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BOX-PCR技术在微生物多样性研究中的应用 被引量：23
1
作者 杨凤环 李正楠 +1 位作者 姬惜珠 冉隆贤 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期1282-1286,共5页
近年来在微生物多样性研究中,利用微生物基因组中广泛分布的短重复序列设计引物,选择性地扩增重复序列之间的不同基因区域,以得到大小不等的DNA扩增片段的方法日渐增多。以BOX插入因子(细菌基因组重复序列)为基础的PCR技术,具有操作简... 近年来在微生物多样性研究中,利用微生物基因组中广泛分布的短重复序列设计引物,选择性地扩增重复序列之间的不同基因区域,以得到大小不等的DNA扩增片段的方法日渐增多。以BOX插入因子(细菌基因组重复序列)为基础的PCR技术,具有操作简单快捷,可重复性强,容易获得较为丰富的扩增条带等特点,最初主要应用于细菌的多样性研究。目前研究发现用BoxA1R引物对微生物中的真菌、放线菌进行选择性的扩增,也能够达到很好的遗传及多样性分析的目的。本文综述了BOX-PCR指纹图谱分析技术的特点和一般步骤;结合作者对植物内生细菌的BOX-PCR指纹图谱分析体系的优化,对BOX-PCR技术的改进进行了总结;并对该技术在微生物菌株多样性研究领域的应用现状和前景进行了阐述。 展开更多
关键词 box-pcr 微生物 多样性研究
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BOX-PCR分子标记对补播紫花苜蓿共生根瘤菌田间竞争结瘤能力的研究 被引量：12
2
作者 肖猛 刘晓云 +4 位作者 刘桂霞 戴燕燕 郭振国 郭晓叶 魏爽 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2011年第1期187-191,共5页
本研究利用SX01、HB02两株根瘤菌菌株对山西右玉草地补植的紫花苜蓿中苜一号进行了田间接种试验。为了检验根瘤菌菌株的接种效果和筛选高效紫花苜蓿根瘤菌菌株,采用BOX-PCR分子标记方法对接种根瘤菌菌株的田间竞争结瘤能力进行了研究。... 本研究利用SX01、HB02两株根瘤菌菌株对山西右玉草地补植的紫花苜蓿中苜一号进行了田间接种试验。为了检验根瘤菌菌株的接种效果和筛选高效紫花苜蓿根瘤菌菌株,采用BOX-PCR分子标记方法对接种根瘤菌菌株的田间竞争结瘤能力进行了研究。通过对接种供试菌株及田间分离获得的根瘤菌菌株进行BOX-PCR及不同菌株之间的BOX分子指纹图谱比较,检测供试菌株的田间占瘤率。结果表明,紫花苜蓿接种供试菌株60 d后,SX01、HB02两株根瘤菌菌株的田间占瘤率分别达到46.7%,53.3%,说明这两株根瘤菌菌株均具有较强竞争结瘤能力,可以作为高效根瘤菌菌株进行田间推广应用;并阐明了BOX-PCR作为一种分子标记方法,可对根瘤菌菌株竞争结瘤能力进行研究。 展开更多
关键词 box-pcr 中苜一号 根瘤菌 占瘤率
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BOX-PCR技术在肺炎链球菌检测中应用 被引量：7
3
作者 胡晓彦 桂炳东 +3 位作者 王伶 胡龙华 贾坤如 章白苓 《实验与检验医学》 CAS 2010年第3期209-211,共3页
目的建立BOX-PCR方法 ,用于肺炎链球菌的检测和流行病学调查。方法用BOX-PCR技术扩增23株肺炎链球菌菌株,并应用50例临床标本检测,同时对方法的特异性、敏感性进行研究。结果对所测肺炎链球菌菌株均获得扩增产物,对其他非肺炎链球菌菌... 目的建立BOX-PCR方法 ,用于肺炎链球菌的检测和流行病学调查。方法用BOX-PCR技术扩增23株肺炎链球菌菌株,并应用50例临床标本检测,同时对方法的特异性、敏感性进行研究。结果对所测肺炎链球菌菌株均获得扩增产物,对其他非肺炎链球菌菌属无交叉反应,其检测敏感性可达101cfu/ml,50例临床标本BOX-PCR方法有9例检测出肺炎链球菌阳性(18.0%),而培养法阳性4例(8.0%)。结论 BOX-PCR方法能快速、特异、灵敏地检测肺炎链球菌和进行流行病学调查。 展开更多
关键词 肺炎链球菌 box-pcr
