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24位点可变串联重复序列和间隔区寡核苷酸分型对河南省结核分枝杆菌基因型的鉴定 被引量:1
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作者 石洁 郑丹薇 +5 位作者 朱岩昆 赵俊伟 马晓光 王少华 李辉 邢进 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 2018年第12期741-746,共6页
目的了解河南省结核分枝杆菌的基因型别。方法采用经典24位点分枝杆菌散在重复单元-可变串联重复序列(mycobacterium interspersed repetitive unit -variable number of tandem repeat,MIRU-VNTR)和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)... 目的了解河南省结核分枝杆菌的基因型别。方法采用经典24位点分枝杆菌散在重复单元-可变串联重复序列(mycobacterium interspersed repetitive unit -variable number of tandem repeat,MIRU-VNTR)和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)对2015年间河南省不同地区的668株结核分枝杆菌进行基因分型。结果间隔区寡核苷酸分型将668株菌分为11个家族,35个基因型。在558株北京家族基因型中,典型北京家族菌株546株,非典型北京家族菌株12株。在110株非北京家族菌株中,8株为新发现菌株;另102株非北京家族菌株被分为10个家族,其中T家族有76株,包括T1家族59株,T2家族7株,T3家族10株。标准24位点VNTR将668株菌分为550个基因型,有508株菌显示出单一的基因型,另160株菌被分到42个不同的基因簇中。最大簇含有21株菌,其余簇包含2~20株菌。结论河南省结核分枝杆菌主要为北京家族基因型。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 24位点分枝杆菌散在重复单元-可变串联重复序列 间隔区寡核苷酸分型
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云南省昭通地区结核分枝杆菌临床分离株遗传多样性和耐药分子特征
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作者 钱源 范怀艳 +1 位作者 何志坚 王梅 《传染病信息》 2024年第1期35-40,共6页
目的调查云南省昭通地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)临床分离株的遗传多样性和耐药分子特征。方法2022年9月—2023年8月从昆明医科大学附属昭通医院收治的298例涂阳肺结核患者中共采集了MTB 298株,用MeltPro TB测定... 目的调查云南省昭通地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)临床分离株的遗传多样性和耐药分子特征。方法2022年9月—2023年8月从昆明医科大学附属昭通医院收治的298例涂阳肺结核患者中共采集了MTB 298株,用MeltPro TB测定法通过荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)熔解曲线法鉴定所有分离株。用多色熔解曲线分析技术进行间隔区寡核苷酸分型(interval oligonucleotide typing,Spoligotyping)。用分枝杆菌散布重复单元(mycobcterial interspersed repetitive units,MIRU)-可变数目串联重复序列分型(variable number of tandem repeat typing,VNTR)(MIRU-VNTR)24位点分型法进行基因分型。使用PCR和靶向测序检测耐药基因突变。结果北京菌株占所有MTB菌株的69.80%(208/298)。其他谱系包括T、LAM、MANU2、CAS、NEW-1和SITVITWEB数据库中未发现的孤儿型,分别占5.70%(17/298)、3.36%(10/298)、0.67%(2/298)、0.34%(1/298)、8.39%(25/298)及11.74%(35/298)。北京菌株对左氧氟沙星的耐药率略高于非北京菌株(P=0.042),而北京菌株与非北京菌株2种基因型菌株对异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、吡嗪酰胺、卡那霉素耐药率差异无统计学意义(P>0.05)。MIRU-VNTR 24位点分型分析结果显示,33个菌株可分为13株聚类,其聚类率为39.39%。每个等位基因的Hunter-Gaston指数在0~0.814之间,其中18个位点对非北京菌株具有中高鉴别能力。但只有10个位点对北京菌株具有中高鉴别能力。结论MTB菌株在中国云南省昭通地区表现出较高的遗传多样性,北京菌株是MTB和耐药结核病菌株的优势谱系。 展开更多
关键词 云南省昭通地区 结核分枝杆菌 基因多样性 分枝杆菌散布重复单元-可变数目串联重复序列分型24位点分型 MTB间隔区寡核苷酸分型
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