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中国沿海多鳞四指马鲅(Eleutheronema rhadinum)与四指马鲅(E.tridactylum)形态与遗传位点差异分析 被引量:5
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作者 赵优 庄平 +1 位作者 张涛 赵峰 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期108-114,共7页
多鳞四指马鲅(Eleutheronema rhadinum)与四指马鲅(Eleutheronema tridactylum)是四指马鲅属(Eleutheronema)中的名贵经济鱼类,具有良好的养殖开发前景。本文对中国沿海多鳞四指马鲅与四指马鲅群体的26个形态特征值进行了多变量比较分析... 多鳞四指马鲅(Eleutheronema rhadinum)与四指马鲅(Eleutheronema tridactylum)是四指马鲅属(Eleutheronema)中的名贵经济鱼类,具有良好的养殖开发前景。本文对中国沿海多鳞四指马鲅与四指马鲅群体的26个形态特征值进行了多变量比较分析,提取了7个主成分,累计贡献率达到91.112%,前三个主成分贡献率分别为28.759%、21.467%、15.469%。多鳞四指马鲅与四指马鲅形态差异主要体现在头背部、尾柄部、背腹轴及头尾轴的特征。利用4个形态学参数建立了2群体判别公式,综合判别准确率高达100%,可作为多鳞四指马鲅与四指马鲅物种资源的初步判定方法。另外,利用简化基因组测序开发出多鳞四指马鲅与四指马鲅SNP标记69207个、In Del标记12884个,丰富了四指马鲅属鱼类遗传结构研究数据。本研究为进一步开展四指马鲅数属物种资源评估与保护、选育、功能基因研究提供基础资料。 展开更多
关键词 多鳞四指马鲅 四指马鲅 形态差异 遗传位点差异
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基于AMEL基因位点差异的水牛性别PCR鉴别方法 被引量:2
2
作者 李婷婷 左二伟 +9 位作者 李孟琪 谢龙 杨欢 卢晟盛 陆阳清 许惠艳 李永国 陆之泽 杨小淦 卢克焕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1516-1521,共6页
【目的】建立检测不同性别水牛染色体AMEL基因位点差异的PCR鉴别方法,为水牛早期胚胎性别鉴定及水牛分离精子重分析提供简便可靠的检验手段。【方法】采用PCR扩增不同性别水牛染色体中的AMEL基因,Clone Manager 9.0软件分析序列差异,BLA... 【目的】建立检测不同性别水牛染色体AMEL基因位点差异的PCR鉴别方法,为水牛早期胚胎性别鉴定及水牛分离精子重分析提供简便可靠的检验手段。【方法】采用PCR扩增不同性别水牛染色体中的AMEL基因,Clone Manager 9.0软件分析序列差异,BLASTn程序分析基因同源性,MEGA 6.06软件构建系统发育进化树。【结果】以水牛血液基因组DNA为模板、amel B1为引物,引物退火温度60℃,公水牛可扩增出两条清晰条带,长度分别为376(AMEL-X基因)和304 bp(AMEL-Y基因);母水牛仅扩增出1条清晰条带,长度为376 bp(AMEL-X基因)。与AMEL-X基因相比,水牛AMEL-Y基因缺失155-226区域的72 bp,同时存在20个基因型多态位点。临床检测结果证实,基于AMEL基因的PCR鉴别结果与实际性别的吻合率达100%,amel B1引物的灵敏度为0.5 ng模板量。BLASTn比对分析结果显示,水牛AMEL-X和AMEL-Y基因与不同哺乳动物的对应序列存在高度保守性,其相似性均接近或高于90%,与牛存在最近的亲缘关系。【结论】AMEL基因在哺乳动物中高度保守,且在不同性别水牛中呈多态性特征,以其作为分子靶标建立的水牛性别PCR鉴定方法切实可行,为水牛早期胚胎性别鉴定及水牛分离精子重分析提供了一个更便捷、高效的检验手段。 展开更多
关键词 水牛 AMEL基因 位点差异 PCR 性别鉴定
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短尾派线粒体基因组特征及基因差异位点分析 被引量:10
3
作者 田美 申欣 +1 位作者 孟学平 程汉良 《水产科学》 CAS 北大核心 2011年第1期31-37,共7页
