广西崇左市扶绥县HIV-1分子传播网络特征分析

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作者 何锦锋 李牧 +9 位作者 覃雪秋 黄玲芳 区艳芸 农爱丹 黄英贵 白永刚 邹华春 张伟杰 包丽娟 梁冰玉 《广西医科大学学报》 CAS 2024年第6期918-925,共8页

目的:分析广西崇左市扶绥县艾滋病病毒(HIV)感染者的分子传播网络特征,并确定造成分子网络聚簇传播和高风险传播的危险因素。方法:采集崇左市扶绥县2005—2021年确诊的HIV/艾滋病(AIDS)患者血样。通过扩增HIV-1 pol区序列比对分析,构建... 目的:分析广西崇左市扶绥县艾滋病病毒(HIV)感染者的分子传播网络特征,并确定造成分子网络聚簇传播和高风险传播的危险因素。方法:采集崇左市扶绥县2005—2021年确诊的HIV/艾滋病(AIDS)患者血样。通过扩增HIV-1 pol区序列比对分析,构建分子传播网络。运用二元logistic回归分析入网和高危传播的影响因素。结果:本研究共获得扶绥县349条HIV-1 pol区序列,6种亚型,分别为CRF01_AE亚型(49.86%)、CRF07_BC亚型(32.38%)、CRF08_BC亚型(14.33%)、CRF55_01B亚型(1.14%)、C亚型(0.29%)、独特重组型(URF)(2.00%)。192条(55.01%)序列进入分子传播网络,形成31个簇、192个节点和736条边。年龄>50岁(a OR=1.861,95%CI:1.009~3.433)、感染CRF07_BC亚型毒株(a OR=4.386,95%CI:2.533~7.594)、文化程度为小学及以下(a OR=1.709,95%CI:1.070~2.729)、有非婚商业异性性接触史(a OR=1.682,95%CI:1.027~2.753),配偶或固定性伴阳性(a OR=2.428,95%CI:1.181~4.995)的患者更容易进入传播网络聚簇传播。年龄>50岁(a OR=1.861,95%CI:1.009~3.433),感染CRF07_BC亚型(a OR=4.386,95%CI:2.533~7.594),文化程度为小学及以下(a OR=1.699,95%CI:1.004~2.874)的患者更容易成为传播网络中的高连接者。结论:广西崇左市扶绥县AIDS传播的关键人群是年龄>50岁且文化程度为小学及以下的中老年人群,应针对重点人群的在分子网络中的传播聚簇特点进行溯源调查,并实施精准干预,减少二代传播。 展开更多

关键词 艾滋病病毒-1 分子传播网络 高危传播者 影响因素

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2012—2020年宁夏HIV-1感染者分子传播网络特征分析 被引量：2

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作者 宋玲 杨东智 +2 位作者 曹慜 赵立华 李海军 《宁夏医学杂志》 CAS 2022年第6期504-508,共5页

目的分析宁夏HIV-1感染者分子网络特征及传播网络的影响因素,为制定有效干预措施提供科学依据。方法收集442份2012—2020年新报告的HIV-1感染者血清样本,通过巢式PCR扩增HIV-1pol区基因序列,根据pol基因序列进行病毒亚型分析,基于最适... 目的分析宁夏HIV-1感染者分子网络特征及传播网络的影响因素,为制定有效干预措施提供科学依据。方法收集442份2012—2020年新报告的HIV-1感染者血清样本,通过巢式PCR扩增HIV-1pol区基因序列,根据pol基因序列进行病毒亚型分析,基于最适基因距离构建分子网络,分析分子传播网络特征及其影响因素。结果共获得398条HIV-1pol区基因序列,发现6种HIV-1基因型,以CRF07_BC和CRF01_AE亚型为主,分别占60.05%和25.88%。CRF07_BC、CRF01_AE和CRF55_01B逐年发现数量呈上升趋势(P<0.05)。有247条序列进入分子网络,入网率为62.06%(247/398),共形成50个传播簇,簇内节点数为2~152个,其中有一个大簇,节点数为152个(61.54%,152/247)。入网率最高是CRF07_BC亚型(73.22%),其次是CRF55_01B(72.73%),测序时是否耐药和CD4^(+)T淋巴细胞计数是入网率影响因素(P<0.05)。结论宁夏HIV-1基因亚型多样,以CRF07-BC为主要优势毒株,并随着时间有增长趋势。分子网络呈聚集性分布,CD4^(+)T淋巴细胞计数<200/mm^(3)和测序时耐药的感染者更易进入网络,成为高风险传播者,应持续开展针对有效的干预措施,以降低HIV的新发感染。 展开更多

关键词 HIV-1感染者 HIV-1基因 分子传播网络 分子簇

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河北省治疗前人群HIV-1耐药毒株分子传播网络研究 被引量：8

3

作者 刘萌 邢辉 +4 位作者 张玉琪 李岩 王莹莹 安宁 路新利 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期746-751,共6页

