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基于遗传算法的0/1背包问题求解 被引量:27
1
作者 霍红卫 许进 保铮 《西安电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 1999年第4期493-497,共5页
利用遗传算法提出了解决0/1背包问题的3种算法.这3种算法分别是基于罚函数修正方法和译码方法的算法.理论分析表明,修正方法可以获得问题的最优解.在不同测试数据集上对这3种算法的性能进行了比较,结果与理论分析一致.
关键词 遗传算法 0/1背包 数据集
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(l,d)-模体识别问题的遗传优化算法 被引量:6
2
作者 霍红卫 郭丹丹 +2 位作者 于强 张懿璞 牛伟 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2012年第7期1429-1439,共11页
转录因子结合位点识别在基因表达调控过程中起着重要的作用.文中提出了一种贝叶斯模型驱动的模体识别的遗传优化算法GOBMD(Genetic Optimization with Bayesian Model for Motif Discovery).GOBMD首先使用一个基于位置加权散列的投影过... 转录因子结合位点识别在基因表达调控过程中起着重要的作用.文中提出了一种贝叶斯模型驱动的模体识别的遗传优化算法GOBMD(Genetic Optimization with Bayesian Model for Motif Discovery).GOBMD首先使用一个基于位置加权散列的投影过程,将输入序列中的l-mers投影到k维(k<l)子空间,找出DNA序列中的起始良好候选模体,作为遗传算法的初始群体,以进一步求精.在遗传迭代过程中,采用结合贝叶斯模型的适应度函数指导进化过程.模拟数据的实验结果表明,与Gibbs、WINNOWER、SP-STAR、PROJECTION这些模体识别算法相比,GOBMD在对植入(l,d)-模体识别时有较好的性能,能够解决大部分挑战性的植入(l,d)-模体识别问题.此外,作者用Boxplot显示了上述模体识别算法在模拟数据识别上的性能系数分布,结果表明GOBMD具有较好的效率.针对真实生物序列的实验结果同样表明了GOBMD算法的有效性. 展开更多
关键词 模体识别 遗传算法 贝叶斯模型 散列 投影
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快速排序算法研究 被引量:27
3
作者 霍红卫 许进 《微电子学与计算机》 CSCD 北大核心 2002年第6期6-9,共4页
排序是计算机科学中最重要的研究问题之一。2000年被列为20世纪对科学和工程计算的研究与实践影响最大的10大问题之一。文章介绍了基本的快速排序算法及三种枢轴元素的选取方法,全面深入地分析了快速排序算法最坏情况下的时间复杂度、... 排序是计算机科学中最重要的研究问题之一。2000年被列为20世纪对科学和工程计算的研究与实践影响最大的10大问题之一。文章介绍了基本的快速排序算法及三种枢轴元素的选取方法,全面深入地分析了快速排序算法最坏情况下的时间复杂度、平均情况下的时间复杂度、随机情况下的时间复杂度。并对快速排序算法和堆排序算法进行了比较,理论和实验结果表明,快速排序算法仍然是目前最好的排序算法之一。 展开更多
关键词 快速排序算法 时间复杂度 枢轴元素 计算机科学 算法复杂度
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选择和变异算子的作用分析 被引量:7
4
作者 霍红卫 许进 保铮 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2000年第2期31-34,48,共5页
文中在连续空间统一的随机过程框架下 ,分析了遗传算法群体的概率密度序列的演化过程 ,给出并证明了群体概率密度的递归公式 .分析了标准遗传算法中选择算子和变异算子的基本性质 .导出了选择和变异条件下平均适应度单调递增并收敛到全... 文中在连续空间统一的随机过程框架下 ,分析了遗传算法群体的概率密度序列的演化过程 ,给出并证明了群体概率密度的递归公式 .分析了标准遗传算法中选择算子和变异算子的基本性质 .导出了选择和变异条件下平均适应度单调递增并收敛到全局最优解的条件 .这些结论在一定程度上为实现自适应调节变异算子的概率 。 展开更多
关键词 遗传算法 选择算子 变异算子
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基于MapReduce的模体发现算法 被引量:7
5
作者 霍红卫 林帅 +1 位作者 于强 张懿璞 《中国科技论文》 CAS 北大核心 2012年第7期487-494,502,共9页