分析了短尾派14个物种线粒体基因组全序列,初步揭示了短尾派线粒体基因组的基本特征。短尾派线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组相比,发生了大规模的基因重排;然而,trnH基因的易位是短尾派14个物种所共有的,从而可以视作... 分析了短尾派14个物种线粒体基因组全序列,初步揭示了短尾派线粒体基因组的基本特征。短尾派线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组相比,发生了大规模的基因重排;然而,trnH基因的易位是短尾派14个物种所共有的,从而可以视作短尾派线粒体基因组的一个共同衍征。绒螯蟹属和青蟹属所有13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值均远远低于1,显示出很强的纯化(负)选择。从线粒体基因组13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因的差异位点分析可以看出,在短尾派和青蟹属群体遗传学的研究中,nad5、nad4和nad2基因可以作为coxl基因辅助的分子标记;而在绒螯蟹属群体遗传学的研究中,nad5和nad4基因可以作为coxl基因辅助的分子标记。 展开更多
关键词 短尾派 线粒体基因组 差异位点 分子标记
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海胆纲线粒体基因组特征及基因差异位点分析 被引量:6
4
作者 田美 申欣 +1 位作者 孟学平 程汉良 《水产科学》 CAS 北大核心 2011年第3期174-176,共3页
研究了海胆纲6个线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因。6个海胆线粒体基因组的基因排列完全相同。海胆纲和球海胆属线粒体基因组13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因的差异位点分析表明,差异位点数最多的基因为nad5基因,其次为n... 研究了海胆纲6个线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因。6个海胆线粒体基因组的基因排列完全相同。海胆纲和球海胆属线粒体基因组13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因的差异位点分析表明,差异位点数最多的基因为nad5基因,其次为nad4基因和cox1基因。因此,在海胆纲和球海胆群体遗传学的研究中,nad5、nad4和cox1基因是理想的分子标记,用于分析海胆内部不同群体之间的遗传多样性。 展开更多
关键词 海胆纲 线粒体基因组 差异位点 分子标记
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同工酶差异位点分析在蔬菜杂交种纯度检测中的应用 被引量:3
5
作者 郑晓鹰 李丽 邢宝田 《生物技术通报》 CAS CSCD 2000年第3期29-33,共5页
用 10种同工酶和蛋白质分析体系 ,分析了 7种重要蔬菜的 71个杂交种与其亲本之间的差异位点以及这些差异位点用于杂交种纯度检测的可能性和存在的问题。试验表明 ,作物的不同种类 ,杂交种与亲本之间的亲缘关系以及作物种类的遗传多态性 ... 用 10种同工酶和蛋白质分析体系 ,分析了 7种重要蔬菜的 71个杂交种与其亲本之间的差异位点以及这些差异位点用于杂交种纯度检测的可能性和存在的问题。试验表明 ,作物的不同种类 ,杂交种与亲本之间的亲缘关系以及作物种类的遗传多态性 ,都会影响同工酶差异位点产生的多寡 ,从而影响到这一技术是否能用于此种作物的纯度检测。分析了不同同工酶在不同蔬菜中的多态性以及在蔬菜种子纯度检测中的表现。 展开更多
关键词 杂种纯度 蔬菜 同工酶差异位点 种子检验
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对虾科线粒体基因组特征及基因差异位点分析 被引量:4
6
作者 申欣 《水产科学》 CAS 北大核心 2010年第12期711-717,共7页
通过长PCR扩增获得凡纳滨对虾和中国明对虾的线粒体DNA,进而采用步移测序、序列拼接获得2个对虾类线粒体基因组的全序列。结合斑节对虾、日本囊对虾、细角滨对虾和加州美对虾的线粒体基因组,初步揭示了对虾科线粒体基因组的基本特征。6... 通过长PCR扩增获得凡纳滨对虾和中国明对虾的线粒体DNA,进而采用步移测序、序列拼接获得2个对虾类线粒体基因组的全序列。结合斑节对虾、日本囊对虾、细角滨对虾和加州美对虾的线粒体基因组,初步揭示了对虾科线粒体基因组的基本特征。6个对虾类线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列完全一致。对虾类线粒体基因组所有的主编码基因中,变异程度最高的是nad2和nad6基因。因此,nad2和nad6基因可以作为coxl基因辅助的分子标记,为对虾类生物多样性的保护及对虾类生物资源合理、高效利用等诸多方面提供参考。 展开更多
关键词 对虾科 线粒体基因组 差异位点 分子标记
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空间环境诱导秀丽隐杆线虫差异表达基因位点分布的研究
7
作者 高英 赵磊 +3 位作者 宓东 王君君 马宝山 孙野青 《航天医学与医学工程》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期157-162,共6页