目的了解河北省抗病毒治疗前人群HIV-1耐药毒株流行与分子传播网络情况。方法用in-house的方法扩增HIV-1 pol区基因序列,并利用TN93模型计算pol序列基因距离,构建HIV-1分子网络图。结果研究发现17名HIV-1感染者出现耐药突变,耐药突变率... 目的了解河北省抗病毒治疗前人群HIV-1耐药毒株流行与分子传播网络情况。方法用in-house的方法扩增HIV-1 pol区基因序列,并利用TN93模型计算pol序列基因距离,构建HIV-1分子网络图。结果研究发现17名HIV-1感染者出现耐药突变,耐药突变率为6.16%(17/276),其中,NNRTI类耐药率为4.35%(12/276),PI类耐药率为1.09%(3/276),NRTI类耐药率为0.36%(1/276),NNRTI类和PI类双重耐药率为0.36%(1/276);多因素Logistic回归分析显示年龄和亚型是HIV-1产生耐药的影响因素,虽然HIV-1耐药突变在CRF07_BC(2.44%)亚型中的分布明显低于CRF01_AE(8.03%)和B(3.70%)亚型,然而CRF07_BC序列构建的分子传播网络最多,传播速度最快。结论河北省治疗前HIV-1耐药突变处于较高水平,应制定措施实时监测未治疗人群中HIV-1耐药毒株流行情况。 展开更多

关键词 HIV-1 耐药突变 分子传播网络 河北

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2014～2015年广西钦州市新报告HIV/AIDS病例HIV1型分子传播网络特征 被引量：2

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作者 杨全略 陈荣凤 +4 位作者 梁冰玉 林兆森 劳飞翔 梁浩 叶力 《广西医学》 CAS 2019年第7期865-869,共5页

目的分析2014～2015年广西钦州市新报告HIV/AIDS病例HIV1型(HIV-1)分子传播网络特征。方法 2014～2015年在广西钦州市招募新报告且未治疗的355例HIV/AIDS患者为研究对象,进行流行病学调查。提取所有研究对象外周血中HIV-1 RNA进行扩增... 目的分析2014～2015年广西钦州市新报告HIV/AIDS病例HIV1型(HIV-1)分子传播网络特征。方法 2014～2015年在广西钦州市招募新报告且未治疗的355例HIV/AIDS患者为研究对象,进行流行病学调查。提取所有研究对象外周血中HIV-1 RNA进行扩增和测序,分析HIV-1流行重组亚型。基于最适基因距离构建分子传播网络,并分析入网率及其影响因素。结果共获得264条pol区序列,主要亚型为CRF08_BC(52.27%),其次为CRF01_AE(39.77%),再次为CRF07_BC(6.06%)。CRF01_AE亚型的主要传播途径为异性性传播(84.76%),CRF07_BC和CRF08_BC亚型的主要传播途径为异性性传播和注射吸毒传播。在1.65%最适基因距离阈值下,构建HIV-1分子传播网络,总共有154条序列入网,总入网率为58.33%; CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC彼此独立成簇。性别、年龄、民族、职业、传播途径、CD4^+细胞计数和亚型均非HIV-1进入分子传播网络的影响因素(均P>0.05)。分子传播网络中不同HIV-1基因亚型的关联程度的分布差异有统计学意义(P<0.05),其中CRF08_BC的关联程度均高于其他亚型。结论广西钦州市新报告未治疗HIV/AIDS人群的HIV-1流行亚型以CRF08_BC为主。应构建分子传播网络对该地区CRF08_BC亚型进行长期监测,以采取针对性的措施阻断其传播。 展开更多

关键词 艾滋病 人类免疫缺陷病毒感染 人类免疫缺陷病毒1型 未治疗人群 新报告病例 分子传播网络 广西 钦州

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重庆市渝北区HIV-1治疗前耐药及分子传播网络特征分析

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作者 李荻菲 徐瑛 +7 位作者 叶茂 黄歆 马雪梅 金懿 孙松松 熊金苹 刘惠 吴国辉 《重庆医学》 2025年第3期719-724,730,共7页

目的了解重庆市渝北区HIV-1治疗前耐药及分子传播网络的特征,为该地区实施精准干预提供参考依据。方法采用横断面调查的方法,收集重庆市渝北区2022年1月至2023年12月开展艾滋病抗病毒治疗(ART)的HIV感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)血浆,... 目的了解重庆市渝北区HIV-1治疗前耐药及分子传播网络的特征,为该地区实施精准干预提供参考依据。方法采用横断面调查的方法,收集重庆市渝北区2022年1月至2023年12月开展艾滋病抗病毒治疗(ART)的HIV感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)血浆,提取和扩增pol区基因片段,进行HIV-1基因分型和耐药分析,并通过计算基因距离构建分子传播网络。结果获得478条HIV-1 RNA pol基因区片段,共检测出8种HIV-1基因型,以CRF07_BC为主,占60.4%(289/478),其次为CRF08_BC、CRF01_AE和CRF85_BC,分别占15.5%(74/478)、11.7%(56/478)和5.9%(28/478)。HIV-1治疗前耐药率为6.3%(30/478),核苷类反转录酶抑制剂(NRTI)和非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)的耐药率分别为1.7%(8/478)和5.2%(25/478),未检出对蛋白酶抑制剂(PI)的耐药。共有177例HIV/AIDS进入网络,入网率为37.0%(177/478)。累计形成了53个传播簇和198条连接边,每个簇的节点数在2~17,75.3%(149/198)的连接边与双龙湖街道、回兴街道、洛碛镇、古路镇和宝圣湖街道5个街道或乡镇有关。结论重庆市渝北区HIV-1基因型呈现出多样性和复杂性,HIV-1治疗前耐药水平处于中度流行水平,分子传播簇出现了地区聚集性,应进一步开展分子流行病学监测,并根据分析结果开展精准干预。 展开更多

