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Identification of long InDels through whole genome resequencing to fine map qIF05-1 for seed isoflavone content in soybean(Glycine max L. Merr.)
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作者 Jia Jia Huan Wang +5 位作者 ximeng yang Bo Chen Ruqian Wei Qibin Ma Yanbo Cheng Hai Nian 《Journal of Integrative Agriculture》 2025年第1期85-100,共16页
Soybean seed isoflavones are a type of secondary metabolites that can provide health and nutrition benefits for humans. In our previous study, a stable quantitative trait locus(QTL) qIF05-1 controlling the seed isofla... Soybean seed isoflavones are a type of secondary metabolites that can provide health and nutrition benefits for humans. In our previous study, a stable quantitative trait locus(QTL) qIF05-1 controlling the seed isoflavone content in soybean was detected on chromosome(Chr.) 05 in a recombinant inbred line(RIL) population from a cross of Huachun 2×Wayao. In this study, the parental lines were re-sequenced using the Illumina Solexa System with deep coverage. A total of 63,099 polymorphic long insertions and deletions(InDels)(≥15 bp)were identified between the parents Huachun 2 and Wayao. The InDels were unevenly distributed on 20chromosomes of soybean, varying from 1,826 in Chr. 12 to 4,544 in Chr. 18. A total of 10,002 long InDels(15.85% of total) were located in genic regions, including 1,139 large-effect long InDels which resulted in truncated or elongated protein sequences. In the qIF05-1 region, 68 long InDels were detected between the two parents. Using a progeny recombination experiment and genotype analysis, the qIF05-1 locus was mapped into a 102.2 kb genomic region, and this region contained 12 genes. By RNA-seq data analysis, genome sequence comparison and functional validation through ectopic expression in Arabidopsis thaliana, Glyma.05G208300(described as GmEGL3), which is a basic helix-loop-helix(bHLH) transcription factor in plants, emerged as the most likely confirmed gene in qIF05-1. These long InDels can be used as a type of complementary genetic method for QTL fine mapping, and they can facilitate genetic studies and molecular-assisted selection breeding in soybean. 展开更多
关键词 SOYBEAN seed isoflavone content whole genome re-sequencing long InDels fine map
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是否留置术区引流管对颈动脉内膜切除术围手术期安全性的影响
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作者 张顺 杨希孟 +2 位作者 陆军 王海峰 张东 《中华脑血管病杂志(电子版)》 2024年第3期210-214,共5页