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云南省南苜蓿和天蓝苜蓿根瘤菌BOX-PCR分析 被引量：3
4
作者 张斌 李乔仙 刘晓云 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第12期5395-5397,共3页
[目的]进行南苜蓿和天蓝苜蓿根瘤菌的BOX-PCR分析,为苜蓿高效固氮根瘤菌的筛选和接种剂的研究提供理论依据。[方法]采用boxA1R单引物对90株根瘤菌供试菌株及5株标准菌株进行BOX-PCR分析,并进行聚类分析。[结果]经过扩增得到了较多的条带... [目的]进行南苜蓿和天蓝苜蓿根瘤菌的BOX-PCR分析,为苜蓿高效固氮根瘤菌的筛选和接种剂的研究提供理论依据。[方法]采用boxA1R单引物对90株根瘤菌供试菌株及5株标准菌株进行BOX-PCR分析,并进行聚类分析。[结果]经过扩增得到了较多的条带,90株供试菌株共有31种BOX图谱类型。聚类分析结果显示,所有菌株在40%相似性水平上聚为一群;而在69%的相似性水平上,供试菌株可细分为7个遗传群,群1的菌株全部分离自云南省江川县路居镇天蓝苜蓿的根瘤,群3内的菌株都分离自德宏州盈江县的南苜蓿根瘤,并与标准菌株Enisfer melilotiUSDA1002T聚在一群,在群4、5、6中,除SWF67340的宿主为南苜蓿外,其他菌株的宿主都为天蓝苜蓿,群7中,除SWF66320、SWF67343、SWF65116和SWF673704株菌的宿主为天蓝苜蓿外,其余菌株的宿主都为南苜蓿。[结论]供试菌株具有丰富的遗传多样性,BOX-PCR能够区分它们之间的差异;大多数菌株按宿主及采集地聚群,但也有交叉。 展开更多
关键词 根瘤菌 box-pcr 苜蓿 南苜蓿 天蓝苜蓿
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基于ITS序列和BOX-PCR鉴定广叶绣球菌菌株 被引量：3
5
作者 杨驰 林衍铨 +2 位作者 马璐 江晓凌 应正河 《中国食用菌》 2016年第5期37-39,共3页
广叶绣球菌(Sparassis latifolia)是一种药食兼用的大型真菌,2010年福建省率先实现绣球菌工厂化栽培,并建立了国内第一个绣球菌产业化生产基地,形成绣球菌"科研-基地-示范-销售"的产业化体系。据文献报道,东亚地区有3个绣球菌... 广叶绣球菌(Sparassis latifolia)是一种药食兼用的大型真菌,2010年福建省率先实现绣球菌工厂化栽培,并建立了国内第一个绣球菌产业化生产基地,形成绣球菌"科研-基地-示范-销售"的产业化体系。据文献报道,东亚地区有3个绣球菌种,但是生产中所应用的菌株,目前并不清楚其种类。利用ITS序列分析了目前广泛使用的5个菌株[SP-A、SP-B、SP-C(闽绣1号)、SP-D、80458],发现其均属于广叶绣球菌,并利用BOXPCR技术分析这5个菌株的差异,发现菌株80458与其他4个菌株相比差异很大。 展开更多
关键词 广叶绣球菌 ITS序列 box-pcr
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BOX-PCR技术在细菌遗传多样性研究中的应用
6
作者 李书光 赵蕾 +4 位作者 张娜 王金良 陈金龙 苗立中 沈志强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第8期228-230,共3页
以BOX片段(细菌基因组重复序列)为基础的原核生物DNA指纹图谱技术,具有操作简单快捷,可重复性强,容易获得较为丰富的扩增条带等特点。作者综述了BOX-PCR指纹图谱分析技术的特点和一般步骤,并对该技术在细菌菌株遗传多样性研究领域的应... 以BOX片段(细菌基因组重复序列)为基础的原核生物DNA指纹图谱技术,具有操作简单快捷,可重复性强,容易获得较为丰富的扩增条带等特点。作者综述了BOX-PCR指纹图谱分析技术的特点和一般步骤,并对该技术在细菌菌株遗传多样性研究领域的应用现状和前景进行了阐述。 展开更多
关键词 box-pcr 细菌 多样性研究
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流沙河流域土壤自生固氮菌数值分类及BOX-PCR研究 被引量：14
7
作者 陈晓琴 陈强 +3 位作者 张世熔 赵芯 赵珂 吴翔 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第B09期528-532,共5页