关键词 1型人类免疫缺陷病毒 治疗前耐药 分子传播网络 重庆市渝北区

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江西省部分地区HIV/AIDS病例HIV-1分子传播网络分析 被引量：1

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作者 丁晨 刘家虹 +1 位作者 吴争 熊长辉 《预防医学》 2024年第9期764-767,共4页

目的了解江西省部分地区艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)艾滋病病毒1型(HIV-1)分子传播网络特征,为指导艾滋病防控和干预提供依据。方法选择江西省上饶市、宜春市和赣州市2018年1—6月新报告的HIV/AIDS病例为研究对象,收集人口... 目的了解江西省部分地区艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)艾滋病病毒1型(HIV-1)分子传播网络特征,为指导艾滋病防控和干预提供依据。方法选择江西省上饶市、宜春市和赣州市2018年1—6月新报告的HIV/AIDS病例为研究对象,收集人口学信息和HIV感染途径等资料。采集全血样本提取HIV RNA,采用反转录PCR和巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因并测序,构建系统进化树分析基因亚型,采用基因距离法构建分子传播网络,分析成簇情况和病例特征。结果成功扩增获得序列305条,男性231例,占75.74%;≥50岁184例,占60.33%;异性性接触感染288例,占94.43%。HIV-1基因亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,分别占51.48%和29.18%;赣州市基因亚型种类最多,有8种。在1.0%的基因距离阈值下,共形成27个分子簇,107个节点和150条边,分子成簇率为35.08%。最大分子簇1个,涉及上饶市7个县(区)30例HIV/AIDS病例,均为CRF07_BC亚型,年龄为(63.03±9.46)岁,感染途径均为异性性接触;度值≥4的高传播风险病例17例,其中10例来自玉山县。结论江西省部分地区HIV-1亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,赣州市HIV-1基因亚型呈现多样化,玉山县可能存在潜在传播风险点。 展开更多

关键词 艾滋病病毒 基因亚型 分子传播网络 性接触传播

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绍兴市MSM人群HIV-1分子传播网络特征分析 被引量：1

7

作者 何婷婷 曹栋卿 +3 位作者 林家锋 蒋卓婧 张佳峰 范钦 《预防医学》 2024年第7期571-574,579,共5页

目的 分析浙江省绍兴市男男性行为人群(MSM)艾滋病病毒1型(HIV-1)分子传播网络特征,为MSM人群艾滋病防治提供依据。方法 选择2021年1月—2023年9月绍兴市新报告MSM人群艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)为研究对象,收集抗病毒治... 目的 分析浙江省绍兴市男男性行为人群(MSM)艾滋病病毒1型(HIV-1)分子传播网络特征,为MSM人群艾滋病防治提供依据。方法 选择2021年1月—2023年9月绍兴市新报告MSM人群艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)为研究对象,收集抗病毒治疗前血浆样本,采用反转录PCR和巢式PCR扩增HIV-1 pol基因,构建系统进化树分析基因亚型;采用HIV-TRACE法构建1.5%基因距离的分子传播网络,分析成簇情况和分子簇内病例特征。结果纳入2021年1月—2023年9月绍兴市MSM人群HIV/AIDS病例216例,获得合格序列179例。HIV-1亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,分别为95和66例。在1.5%基因距离下共形成20个分子簇,61个节点和58条边。61条序列入网,入网率为34.08%。绍兴市各县(市、区)均有MSM人群HIV/AIDS病例入网。节点数≥10个的大分子簇1个,涉及5个县(市、区) 12例病例;节点数4~5个的中分子簇3个;节点数2~3个的小分子簇16个。边数≥4条的高传播风险病例有7例,均为CRF07_BC亚型;其中2例来自大分子簇,5例来自嵊州市、新昌县病例组成的同一分子簇。结论 绍兴市MSM人群HIV/AIDS病例HIV-1基因亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,存在跨地区HIV传播,嵊州市和新昌县可能存在潜在传播风险点。 展开更多

关键词 艾滋病 男男性行为人群 分子传播网络 基因亚型

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浙江省湖州市50岁及以上新诊断HIV-1人群分子传播网络及耐药特征分析

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作者 朱晓娟 张佳峰 +3 位作者 范钦 卢忠豪 金玫华 王洪岩 《上海预防医学》 2024年第12期1124-1129,共6页

