梅花鹿鹿茸全长转录组测序及鹿茸产量相关基因的挖掘

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作者 闵祥玉 卫佳丽 +3 位作者 许彪 刘汇涛 郑军军 王桂武 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5549-5566,共18页

旨在获得梅花鹿鹿茸组织全长转录本和结构信息,并进一步挖掘出影响梅花鹿鹿茸产量的功能基因。本研究采取饲养管理条件一致的6头2锯龄健康雄性东大梅花鹿,取其相同部位鹿茸组织。根据茸重将鹿茸分为高、低产两组,每组3个重复。利用PacBi... 旨在获得梅花鹿鹿茸组织全长转录本和结构信息,并进一步挖掘出影响梅花鹿鹿茸产量的功能基因。本研究采取饲养管理条件一致的6头2锯龄健康雄性东大梅花鹿,取其相同部位鹿茸组织。根据茸重将鹿茸分为高、低产两组,每组3个重复。利用PacBio Sequel平台以及Illumina平台分别对高、低产鹿茸混合样品进行全长转录组测序。结合高、低产两组二代测序技术,使用SUPPA、KOBOS-I、Cytoscape等工具对可变剪接、功能富集及Hub基因等预测分析。高、低产组测序分别获得有效插入片段36074385 bp和32413962 bp;转录因子注释显示高产组中bHLH家族转录本数量要高于TF_bZIP家族,低产组中则相反。高产鹿茸组共存在6644个可变剪接事件,而低产鹿茸组则为7626个可变剪接事件;经比对,COL 1A1在多个融合基因中起主效作用;两组样品中共筛选出207个差异表达基因,KEGG富集显示差异表达基因主要集中在甲状旁腺激素的合成、分泌以及胆固醇代谢等通路;鉴定到11个Hub基因,分别是APOB、SH 3GL2、SYT1、ANGPTL4、FGF21、CACNA 1E、SERPINF2、CACNB4、KLK4、LRP2、KCNA 1。本研究结果为进一步的功能基因鉴定工作和分子育种策略的发展提供了新的理论基础和研究路径。 展开更多

关键词 梅花鹿鹿茸 全长转录组测序 产茸性状 功能基因 差异分析

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大兴安岭草苁蓉全长转录组测序及生物信息学分析

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作者 杨秋雪 沃佳美雪 +3 位作者 徐晓敏 郭忠录 刘树民 高宏伟 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2101-2110,共10页

草苁蓉为东北道地药材,具有补肾壮阳,润肠通便,止血的功效,草苁蓉中含有草苁蓉多糖、草苁蓉环烯醚萜苷、草苁蓉酸等活性成分,具有丰富的药用价值。目前对草苁蓉的研究多集中于有效成分,药理性等方面,在转录组及功能基因方面的内容较少... 草苁蓉为东北道地药材,具有补肾壮阳,润肠通便,止血的功效,草苁蓉中含有草苁蓉多糖、草苁蓉环烯醚萜苷、草苁蓉酸等活性成分,具有丰富的药用价值。目前对草苁蓉的研究多集中于有效成分,药理性等方面,在转录组及功能基因方面的内容较少。为进一步了解大兴安岭草苁蓉的转录组,丰富其遗传信息利用高通量测序技术获得大兴安岭草苁蓉种子的转录组信息。利用转录组测序获得Unigene序列,将Unigene与七大功能数据库注释进行比对注释、SSR分析、CDS预测,得到草苁蓉转录组的信息。结果显示,共获得18.87 G的CleanData,各样本的有效数据量分布在5.4~7.06 Gb,Q30碱基分布在95.66%~97.45%,平均GC含量为49.35%。拼接出Unigene 57799条,总长度为48308661 bp,平均长度为835.8 bp。大兴安岭草苁蓉与油菜(Brassica napus)序列相似度最高,47035个(81.38%)基因注释到非冗余蛋白序列数据库(NR),33653个(58.22%)基因注释到蛋白序列数据库(Swissprot),13174个(22.79%)基因注释到京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG),27886个(48.25%)基因注释到真核生物蛋白相邻类的聚簇数据库(KOG),42506个(73.54%)基因注释到直系同源蛋白分组比对数据库(eggNOG),30928个(53.51%)基因注释到基因本体论数据库(GO),29642个(51.28%)基因注释到蛋白家族数据库(Pfam)。预测出SSRs 11031个,包含SSRs的Unigene有57799条,包含大于1个SSRs的Unigene有1886条,复合型SSRs943个。预测出53033条CDS序列,其中数据库比对方法预测出47140条,ESTScan预测出5893条。研究结果丰富了大兴安岭草苁蓉的转录组数据,为深入研究大兴安岭草苁蓉生物学特性及分子机制等提供参考,也有利于其资源开发和保护利用。 展开更多