目的分析颈动脉内膜切除术(CEA)后是否留置引流管对围手术期安全性的影响。方法回顾性分析北京医院神经外科2019年2月至2024年2月行CEA手术患者的临床资料。根据术后是否留置术区引流管将其分为无引流组及引流组。应用t检验及χ^(2)检... 目的分析颈动脉内膜切除术(CEA)后是否留置引流管对围手术期安全性的影响。方法回顾性分析北京医院神经外科2019年2月至2024年2月行CEA手术患者的临床资料。根据术后是否留置术区引流管将其分为无引流组及引流组。应用t检验及χ^(2)检验比较2组之间手术后住院时间、术后血肿发生率、需手术干预血肿发生率、围手术期死亡率以及切口感染、急性心肌梗死、手术相关脑梗死、颅神经损伤、手术相关脑出血等围手术期并发症的发生率。结果无引流组患者66例,行CEA手术73次;引流组患者66例,行CEA手术68次。无引流组与引流组术后血肿发生率、需手术干预血肿发生率、围手术期死亡率以及其他围手术期并发症发生率比较,差异均无统计学意义(P均>0.05),无引流组病例术后出院时间较引流组患者缩短[(4.48±2.49)d vs(5.67±3.42)d],差异具有统计学意义(t=-2.272,P=0.025)。结论无引流CEA手术围手术期并发症发生率与留置引流管CEA手术无显著差异,同时术后不留置引流管可以缩短患者术后住院时间。 展开更多
关键词 颈动脉内膜切除术 颈动脉狭窄 引流管 围手术期 并发症
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应用脑膜中动脉栓塞术治疗慢性硬脑膜下血肿的临床观察
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作者 陈鲲鹏 陆军 +6 位作者 祁鹏 王俊杰 胡深 杨希孟 邓颖 裴傲 王大明 《中华脑血管病杂志(电子版)》 2024年第3期236-242,共7页
目的观察应用脑膜中动脉(MMA)栓塞术治疗慢性硬脑膜下血肿(cSDH)的临床疗效,并探讨cSDH患者可单纯应用MMA栓塞治疗成功的影响因素。方法回顾性连续纳入北京医院神经外科2021年7月至2023年11月间应用MMA栓塞治疗的33例cSDH患者,收集患者... 目的观察应用脑膜中动脉(MMA)栓塞术治疗慢性硬脑膜下血肿(cSDH)的临床疗效,并探讨cSDH患者可单纯应用MMA栓塞治疗成功的影响因素。方法回顾性连续纳入北京医院神经外科2021年7月至2023年11月间应用MMA栓塞治疗的33例cSDH患者,收集患者的人口学、临床和影像学资料,观察手术疗效及围手术期并发症情况,并进行临床和影像随访。根据是否联合应用钻孔引流术将患者分为单纯栓塞组和联合钻孔引流组,采用单因素分析(Fisher精确概率检验、t检验或Mann-Whitney U检验)进行组间上述资料的差异性比较,并应用多因素Logistic回归分析可单纯应用MMA栓塞治疗获得成功的影响因素。结果共33例患者43侧cSDH,22例患者单纯行MMA栓塞治疗成功,11例联合应用钻孔引流术。所有患者均取得技术上成功,1例患者术后发生面瘫,并发症发生率为3.0%(1/33)。共29例患者获得术后至少2周影像学随访,影像随访时间92.0(52.5,161.0)d,26例(89.7%)末次影像随访时cSDH最大血肿厚度较术前减少50%以上。33例患者临床随访时间为(304.9±190.5)d,93.9%(31/33)的患者神经功能较术前稳定或好转,无病例血肿复发。与联合钻孔引流组相比,单纯栓塞组患者年龄更小[(71.9±9.7)岁vs(81.4±9.9)岁,t=2.620,P=0.013],术前改良Rankin量表评分更低[2(1,3)分vs 4(2,4)分,Z=2.471,P=0.017],术前中线移位程度更轻[4.5(1.5,6.0)mm vs 8.0(7.0,9.0)mm,Z=3.618,P<0.001]。多因素Logistic回归分析结果显示,年龄较小(OR=0.63,95%CI:0.41~0.97,P=0.038)和术前中线移位程度较轻(OR=0.07,95%CI:0.01~0.72,P=0.026)是单纯MMA栓塞治疗成功的独立预测因素。结论初步观察显示,应用MMA栓塞治疗cSDH是安全有效的,并可作为首要治疗方式。年龄较小和中线移位程度较轻是cSDH患者可单纯应用MMA栓塞治疗成功的独立预测因素。 展开更多
关键词 慢性硬脑膜下血肿 脑膜中动脉 栓塞 血管内治疗
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四维CT血管造影-CT灌注成像评价烟雾病及烟雾综合征侧支循环及其与脑血流动力学关系的研究 被引量:2
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作者 逯瑶 李玲 +5 位作者 曹若瑶 何祎 王艳华 杨希孟 刘慧菁 陈涓 《中华放射学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期252-258,共7页
目的探讨四维CT血管造影(4D CTA)-CT灌注(CTP)成像评价烟雾病及烟雾综合征患者侧支循环分级的价值及其与脑血流动力学的关系。方法回顾性分析2017年1月至2022年1月北京医院确诊为烟雾病及烟雾综合征的32例患者临床及影像资料。所有患者... 目的探讨四维CT血管造影(4D CTA)-CT灌注(CTP)成像评价烟雾病及烟雾综合征患者侧支循环分级的价值及其与脑血流动力学的关系。方法回顾性分析2017年1月至2022年1月北京医院确诊为烟雾病及烟雾综合征的32例患者临床及影像资料。所有患者均接受4D CTA-CTP检查。在4D CTA图像上采用Alberta卒中项目早期CT评分, 在数字减影血管造影(DSA)图像上采用美国介入和治疗神经放射学学会/介入放射学学会侧支循环改良评分系统对患者侧支循环情况进行评分并将其分为侧支代偿Ⅰ~Ⅲ级。在CTP图像上选择基底核层面勾画兴趣区并测量各灌注参数, 包括脑血容量(CBV)、脑血流量(CBF)、平均通过时间(MTT)、达峰时间(TTP)、延迟时间(DLY)。采用Kruskal-Wallis检验比较不同侧支循环分级各灌注参数的差异, 两两比较以Bonferroni校正。采用Kappa及Spearman检验分析4D CTA和DSA对侧支循环分级的一致性和相关性。结果 4D CTA与DSA评估患者侧支循环分级的一致性中等(Kappa=0.693, P<0.001)且相关性极强(r=0.805, P<0.001)。侧支代偿Ⅰ级、侧支代偿Ⅱ级、侧支代偿Ⅲ级的CBF、MTT、TTP差异均有统计学意义(H值分别为7.91、11.69、8.93, P值分别为0.019、0.003、0.012)。进一步两两比较显示, 侧支代偿Ⅰ级的CBF低于侧支代偿Ⅲ级(P=0.015), 侧支代偿Ⅱ级MTT高于侧支代偿Ⅲ级(P=0.005), 侧支代偿Ⅰ级的TTP高于侧支代偿Ⅲ级(P=0.015), 余指标两两比较差异无统计学意义。侧支代偿Ⅰ级、侧支代偿Ⅱ级及侧支代偿Ⅲ级的CBV、DLY差异无统计学意义(P>0.05)。结论 4D CTA-CTP对烟雾病及烟雾综合征患者的侧支循环评价能力与DSA相当, 并可以全面评估脑血流动力学情况, 对病情监测具有较高的临床价值。 展开更多