【目的】分析浙江省湖州市≥50岁中老年人群人类免疫缺陷病毒(HIV)⁃1分子网络特征及治疗前耐药基因情况,为艾滋病(AIDS)疫情防控提供依据。【方法】收集2020年1月—2023年12月湖州市新报告且未治疗的≥50岁HIV感染者/AIDS患者(简称“HIV... 【目的】分析浙江省湖州市≥50岁中老年人群人类免疫缺陷病毒(HIV)⁃1分子网络特征及治疗前耐药基因情况,为艾滋病(AIDS)疫情防控提供依据。【方法】收集2020年1月—2023年12月湖州市新报告且未治疗的≥50岁HIV感染者/AIDS患者(简称“HIV/AIDS”)病例样本332例,通过逆转录聚合酶链反应(RT⁃PCR)和巢式聚合酶链反应(nest⁃PCR)扩增pol基因,构建系统进化树分析亚型及构建阈值为1.0%的分子网络,通过美国斯坦福大学HIV⁃1耐药基因检测数据分析和检测系统分析耐药相关基因突变位点。【结果】获得308例患者样本序列,发现9种基因亚型,其中CRF07_BC为172例(55.8%),CRF01_AE为61例(19.8%),CRF08_BC为43例(14.0%),CRF85_BC为9例(2.9%),CRF55_01B为8例(2.6%),B亚型为5例(1.6%),C亚型为4例(1.3%),CRF67_01B为3例(1.0%),以及独特重组型URF01_AE/07_BC为3例(1.0%)。在基因阈值1.0%时共形成28个分子簇,139例入网,入网率45.0%。最大传播簇C1包含44例CRF07_BC亚型感染者,均为异性性传播,以男性为主。共发现30例患者产生低度级以上耐药突变,治疗前耐药率为9.7%(30/308)。其中蛋白酶抑制剂(PI)相关耐药突变5例,占16.7%,非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)相关耐药突变26例,占86.7%。【结论】CRF07_BC亚型是湖州市≥50岁中老年HIV感染者成簇最多的型别,WX、NX及CX等3个区县均通过相关活动形成中老年传播簇。应加强湖州市≥50岁新报告病例的分子网络监测,及时发现疫情变化新特点,为调整老年人AIDS疫情防控措施提供科学依据。 展开更多

关键词 HIV⁃1 中老年人 分子传播网络 耐药基因

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舟山市HIV/AIDS病例HIV-1分子传播网络分析 被引量：1

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作者 陈圆静 李科峰 +6 位作者 范钦 张佳峰 吴铭宇 张波 顾松叶 王海 程伟 《预防医学》 2024年第10期834-837,共4页

目的了解浙江省舟山市艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)艾滋病病毒1型(HIV-1)分子传播网络特征。方法选择2020—2022年舟山市新报告的HIV/AIDS病例为研究对象,首次随访时收集基本信息并采集全血标本,采用反转录PCR和巢式PCR扩增H... 目的了解浙江省舟山市艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)艾滋病病毒1型(HIV-1)分子传播网络特征。方法选择2020—2022年舟山市新报告的HIV/AIDS病例为研究对象,首次随访时收集基本信息并采集全血标本,采用反转录PCR和巢式PCR扩增HIV-1 pol区序列,构建Neighbor-Joining系统进化树鉴定HIV-1亚型,采用Cytoscape 3.6.1软件构建HIV-1分子传播网络进行分析。结果2020—2022年舟山市新报告HIV/AIDS病例222例,收集全血样本200例,检测获得合格序列152例,其中男性122例,占80.26%;年龄≥50岁75例,占49.34%;初中及以下文化程度109例,占71.71%;经商业异性性行为传播63例,占41.45%。检出HIV-1亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,分别占45.39%和21.05%。基因距离阈值设为1%时,有69例HIV/AIDS病例形成20个分子簇,成簇率为45.39%;以2020年报告的HIV/AIDS病例构成的分子网络为对照,2022年新增病例数≥5例的活跃分子簇有2个,各9例病例,以年龄≥50岁、初中及以下文化程度和经商业异性性性行为传播为主要特征。结论舟山市HIV/AIDS病例HIV-1优势型为CRF07_BC和CRF01_AE,中老年人商业异性性行为传播是主要传播模式。 展开更多

关键词 艾滋病病毒 分子传播网络 分子簇

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HIV社交网络与分子传播网络融合研究的进展 被引量：1

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作者 尹晓伊 赵彬 +1 位作者 钟平 韩晓旭 《中国艾滋病性病》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期200-204,共5页

构建社交网络已成为HIV感染诊断和提供预防服务中的重要依据。同时,随着基因组测序技术的快速进展以及HIV耐药数据大量积累,基于病毒序列分析的HIV分子传播网络在监测HIV传播增长簇、识别HIV感染的高风险个体以及确定HIV传播风险因素上... 构建社交网络已成为HIV感染诊断和提供预防服务中的重要依据。同时,随着基因组测序技术的快速进展以及HIV耐药数据大量积累,基于病毒序列分析的HIV分子传播网络在监测HIV传播增长簇、识别HIV感染的高风险个体以及确定HIV传播风险因素上的优势也引起了专家学者们的关注。当分子传播网络与传统的社交网络进行融合应用时,可以为基于分子簇的靶向干预提供关键信息,可将有限的干预资源引至“HIV传播热点”指导靶向干预。本文综述了HIV社交网络和分子传播网络两种方法各自的优势和局限性、目前二者融合的主要方式及效果,为更高效地利用公共卫生资源开展艾滋病精准防控、遏制HIV传播提供新的思路。 展开更多

关键词 艾滋病病毒 社交网络 分子传播网络 融合 靶向干预

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2023年宁夏地区HIV-1耐药与分子传播网络特征分析

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作者 刘义昌 裴建新 +6 位作者 马小发 司冰倩 马春花 李钰峰 朱晓虹 杨东智 吴忠兰 《病毒学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期1384-1390,共7页