对分离自流沙河流域不同海拔高度土壤中的53株自生固氮菌,进行了数值分类及BOX-PCR分析。数值分析结果表明,供试菌株在碳、氮源的利用及抗逆性能等方面存在明显差异,表现出丰富的表型多样性,在82.6%相似水平处,所有供试菌株被分成17个... 对分离自流沙河流域不同海拔高度土壤中的53株自生固氮菌,进行了数值分类及BOX-PCR分析。数值分析结果表明,供试菌株在碳、氮源的利用及抗逆性能等方面存在明显差异,表现出丰富的表型多样性,在82.6%相似水平处,所有供试菌株被分成17个表观群,其中第5和第12表观群最大,分别由9个和14个菌株组成,表明它们是该区域的优势自生固氮菌;BOX-PCR较好地揭示了不同菌株间的差异,供试菌株被划分成10个不同的遗传类群,聚群结果与数值分类有较好的一致性。 展开更多
关键词 自生固氮菌 数值分类 BOX—PCR
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两株海洋细菌新种的分离及BOX-PCR鉴定 被引量：1
8
作者 朱凤玲 曲凌云 +1 位作者 洪旭光 孙修勤 《海洋环境科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期622-625,共4页
对即墨海参养殖池及即墨盐场的底泥样本进行微生物的可培养研究,获得的两株细菌DQHS13与YCSA40,其与亲缘关系最近的模式菌株Marinobacter zhejiangensis及M.segnicrescens的16S rDNA序列相关性分别为98.789%和96.963%,初步判定为海杆菌... 对即墨海参养殖池及即墨盐场的底泥样本进行微生物的可培养研究,获得的两株细菌DQHS13与YCSA40,其与亲缘关系最近的模式菌株Marinobacter zhejiangensis及M.segnicrescens的16S rDNA序列相关性分别为98.789%和96.963%,初步判定为海杆菌属(Marinobacter)的新种。采用BOX-PCR技术分别对这些菌株与其亲缘关系最近的模式菌株进行比较,证实了它们与模式菌株之间DNA指纹图谱存在差异,为下一步的研究提供了一定帮助。 展开更多
关键词 box-pcr 海杆菌新种 鉴定
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湖光岩玛珥湖可培养浮游细菌的BOX-PCR图谱及生物多样性分析 被引量：4
9
作者 纪建达 吴灶和 +3 位作者 曾永辉 董亭亭 鲁义善 简纪常 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期988-999,共12页
玛珥湖是一类具有独特地质构造特征的火山口湖泊,目前国内外对玛珥湖内微生物多样性的研究还鲜有报道。为了解具有典型玛珥特征的湖光岩湖泊中可培养浮游细菌的种群资源特征,采用盒式PCR(BOX-PCR)筛选技术,通过通用贫营养和原位湖水培... 玛珥湖是一类具有独特地质构造特征的火山口湖泊,目前国内外对玛珥湖内微生物多样性的研究还鲜有报道。为了解具有典型玛珥特征的湖光岩湖泊中可培养浮游细菌的种群资源特征,采用盒式PCR(BOX-PCR)筛选技术,通过通用贫营养和原位湖水培养基研究在冬夏两季各水层内获得的可培养细菌种群的差异。结果表明:不同培养基在不同水层上表现的细菌数量的变化相一致,为夏季的5 m>1 m>13 m,冬季的1 m>5 m>13 m,变形菌占据优势地位,其它为放线菌、厚壁菌和拟杆菌;两类培养基上所获培养菌BOX-PCR图谱的多样性相似,但菌群结构不同;而细菌多样性在季节上的变化表现为冬季高于夏季,这与相关湖泊内细菌微生物多样性在夏季会发生减少的特点相似;相同季节同一水层上不同培养基上获得的培养菌门类不同,表明此类通用性培养基在培养该环境微生物中的局限。研究的结果为探讨此类型湖泊微生物多样性与环境的关系及分离该环境下特定微生物菌株提供参考。 展开更多
关键词 湖光岩 玛珥湖 细菌多样性 可培养性 box-pcr
原文传递
中国主要稻区稻曲病菌的生物学特性及群体遗传多样性 被引量：20
10
作者 王文斌 张荣胜 +4 位作者 罗楚平 尹小乐 刘永锋 陆凡 陈志谊 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第14期2762-2773,共12页