目的研究不同空间环境中差异表达基因位点在秀丽隐杆线虫染色体上的分布特征。方法利用基因位点可视化软件对经空间飞行环境、空间辐射及微重力处理的秀丽隐杆线虫全基因组表达谱进行分析,统计差异表达基因位点数量、比例,并通过指数模... 目的研究不同空间环境中差异表达基因位点在秀丽隐杆线虫染色体上的分布特征。方法利用基因位点可视化软件对经空间飞行环境、空间辐射及微重力处理的秀丽隐杆线虫全基因组表达谱进行分析,统计差异表达基因位点数量、比例,并通过指数模型分析其分布特征。结果空间飞行环境较辐射或微重力环境能够诱导更多的基因发生差异表达,差异表达基因分布也更为集中;在三种空间环境中均为Ⅴ号染色体上差异表达基因数量最多,而不同的空间环境中分别在Ⅱ号,Ⅲ号和Ⅴ号染色体上比例最高,在Ⅰ号和Ⅴ号染色体上差异表达基因分布最集中。结论空间环境诱导的秀丽隐杆线虫差异表达基因位点分布特征具有环境特异性,且染色体间存在环境敏感性差异。 展开更多
关键词 空间辐射 微重力 差异基因表达位点 染色体 分布特征
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泛癌症DNA甲基化位点聚类分析 被引量:4
8
作者 杨利英 杨胜楠 +2 位作者 袁细国 耿芳歌 张军英 《西安电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第4期23-28,共6页
当前对脱氧核糖核苷酸甲基化的研究大多局限在单一疾病中单个基因或者某个较小的区域.针对这一局限,提出了一种基于聚类的甲基化分析方法,从泛癌症角度、在全基因组水平上挖掘甲基化模式.首先对多种癌症进行差异甲基化位点筛选;然后对... 当前对脱氧核糖核苷酸甲基化的研究大多局限在单一疾病中单个基因或者某个较小的区域.针对这一局限,提出了一种基于聚类的甲基化分析方法,从泛癌症角度、在全基因组水平上挖掘甲基化模式.首先对多种癌症进行差异甲基化位点筛选;然后对差异甲基化位点进行聚类;最后进行生物富集分析.在泛癌症项目提供的6种癌症上进行了实验研究,通过筛选得到2 184个差异甲基化位点,通过聚类得到9个甲基化簇.在甲基化簇中进行的模式分析结果显示,不同类型的癌症在甲基化模式上存在共性,甲基化和基因表达之间关系较为复杂,不是单纯的正负相关关系.富集分析结果表明,该项研究得到的基因集合在多个癌症的通路中存在显著富集. 展开更多
关键词 模式识别 脱氧核糖核苷酸甲基化 差异位点 聚类分析 基因表达
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高原与平原饲养条件下麦洼牦牛RNA编辑位点的鉴定与分析
9
作者 舒涛 王嘉博 +4 位作者 益西康珠 官久强 罗晓林 杨丽雪 钟金城 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第5期119-125,140,共8页
为了揭示牦牛在高原与平原饲养条件下的RNA序列分子编辑位点、类型及功能,进而为牦牛的臀肌组织生长、发育、分化及与环境相互作用等研究提供更多的信息,试验将10头麦洼牦牛随机均分成平原组和高原组,每组5头,分别于2018年12月14日—201... 为了揭示牦牛在高原与平原饲养条件下的RNA序列分子编辑位点、类型及功能,进而为牦牛的臀肌组织生长、发育、分化及与环境相互作用等研究提供更多的信息,试验将10头麦洼牦牛随机均分成平原组和高原组,每组5头,分别于2018年12月14日—2019年5月12日(冷季)在四川省广汉市(海拔为600 m,平原组)和四川省阿坝藏族羌族自治州红原县(海拔为3 500 m,高原组)进行舍饲栓系和放牧饲养,饲养期间每30 d称量体重1次;试验结束后,屠宰试验牛,取其臀肌组织,通过Illumina HiSeq^(TM)4000测序平台进行高通量测序,利用SPRINT、 JACUSA、RNA-DNA差异位点(RDDs)和RNA-RNA差异位点(RRDs)探测RNA编辑位点(REs),并对REs进行分类、对其所在基因进行GO功能注释及变异风险评估。结果表明:平原组体重在试验第60天时显著高于高原组(P<0.05),90~150天时极显著高于高原组(P<0.01)。总计发现4 351个REs,以A>G、G>A、C>T和T>C编辑类型为主;平原组REs主要富集在大分子代谢过程,高原组REs主要富集在核仁中;仅在平原组中含有2个高风险编辑位点,使ADCY2基因提前终止蛋白质翻译,进而可能影响磷酸化及糖原合成和分解。说明牦牛RNA编辑模式受环境调控,能够影响牦牛臀肌组织的生长发育。 展开更多
关键词 麦洼牦牛 RNA编辑 RNA-DNA差异位点 RNA-RNA差异位点 ADCY2基因
原文传递
DNA甲基化差异模式识别方法综述
10
作者 赵倩 张雪 +2 位作者 张彦 林正奎 孙野青 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2021年第5期1281-1286,1293,共7页