分析2023年宁夏地区HIV/AIDS患者的基因型耐药情况、分子传播网络特征。选取2023年宁夏地区病毒载量>200copies/mL的HIV/AIDS患者的血浆样品进行扩增、测序和基因型耐药监测,判断基因亚型和耐药特征;使用MEGA11软件以TN93模型计算所... 分析2023年宁夏地区HIV/AIDS患者的基因型耐药情况、分子传播网络特征。选取2023年宁夏地区病毒载量>200copies/mL的HIV/AIDS患者的血浆样品进行扩增、测序和基因型耐药监测,判断基因亚型和耐药特征;使用MEGA11软件以TN93模型计算所有序列两两之间的基因距离,以0.013作为基因阈值在Cytoscape 3.9.1中构建分子传播网络。262例样本中亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主;88例发生耐药,总体耐药率为3.01%(88/2919),以NRTIs-NNRTIs双重耐药(13.74%,36/262)和NNRTIs单纯耐药(13.36%,35/262)为主;107条序列(40.84%,107/262)进入分子传播网络形成18个传播簇,以男性(82.24%,88/107)、26~49岁(58.88%,63/107)、居住于银川市(55.14%,59/107)、异性传播(69.16%,74/107)为主,7种亚型进入网络,CRF01_AE亚型数量最多(59.81%,64/107)。2023年宁夏地区HIV/AIDS患者基因亚型进一步多样化,耐药位点突变类型丰富,以NRTIs和NNRTIs耐药为主,可能已经发生跨地市耐药传播,HIV-1总体流行趋势具有一定聚集性,建议应加强地市间联合干预,结合流行病学资料与分子传播网络技术,识别快速扩张和耐药传播簇,减少HIV-1传播。 展开更多

关键词 HIV-1 基因型耐药 分子传播网络

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利用分子传播网络分析昆明市HIV-1 CRF01_AE毒株流行特点 被引量：1

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作者 程鹏 刘家法 +5 位作者 王佳丽 杨翠先 何保翠 张米 李健健 董兴齐 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期574-580,585,共8页

目的 通过构建昆明市HIV-1 CRF01_AE毒株的分子传播网络,分析其流行特征并观察动态流行趋势,从而为当地制定疫情防控干预措施提供科学依据。方法 选择2015―2021年云南省传染病医院接受治疗的253例昆明市HIV-1 CRF01_AE新发感染患者作... 目的 通过构建昆明市HIV-1 CRF01_AE毒株的分子传播网络,分析其流行特征并观察动态流行趋势,从而为当地制定疫情防控干预措施提供科学依据。方法 选择2015―2021年云南省传染病医院接受治疗的253例昆明市HIV-1 CRF01_AE新发感染患者作为研究对象。运用反转录巢式聚合酶链式反应成功扩增其基因序列,序列比对后导入HyPhy 2.2.4软件进行成对基因距离的计算。运用GraphPad-Prism 8.0软件确定最佳基因距离阈值,使用Cytoscope 3.7.2软件实现网络可视化。运用Network-Analyzer和MCODE(Molecular Complex Detection)工具进行网络特征分析。结果 在0.018最佳基因距离阈值下,253个研究对象中有118个(46.64%)进入网络分析,共形成了38个分子簇,其组成大小从2到17个节点不等。网络集群主要以异性传播(51.78%)和同性传播(37.94%)为主,年龄段主要分布于20~40岁(77.47%)。网络所有节点的总链接数为226,单个节点最高链接数为10。MCODE确定了3种重要的分子簇,3个分子簇分别定义为B、C、D型,B型由17个节点和19链接数组成,为同性传播集群呈低增长状态。C和D型均由5个节点和10链接数组成,为异性传播集群且呈静止状态。结论 昆明市HIV-1 CRF01_AE毒株分子传播网络中的分子簇具有一定特殊性和聚集性。同性传播和异性传播人群已经成为昆明市HIV-1 CRF01_AE毒株感染的两大风险群体,同时两个群体还有发生交叉传播的现象。传播网络中有一个同性传播组成的集群规模较大,其传播风险和活跃度较高,需加强对其监测,并制定针对性的干预措施对集群中的“核心人群”进行防控。 展开更多

关键词 HIV-1 CRF01_AE 分子传播网络 成对基因距离 分子簇

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蚌埠市2021-2022年新报告HIV感染者耐药及分子传播网络研究

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作者 方琴 沈月兰 +8 位作者 刘国洲 董娟 王祥 潘阳 缪礼锋 秦义组 帅晨曦 刘爱文 吴建军 《安徽预防医学杂志》 2024年第1期23-27,共5页