关键词 草苁蓉 全长转录组测序 大兴安岭 代谢通路 生物信息分析

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利用三代全长转录组测序对禽内源性白血病病毒ALVE3不同插入类型鸡进行血液转录组分析

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作者 王沁园 袁一铭 +5 位作者 郑钢 吴俊锋 陈佳华 杨玉琴 杜玉双 连玲 《中国家禽》 北大核心 2024年第10期21-31,共11页

为进一步探索不同内源性禽白血病病毒3(Avian leukosis virus subgroup E,ALVE3)插入个体间的转录本差异,研究利用PacBio三代测序平台对ALVE3无插入、杂合插入和纯合插入的白来航公鸡血液样本进行全长转录组测序,分别获得27 784、38 460... 为进一步探索不同内源性禽白血病病毒3(Avian leukosis virus subgroup E,ALVE3)插入个体间的转录本差异,研究利用PacBio三代测序平台对ALVE3无插入、杂合插入和纯合插入的白来航公鸡血液样本进行全长转录组测序,分别获得27 784、38 460、44 487条转录本,平均长度分别为2 850 bp、3 078 bp和3 166 bp,辅助二代测序数据对其进行校正和定量,并将所得数据与GRCg6a参考基因组比对,将比对到基因组上的转录本进行差异表达分析及lncRNA预测。结果显示,在有ALVE3插入个体中特异存在的转录本有3 657条,将这些转录本利用BLAST与ALVE3全长序列比对,发现转录本Novelgene1474_novel01与ALVE3互补链对应序列高度同源,长度为5 575 bp,说明ALVE3互补链能够产生转录本,对其翻译潜能进行预测后,推测该转录本为lncRNA。此外对不同ALVE3插入情况个体间的差异表达基因进行富集分析,在GO/KEGG中富集到多条免疫相关通路,说明ALVE3的插入可能对机体内免疫相关基因的表达有影响。研究表明,检测到ALVE3反义链可转录产生一段长为5 575 bp的lncRNA,该转录本在介导先天免疫通路中可能发挥作用。 展开更多

关键词 鸡 内源性禽白血病病毒 全长转录组测序

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苦茶全长转录组测序及基因结构分析 被引量：7

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作者 庞丹丹 刘玉飞 +3 位作者 孙云南 田易萍 宋维希 陈林波 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期563-571,共9页