【目的】明确采自中国10个水稻主产省份111个稻曲病菌(Ustilaginoidea virens)菌株的生物学特性、群体遗传多样性与地理区域的关系。【方法】采用生物学方法测定111个稻曲病菌菌株的产孢能力、生长速率和致病力,并采用SPSS 20.0软件对... 【目的】明确采自中国10个水稻主产省份111个稻曲病菌(Ustilaginoidea virens)菌株的生物学特性、群体遗传多样性与地理区域的关系。【方法】采用生物学方法测定111个稻曲病菌菌株的产孢能力、生长速率和致病力,并采用SPSS 20.0软件对稻曲病菌菌株的产孢能力、菌丝生长速率及致病力进行相关性分析。提取111个稻曲病菌基因组DNA,采用3对特异性引物BOX、REP、ERIC对稻曲病菌菌株的全基因组DNA进行PCR扩增,通过聚类分析对其群体遗传多样性进行研究。【结果】111个稻曲病菌菌株的致病力与产孢量的Pearson相关系数为0.765,显著性概率为0.001;致病力与生长速率的Pearson相关系数为0.035,显著性概率为0.685。采用3对特异性引物BOX、ERIC、REP对稻曲病菌菌株的全基因组DNA进行了PCR扩增,群体遗传多样性值分别为0.73、0.62和0.60。111个稻曲病菌菌株的DNA用BOX引物分别扩增出7—13条不等的带谱,DNA指纹相似性在0.70相似水平上,供试菌株被划分为6种基因类群,其中第1类群为优势类型,有57个菌株,占总数的51.4%;来自安徽、四川、广西、湖北和云南的菌株主要划分在类群1和4,第2类群主要是来自江苏的菌株,有18个菌株,占总数的16.2%;第3类群是来自浙江的菌株,有8个菌株,占总数的7.2%;第5类群是来自黑龙江的菌株,有9个菌株,占总数的8.1%,第6类群是来自辽宁的菌株,有12个菌株,占总数的10.8%。稻曲病菌基因类群与地理区域之间有一定的相关性,与致病力、生长速率和产孢量之间没有相关性。【结论】来自中国10个省份的111个稻曲病菌菌株的致病力与产孢量之间具有显著相关性,相关程度为中等;致病力与菌丝的生长速率没有相关性。根据BOX-PCR扩增的稻曲病菌菌株基因组DNA指纹图谱的多态性进行划分的基因类群与地理区域之间显著相关,推测稻曲病菌属于局域性传播;基因类群与生物学特性之间没有相关性。 展开更多
关键词 稻曲病菌 生物学特性 地理区域 box-pcr 群体遗传多样性
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植物叶片内生放线菌的分离、分类与拮抗活性 被引量：15
11
作者 古强 刘宁 +3 位作者 邱旦恒 刘志恒 黄英 何亮 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期778-782,共5页
以四川采集的芍药和北京采集的三叶草的叶片为材料,经表面消毒程序后,分离出内生放线菌15株。通过表观特征比较和BOX-PCR基因指纹图谱分析的方法,将分离出的放线菌归并于12个不同的基因型,其中6个来自芍药,6个来自三叶草。结合16S rRNA... 以四川采集的芍药和北京采集的三叶草的叶片为材料,经表面消毒程序后,分离出内生放线菌15株。通过表观特征比较和BOX-PCR基因指纹图谱分析的方法,将分离出的放线菌归并于12个不同的基因型,其中6个来自芍药,6个来自三叶草。结合16S rRNA基因序列分析可知,分离菌株除C4、C5属于假诺卡氏菌外,其余的13株都是链霉菌;菌株C12与最近模式种的16S rRNA基因序列相似性较低,为96.6%。对分离菌株的抗菌活性实验表明,有11株在一个或一个以上的测试中呈阳性;其中6株对植物致病菌立枯丝核菌有明显抗性,占阳性菌株的55%。 展开更多
关键词 内生放线菌 分离 box-pcr 分类 拮抗活性
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广东某农村塘坝饮用水污染的微生物溯源 被引量：8
12
作者 冯广达 邓名荣 +4 位作者 郭俊 朱红惠 羊宋贞 梁浩亮 朱昌雄 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第1期96-104,共9页