目前,微阵列芯片技术和重亚硫酸氢盐测序技术贡献了大量DNA甲基化实验数据,基于不同数据产生了众多识别差异甲基化位点及差异甲基化区域的方法。为了对DNA甲基化差异模式识别方法进行梳理,首先介绍了DNA甲基化研究现状,包括DNA甲基化检... 目前,微阵列芯片技术和重亚硫酸氢盐测序技术贡献了大量DNA甲基化实验数据,基于不同数据产生了众多识别差异甲基化位点及差异甲基化区域的方法。为了对DNA甲基化差异模式识别方法进行梳理,首先介绍了DNA甲基化研究现状,包括DNA甲基化检测方法和数据类型,以及两种DNA甲基化差异模式;接着详细阐述了芯片数据的差异甲基化位点和差异甲基化区域的识别方法,并介绍了基于八种不同算法原理的测序数据的差异甲基化模式识别方法,重点阐述了各种算法的原理、应用场景以及算法的优点和局限性;最后指出了现阶段DNA甲基化差异模式识别存在的问题和未来可能的发展趋势。 展开更多
关键词 DNA甲基化 甲基化差异模式 差异甲基化位点 差异甲基化区域 识别
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同义密码子用语的位置依赖 被引量:7
11
作者 李炜疆 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期529-534,共6页
研究了大肠杆菌编码区不同位置上的同义密码子用语 ,发现许多氨基酸的密码子用语在转译起始区有显著的变化 ,仅有少数氨基酸在转译终止区有较弱的变化。由于密码子用语与基因表达关系密切 ,这些结果与实验发现的编码区5'端密码子用... 研究了大肠杆菌编码区不同位置上的同义密码子用语 ,发现许多氨基酸的密码子用语在转译起始区有显著的变化 ,仅有少数氨基酸在转译终止区有较弱的变化。由于密码子用语与基因表达关系密切 ,这些结果与实验发现的编码区5'端密码子用语对表达的重要性是一致的。更进一步的结果还暗示了哪些密码子在特定位置的使用可能会影响基因表达。 展开更多
关键词 同底密码子用语 位点差异 大肠杆菌 位置依赖
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10种软骨鱼线粒体基因组特征分析 被引量:5
12
作者 申欣 田美 +1 位作者 孟学平 程汉良 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2011年第3期26-32,共7页
综合分析了软骨鱼10个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示软骨鱼线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因和差异位点等。软骨鱼10个物种线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,而且其基因排列完全相同。真鲨目和鳐形目线粒体基因组... 综合分析了软骨鱼10个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示软骨鱼线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因和差异位点等。软骨鱼10个物种线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,而且其基因排列完全相同。真鲨目和鳐形目线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1(0.019 1~0.156 4),显示出较强的纯化(负)选择。基于线粒体基因组构建的系统发育树结果显示,软骨鱼纲分为两支:全头亚纲和板鳃亚纲。在板鳃亚纲内部,鳐形目和鲼形目聚为一支;真鲨目、鼠鲨目、须鲨目、虎鲨目和角鲨目聚为一支,其亲缘关系为:{[(真鲨目+鼠鲨目)+须鲨目)]+虎鲨目}+角鲨目。软骨鱼线粒体基因组差异位点分析表明,在软骨鱼群体遗传的研究中,nad5和nad4基因是理想的分子标记,可以作为cox1基因辅助的分子标记,用于分析软骨鱼不同群体之间的遗传多样性,为其生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多保障。 展开更多
关键词 软骨鱼纲 线粒体基因组 系统发育 差异位点 分子标记
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鲸类线粒体基因组特征分析及分子标记探讨 被引量:2
13
作者 田美 申欣 +1 位作者 孟学平 程汉良 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期104-114,共11页
综合分析鲸类32个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示了鲸类线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。鲸类线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因。绝大多数鲸类线粒体基因组的基因排列顺序完全相同,而且与... 综合分析鲸类32个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示了鲸类线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。鲸类线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因。