为进一步探究苦茶特异性状形成的遗传基础,基于PacBio对苦茶进行Iso-Seq,最终得到Polished consensus序列132334个,其中有26184个为已知基因的新转录本,7115个为新基因,同时鉴定得到21106个SSR位点;基因结构分析结果中,4892个基因发生... 为进一步探究苦茶特异性状形成的遗传基础,基于PacBio对苦茶进行Iso-Seq,最终得到Polished consensus序列132334个,其中有26184个为已知基因的新转录本,7115个为新基因,同时鉴定得到21106个SSR位点;基因结构分析结果中,4892个基因发生了可变剪切事件,其中内含子滞留事件占比最大;预测得到1918个新的转录因子,778个LncRNA。比较KEGG(10976+5626)、KOG(6296+1896)、GO(6221+575)3大数据库功能注释情况,发现注释到KEGG的转录本数最多,其中多个转录本注释到与茶叶品质和苦茶特异性状形成相关的代谢途径,如苦茶碱等嘌呤生物碱代谢(74+17)、氨基酸代谢(409+69)、苯丙烷生物合成(70+18)和萜类物质生物合成(152+31)等(括号内数值为未比对到基因组的转录本和新转录本数量)。这些发现将有助于苦茶特异性状相关基因标记的开发、并为其形成的机理及遗传机制的研究奠定基础。 展开更多

关键词 苦茶 全长转录组测序 LncRNA 可变剪切

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穿心莲全长转录组测序及特性分析 被引量：6

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作者 孙铭阳 徐世强 +4 位作者 顾艳 梅瑜 周芳 李静宇 王继华 《中国农学通报》 2021年第27期82-89,共8页

为从转录水平上解析穿心莲体内主要进行的生物进程及其分子机制,选取生长60天的福建漳州生产用穿心莲苗为材料,利用超长单分子测序技术测得其根、茎和倒三叶的全长转录组初始序列信息。对初始序列进行筛选、去冗余、校正、功能注释和基... 为从转录水平上解析穿心莲体内主要进行的生物进程及其分子机制,选取生长60天的福建漳州生产用穿心莲苗为材料,利用超长单分子测序技术测得其根、茎和倒三叶的全长转录组初始序列信息。对初始序列进行筛选、去冗余、校正、功能注释和基因结构分析。结果显示,穿心莲基因的功能主要富集于代谢途径、次生代谢产物合成途径及抗生素合成途径。bHLH、b ZIP、MYB和WRKY等直接参与次生代谢的转录因子含量位居前10。穿心莲内酯前体合成途径基因出现可变剪切,主要为内含子保留。其中,有1个基因产生了6个可变启动子式的内含子保留mRNA亚型。总之,次生代谢是穿心莲的主要生物活性进程,相关功能基因可通过结合丰富的转录因子和进行高频的可变剪切参与其中。 展开更多

关键词 穿心莲 全长转录组测序 次生代谢 转录因子 可变剪切 简单重复序列

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全长转录组测序在植物中的应用研究进展 被引量：19

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作者 赵陆滟 曹绍玉 +2 位作者 龙云树 张应华 许俊强 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1390-1398,共9页

全长转录组测序(Iso-Seq)是指使用第三代测序(TGS)技术获得mRNA的全长序列。随着以单分子实时(SMRT)测序为代表的TGS技术逐渐发展成熟,以及该技术在基因组和转录组de novo测序等方面的优势,全长转录组测序技术已经广泛被应用于动物、植... 全长转录组测序(Iso-Seq)是指使用第三代测序(TGS)技术获得mRNA的全长序列。随着以单分子实时(SMRT)测序为代表的TGS技术逐渐发展成熟,以及该技术在基因组和转录组de novo测序等方面的优势,全长转录组测序技术已经广泛被应用于动物、植物、微生物测序研究中,并挖掘出大量相关数据。本文综述了基于Iso-Seq技术的原理及其在模式植物和非模式植物研究中的应用,期望为研究植物全长转录组相关分析提供参考。 展开更多

关键词 全长转录组测序 Iso-Seq TGS 单分子实时测序 模式植物和非模式植物

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全长转录组测序技术解析不同转移性能肝癌细胞系的转录本表达谱与结构变异

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作者 杨淑欣 彭民武 +2 位作者 罗娟娟 徐景祥 万绍贵 《赣南医学院学报》 2021年第8期818-825,868,共9页