模体发现对于基因发现和理解基因调控关系有着重要的意义,它是生物信息学中最具挑战性的问题之一。提出了针对PMSP算法的3种数据划分方法,并在此基础上提出了基于MapReduce的模体发现算法(PMSPMR)。针对不同难度的问题,在Hadoop集群上... 模体发现对于基因发现和理解基因调控关系有着重要的意义,它是生物信息学中最具挑战性的问题之一。提出了针对PMSP算法的3种数据划分方法,并在此基础上提出了基于MapReduce的模体发现算法(PMSPMR)。针对不同难度的问题,在Hadoop集群上的实验结果表明,PMSPMR算法具有良好的可扩展性。特别地,对于难度较大的模体发现问题实例,PMSPMR算法的加速比接近于Hadoop集群中节点的数目。此外,对于真实数据的实验,PMSPMR算法能够识别出真核细胞和酿酒酵母中已知的转录调控模体,表明了算法的有效性。 展开更多
关键词 模体发现 数据划分 可扩展性
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基于最大权值路径算法的DNA多序列比对方法 被引量:8
6
作者 霍红卫 肖智伟 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2007年第2期185-195,共11页
针对生物序列分析中的多序列比对问题,当输入数据量比较大时,人们提出了很多启发式的算法来改善计算速度和比对结果.提出了用于进行全局DNA多序列比对的一种方法:MWPAlign(maximum weighted path alignment).该算法把序列信息用deBruij... 针对生物序列分析中的多序列比对问题,当输入数据量比较大时,人们提出了很多启发式的算法来改善计算速度和比对结果.提出了用于进行全局DNA多序列比对的一种方法:MWPAlign(maximum weighted path alignment).该算法把序列信息用deBruijn图的形式表示,并将输入序列的信息记录在图的边上,这样,就将求调和序列的问题转化为求图的最大权值路径问题,使多序列比对问题的时间复杂度降低到几乎线性.实验结果显示:MWPAlign是可行的多序列比对算法,尤其对于变异率低于5.2%的大量序列数据,相对于CLUSTALW(cluster alignments weight),T-Coffee和HMMT(hidden Markov model training)有较好的比对结果和运算性能. 展开更多
关键词 多序列比对 DE BRUIJN图 调和序列 最大权值路径
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实时系统资源分配的动态规划算法 被引量:4
7
作者 霍红卫 庄心谷 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 1997年第3期269-274,共6页
本文提出了一个划分具有决定性的、实时性能的二级存储系统的最优算法.此算法在多项式时间内就能找出这一问题的最优解,并支持存储器资源的在线重新配置.
关键词 动态规划 算法 资源分配 实时系统 操作系统
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DNA序列中基于适应性后缀树的重复体识别算法 被引量:4
8
作者 霍红卫 王小武 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第4期747-754,共8页
现有的在DNA序列中识别重复体的算法多数是基于比对的,对识别速度和吞吐量有很大的限制.针对这个问题文中根据一个平衡重复体的长度和频率的定义,提出了一种基于Ukkonen后缀树的快速识别重复体的RepSeeker算法.算法采用最低限制频率,最... 现有的在DNA序列中识别重复体的算法多数是基于比对的,对识别速度和吞吐量有很大的限制.针对这个问题文中根据一个平衡重复体的长度和频率的定义,提出了一种基于Ukkonen后缀树的快速识别重复体的RepSeeker算法.算法采用最低限制频率,最大程度地扩展了重复体的长度,同时为了进一步地提高RepSeeker算法的效率,对Ukkonen的后缀树构造算法进行了适应性改进,在构造时加入RepSeeker算法所需的结点信息并将叶子结点和分支结点加以区分,从而使得RepSeeker算法能通过直接读取结点信息来求得子串频率和子串位置.这种改进较大地提高了RepSeeker算法的性能,而且空间开销不大.实验中使用了NCBI中的9条典型DNA序列作为测试数据,并对后缀树改进前后的重复体识别算法做了比较分析.结果表明,RepSeeker在没有损失精度的情况下缩短了算法的运行时间.实验结果与理论上的分析一致. 展开更多
关键词 重复体识别 适应性后缀树 Ukkonen算法 RepSeeker算法
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超立方体上所有点对之间的最短路径 被引量:4
9
作者 霍红卫 庄心谷 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 1996年第2期154-157,共4页