绝大多数鲸类线粒体基因组的基因排列顺序完全相同,而且与脊椎动物线粒体基因组的典型排列一致。4个类群(真露脊鲸属、须鲸属、原海豚属和宽吻海豚属)线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值介于0和0.587 7之间,均低于1,显示为纯化(负)选择。其中,cox3基因的Ka/Ks均值最低,其次为cox1,cox2和cob基因,说明这些基因承受较强的选择压力和功能束缚;而nad6基因的Ka/Ks均值最高,其次为atp8,nad2和atp6基因,说明这些基因的选择压力较弱。从32种鲸类物种间和属内(真露脊鲸属、须鲸属、原海豚属和宽吻海豚属)线粒体基因组主编码基因(13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因)和D-loop区的变异位点分析显示,在鲸类群体遗传的研究中,nad5,nad4和nad2基因是理想的分子标记,可以作为cox1基因辅助的分子标记,用于分析鲸类不同群体之间的遗传多样性,为其生物多样性的保护及其生物资源的合理利用提供参考。 展开更多
关键词 鲸目 线粒体基因组 差异位点 分子标记
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文昌鱼线粒体基因组特征分析及分子标记探讨 被引量:2
14
作者 申欣 田美 +1 位作者 孟学平 程汉良 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期7-13,共7页
线粒体基因组已被广泛应用于后生动物分子系统发育和群体遗传的研究。文昌鱼(Amphioxus)作为研究脊椎动物起源和进化的模式动物,在脊椎动物起源和进化研究中占据极为重要的位置。作者综合分析文昌鱼2科7个种的51条线粒体基因组全序... 线粒体基因组已被广泛应用于后生动物分子系统发育和群体遗传的研究。文昌鱼(Amphioxus)作为研究脊椎动物起源和进化的模式动物,在脊椎动物起源和进化研究中占据极为重要的位置。作者综合分析文昌鱼2科7个种的51条线粒体基因组全序列,全面揭示了文昌鱼线粒体基因组的基本特征。文昌鱼线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,文昌鱼线粒体基因组共有3种基因排列方式,其中文昌鱼属和侧殖丈昌鱼属共有的基因排列与脊椎动物线粒体基因组的典型排列相比最为接近。因此,文昌鱼属和侧殖文昌鱼属线粒体基因组的基因排列方式代表了文昌鱼原始的基因排列方式。与此相比,偏文昌鱼属的3个物种发生了基因重排。文昌鱼线粒体基因组13个蛋白编码基因的Ka/Ks值均远远低于1(0~0.3363),显示出较强的纯化(负)选择。文昌鱼线粒体基因组种问和种内基因变异分析表明,在文昌鱼群体遗传的研究中,nad5、nad4和nad2基因是理想的分子标记,可以作为coxl基因辅助的分子标记,用于分析丈昌鱼不同群体之间的遗传多样性,为其生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多基础资料。 展开更多
关键词 文昌鱼(amphioxus) 线粒体基因组 差异位点 分子标记
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Site discrepancy of synonymous codon usage in SARS coronavirus and other viruses in Coronaviridae
15
作者 周童 顾万君 +2 位作者 马建民 孙啸 陆祖宏 《Journal of Southeast University(English Edition)》 EI CAS 2005年第2期203-206,共4页
The synonymous codon usage in the translational initiation and termination regions of genes of severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus and five other viruses in Coronaviridae was systematically analyzed.T... The synonymous codon usage in the translational initiation and termination regions of genes of severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus and five other viruses in Coronaviridae was systematically analyzed.The results indicate that most minor codons for these coronaviruses are preferentially used in the initial and terminal region.The