为了更好地研究肝细胞癌的转移机制,并筛选出与肝癌预后密切相关的潜在靶点,本研究利用纳米孔长读长测序技术对两株不同转移潜能的肝癌细胞(MHCC97H与MHCC97L)进行全长转录组比较分析。通过生物信息学分析发现643个新基因(Novel gene)和... 为了更好地研究肝细胞癌的转移机制,并筛选出与肝癌预后密切相关的潜在靶点,本研究利用纳米孔长读长测序技术对两株不同转移潜能的肝癌细胞(MHCC97H与MHCC97L)进行全长转录组比较分析。通过生物信息学分析发现643个新基因(Novel gene)和2471个新转录本(New transcripts)。在这两株细胞中有293个差异表达基因及74个差异表达转录本。在结构变异分析中鉴定出1008个可变剪切事件,其中外显子跳跃占比最多。本研究通过全长转录组测序进一步完善了肝癌细胞的基因注释及基因表达分析,为揭示肝细胞癌的转移分子机制提供了新的研究思路与线索。 展开更多

关键词 肝细胞癌 转录本表达谱 mRNA可变剪切 全长转录组测序 纳米孔测序

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基于全长转录组测序的稻秆潜蝇解毒代谢相关基因筛选 被引量：1

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作者 吴顺骄 徐永红 +2 位作者 张石升 刘映红 王佳 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1254-1268,共15页

为筛选水稻害虫稻秆潜蝇Chlorops oryzae潜在的解毒代谢酶基因,利用PacBio SequelⅡ测序平台对稻秆潜蝇幼虫进行全长转录组测序,基于测序结果筛选稻秆潜蝇的解毒代谢相关基因谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase,GST)基因、羧... 为筛选水稻害虫稻秆潜蝇Chlorops oryzae潜在的解毒代谢酶基因,利用PacBio SequelⅡ测序平台对稻秆潜蝇幼虫进行全长转录组测序,基于测序结果筛选稻秆潜蝇的解毒代谢相关基因谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase,GST)基因、羧酸酯酶(carboxylesterase,CarE)基因和细胞色素P450(cytochrome P450,CYP450)基因,并检测其在稻秆潜蝇不同发育阶段的相对表达量。结果表明,对稻秆潜蝇进行测序得到18100条去冗余转录本序列,共有16283条序列得到注释。通过比对分析共筛选出8条GST、12条CarE和28条CYP450基因序列,这些基因在稻秆潜蝇不同发育阶段的表达量具有显著差异,表明不同虫态的稻秆潜蝇其解毒代谢能力可能不同。此外,还筛选到1452个lncRNA序列,以及176个潜在的lncRNA靶基因序列,其中4个与解毒代谢基因相关。表明筛选获得的稻秆潜蝇解毒代谢酶基因及lncRNA靶基因可用于后续该虫的潜在抗药性研究及防治药剂筛选。 展开更多

关键词 稻秆潜蝇 全长转录组测序 解毒代谢酶 lncRNA 差异表达基因

原文传递

月月竹竹秆变色后全长转录组分析

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作者 邵欣瑜 熊星 +3 位作者 杨峰 赵云飞 刘昌来 刘国华 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期538-551,共14页