关键词 脑底异常血管网病 血流动力学 侧支循环 体层摄影术 X线计算机
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Plaque characteristics after endovascular treatment in patients with intracranial Plaque characteristics after endovascular treatment in patients with intracranial atherosclerotic disease 被引量:2
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作者 Shun Zhang Junjie Wang +5 位作者 Jun Lu Peng Qi Shen Hu ximeng yang Kunpeng Chen Daming Wang 《Chinese Neurosurgical Journal》 CAS CSCD 2023年第1期1-8,共8页
Background:Endovascular treatment(EVT)is an alternative option for symptomatic intracranial atherosclerotic disease(ICAD).However,the effect of EVT treatment on ICAD plaques is still unclear.This study describes the I... Background:Endovascular treatment(EVT)is an alternative option for symptomatic intracranial atherosclerotic disease(ICAD).However,the effect of EVT treatment on ICAD plaques is still unclear.This study describes the ICAD plaque characteristics after EVT treatment and analyzes the effect of different EVT treatments on plaque characteristics.Method:From 2017 January to 2022 January,ICAD patients who underwent endovascular treatment and had follow-up high-resolution magnetic resonance image(HRMRI)were enrolled in the study.Multiple plaque characteristics,including plaque enhancement,plaque burden,were measured based on preoperative,and follow-up HRMRI.Plaque characteristics and postoperative plaque changes were analyzed between different treatment groups.Result:Finally,50 intracranial atherosclerotic plaques in 45 patients were included.Including 28 male patients and 17 female,media age 63.0 years old.Among 50 plaques,41 received percutaneous angioplasty(including 22 plain balloons and 19 drug-coated balloons(DCB))and the other 9 underwent stenting.Stenosis rate,plaque burden and eccentricity index at the lesion site were significantly decreased after EVT compared with preoperative periods(p<0.001).And only the DCB group showed a significant reduction in plaque enhancement at follow-up(p<0.001).No significant preoperative and postoperative changes in other plaque characteristics were found.Conclusion:EVT treatment could compromise the characteristics of intracranial periarterial atherosclerotic plaques,and DCB treatment may result in a reduction in plaque enhancement after treatment. 展开更多
关键词 Intracranial atherosclerotic disease Endovascular treatment Plaque characteristics FOLLOW-UP HRMRI
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