超立方体上所有点对之间的最短路径霍红卫,庄心谷(西安电子科技大学计算机科学系西安710071)ALLPAIRSSHORTESTPATHSONAHYPERCUBEMULTIPROCESSOR¥HuoHongweiand... 超立方体上所有点对之间的最短路径霍红卫,庄心谷(西安电子科技大学计算机科学系西安710071)ALLPAIRSSHORTESTPATHSONAHYPERCUBEMULTIPROCESSOR¥HuoHongweiandZhuangXingu(Depar... 展开更多
关键词 最短路径 超立方体 算法 计算机
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超立方体上0/1背包问题的并行算法 被引量:2
10
作者 霍红卫 庄心谷 《西安电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 1995年第3期249-255,共7页
文中提出了在超立方体计算机上解0/1背包问题的并行算法。如果P表示超立方体上处理器的数目,T是在一个处理器上解决给定问题所需要的时间,那么这一算法的时间特性为O(T/P)。
关键词 超立方体 并行算法 背包问题 并行计算机
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大数质因子分解的量子算法 被引量:3
11
作者 霍红卫 潘征 《计算机工程与科学》 CSCD 2003年第1期23-25,41,共4页
量子质因子分解算法是一种利用波的特性在量子环境下进行整数质因子分解的新方法。本文首先介绍了量子质因子分解的基本思想及其相关概念,然后分析并给出了大数质因子分解的量子算法,最后对量子算法的发展前景进行了展望。
关键词 量子算法 质因子分解 离散傅立叶变换 计算机
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解Job-Scheduling调度问题的一种遗传算法 被引量:1
12
作者 霍红卫 许进 保铮 《系统工程与电子技术》 EI CSCD 2000年第4期69-73,共5页
带有截止期的作业调度问题是企业管理、操作系统中重要而又基本的问题之一。利用遗传算法解决了操作系统中单机、无资源约束 ,且每个作业可在等量时间内完成的作业调度问题。在系统地讨论了带有截止期的作业调度有关理论的基础上 ,设计... 带有截止期的作业调度问题是企业管理、操作系统中重要而又基本的问题之一。利用遗传算法解决了操作系统中单机、无资源约束 ,且每个作业可在等量时间内完成的作业调度问题。在系统地讨论了带有截止期的作业调度有关理论的基础上 ,设计并实现了该问题的一种新型算法———基因型算法。最后给出了算法的一些运行结果。实验仿真结果表明 ,该算法具有很强的鲁棒性。 展开更多
关键词 企业管理 遗传算法 作业调度 操作系统
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一种具有精确边界的重复体识别算法 被引量:1
13
作者 霍红卫 白帆 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2008年第2期214-219,共6页
当前大部分重复体识别算法不是依靠于已经标识的重复体数据库就是定义重复体为两个最大长度的相似序列,而没有一个严格的定义来平衡重复体的长度和频率.针对这些问题文中提出了一种基于局部序列比对算法BLAST变型且支持空位的快速识别... 当前大部分重复体识别算法不是依靠于已经标识的重复体数据库就是定义重复体为两个最大长度的相似序列,而没有一个严格的定义来平衡重复体的长度和频率.针对这些问题文中提出了一种基于局部序列比对算法BLAST变型且支持空位的快速识别重复体的RepeatSearcher算法.算法通过定义重复体的精确边界运用逐步扩展调和序列来识别重复体.算法使用C.briggsae基因组序列作为测试对象,并与当前通用的重复体识别算法RECON以及新近的识别算法RepeatScout做了比较分析.结果表明RepeatSearcher使每一条重复体序列具有了精确的边界,而且相对其它算法在没有损失精度的情况下,缩短了算法的运行时间. 展开更多
关键词 调和序列 重复体识别 精确边界 BLAST RepeatSearcher
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算法到脉动阵列处理器的映射 被引量:1
14
作者 霍红卫 庄心谷 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 1997年第11期812-816,共5页
文中讨论了将含有循环的算法映射到脉动阵列的一般方法.这一映射方法是建立在下标集和数据相关向量的数学变换基础上,并给出了带有常数据相关的算法中存在有效变换的充要条件.最后给出计算所有点对之间最短路径问题的映射过程.
关键词 数据相关 算法 脉动阵列处理器
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序列比较问题的分治法 被引量:3
15
作者 霍红卫 《西安电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 1998年第3期345-348,共4页
提出了在MIMD计算机上解序列比较问题的并行算法,通过实验说明了该算法的应用,获得了一些有益的结果.