以大肠杆菌为指示微生物,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、肠杆菌间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)和BOX插入因子PCR(BOX-PCR)3种分子分型方法对广东省某典型农村塘坝饮用水污染来源进行了追踪研究,利用软件Quantity One进行分析.结果表明,浅层... 以大肠杆菌为指示微生物,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、肠杆菌间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)和BOX插入因子PCR(BOX-PCR)3种分子分型方法对广东省某典型农村塘坝饮用水污染来源进行了追踪研究,利用软件Quantity One进行分析.结果表明,浅层井水与其近处的池塘水存在大肠杆菌的克隆现象,两者可能存在着共同的污染传播载体,或是浅层井水受到了池塘水的污染.3种方法的分型能力从强到弱依次为PFGE、BOX-PCR、ERIC-PCR.其中,BOX-PCR最宜在水体污染的微生物溯源中应用.鉴于分离培养的溯源方法存在的缺陷,应加强与非培养微生物溯源相结合进行分析以使结果更加准确. 展开更多
关键词 微生物溯源 大肠杆菌 PFGE ERIC-PCR box-pcr
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陕西省猕猴桃细菌性溃疡病菌(Pseudomonas syringae pv.actinidiae)Rep-PCR的遗传多样性分析 被引量：12
13
作者 高小宁 郑州 +2 位作者 赵志博 秦虎强 黄丽丽 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期340-349,共10页
【目的】由丁香假单胞猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)引起的溃疡病是猕猴桃生产中最具毁灭性的病害,明确病菌的群体遗传特性将对了解病害发生规律和防治策略的制定具有重要理论意义。【方法】采用ERIC-PCR(ent... 【目的】由丁香假单胞猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)引起的溃疡病是猕猴桃生产中最具毁灭性的病害,明确病菌的群体遗传特性将对了解病害发生规律和防治策略的制定具有重要理论意义。【方法】采用ERIC-PCR(enterobacterial repetitive inter-genic consensus)和BOX-PCR指纹技术分析了陕西省猕猴桃主要栽培区Psa的遗传特性。【结果】ERIC-PCR聚类结果显示,相似系数为0.626时,72个Psa菌株被分为6个类群,其中供试菌株中的75.7%属于第Ⅱ类群,且菌株无明显的采集地和寄主品种的聚类。BOX-PCR指纹聚类分析可将86个Psa菌株分为8个类群(相似系数为0.668),其中第Ⅰ类群菌株数量最多,占供试菌株数量的69.8%,其地理来源为眉县、周至、杨凌及其全部的意大利供试菌株,其中来源眉县的81.6%的菌株都聚集在该类群;菌株未表现出明显的寄主品种类群。【结论】陕西省猕猴桃溃疡病菌基因组存在丰富的遗传多样性;ERIC-PCR和BOX-PCR多态性分析技术可为我国Psa基因多样性的研究提供一个有效途径。 展开更多
关键词 猕猴桃细菌性溃疡病菌 ERIC-PCR box-pcr 遗传多样性
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大豆根瘤菌接种效应及竞争结瘤能力分析 被引量：14
14
作者 王金生 丁宁 +2 位作者 吴俊江 刘庆莉 张鑫 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期761-767,共7页