为探究月月竹竹秆受到光照由绿色变为紫色的分子机制,本研究采集月月竹同一竹节紫色部分(Z)、渐变部分(M)和绿色部分(L)的竹青,提取RNA,利用PacBio Sequel三代全长转录组测序技术,结合生物信息学方法对不同颜色的竹青进行全长转录组分... 为探究月月竹竹秆受到光照由绿色变为紫色的分子机制,本研究采集月月竹同一竹节紫色部分(Z)、渐变部分(M)和绿色部分(L)的竹青,提取RNA,利用PacBio Sequel三代全长转录组测序技术,结合生物信息学方法对不同颜色的竹青进行全长转录组分析。结果表明,经过三代测序和数据质量控制,共获得非冗余转录本66961条,长度为500~3000 bp,平均长度1389.22 bp,序列总长度为93.02 Mbp,N50为1830 bp,G+C碱基含量为49.56%。利用NR、Swiss-Prot、COG、GO、KEGG和Pfam数据库对所有转录本进行功能注释,共有56938条转录本被成功注释,占全部转录本的85.03%;49115条转录本被GO注释,其中催化活性、细胞器、代谢过程分别是GO数据库分子功能、细胞组分和生物过程中含转录本最多的项目;28231个转录本被KEGG数据库注释,其中与碳水化合物代谢和基因翻译相关的转录本最多。结合GO注释和KEGG注释,66961条转录本中有381条转录本与光信号的感受、传递以及光调控相关,包括红光和远红光的受体蛋白PHYA、PHYB及信号通路蛋白PIF3、ELF3,蓝光的受体蛋白CRY、ZTL及信号通路蛋白COP1、SPA1、ELF3、GI、HY5等。类黄酮(包括花青素)代谢、叶绿素合成、类胡萝卜素合成等与植物色素合成相关通路分别含有转录本187条、44条和72条。全长转录本共获得2079个转录因子,其中包括18个由35个转录本编码的与花青素合成相关的R2R3MYB转录因子。CNCI、CPC、Pfam、PLEK等数据库同时注释到的长链非编码RNA(LncRNA)6359个,数量高于孝顺竹等其他竹种。本研究获得了高质量的月月竹竹青全长转录组数据,与竹秆变色相关的红光和蓝光受体及光信号传递蛋白,与花青素、叶绿素和类胡萝卜素合成相关的转录因子及长链非编码RNA(LncRNA),为进一步深入分析月月竹竹秆变色机制提供基础。 展开更多

关键词 月月竹 变色竹秆 全长转录组测序 光信号

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川芎嗪抗糖尿病大鼠脑缺血再灌注损伤的转录组学研究 被引量：2

10

作者 袁仕林 孙苗 +4 位作者 周玉佳 刘琼 常青 黑常春 杨笑 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1688-1698,共11页

目的基于全长转录组测序技术探讨川芎嗪(tetramethylpyrazine,TMP)对糖尿病(diabetes mellitus,DM)大鼠脑缺血/再灌注(ischemia/reperfusion,I/R)损伤的保护作用及其机制。方法通过腹腔注射链脲佐菌素(STZ,50 mg·kg^(-1))诱导大鼠D... 目的基于全长转录组测序技术探讨川芎嗪(tetramethylpyrazine,TMP)对糖尿病(diabetes mellitus,DM)大鼠脑缺血/再灌注(ischemia/reperfusion,I/R)损伤的保护作用及其机制。方法通过腹腔注射链脲佐菌素(STZ,50 mg·kg^(-1))诱导大鼠DM模型,使用双血管闭塞法(2-VO,10 min),再灌注16 h制备大鼠全脑I/R模型,TMP(40 mg·kg^(-1))每日腹腔注射。通过脑含水量检测、HE染色、尼氏染色、TUNEL染色评价TMP对DM大鼠脑I/R损伤的神经保护作用。全长转录组测序筛选差异表达基因,通过功能注释、代谢通路富集分析筛选TMP对DM大鼠发挥脑缺血保护作用的可能候选基因与代谢通路,并使用RT-qPCR、Western blot进行验证。结果TMP治疗可减轻DM大鼠脑I/R后的脑水肿程度,增加神经元、尼氏体数目,明显减少细胞坏死和凋亡。GO富集分析发现TMP治疗后差异表达基因主要富集在炎症反应、转录因子复合物、生长因子活性等生物学功能上。KEGG通路分析发现其主要富集于细胞凋亡、Toll样受体等信号通路上。其中,TMP下调的基因有TLR2、MyD88、IL-1β、Caspase-3等。RT-qPCR、Western blot结果进一步证实TMP下调TLR2、MyD88、NF-κB、IL-1β、IL-6、Caspase-3,并上调Bcl-2的mRNA和蛋白表达。结论TMP可能通过抑制炎症反应减轻神经元凋亡从而改善DM大鼠脑I/R损伤,作用通路可能为TLR2/MyD88/NF-κB信号通路。 展开更多