minor codons preferentially used in the initial region are thought to have a negative effect on gene expression,which can be explained by the minor codon modulator hypothesis.It also indicates that the minor codons preferentially used in the terminal region may regulate the level of gene expression.The proposed results strongly imply that the minor codon modulator hypothesis can be applied to both some bacteria and some viruses. 展开更多
关键词 codon usage severe acute respiratory syndrome (SARS) CORONAVIRUS gene expression site discrepancy
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糖尿病心脏病患者外周血DNA组甲基化分析:大庆糖尿病预防研究23年随访研究结果 被引量:1
16
作者 董潇男 李文轲 +4 位作者 钱鑫 时娜 周洲 李光伟 陈燕燕 《中国循环杂志》 CSCD 北大核心 2018年第S01期14-14,共1页
目的:比较中国人群糖尿病和非糖尿病心血管并发症患者的甲基化修饰特点和差异。方法:本研究选取大庆糖尿病预防研究23年随访研究中的40例患者(糖尿病组:10例糖尿病合并心血管病vs 10例糖尿病无心血管病;非糖尿病组:10例血糖正常合并心... 目的:比较中国人群糖尿病和非糖尿病心血管并发症患者的甲基化修饰特点和差异。方法:本研究选取大庆糖尿病预防研究23年随访研究中的40例患者(糖尿病组:10例糖尿病合并心血管病vs 10例糖尿病无心血管病;非糖尿病组:10例血糖正常合并心血管病vs 10例血糖正常无心血管病),行外周血全DNA组甲基化芯片分析。 展开更多
关键词 糖尿病预防 随访研究 糖尿病人群 差异位点 甲基化分析 DNA 外周血
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水痘-带状疱疹病毒Oka株在人二倍体细胞株SV-1上的遗传稳定性及基因序列差异位点分析 被引量:1
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作者 孟凡红 于巍 +5 位作者 张嵬 杨利伟 何玉君 高强 黄金凤 尹卫东 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2015年第2期121-128,共8页
目的研究水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)Oka株在人二倍体细胞株SV-1上的遗传稳定性,并对不同代次毒株进行全基因测序及差异位点分析。方法将VZV Oka株在SV-1细胞株上连续传至48代,检测病毒滴度。对VZV Oka株33、35、3... 目的研究水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)Oka株在人二倍体细胞株SV-1上的遗传稳定性,并对不同代次毒株进行全基因测序及差异位点分析。方法将VZV Oka株在SV-1细胞株上连续传至48代,检测病毒滴度。对VZV Oka株33、35、38、39及48代病毒进行全基因测序,应用DNASTAR.Lasergene.v 7.1软件进行数据的拼接及序列分析。结果 VZV Oka株在SV-1细胞上连续传代获得的33~48代病毒滴度在4.000~4.625 lg CCID50/ml之间,病毒滴度的算数平均值为4.292 lg CCID50/ml;VZV Oka株基因组全长125 114 bp,GC含量46%;33、35、38、39、48代病毒的核苷酸序列同源性为99.99%,这5代病毒与标准疫苗株V-Oka的核苷酸序列同源性为99.96%;VZV Oka株在MRC-5、SV-1细胞上制备的38代病毒全基因序列有1个差异位点;本研究中的各代次病毒基因序列高度同源,与Varivax和Varilrix疫苗株、野毒株Dumas及亲本株p-Oka相比,与疫苗株V-Oka的同源性最高。结论 VZV Oka株在SV-1细胞上的适应性及遗传稳定性均良好。 展开更多
关键词 水痘-带状疱疹病毒Oka株 遗传稳定性 差异位点
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拆分网络分析22株蛹虫草亲缘关系及高产虫草素菌株初筛 被引量:4
18
作者 刘建兵 戚梦 +2 位作者 杜苑如 傅俊生 胡开辉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期133-138,共6页