为了筛选获得竞争结瘤能力强且对大豆生长发育、产量有积极影响的大豆根瘤菌菌株,以前期分离、鉴定、纯化的10株根瘤菌菌株为材料,对高匹配性大豆品种进行了田间接种试验。于大豆盛花期测定根瘤菌的结瘤数量及固氮酶性能。同时,对接种... 为了筛选获得竞争结瘤能力强且对大豆生长发育、产量有积极影响的大豆根瘤菌菌株,以前期分离、鉴定、纯化的10株根瘤菌菌株为材料,对高匹配性大豆品种进行了田间接种试验。于大豆盛花期测定根瘤菌的结瘤数量及固氮酶性能。同时,对接种供试菌株及分离获得的根瘤菌菌株进行BOX-PCR并比较不同菌株之间的BOX分子指纹图谱,以此获得供试菌株的田间占瘤率。于成熟期测定大豆的主要生育特征、产量构成因子。结果表明:大豆接种根瘤菌后在整个生长期,叶片表现为颜色深绿,质地鲜嫩;根瘤菌可以显著促进大豆根系结瘤,增加单株根瘤数目。接种处理I4(即接种菌株112-1)的单株根瘤数最多,比不接种对照处理I0多32.95%,差异显著。接种根瘤菌处理的根瘤干重均显著低于不接种对照处理。其中,接种处理I4的根瘤干重最高。接种处理I6的固氮酶活性最高,与接种处理I4之间差异不显著;接种菌株的占瘤率为10%~90%,占瘤率变化幅度较大,平均占瘤率为50%。I4处理占瘤率最高为90%,I6处理(即接种菌株113-1)的占瘤率次之,为75%;菌株占瘤率与单株根瘤数呈极显著的正相关(r=0.82**),单株瘤干重与菌株占瘤率、单株根瘤数、固氮酶活性均呈现负相关(r=-0.387,r=-0.50,r=-0.13);I6处理株高最高,I4处理次之,两处理之间差异并不显著;I2、I4、I6处理的单株荚数、单株粒数相对较高,3处理之间差异并不显著;I4处理的大豆百粒重均显著高于其它菌液处理。根据接种根瘤菌对大豆结瘤固氮性能、产量等方面的影响,结合各根瘤菌株的竞争结瘤能力,筛选获得适于黑龙江哈尔滨地区大豆生产有广阔利用价值的高效大豆根瘤菌株112-1和113-1。 展开更多
关键词 大豆根瘤菌 竞争结瘤 box-pcr
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辽宁营口地区锦鸡儿与树锦鸡儿根瘤菌遗传多样性研究 被引量：4
15
作者 严雪瑞 陈文峰 +3 位作者 陈文新 傅俊范 周如军 隋新华 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期44-48,共5页
对锦鸡儿与树锦鸡儿根瘤菌进行研究,以了解其系统发育地位及遗传多样性。通过分离、纯化、回接结瘤测定共获得了31株待测菌,并采用16S rDNA PCR RFLP及BOX-PCR等方法对这些菌进行了研究。结果表明,31株待测菌的系统发育地位全部源于中... 对锦鸡儿与树锦鸡儿根瘤菌进行研究,以了解其系统发育地位及遗传多样性。通过分离、纯化、回接结瘤测定共获得了31株待测菌,并采用16S rDNA PCR RFLP及BOX-PCR等方法对这些菌进行了研究。结果表明,31株待测菌的系统发育地位全部源于中间根瘤菌属(Mesorhizobium spp.),并产生5种不同的rDNA图谱组合。BOX-PCR研究中,待测菌株呈现出较高的多样性,在80%相似性水平上,将待测菌归于17个不同的类型当中。 展开更多
关键词 锦鸡儿 树锦鸡儿 根瘤菌 遗传多样性 16SrDNA PCR RFLP box-pcr
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药用植物内生芽孢杆菌的多样性和系统发育研究 被引量：10
16
作者 陈兰 张小平 Kristina Lindstrom 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期432-438,共7页
【目的】了解药用植物内生芽孢杆菌的生物多样性。【方法】采用数值分类、16S rDNA PCR-RFLP、BOX-PCR指纹图谱和16S rDNA序列分析技术对分离于几种药用植物的内生芽孢杆菌和已知参比菌株进行表型、遗传多样性及系统发育研究。【结果】... 【目的】了解药用植物内生芽孢杆菌的生物多样性。【方法】采用数值分类、16S rDNA PCR-RFLP、BOX-PCR指纹图谱和16S rDNA序列分析技术对分离于几种药用植物的内生芽孢杆菌和已知参比菌株进行表型、遗传多样性及系统发育研究。【结果】供试菌株在数值分类聚类分析中在84%的相似水平上产生13个表观群。16S rDNA PCR-RFLP分析表明供试菌株表现出丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明药用植物的内生芽孢杆菌的基因组也具有多样性,聚群的结果与数值分类有较好一致性。用软件在Genbank中进行所得序列的同源性检索,并构建系统发育树。