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杜洛克猪生长性状全基因组关联分析及候选基因鉴定 被引量:6
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作者 张笑科 廖伟莉 +5 位作者 陈信佑 李婷婷 袁晓龙 李加琪 黄翔 张豪 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1868-1876,共9页
旨在对杜洛克猪生长性状进行全基因组关联分析及候选基因鉴定。本研究选用361头杜洛克种公猪作为试验群体,对达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状进行测定,基因型信息使用50K单核苷酸多态... 旨在对杜洛克猪生长性状进行全基因组关联分析及候选基因鉴定。本研究选用361头杜洛克种公猪作为试验群体,对达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状进行测定,基因型信息使用50K单核苷酸多态性阵列进行分型,质控后得到31618个SNPs。使用GCTA软件利用基因组信息对各生长性状进行遗传参数估计,使用R软件rMVP包FarmCPU模型进行全基因组关联分析,鉴定与生长性状相关的基因组区域和候选基因。结果表明,达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状的遗传力分别为0.27、0.29、0.16和0.11,属于中等遗传力性状,达100 kg体重日龄和达100 kg平均日增重的遗传相关和表型相关值均为-0.99,为强负相关关系。全基因关联分析结果表明,在达100 kg体重日龄和达100 kg平均日增重性状上共检测到3个显著SNPs,均位于10号染色体上。使用最小显著差数检验法对显著SNPs的等位基因型进行多重比较,显著SNPs rs81237156、rs81424502和rs81313018的优势等位基因分别为G、T和A。候选基因HACD 1和BAMBI在显著SNPs附近的候选区域内被鉴定与猪生长性状相关。本研究新发现的候选基因将促进对生长性状的理解,而新变异的识别可为猪育种的潜在标记提供新的思路。 展开更多
关键词 生长性状 全基因组关联分析 候选基因 FarmCPU
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长白母猪断奶至配种间隔全基因组关联分析
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作者 陈信佑 林清 +7 位作者 张笑科 李婷婷 万鹏冲 林长光 黄珍 谢水华 张豪 李加琪 《广东畜牧兽医科技》 2023年第3期30-34,41,共6页
该研究旨通过全基因组关联分析定位影响长白母猪断奶至配种间隔的候选基因,以期为我国种猪育种工作提供理论参考。本研究以国家某核心育种场1063头长白母猪的断奶至配种间隔记录和50 K基因数据为研究材料,利用GEMMA软件的混合线性模型... 该研究旨通过全基因组关联分析定位影响长白母猪断奶至配种间隔的候选基因,以期为我国种猪育种工作提供理论参考。本研究以国家某核心育种场1063头长白母猪的断奶至配种间隔记录和50 K基因数据为研究材料,利用GEMMA软件的混合线性模型进行全基因组关联分析(GWAS),鉴定关联分析显著位点。结果表明,长白母猪第一胎次和第三胎次共存在5个显著SNPs。对5个显著位点进行单倍型分析,获得4个单倍型块。筛选到的BTG1、FUT1、FUT2、SCNN1G和CBLB基因可能是影响断奶至配种间隔性状的重要基因,该研究结果可作为以后种猪育种实践提供参考。 展开更多
关键词 全基因组关联分析 断配间隔 GEMMA 长白猪
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Wave Height Transformation and Set-up Between A Submerged Permeable Breakwater and A Seawall
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作者 蔡清标 余建弘 +1 位作者 陈鸿彬 陈信佑 《China Ocean Engineering》 SCIE EI 2012年第1期167-176,共10页
In this study, we investigated wave transformation and wave set-up between a submerged permeable breakwater and a seawall. Modified time-dependent mild-slope equations, which involve parameters of the porous medium, w... In this study, we investigated wave transformation and wave set-up between a submerged permeable breakwater and a seawall. Modified time-dependent mild-slope equations, which involve parameters of the porous medium, were used to calculate the wave height transformation and the mean water level change around a submerged breakwater. The numerical solution is verified with experimental data. The simulated results show that modulations of the wave profile and wave set-up are clearly observed between the submerged breakwater and the seawall. In contrast to cases without a seawall, the node or pseudo-node of wave height evolution can be found between the submerged breakwater and the seawall. Higher wave set-up occurs if the nodal or pseudo-nodal point appears near the submerged breakwater. We also examined the influence of the porosity and friction factor of the submerged permeable breakwater on wave transformation and set-up. 展开更多
关键词 wave height transformation water piling-up wave set-up submerged permeable breakwater' seawall time-dependent mild-slope equations
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