关键词 川芎嗪 糖尿病 脑缺血/再灌注损伤 全长转录组测序 炎症反应 信号通路

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基于联合测序分析技术挖掘红苞凤梨lncRNA信息 被引量：1

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作者 胡豪 蔺珍 +5 位作者 薛彦斌 毛美琴 向奕璇 刘加文 周徐子鑫 马均 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期1237-1250,共14页

为了揭示lncRNA在红苞凤梨嵌合叶片形成和生长发育过程中的调控作用机制,该文以金边红苞凤梨为材料,采用Hiseq2500测序和SMRT三代全长转录组测序联合测序分析技术,分析挖掘红苞凤梨lncRNA信息。结果表明:(1)鉴定得到6018条lncRNA,包含3... 为了揭示lncRNA在红苞凤梨嵌合叶片形成和生长发育过程中的调控作用机制,该文以金边红苞凤梨为材料,采用Hiseq2500测序和SMRT三代全长转录组测序联合测序分析技术,分析挖掘红苞凤梨lncRNA信息。结果表明:(1)鉴定得到6018条lncRNA,包含3298个基因间lncRNA,870个反义lncRNA,717个内含子lncRNA和1109个正义lncRNA,数据量较二代测序有了极大的提高。(2)结构分析表明,红苞凤梨lncRNA的总体表达丰度低于mRNA;序列长度在400~1200 nt区间比例高于mRNA,而在>1600 nt区间,lncRNA分布的比例显著小于mRNA;lncRNA中的外显子数量总体少于mRNA,开放阅读框长度总体上也短于mRNA。(3)差异表达分析表明,在全绿、全白叶片发育过程中鉴定到1710个差异表达lncRNA。(4)靶基因预测结果表明,5441个lncRNA通过cis作用方式预测到靶基因,1544个lncRNA通过trans方式预测到靶基因。(5)靶基因的功能注释和富集分析显示,差异表达lncRNA的靶基因主要作为酶蛋白参与调节叶片代谢活动和信号转导等方面,与叶片的颜色形成、光合作用和生长发育密切相关。该文鉴定出的lncRNA信息以及对其结构和功能的分析,为红苞凤梨以及凤梨科其他植物的lncRNA表观遗传调控机理研究提供了数据基础,筛选出的差异表达lncRNA在金边红苞凤梨叶片嵌合性状的形成和生长发育中具有重要的调控作用。 展开更多

关键词 红苞凤梨 Hiseq2500测序 SMRT全长转录组测序 lncRNA鉴定

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绿豆象热激蛋白超家族基因的鉴定及表达分析 被引量：1

12

作者 张昕 杨星宇 +3 位作者 张超然 张冲 郑海霞 张仙红 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第19期3814-3828,共15页