由16S rDNA序列分析可知,供试的代表菌株SCAU11与球形芽孢杆菌(Bacillus sphaericus)亲缘关系最近,SCAU78和SCAU25为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的两个亚种,代表菌株SCAU39与巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)的亲缘关系最近。【结论】研究结果表明药用植物内生芽孢杆菌具有明显的表型和遗传多样性。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 多样性 数值分类 16S DNA PCR-RFLP box-pcr指纹图谱 系统发育
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生姜内生溶磷细菌遗传多样性及溶解Al-P和Fe-P能力研究 被引量：2
17
作者 张雨 刘汉军 +6 位作者 陈章 谭渊 陈翠平 唐雪 徐朝花 杨玉国 陈强 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第2期591-596,共6页
开展生姜内生溶磷细菌的遗传多样性及溶磷能力研究,有助于获得新的溶磷微生物,促进土壤磷素转化。本文从采自重庆、四川雅安和眉山及贵阳等地生姜样品中分离得到32株内生溶磷细菌,采用BOX-PCR对其遗传多样性进行分析,进而研究供试菌株溶... 开展生姜内生溶磷细菌的遗传多样性及溶磷能力研究,有助于获得新的溶磷微生物,促进土壤磷素转化。本文从采自重庆、四川雅安和眉山及贵阳等地生姜样品中分离得到32株内生溶磷细菌,采用BOX-PCR对其遗传多样性进行分析,进而研究供试菌株溶解Al-P和Fe-P的能力。BOX-PCR分析表明,供试菌株具有丰富的遗传带谱,聚类分析中,供试菌株在55%聚为一群;在70%的相似水平处,供试菌株分为6个BOX遗传群。在添加2 g/L Al-P和1 g/L Fe-P的液体培养基中,供试菌株溶解Fe-P能力高于溶解Al-P,有效磷含量分别为1.14-9.95和2.98-55.42μg/m L。其中,QW40溶磷效果最好,发酵液有效磷含量分别为9.95和55.42μg/m L。供试菌株对Al-P和Fe-P溶磷量与发酵液的p H值呈显著负相关关系。 展开更多
关键词 生姜 box-pcr 内生细菌 溶磷特性 遗传多样性
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甲状腺癌血浆循环DNA中SOX17基因甲基化与患者病情及预后的关系
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作者 晁祥嵩 孙佳斌 赵长海 《河北医学》 CAS 2024年第10期1695-1700,共6页
目的:探讨乳头状甲状腺癌(PTC)血浆循环DNA中Y染色体相关高迁移率族盒17(SOX17)基因甲基化与患者病情及预后的关系。方法:收集2022年6月至2023年12月在本院接受手术切除的152例PTC患者的甲状腺癌样本和术前血液标本。通过甲基化特异性PC... 目的:探讨乳头状甲状腺癌(PTC)血浆循环DNA中Y染色体相关高迁移率族盒17(SOX17)基因甲基化与患者病情及预后的关系。方法:收集2022年6月至2023年12月在本院接受手术切除的152例PTC患者的甲状腺癌样本和术前血液标本。通过甲基化特异性PCR(MSP)检测PTC组织和血浆循环DNA中SOX17启动子甲基化。结果:MSP检测结果显示,152例PTC组织中有71例SOX17甲基化(46.7%),血浆循环DNA中有76例SOX17甲基化(50.0%)。Spearman相关分析结果显示,血浆循环DNA中SOX17甲基化与PTC组织中SOX17甲基化显著相关(r=0.382,P<0.001)。在PTC组织和血浆循环DNA中,SOX17甲基化与肿瘤分期Ⅱ~Ⅲ期、肿瘤大小≥2cm、LNM例数显著相关(P<0.05)。此外,血浆循环DNA中SOX17甲基化与ETE发生显著相关(P<0.05)。血浆循环DNA中SOX17甲基化(OR=9.564、2.744,95%CI=3.875~23.602、1.109~6.792)是PTC患者发生淋巴结转移(LNM)、甲状腺外侵犯(ETE)的独立影响因素(P<0.05)。血浆循环DNA中SOX17甲基化在预测LNM和ETE的能力较高,曲线下面积(AUC)为0.731、0.630(灵敏度为74.0%、65.6%,特异度为72.2%、60.4%);PTC组织SOX17甲基化预测LNM和ETE的能力较低,曲线下面积(AUC)为0.604、0.562(灵敏度为57.5%、54.1%,特异度为63.3%、58.2%)。结论:在PTC发生、发展过程中,肿瘤组织及血浆DNA中SOX17基因启动子甲基化具有高度一致性,并且血浆DNA中SOX17基因启动子甲基化预测LNM和ETE的能力较高。 展开更多
