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PRRSV HNHK3-2021毒株的ORF5和ORF7序列分析
1
作者 范悦轩 马佳镁 +5 位作者 黄春媛 郑佳馨 陈素贞 张艳 刘光亮 曹宗喜 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1292-1300,共9页
【目的】研究海南猪繁殖与呼吸综合征病毒PRRSV的流行病学特征和遗传变异规律。【方法】采集海南省海口市及周边地区样品,分离出PRRSV HNHK3-2021毒株,并测定NSP2基因以及ORF5和ORF7基因序列,采用Lasergene 7.1进行序列比对分析,用MEGA-... 【目的】研究海南猪繁殖与呼吸综合征病毒PRRSV的流行病学特征和遗传变异规律。【方法】采集海南省海口市及周边地区样品,分离出PRRSV HNHK3-2021毒株,并测定NSP2基因以及ORF5和ORF7基因序列,采用Lasergene 7.1进行序列比对分析,用MEGA-X进行遗传演化分析。【结果】分离出的PRRSV HNHK3-2021株为美洲型毒株,PRRSV HNHK3-2021株和EF112447 HEB1、EU109503 GD、EU624117 XH-GD的ORF5和ORF7的核苷酸相似性较高,分别为99.2%~99.3%和99.5%~100%,推导氨基酸相似性为99%~99.5%和100%;PRRSV HNHK3-2021株和EU864232 SHB、AY262352_HB-2(sh)2002、AY656990 Abst-1、AY032626 CH-1a、EU807840 CH-1R的ORF5和ORF7的核苷酸相似性为87.1%~96.4%和91.4%~97.3%,推导氨基酸的相似性为86.6%~93%和91.9%~97.6%;PRRSV HNHK3-2021株和JN654459 NADC30、KP860909 FJZ03、MH068878 SD17-38、AY881994 FJ-1的ORF5和ORF7的核苷酸相似性为85.4%~87.1%和89%~91.4%。氨基酸的相似性为86.1%~87.1%和89.5%~91.9%。【结论】RRSV HNHK3-2021毒株和EU624117 XH-GD具有最近的遗传距离。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 遗传进化 ORF5 ORF7
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基于ORF7基因的猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-RAA检测方法的建立
2
作者 于娜 马佳镁 +6 位作者 张紫薇 黄春媛 范悦轩 郑佳馨 张艳 刘光亮 曹宗喜 《动物医学进展》 北大核心 2024年第8期117-119,共3页
根据GenBank公布的ORF7基因保守序列设计了特异性引物,建立了PRRSVORF7基因反转录-重组酶介导等温扩增(RT-RAA)荧光法快速检测方法。结果表明,RT-RAA荧光法在42℃、20min内即可检测到PRRSV特异性扩增曲线,最低检测浓度为9.9×10^(6)... 根据GenBank公布的ORF7基因保守序列设计了特异性引物,建立了PRRSVORF7基因反转录-重组酶介导等温扩增(RT-RAA)荧光法快速检测方法。结果表明,RT-RAA荧光法在42℃、20min内即可检测到PRRSV特异性扩增曲线,最低检测浓度为9.9×10^(6)copies/μL;与PRVBartha-K61、PCV、CSFV、PRRSVGD、PRRSVXH-GD、PRRSVGM2、PRRSVCH-1a病毒均无交叉反应。分别对157份样品进行荧光RT-RAA法与PCR方法的检测进行比对,结果显示,荧光RT-RAA法敏感性为94.0%,特异性为100%。建立的PRRSV荧光RT-RAA法操作简便,特异性强,灵敏度高。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 ORF7基因 反转录-重组酶介导等温扩增 特异性 灵敏度
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2株猪繁殖与呼吸综合征病毒海南株的ORF5基因分析
3
作者 马佳镁 钟植文 +6 位作者 范悦轩 黄春媛 郑佳馨 曹芳芳 王金泉 刘光亮 曹宗喜 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期3049-3056,共8页
【目的】鉴定我国海南省新发现的2株猪繁殖与呼吸综合征病毒株HNHK1-2021和HNLG1-2021的进化关系。【方法】采用PCR方法对ORF5基因进行扩增和序列测定,利用MegAlign软件进行多重序列比对,利用MEGA X软件邻接法构建进化树。【结果】PRRSV... 【目的】鉴定我国海南省新发现的2株猪繁殖与呼吸综合征病毒株HNHK1-2021和HNLG1-2021的进化关系。【方法】采用PCR方法对ORF5基因进行扩增和序列测定,利用MegAlign软件进行多重序列比对,利用MEGA X软件邻接法构建进化树。【结果】PRRSV HNHK1-2021和HNLG1-2021毒株核苷酸相似性为82.9%,推导氨基酸相似性为82.6%。HNHK1-2021毒株和NADC30类PRRSV、QYYZ类PRRSV、VR-2332类PRRSV以及JXA1类PRRSV序列比对,80.8%~82.8%、90.2%~92.0%、82.1%~83.4%、81.9%~84.4%,推导氨基酸相似性分别为82.1%~84.6%、91.5%~94.5%、80.1%~83.1%、82.6%~84.6%;HNLG1-2021毒株和NADC30类PRRSV、QYYZ类PRRSV、VR2332类PRRSV以及JXA1类PRRSV序列比对,核苷酸相似性分别为83.7%~84.6%、81.8%~83.6%、97.7%~99.5%、85.6%~90.4%,推导氨基酸相似性为83.6%~85.1%、81.1%~82.6%、96.0%~98.5%,86.1%~90.5%。【结论】2株病毒株均属于北美型PRRSV,HNHK1-2021毒株属于QYYZ类PRRSV(谱系3)。HNLG1-2021毒株属于VR-2332类PRRSV(谱系5)。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 ORF5基因 多重序列比对 同源性
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基于猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF2a基因的RT-RAA-LF检测方法的建立 被引量：3
4
作者 陈素贞 马佳镁 +4 位作者 黄春媛 范悦轩 郑佳馨 刘光亮 曹宗喜 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期1249-1253,共5页
本研究针对猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF2a基因序列,设计特异性RAA引物和标记探针,通过反转录酶与重组酶扩增结合,旨在建立一种高效检测PRRSV的基于侧流层析试纸条的可视化RT-RAA方法。结果,建立的RT-RAA-LF方法的最佳反应条件是39℃恒温... 本研究针对猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF2a基因序列,设计特异性RAA引物和标记探针,通过反转录酶与重组酶扩增结合,旨在建立一种高效检测PRRSV的基于侧流层析试纸条的可视化RT-RAA方法。结果,建立的RT-RAA-LF方法的最佳反应条件是39℃恒温扩增10 min,可在2 min内实现对检测结果的可视化判定;该方法特异性强,仅对PRRSV出现阳性扩增,对本研究中其他病原均无交叉反应;以含PRRSV ORF2a基因全段序列的重组质粒作为模板,RT-RAA-LF的检出限为160 copies/μL。应用建立的RT-RAA-LF方法对临床采集的160份样本进行检测,与PCR方法进行比较,两种方法的符合率为96.8%(65/68),一致性检验为χ2<3.84,在95%的置信区间内没有显著性差异,当中3份临床样品在PCR检测中为阴性。综上,基于PRRSV ORF2a建立的RT-RAA-LF方法操作简单,对仪器设备要求不高,能够高效且直观的实现临床检测,满足现场检测的要求,对猪养殖场快速诊断和防控PRRSV具有重要意义。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 ORF2a 侧流层析试纸条 重组酶介导扩增法(RAA) 临床检测
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