【目的】鉴定绿豆象(Callosobruchus chinensis)热激蛋白(heat shock protein,HSP)超家族基因成员,明确高、低温胁迫后HSP基因在绿豆象中的表达变化,为深入挖掘HSP基因功能提供理论依据。【方法】从Insect Base 2.0下载不同昆虫HSP基因... 【目的】鉴定绿豆象(Callosobruchus chinensis)热激蛋白(heat shock protein,HSP)超家族基因成员,明确高、低温胁迫后HSP基因在绿豆象中的表达变化,为深入挖掘HSP基因功能提供理论依据。【方法】从Insect Base 2.0下载不同昆虫HSP基因的CDS和蛋白序列,并以此为参考在绿豆象全长转录组测序数据库中进行本地BLASTp和tBLASTn比对搜索,同时结合HMMER和关键词两种方法再次筛选目标序列,最终完成搜索结果的汇总。利用CDD、MEGA、ProtParam等在线分析工具对绿豆象HSP超家族基因进行生物信息学分析。根据绿豆象成虫高、低温转录组测序数据筛选出7个候选CcHsp,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术比较分析其在绿豆象不同虫态(幼虫、蛹、成虫)及不同温度胁迫下的表达特性。【结果】共鉴定出31个HSP基因,其中包括3个HSP90、8个HSP70、8个HSP60和12个sHSP(small HSP)。理化性质分析显示CcHsp编码的蛋白质包含159—776个氨基酸残基(aa),分子量介于18.4—88.9 kDa,理论等电点为4.95—9.17。亚细胞定位结果显示多数CcHsp定位于细胞质中,少数基因定位于线粒体基质、内质网和细胞核。系统发育分析表明绿豆象热激蛋白不同家族成员与其他昆虫的热激蛋白进化关系较近,显示了其在进化上的保守性。qRT-PCR分析发现,不同虫态在不同温度胁迫后7个候选CcHsp差异表达。CcHsp20.102经高温胁迫后在雌、雄成虫体内的表达量分别上调1000和500倍;CcHsp70-5经高温胁迫后在雌、雄成虫体内的表达量分别上调500和450倍;幼虫经高、低温胁迫后,CcHsp19.855和CcHsp70-5表达差异显著。【结论】通过绿豆象全长转录组测序数据共鉴定出31个完整的热激蛋白超家族基因成员,分为4个亚家族,家族间蛋白结构、保守结构域和基因表达特征存在差异。CcHsp20.102和CcHsp70-5可能在成虫抵御高温胁迫中行使重要功能,而幼虫的高温耐受性可能与CcHsp19.855和CcHsp70-5的表达差异有关。 展开更多

关键词 绿豆象 全长转录组测序 热激蛋白 基因家族 生物信息学分析 表达分析

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莲草直胸跳甲气味结合蛋白鉴定及其在触角中的表达分析 被引量：8

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作者 胡军 付丽 +3 位作者 张彬 刘艳红 贾栋 马瑞燕 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期849-859,共11页

为阐明莲草直胸跳甲Agasicles hygrophila对其寄主植物喜旱莲子草Alternanthera philoxeroides的专一性识别过程中气味结合蛋白(odorant-binding protein,OBP)的作用,基于莲草直胸跳甲三代全长转录组测序结果筛选获得其所有OBP基因并进... 为阐明莲草直胸跳甲Agasicles hygrophila对其寄主植物喜旱莲子草Alternanthera philoxeroides的专一性识别过程中气味结合蛋白(odorant-binding protein,OBP)的作用,基于莲草直胸跳甲三代全长转录组测序结果筛选获得其所有OBP基因并进行生物信息学分析,以最大似然法构建莲草直胸跳甲OBP的系统进化树,并通过定量PCR分析这些OBP基因在其触角中的表达量。结果表明,全长转录组测序结果中共鉴定得到53个莲草直胸跳甲AhygOBP基因,所编码蛋白有36个属于Minus-C家族,11个属于Classic家族,5个属于Plus-C家族,1个属于Atypical家族。进化分析结果显示,大部分莲草直胸跳甲AhygOBP与其它目昆虫OBP为直系同源。莲草直胸跳甲AhygOBP基因在触角中的表达分析结果显示,将表达量最低的AhygOBP31作为基准1,表达量最高的依次为AhygOBP53、AhygOBP32、AhygOBP13、AhygOBP28、AhygOBP44、AhygOBP45、AhygOBP29、AhygOBP37、AhygOBP24,其中AhygOBP53的表达量是AhygOBP31的106 000倍。推测这些触角中高表达的AhygOBP可能在宿主植物识别中发挥重要作用。 展开更多

关键词 莲草直胸跳甲 全长转录组测序 气味结合蛋白 触角 表达

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