对22株蛹虫草Cordyceps militaris的ITS序列进行分析,并基于拆分网络法splits networks,分析供试菌株的亲缘关系,再进一步比较供试菌株发酵产虫草素能力,筛选出高产虫草素菌株。结果表明,22株蛹虫草的ITS序列长度在518-539 bp之间,对位... 对22株蛹虫草Cordyceps militaris的ITS序列进行分析,并基于拆分网络法splits networks,分析供试菌株的亲缘关系,再进一步比较供试菌株发酵产虫草素能力,筛选出高产虫草素菌株。结果表明,22株蛹虫草的ITS序列长度在518-539 bp之间,对位排列后有39个差异位点,其中有12个简约信息位点,并且都发生在ITS1区;构建的拆分网络显示22株虫草聚为3个类群,每个类群因其特有的碱基替换而区别于其他菌株;22株蛹虫草发酵产虫草素性能差异很大,且虫草素主要存在于胞外液中,MF27的胞外液虫草素含量为332.74 mg/L,显著高于其它菌株(P<0.05)。本研究为研究蛹虫草菌株间的系统关系和种质资源管理提供了依据。 展开更多
关键词 蛹虫草 RDNA ITS序列 拆分网络 亲缘关系 差异位点 高效液相色谱
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三个远交系豚鼠微卫星遗传结构分析 被引量:1
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作者 刘迪文 谭海明 +1 位作者 陈雁虹 卫振 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2018年第11期81-88,共8页
目的评估我校培育的三个远交系豚鼠种群的微卫星遗传结构,筛选不同种群间呈现差异等位基因的微卫星位点,为今后豚鼠遗传育种及应用提供资料。方法使用45对引物通过PCR及电泳技术,对我校三个豚鼠种群的微卫星DNA进行扩增分析,计算各位点... 目的评估我校培育的三个远交系豚鼠种群的微卫星遗传结构,筛选不同种群间呈现差异等位基因的微卫星位点,为今后豚鼠遗传育种及应用提供资料。方法使用45对引物通过PCR及电泳技术,对我校三个豚鼠种群的微卫星DNA进行扩增分析,计算各位点等位基因多态性等参数,并筛选出种群间等位基因呈差异变化的微卫星位点。结果所有微卫星位点在豚鼠种群中呈多态性变化,各位点等位基因数2~7不等,平均位点基因数2.29,平均有效基因数1.74;平均期望杂合度为0.39,平均观测杂合度为0.21,多态信息含量的可信范围为0.0739~0.6443,平均PIC为0.32,68.9%的位点呈中度多态性;总Hardy-Weinberg平衡P值平均为0.1734,各种群均为P> 0.05,但对每个位点的基因平衡状态来讲,共有20个位点极显著偏离Hardy-Weinberg平衡,种群平均偏离指数D为-0.407;平均分化指数Fst为0.136,平均基因流Nm为5.835,还阐明了种群间的Nei遗传距离及遗传相似度。结论三个豚鼠种群遗传呈中度多态性变化,种群间平均遗传差异无显著性,遗传相似度较高。群体遗传偏离Hardy-Weinberg平衡较突出,出现严重的近交现象,群体处于中等遗传变异水平,但较高的基因流动阻止了遗传分化发生。分析这些问题的原因,主要是本群体繁殖数量偏小,种子选择范围不广泛等,今后在培育过程中要引起重视。本课题还筛选到与不同种群或毛色豚鼠相关的微卫星位点12个,种群特征性微卫星位点7个,可能用于性状基因定位。 展开更多
关键词 豚鼠 远交系 微卫星标记 遗传多态性 种群差异位点
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基于高斯混合模型的肿瘤纯度估计
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作者 闫占正 李玉双 《浙江大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期191-195,共5页
在癌症基因组学研究中,临床所得的肿瘤组织是由癌症和正常细胞组成的混合物,肿瘤不纯会对后续的数据分析产生严重影响。基于DNA甲基化的芯片数据,构造了一种简单的肿瘤纯度估计方法GmmPurify。首先借助公共正常样本,利用高斯混合模型定... 在癌症基因组学研究中,临床所得的肿瘤组织是由癌症和正常细胞组成的混合物,肿瘤不纯会对后续的数据分析产生严重影响。基于DNA甲基化的芯片数据,构造了一种简单的肿瘤纯度估计方法GmmPurify。首先借助公共正常样本,利用高斯混合模型定义了一个重要的统计量“信息贡献值”;然后筛选出具有高信息贡献值的DNA甲基化位点,构成差异甲基化位点集合;最后利用核密度方法估计肿瘤的纯度。将GmmPurify方法应用于9类肿瘤,得到的纯度估值与两类先进方法的结果高度一致。研究结果表明,在与肿瘤样本相匹配的正常样本缺失的情况下,借助公共正常样本,GmmPurify可以给出令人满意的肿瘤纯度估计。 展开更多
关键词 DNA甲基化 肿瘤纯度 高斯混合模型 信息贡献值 差异甲基化位点
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