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人类基因组中加工假基因分布与重组率和基因密度的关系 被引量：4
1
作者 刘国庆 李宏 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期371-378,共8页
分析了人类加工假基因在染色体上的分布,发现加工假基因密度与重组率负相关,而与基因密度正相关。加工假基因在低重组区的积累与插入有害模型和异位重组模型相吻合:在插入有害模型下,低重组区的选择强度由于Hill-Robertson干涉而变弱,... 分析了人类加工假基因在染色体上的分布,发现加工假基因密度与重组率负相关,而与基因密度正相关。加工假基因在低重组区的积累与插入有害模型和异位重组模型相吻合:在插入有害模型下,低重组区的选择强度由于Hill-Robertson干涉而变弱,所以加工假基因较多地插入到低重组区;在异位重组模型下,同源加工假基因家族(包括同源祖先基因)之内可能发生异位重组而对机体造成危害,所以加工假基因在高重组区的插入受到较强的负选择,导致加工假基因较多地分布在低重组区。除以上两种模型以外,加工假基因还可能通过降低重组率的方式对加工假基因密度与重组率的负相关有所贡献。加工假基因偏好分布在基因密区,这可能与异位重组在该区较少发生有关。 展开更多
关键词 加工假基因 重组率 自然选择 Hill-Robertson干涉 基因密度
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人类核糖体蛋白加工假基因在进化中的熵变
2
作者 刘国庆 李宏 +1 位作者 王芳平 应智强 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期647-653,共7页
用生物信息学方法计算出人类核糖体蛋白加工假基因(RP加工假基因)的进化距离.假定在统计意义上,不同进化距离的假基因可粗略代表假基因的进化历程.在此假定基础上从信息论的角度去研究假基因在进化中的熵变.结果发现,1)假基因序列的紧... 用生物信息学方法计算出人类核糖体蛋白加工假基因(RP加工假基因)的进化距离.假定在统计意义上,不同进化距离的假基因可粗略代表假基因的进化历程.在此假定基础上从信息论的角度去研究假基因在进化中的熵变.结果发现,1)假基因序列的紧邻碱基关联随进化逐步增强;2)k-mer信息熵中,小k-mer(k=1,2,…,5)信息熵随进化减少,大k-mer(k=7,8)信息熵随进化先迅速减少,随后增加;3)关联信息熵随进化减少,其中紧邻碱基关联信息熵的减少幅度最明显.这些可能与背景突变压力作用有关. 展开更多
关键词 加工假基因 紧邻碱基关联 k-mer信息熵 关联信息熵 背景突变压力
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加工假基因演化过程中的两种信息流
3
作者 刘国庆 李宏 赵朝霞 《生物信息学》 2009年第3期207-211,共5页
定义描述DNA序列组分差异性和碱基关联的两个参数,分析了人类加工假基因演化过程中其组分信息和碱基关联信息的变化特征,发现随时间的推移,加工假基因的组分逐步向其侧翼序列漂移,紧邻碱基关联逐步增强。这表明本研究所得参数可很好地... 定义描述DNA序列组分差异性和碱基关联的两个参数,分析了人类加工假基因演化过程中其组分信息和碱基关联信息的变化特征,发现随时间的推移,加工假基因的组分逐步向其侧翼序列漂移,紧邻碱基关联逐步增强。这表明本研究所得参数可很好地用来表征加工假基因的突变信息。 展开更多
关键词 加工假基因 组分差异性 碱基关联 背景突变偏好
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人类核糖体蛋白加工假基因与其同源基因的序列信息差异
4
作者 刘红梅 《科技创新导报》 2013年第2期14-15,共2页