目的分析安徽省蚌埠市2021-2022年新报告HIV感染者基因亚型、治疗前耐药特征和HIV分子传播网络情况,为当地制定干预措施提供依据。方法收集蚌埠市2021-2022年新报告HIV感染者样本90份,扩增pol基因并测序,借助Blast HIV sequence databas... 目的分析安徽省蚌埠市2021-2022年新报告HIV感染者基因亚型、治疗前耐药特征和HIV分子传播网络情况,为当地制定干预措施提供依据。方法收集蚌埠市2021-2022年新报告HIV感染者样本90份,扩增pol基因并测序,借助Blast HIV sequence database对每条序列进行同源性分析,采用MEGA 7.0构建NJ系统进化树判定所有HIV感染者基因亚型。将所得序列上传至美国斯坦福大学HIV耐药数据库,分析基因型耐药情况。利用Cytoscape实现传播网络的可视化,分析新报告HIV感染者耐药传播特点和网络关联情况。结果蚌埠市85例新报告HIV感染者基因亚型主要为CRF01_AE(58.82%)和CRF07_BC(23.53%),耐药率为10.59%(9/85),主要为非核苷类药物耐药(5/85,5.88%)。在0.5%基因距离阈值下的分子传播网络中,CRF01_AE入网率为44%,存在1个较大的耐药传播簇,耐药位点为L33F;CRF07_BC入网率为10%。分子传播网络中的HIV感染者主要为五河县50岁及以上男性,文化程度较低。结论蚌埠市新报告HIV感染者耐药率较高,形成了耐药传播簇,传播风险较高,应采取有效措施进行干预,减少HIV的传播。 展开更多

关键词 艾滋病病毒 耐药 分子传播网络

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德宏傣族景颇族自治州2018―2019年新报告人类免疫缺陷病毒感染者HIV B和CRF01_AE以及C亚型分子传播网络特征分析

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作者 段星 王雪琪 +11 位作者 王继宝 王译葵 杨锦 周素娟 杨涛 曹艳芬 杨跃诚 唐仁海 叶润华 丁盈盈 何纳 段松 《中国病毒病杂志》 CAS 2024年第1期25-30,共6页

目的分析德宏傣族景颇族自治州(德宏州)2018―2019年新报告HIV感染者中B、CRF01_AE、C亚型的分子传播网络特征,为实现艾滋病精准防控和干预提供科学依据。方法通过全国艾滋病综合防治数据信息系统,收集2018―2019年德宏州新报告人类免... 目的分析德宏傣族景颇族自治州(德宏州)2018―2019年新报告HIV感染者中B、CRF01_AE、C亚型的分子传播网络特征,为实现艾滋病精准防控和干预提供科学依据。方法通过全国艾滋病综合防治数据信息系统,收集2018―2019年德宏州新报告人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染者的相关信息,分析新报告HIV感染者的人口学特征。选择HIV感染者外周血样本中血浆量≥200μl的样本进行HIV pol基因扩增、测序、拼接、比对和分型,运用Mega 7.0、Gephi 0.10.1软件用于构建分子传播网络。结果2018―2019年德宏州新报告HIV感染者中,中国籍HIV感染者300例(占33.3%),缅甸籍HIV感染者600例(占66.7%),他们在年龄、婚姻、民族、文化程度、感染途径、基因亚型、报告地、接触史上的分布差异均有统计学意义。单因素logistic回归分析结果显示缅甸籍HIV感染者通过注射毒品方式感染HIV的是中国籍HIV感染者的6.855(OR:6.855,95%CI:4.075~11.531)倍。此外,HIV B、CRF01_AE、C亚型的分子网络分析结果显示,在B亚型的分子传播网络中出现了一个独立于主要传播簇(大簇)的HIV活跃传播簇,且此簇有不断扩大的趋势。该簇中8例HIV感染者均为35岁以下缅甸籍男性,集中在陇川、盈江两县,并且其性别、年龄、文化程度等具有同质性。结论德宏州境内HIV-1感染者中B亚型缅甸籍感染者形成了独立的活跃传播簇,有明显地域和人群聚集特征,并呈不断扩大趋势。应密切关注德宏州陇川、盈江两县HIV活跃传播网络中的感染者,做到精准防控,降低艾滋病的传播流行。 展开更多

关键词 人类免疫缺陷病毒 艾滋病 基因亚型 分子传播网络 HIV活跃传播簇

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2023年河南省新报告HIV-1感染者分子传播网络特征

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作者 袁源 任亭亭 +5 位作者 刘春华 刘家琪 闫江舟 张向兵 薛秀娟 张国龙 《现代疾病预防控制》 2024年第9期647-651,690,共6页

目的了解河南省新报告HIV-1感染者的分子传播网络特征,为疫情流行趋势和防治提供依据。方法收集河南省2023年第二季度抽样的8个地市新确证且未经抗病毒治疗HIV-1感染者血样,提取病毒RNA,通过反转录及巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因并进行测... 目的了解河南省新报告HIV-1感染者的分子传播网络特征,为疫情流行趋势和防治提供依据。方法收集河南省2023年第二季度抽样的8个地市新确证且未经抗病毒治疗HIV-1感染者血样,提取病毒RNA,通过反转录及巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因并进行测序,构建分子传播网络。结果成功得到209份pol基因序列,共发现10种亚型或流行重组型(CRF),主要亚型为CRF 07_BC(45.45%)、CRF 01_AE(23.44%)和B亚型(20.57%)。有41个pol基因序列进入分子网络,入网率为19.62%,形成16个分子传播簇,其中CRF 07_BC构成的分子传播簇最多。单因素logistic回归分析显示,年龄>70岁[与18~<25岁人群相比,OR值(95%CI)为5.45(1.16~25.66)],从事家务劳动或无业[与农民相比,OR值(95%CI)为2.84(1.31~6.13)],与其他地区人群相比,安阳地区居民更有可能进入HIV-1分子传播网络。结论河南省HIV-1流行毒株遗传多样性显著,主要为CRF 07_BC、CRF 01_AE和B亚型。构建长期监测分子传播网络,对于采取针对性干预措施遏制病毒传播至关重要。 展开更多