关键词 并行算法 MIMD计算机 序列比较
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分组遗传算法用于图的着色 被引量:8
16
作者 霍红卫 许进 保铮 《西北民族学院学报(自然科学版)》 2000年第1期5-11,共7页
图的着色算法是一种典型的NP 完全问题 在系统地讨论了图的正常顶点着色、边着色以及全着色的有关理论的基础上 ,提出了基于分组遗传算法和启发式搜索的图的正常 k 点着色 ,正常k 边着色以及正常k 全着色的新型混合算法 ,提出了评价算... 图的着色算法是一种典型的NP 完全问题 在系统地讨论了图的正常顶点着色、边着色以及全着色的有关理论的基础上 ,提出了基于分组遗传算法和启发式搜索的图的正常 k 点着色 ,正常k 边着色以及正常k 全着色的新型混合算法 ,提出了评价算法性能的标准 实验仿真结果表明 ,新型混合算法可以获得问题高质量的解 。 展开更多
关键词 分组遗传算法 着色 NP完全问题 正常k-点着色
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高阶熵压缩的全文自索引
17
作者 霍红卫 陈晓阳 +1 位作者 陈龙刚 于强 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2016年第12期2494-2511,共18页
大数据集正在以前所未有的速度产生,研制大数据集的实用压缩全文自索引是目前的挑战问题之一.该文提出了一种高阶熵压缩的全文自索引.对于长为n的文本T以及任意k≤clog_σn-1和c<1,该压缩索引占用2nH_k(T)+n+o(n)位的空间,其中Hk(T)... 大数据集正在以前所未有的速度产生,研制大数据集的实用压缩全文自索引是目前的挑战问题之一.该文提出了一种高阶熵压缩的全文自索引.对于长为n的文本T以及任意k≤clog_σn-1和c<1,该压缩索引占用2nH_k(T)+n+o(n)位的空间,其中Hk(T)表示文本T的k阶经验熵,σ为字符表的大小.此外,该压缩索引可在线性时间O(n)内构造.在此基础上,该文还给出了上述压缩索引的一种实用改进.这种改进引入了混合编码方法,额外的空间开销为o(n)位.对于Pizza&Chili Corpus上的三类典型数据的实验表明:该文的压缩索引较之主流压缩索引在压缩率和查询时间上具有显著的优势.该文所述的压缩索引软件可在GitHub上访问. 展开更多
关键词 大数据 压缩索引 自索引 高阶熵 混合编码
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结合最大团求精的随机投影模体发现算法
18
作者 霍红卫 于强 牛伟 《中国科技论文》 CAS 北大核心 2013年第4期342-349,共8页
模体发现是生物信息学和计算机科学中最具挑战性的问题之一,对未经比对的DNA序列中定位转录因子结合位点起着重要的作用。将模体发现问题转化为无向图中求解最大团的问题,并提出了一种结合最大团求精的随机投影模体发现算法(MCR2PA)。... 模体发现是生物信息学和计算机科学中最具挑战性的问题之一,对未经比对的DNA序列中定位转录因子结合位点起着重要的作用。将模体发现问题转化为无向图中求解最大团的问题,并提出了一种结合最大团求精的随机投影模体发现算法(MCR2PA)。与原有的投影算法相比,对于大多数模体发现问题,MCR2PA的识别准确率都有所提高。多组真实生物数据上的实验结果验证了所提算法的实用性。特别地,对于酿酒酵母数据,预测准确率能够达到80%以上。 展开更多
关键词 模体发现 转录因子结合位点 最大团 随机投影
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数据仓库技术在企业管理中的应用 被引量:1
19
作者 霍红卫 项国 《市场周刊》 2011年第10期3-6,共4页
随着计算机管理信息系统(Management Information System,简称MIS)的飞速发展和广泛应用,企业生产经营的自动化水平不断提高,它把人们从繁琐的事务处理中解脱出来,由原来的人工处理变成了计算机的科学管理,极大提高了工作效率。但高效... 随着计算机管理信息系统(Management Information System,简称MIS)的飞速发展和广泛应用,企业生产经营的自动化水平不断提高,它把人们从繁琐的事务处理中解脱出来,由原来的人工处理变成了计算机的科学管理,极大提高了工作效率。但高效率并不完全等同于高效益,企业业务系统运行所产生的大量原始数据是企业生产经营活动的真实记录,但由于缺乏集中存储和管理,这些数据不能为本企业加以利用,不能进行有效的统计、分析及评估,无法将这些数据转换成企业有用的信息、为企业战略决策提供参考和支持,也就无法像预期的那样带来巨大的社会经济效益,当局实际的会计工作应适应信息时代下新技术、新管理思想、新环境的变化,由单纯核算型向管理型转变,为企业经营管理决策提供准确的依据。基于数据仓库的事件驱动型会计信息系统充分利用数据仓库技术,实时记录、处理和报告业务数据,将事项库、方法库、目的库有机结合,实现了与传统会计流程相互融合。 展开更多
关键词 数据仓库 会计信息系统 事件驱动 企业管理
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顺序存取设备最优存储的遗传算法
20
作者 霍红卫 许进 保铮 《微电子学与计算机》 CSCD 北大核心 2000年第2期5-9,14,共6页
顺序存取设备的最优存储是组合优化中的一个重要问题。文章在系统地讨论了顺序存取设备有关理论的基础上 ,设计并实现了该问题的一种新型算法———遗传算法。在这种算法中 ,充分利用了遗传算法的全局搜索能力。实验仿真表明 ,该算法不... 顺序存取设备的最优存储是组合优化中的一个重要问题。文章在系统地讨论了顺序存取设备有关理论的基础上 ,设计并实现了该问题的一种新型算法———遗传算法。在这种算法中 ,充分利用了遗传算法的全局搜索能力。实验仿真表明 ,该算法不仅有效 ,而且表现出很强的鲁棒性。 展开更多
关键词 遗传算法 顺序存取设备 最优存储 组合优化
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