引入信息参数—非均匀指数和紧邻碱基关联,对核糖体蛋白加工假基因与对应核糖体蛋白基因编码序列之间进行了对比分析,发现绝大多数(约占89%)假基因的非均匀性明显弱于对应功能基因编码序列,绝大多数(约占88%)假基因的紧邻碱基关联强于... 引入信息参数—非均匀指数和紧邻碱基关联,对核糖体蛋白加工假基因与对应核糖体蛋白基因编码序列之间进行了对比分析,发现绝大多数(约占89%)假基因的非均匀性明显弱于对应功能基因编码序列,绝大多数(约占88%)假基因的紧邻碱基关联强于对应基因编码序列。 展开更多
关键词 加工假基因 功能基因 非均匀指数 碱基关联
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人类基因组上的假基因 被引量：7
5
作者 周光金 余龙 赵寿元 《生命科学》 CSCD 2004年第4期210-214,230,共6页
假基因是基因组上与编码基因序列非常相似的非功能性基因组DNA拷贝，一般情况都不被转录，且没有明确生理意义。假基因根据其来源可分为复制假基因和已加工假基因。迄今为止，明确鉴定的人类假基因多为已加工假基因，有8000个之多。在Sw... 假基因是基因组上与编码基因序列非常相似的非功能性基因组DNA拷贝，一般情况都不被转录，且没有明确生理意义。假基因根据其来源可分为复制假基因和已加工假基因。迄今为止，明确鉴定的人类假基因多为已加工假基因，有8000个之多。在Swiss-Prot/TrEMBL收录的编码蛋白质的将近25500个基因序列中，约10％在基因组中有一个或多个近全长已加工假基因。其余的功能基因都没有已加工假基因。核糖体蛋白基因具有最多数量的已加工假基因，约有l700个(占已加工假基因数的22％)，少数基因，如cyclophilinA、肌动蛋白(actin)、角蛋白(keratin)、GAPDH、细胞色素C(cytochromec)和nucleophosmin等则有很多份已加工假基因。总体上讲，假基因在人类染色体上的分布与染色体长度成比例，但已加工假基因在GC含量为41％～46％的染色体区域密度最高。已加工假基因的拷贝数和功能基因在生殖器官中的表达高度一致，说明许多假基因发生在胚胎阶段，另外也和基因中GC含量和基因大小密切相关。假基因的准确鉴定对基因组进化、分子医学研究和医学应用具有重要意义。 展开更多
关键词 已加工假基因 复制假基因 基因组 分子进化
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排除β-肌动蛋白假基因对反转录聚合酶链反应的干扰
6
作者 陈嘉昌 李森华 +3 位作者 彭瑾瑜 付艳艳 叶伟超 常弘 《中国职业医学》 CAS 北大核心 2006年第6期412-414,428,共4页
目的筛选合适的β-肌动蛋白(β-actin)引物以排除RNA样本中残存的DNA对人类基因表达分析的干扰。方法利用EMBL、PSEUDOGENE等生物信息数据库,寻找β-actin的假基因。同时自行设计和从国内外文献中筛选了众多β-actin引物。选用其中具有... 目的筛选合适的β-肌动蛋白(β-actin)引物以排除RNA样本中残存的DNA对人类基因表达分析的干扰。方法利用EMBL、PSEUDOGENE等生物信息数据库,寻找β-actin的假基因。同时自行设计和从国内外文献中筛选了众多β-actin引物。选用其中具有代表性的5对跨过内含子的引物,分别将基因组DNA、未经逆转录的RNA、cDNA作为模板,对这5对引物进行聚合酶链反应(PCR)扩增。结果生物信息学分析发现β-actin有37个假基因并且发现绝大多数的研究者所使用的引物都存在假基因干扰问题。当分别用DNA和cDNA作为模板时,5对引物中的1对跨过内含子的引物能扩增出大小不同的条带。结论使用该对引物能有效发现和排除RNA样本中所残存的DNA的干扰,令人类基因表达分析得出更准确的结果。 展开更多
关键词 Β-肌动蛋白 加工后假基因 基因表达分析 反转录聚合酶链反应
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