关键词 HIV-1 亚型 分子传播网络 传播特征

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浙西南山区HIV-1毒株分子传播网络特征分析 被引量：6

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作者 叶灵 王晓光 +6 位作者 杨秀丽 陈晓蕾 陈秀英 张海芳 夏永玲 范钦 张佳峰 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期94-100,共7页

目的了解浙西南山区(丽水市)人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染者和艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)患者的分子传播网络特征。方法收集丽水市2020年新确证且未经抗病毒治疗HIV/AIDS感染病例血样... 目的了解浙西南山区(丽水市)人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染者和艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)患者的分子传播网络特征。方法收集丽水市2020年新确证且未经抗病毒治疗HIV/AIDS感染病例血样共147例,扩增HIV-1 pol区基因并测序。使用MEGA6.0软件构建系统进化树判断亚型,HIVDB在线分析治疗前耐药突变及耐药水平;计算两两序列间基因距离(genetic distance,GD),确定最佳GD阈值,通过Cytoscape3.7.0软件绘制分子传播网络图。统计学方法采用χ^(2)或Fisher精确概率法。结果成功得到134条pol基因序列,共发现9种亚型,以CRF08_BC(34.33%,46/134),CRF01_AE(29.85%,40/134)和CRF07_BC(23.88%,32/134)为主,年龄、户籍地、教育程度和传播途径对亚型分布的差异均有统计学意义(P<0.05)。发现19个样本存在耐药,治疗前人群耐药率为14.18%(19/134)。以GD阈值为1.2%绘制HIV-1分子传播网络图,形成15个分子簇(簇内患者数2~29例),入网率49.25%(66/134),入网病例以男性(75.76%,50/66)、异性性传播(81.82%,54/66)和感染CRF08_BC(50.00%,33/66)为主。发现一个包含29个病例(其中2例暗娼)的CRF08_BC较大分子簇(平均度值22.7),簇内病例集中在S县,平均年龄57.21岁,异性性传播为主(96.55%,28/29),包括7例耐药病例,簇内序列的同源性分析显示与云南流行株的关联性最高。结论浙西南山区(丽水市)HIV-1亚型多元,治疗前耐药达到较高水平,发现特定区域存在以老年嫖客为聚集特征的分子传播簇,急需制定和实施精准干预策略,遏制HIV的传播。 展开更多

关键词 HIV-1 亚型 分子传播网络 传播特征

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绍兴市新确证HIV-1感染者分子传播网络及耐药基因分析 被引量：8

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作者 何婷婷 曹栋卿 +3 位作者 蒋卓婧 张佳峰 丁晓贝 范钦 《中国艾滋病性病》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期757-760,共4页

目的 通过HIV毒株基因序列构建监测绍兴市新确证感染者传播关系的分子网络,分析网络特征为疫情流行趋势和防治提供依据。方法 分析2021年10月至2022年9月绍兴市新确认未经ART的249例感染者样本,采用RT-PCR和nest-PCR方法扩增HIV-1的pol... 目的 通过HIV毒株基因序列构建监测绍兴市新确证感染者传播关系的分子网络,分析网络特征为疫情流行趋势和防治提供依据。方法 分析2021年10月至2022年9月绍兴市新确认未经ART的249例感染者样本,采用RT-PCR和nest-PCR方法扩增HIV-1的pol基因,构建系统进化树分析亚型和不同基因距离的分子网络,通过美国斯坦福大学HIV耐药数据库HIVdb Program在线软件工具分析耐药突变位点。结果 获得186例样本序列,发现6种亚型,分别为CRF07_BC(96例,51.6%)、CRF01_AE(58例,31.2%)、CRF08_BC(22例,11.8%)、CRF85_BC(2例,1.1%)、CRF55_01B(5例,2.7%),以及独特重组型(CRF01_AE/CRF07_BC,3例,1.6%)。在0.75%为基因阈值,共形成20个分子簇,55条序列入网,入网率为29.6%(55/186),最大的分子簇C1包含13例病例,12例均为50岁以上人群,10例(76.9%)携带NNRTI耐药突变K103 N。C2分子簇为4例学生,均通过男男性行为途径感染。25例存在导致耐药的突变,治疗前耐药率为13.4%(25/186),其中NRTI耐药突变4例,分别为T69D、T215S/TA和L74I,NNRTI耐药突变21例分别为K103 N、E138A/EV/G、P225PH和Y188F,PI耐药突变4例,分别为L90LM、M46I、K20KT和N88 ND。结论 CRF07_BC亚型通过高危人群持续传播;50岁以上有推断的传播关系的老年人簇与MSM感染簇是绍兴市需要干预的重点目标,需要更有效的干预以防止病毒传播。 展开更多

关键词 艾滋病 亚型 分子传播网络 分子簇 耐药 耐药突变

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甘肃省部分地区2020-2021年新报告HIV/AIDS患者治前耐药及分子传播网络特征分析 被引量：7

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作者 乔瑞娟 张林才 +4 位作者 冯毅 屠爱霞 王晓蕊 石林 蔺续霞 《中国艾滋病性病》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期860-865,共6页

