件在每个MHC单倍体型上的定位与相互连锁信息,为免疫等相关疾病的研究提供理论依据。 展开更多
关键词 HLA MHC 三代测序 HLA单倍体分型 NimbleGen探针捕获技术
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小卫星区域MS31A等位基因特异MVR-PCR分析
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作者 陈松 黄秀林 +2 位作者 胡兰 玉木敬二 胜又义直 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 1999年第6期598-603,共6页
用等位基因特异MVR-PCR技术能够对小卫星区域MS31(D7S21位点)等位基因结构的多态性进行分析,在法医学个体识别上具有极其重要的作用。对100名中国人无关个体MS31A5'端侧翼DNA多态性(-4A/G、-109C/T和-221G/C)进行分析... 用等位基因特异MVR-PCR技术能够对小卫星区域MS31(D7S21位点)等位基因结构的多态性进行分析,在法医学个体识别上具有极其重要的作用。对100名中国人无关个体MS31A5'端侧翼DNA多态性(-4A/G、-109C/T和-221G/C)进行分析,获得了其不同等位基因的频率和单倍体型的分布,结果表明81.8%的中国人DNA样品能够用等位基因特异MVR-PCR分析。 展开更多
关键词 MS31A MVR-PCR技术 DNA多态性 单倍体分型 应用
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中国人D7S21基因应5′端侧翼DNA多态性
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作者 陈松 黄秀林 +2 位作者 胡兰 玉木敬二 胜又义直 《中国法医学杂志》 CSCD 1999年第1期26-28,共3页
分析D7S21基因座5’端侧翼DNA3个基因座多态性(-4A/G、-109C/T和一22lG/C)和单倍体分型。用PCR和扩增产物限制性内切酶酶解的方法检测了100名中国人无关个体的多态性,获得了6个不同等位基因的频率,即-4A=0.29,-4G=0.71,... 分析D7S21基因座5’端侧翼DNA3个基因座多态性(-4A/G、-109C/T和一22lG/C)和单倍体分型。用PCR和扩增产物限制性内切酶酶解的方法检测了100名中国人无关个体的多态性,获得了6个不同等位基因的频率,即-4A=0.29,-4G=0.71,-109C=0.54,-109T=0.46,-221G=0.74,-221C=0.26。结果表明,D7SZI基因座5’端侧翼DNA3个基因座的DP值达0.944,在法医学个体识别中具有很高的个体识别能力。 展开更多
关键词 D7S21基因座 单倍体分型 Psp1406I-RFLP 法医学
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Latora进行性肌阵挛型癫痫基因位点的异源性
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作者 韩雄 尹先印 《中国实用神经疾病杂志》 1999年第6期70-70,共1页
关键词 肌阵挛型 癫痫基因 进行性 酵母染色体 异源性 基因定位 混合试验 单倍体分型 家系 联锁
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Haplotype of platelet receptor P2RY12 gene is associated with residual clopidogrel on-treatment platelet reactivity
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作者 Xiao-yan NIE Jun-lei LI +7 位作者 Yong ZHANG Yang XU Xue-li YANG Yu FU Guang-kai LIANG Yun LU Jian LIU Lu-wen SHI 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2017年第1期37-47,共11页
Objective: To investigate a possible association between common variations of the P2RY12 and the residual clopidogrel on-treatment platelet reactivity after adjusting for the influence of CYP2C19 tested by thromboe- ... Objective: To investigate a possible association between common variations of the P2RY12 and the residual clopidogrel on-treatment platelet reactivity after adjusting for the influence of CYP2C19 tested by thromboe- lastography (TEG). Methods: One hundred and eighty patients with acute coronary syndrome (ACS) treated with clopJdogrel and aspJdn were included and platelet function was assessed by TEG. Five selected P2RY12 single nu- cleotide polymorphisms (SNPs; rs6798347, rs6787801, rs6801273, rs6785930, and rs2046934), which cover the common variations in the P2RY12 gene and its regulatory regions, and three CYP2C19 SNPs ( 2, 3, 17) were geno- typed and possible haplotypes were analyzed. Results: The high on-treatment platelet reactivity (HTPR) prevalence defined by a platelet inhibition rate 〈30% by TEG in adenosine diphosphate (ADP)-channel was 69 (38.33%). Six common haplotypes were inferred from four of the selected P2RY12 SNPs (denoted H0 to H5) according to the linkage disequilibrium R square (except for rs2046934). Haplotype H1 showed a significantly lower incidence of HTPR than the reference haplotype (H0) in the total study population while haplotypes H1 and H2 showed significantly lower incidences of HTPR than H0 in the nonsmoker subgroup after adjusting for CYP2Clg effects and demographic characteristics. rs2046934 (T744C) did not show any significant association with HTPR. Conclusions: The combination of common P2RY12 variations including regulatory regions rather than rs2046934 (T744C) that related to pharmacodynamics of clopidogrel in patients with ACS was independently associated with residual on-clopidogrel platelet reactivity. This is apart from the established association of the CYP2C19. This association seemed more important in the subgroup defined by smoking. 展开更多
关键词 P2RY12 CYP2C19 HAPLOTYPE Single nucleotide polymorphism (SNP) CLOPIDOGREL THROMBOELASTOGRAPHY
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