关键词 乳头状甲状腺癌 Y染色体相关高迁移率族盒17 血浆 甲基化特异性PCR
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红鳍东方鲀源哈维弧菌毒力基因检测及分型研究 被引量：4
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作者 王力 张吉鹏 +4 位作者 刘美如 叶仕根 黎睿君 李华 李强 《现代农业科技》 2018年第2期237-239,242,共4页
为探明红鳍东方鲀源哈维弧菌所携带毒力基因的种类对致病性的影响,以从辽宁地区患病红鳍东方鲀中分离得到的24株哈维弧菌为材料,根据GenBank公布的基因序列,设计合成引物,采用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)对7种毒力基... 为探明红鳍东方鲀源哈维弧菌所携带毒力基因的种类对致病性的影响,以从辽宁地区患病红鳍东方鲀中分离得到的24株哈维弧菌为材料,根据GenBank公布的基因序列,设计合成引物,采用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)对7种毒力基因flaB、flaC、toxS、zot、tcpA、tdh和tlh进行检测。结果表明,24株哈维弧菌中均检测出鞭毛蛋白flaB基因和flaC基因,其余5种基因均未检测到。同时对24株哈维弧菌进行了BOX-PCR扩增,结果将其分为4种基因型,记为A1-A4型。 展开更多
关键词 红鳍东方鲀 哈维弧菌 毒力基因 box-pcr
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利用原生质体融合构建竞争结瘤能力强且耐酸性固氮菌
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作者 王金生 王君 +4 位作者 吴俊江 刘庆莉 王树林 张鑫 魏岚岚 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期923-927,942,共6页
为获得固氮、竞争结瘤能力强且耐酸的功能菌株,促进新型多功能微生物肥料的研究与开发,以前期分离、鉴定获得的竞争结瘤能力强的大豆根瘤菌菌株YA-1和耐酸性菌株BQ-2为材料,按照功能互补的原则进行原生质体融合,针对融合子采用全氮比色... 为获得固氮、竞争结瘤能力强且耐酸的功能菌株,促进新型多功能微生物肥料的研究与开发,以前期分离、鉴定获得的竞争结瘤能力强的大豆根瘤菌菌株YA-1和耐酸性菌株BQ-2为材料,按照功能互补的原则进行原生质体融合,针对融合子采用全氮比色法测定其固氮能力,利用BOX-PCR生物学技术评价其竞争结瘤能力,以GGE双标图的数学模型绘制出融合子和p H环境图标,进行融合子耐酸性状和稳定性的评价分析。结果表明:两供试菌株原生质体易于融合,连续传代10次后,共获得稳定融合子5株。固氮活性测定结果显示融合子YB-3生物固氮量最高,较出发菌株YA-1和BQ-2有显著的提高;融合子在竞争结瘤能力方面对两出发菌株进行了平衡,接种融合子YB-3菌株图谱与结瘤菌株图谱一致性较高,其占瘤率最高为95%,菌株竞争结瘤能力强于土著根瘤菌。GGE双标图分析结果表明,菌株耐酸性顺序为YB-2> YB-3> BQ-2> YB-4> YA-1> YB-5> YB-1,稳定性顺序为YB-5> YB-3> YB-1> YA-1> YB-2> YB-4> BQ-2,耐酸性强且稳定性较好的融合子菌株为YB-3。综合比较而言,获得了一株表现出双亲优良性状的集高固氮、竞争结瘤能力强且耐酸性的新型固氮菌YB-3。 展开更多
关键词 根瘤菌 原生质体融合 box-pcr GGE-Biplot
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