目的分析甘肃省部分地区新报告HIV/AIDS患者分子传播网络特征,为精准干预相关人群中HIV-1传播提供实验室依据。方法反转录和巢式PCR扩增样本pol区基因并测序,采用MEGA 7.0软件构建系统进化树分析亚型,通过美国斯坦福大学HIV耐药数据库... 目的分析甘肃省部分地区新报告HIV/AIDS患者分子传播网络特征,为精准干预相关人群中HIV-1传播提供实验室依据。方法反转录和巢式PCR扩增样本pol区基因并测序,采用MEGA 7.0软件构建系统进化树分析亚型,通过美国斯坦福大学HIV耐药数据库在线软件工具分析耐药突变位点,Hyphy和Cytoscape 3.9.1软件生成分子网络,Logistic回归模型对入网率的影响因素进行分析。结果收集甘肃省部分地区2020-2021年新报告病例血浆样本331份,成功获得pol区基因序列303条,共发现11种亚型和流行重组型,主要为CRF07_BC(58.1%)、CRF01_AE(21.1%)、B(6.9%)和CRF55_01B(5.3%)。治疗前耐药率为4.0%,NNRTI类耐药率最高为3.3%,主要耐药位点是K103 N/S(1.7%)。分子网络最适基因距离为1.2%,在此基因距离时共形成33个分子簇,91条序列入网,入网率为30.0%。对进入网络的影响因素进行分析,多因素Logistic回归结果显示,CRF07_BC(与CRF01_AE相比)、河西地区(与陇东南地区相比)更容易进入网络。结论甘肃省部分地区新报告HIV/AIDS患者治疗前耐药率仍处低水平。HIV-1分子传播簇内的毒株呈现地区聚集性,应加强性伴追踪和针对性干预,有效遏制艾滋病的传播。 展开更多

关键词 艾滋病病毒 耐药 分子传播网络

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陕西省铜川市HIV-1亚型和分子传播网络分析 被引量：4

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作者 任强 张梦妍 +4 位作者 贾华 邹扬帆 付钰淋 李华 常文辉 《中国皮肤性病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期202-207,共6页

目的了解陕西省铜川市HIV-1亚型分布特征和传播网络情况,为精准实施当地艾滋病随访干预措施提供科学依据。方法以全国艾滋病综合防治基本信息系统截至2019年8月陕西省铜川市HIV/AIDS感染者为研究对象,2019年常规随访CD4^(+)T淋巴细胞检... 目的了解陕西省铜川市HIV-1亚型分布特征和传播网络情况,为精准实施当地艾滋病随访干预措施提供科学依据。方法以全国艾滋病综合防治基本信息系统截至2019年8月陕西省铜川市HIV/AIDS感染者为研究对象,2019年常规随访CD4^(+)T淋巴细胞检测的全血样品,提取HIV前病毒DNA,扩增pol区基因片段,构建系统进化树判断HIV-1分子亚型,TN93模型计算序列两两之间基因距离构建分子传播网络,贝叶斯系统进化分析铜川市CRF55_01B毒株进化特征。结果193例HIV/AIDS感染者中,成功扩增获得100例HIV-1 pol区基因片段,HIV-1亚型有CRF01_AE(36.00%)、CRF07_BC(29.00%)、CRF55_01B(16.00%)、B亚型(9.00%)、CRF08_BC(7.00%)、CRF68_01B(1.0%)和独特重组型01_AE/07_BC(2.00%)。以1.5%为基因距离阈值构建分子传播网络,共形成7个分子传播簇,成簇病例构成比为34.00%。多因素Logistic回归分析显示,初中及以下文化程度和毒株亚型为CRF55_01B是分子传播簇形成的促进因素。贝叶斯系统进化分析显示,铜川市CRF55_01B型毒株高度同源(后验概率0.99),最近共同祖先时间约为2009年3月。结论陕西省铜川市HIV-1亚型分布复杂多样,文化程度和HIV-1亚型类别与当地分子传播簇形成相关。分子传播网络有助于了解局部地区HIV/AIDS感染者传播特征,指导干预措施的制定。 展开更多

关键词 HIV-1 亚型 分子传播网络 贝叶斯系统进化

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HIV-1分子传播网络分析及应用 被引量：14

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作者 李伟 钟平 +1 位作者 吴波 李小杉 《中国艾滋病性病》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1258-1261,共4页

社会流行病学调查对揭示1型艾滋病病毒(HIV-1)传播特征起到了重要作用,但也存在调查成本高及可信性不足的缺点。随着系统进化分析方法学的进步以及快速增加的HIV-1序列,基于HIV-1基因信息的分子传播网络分析近年来快速发展并被广泛运用... 社会流行病学调查对揭示1型艾滋病病毒(HIV-1)传播特征起到了重要作用,但也存在调查成本高及可信性不足的缺点。随着系统进化分析方法学的进步以及快速增加的HIV-1序列,基于HIV-1基因信息的分子传播网络分析近年来快速发展并被广泛运用。本文综述了该分析方法的基本原理、运用现状、判定方法及参数选择,旨在为该方法的进一步发展和运用提供借鉴。 展开更多

关键词 1型艾滋病病毒 分子传播网络 基因距离 系统进化分析

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