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化学生物学课程实践性教学探索——以药物化学ChEMBL数据库应用为例
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作者 赵仲麟 李燕 +3 位作者 苏同福 黄艳杰 金显春 李瑞歌 《广东化工》 CAS 2024年第15期197-199,共3页
化学生物学作为一门新兴的交叉学科,在教学中需要引入当前先进的信息学内容。在课程的教学中常常涉及大量的化合物及药物的知识介绍,我们在教学中尝试引入药物化学信息ChEMBL数据库的内容到本科生化学生物学课程中。ChEMBL是一个开放数... 化学生物学作为一门新兴的交叉学科,在教学中需要引入当前先进的信息学内容。在课程的教学中常常涉及大量的化合物及药物的知识介绍,我们在教学中尝试引入药物化学信息ChEMBL数据库的内容到本科生化学生物学课程中。ChEMBL是一个开放数据库,包含大量药物化合物的结构、功能和药代动力学等信息。这些数据定期从主要发表的文献中提取,然后通过进一步的策划和标准化,以最大限度地提高它们在化学生物学和药物发现研究中的效用。将ChEMBL数据资源引入到化学生物学本科教学中,使学生能够利用网络数据对所学到的药物分子进行分析,取得了较好的教学效果。 展开更多
关键词 ChEMBL 化学生物学 数据资源 药物发现 实践教学
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水中病原微生物分子检测技术研究进展 被引量:13
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作者 赵仲麟 李淑英 +4 位作者 李燕 苏同福 金显春 袁超 胡章立 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期41-45,共5页
基于PCR方法的多种分子检测技术已广泛的应用于水体病原微生物的检测中。而以DNA芯片为代表的微型化、快速化手段将是未来检测技术的发展方向,可实现对病原微生物实时和快速的检测。新检测技术的发展有利于建立水体污染早期预警机制,同... 基于PCR方法的多种分子检测技术已广泛的应用于水体病原微生物的检测中。而以DNA芯片为代表的微型化、快速化手段将是未来检测技术的发展方向,可实现对病原微生物实时和快速的检测。新检测技术的发展有利于建立水体污染早期预警机制,同时,可靠的病原微生物检测方法可降低有害微生物对人类健康的影响。对水体病原微生物分子检测方法及其在水污染相关疾病风险控制中所扮演的重要角色进行阐述。 展开更多
关键词 分子检测 水中病原微生物 DNA芯片 PCR
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化学生物学课程的教学探索 被引量:10
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作者 赵仲麟 袁超 +3 位作者 金显春 苏同福 李聪 马斌强 《江西农业学报》 CAS 2011年第7期200-201,204,共3页
介绍了我国高校已开设化学生物学专业的背景,并分析了该专业存在内在知识结构涉及面广、内容抽象、缺乏直观性及在教学过程受到多门基础学科的制约等方面问题。提出了解决好这一问题的关键是对教学内容和教学方式的改革,探索行之有效的... 介绍了我国高校已开设化学生物学专业的背景,并分析了该专业存在内在知识结构涉及面广、内容抽象、缺乏直观性及在教学过程受到多门基础学科的制约等方面问题。提出了解决好这一问题的关键是对教学内容和教学方式的改革,探索行之有效的教学措施,以期充分利用有限的授课时间最大限度的提高教学效果。 展开更多
关键词 化学生物学 教学改革 探索 教学内容 化学 生物学
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内含肽介导的绿色荧光蛋白纯化 被引量:8
4
作者 赵仲麟 顿文涛 +4 位作者 李燕 金显春 杨国玉 苏同福 袁超 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期581-584,共4页
利用来源于蓝细菌Synechocystis sp.PCC6803的DnaB内含肽的剪切特性,纯化绿色荧光蛋白.在大肠杆菌中将内含肽与绿色荧光蛋白融合表达,绿色荧光蛋白融合于DnaB内含肽的C端,在20℃,pH 7.0的条件下诱导DnaB内含肽的自剪切发生,利用几丁质... 利用来源于蓝细菌Synechocystis sp.PCC6803的DnaB内含肽的剪切特性,纯化绿色荧光蛋白.在大肠杆菌中将内含肽与绿色荧光蛋白融合表达,绿色荧光蛋白融合于DnaB内含肽的C端,在20℃,pH 7.0的条件下诱导DnaB内含肽的自剪切发生,利用几丁质亲和柱纯化到无亲和标签的绿色荧光蛋白,得到蛋白有较高的纯度和较好的活性. 展开更多
关键词 内含肽 蛋白质剪接 绿色荧光蛋白 纯化
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纳豆激酶生产菌的筛选及发酵纳豆特性研究 被引量:7
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作者 赵仲麟 李淑英 +3 位作者 聂莹 李燕 袁超 唐选明 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期161-164,共4页
为开发具有特定生理活性的新型纳豆保健品,从发酵豆制品中分离筛选得到一株纳豆激酶高产菌株。利用该菌株以及市售的3种纳豆中的纳豆菌进行纳豆发酵,比较了4株纳豆菌发酵纳豆的特性,并对纳豆激酶活性进行分析。结果表明5号菌株发酵生产... 为开发具有特定生理活性的新型纳豆保健品,从发酵豆制品中分离筛选得到一株纳豆激酶高产菌株。利用该菌株以及市售的3种纳豆中的纳豆菌进行纳豆发酵,比较了4株纳豆菌发酵纳豆的特性,并对纳豆激酶活性进行分析。结果表明5号菌株发酵生产纳豆周期短,颜色金黄,具有酱香味,拉丝长度最佳。同时,对产纳豆激酶的最佳发酵时间进行研究,结果表明发酵至17 h纳豆激酶活性达到最大值。 展开更多
关键词 纳豆激酶 筛选 酶活 特性
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3株产β-甘露聚糖酶菌株的分离和鉴定 被引量:5
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作者 赵仲麟 马鑫 +2 位作者 袁超 李燕 李淑英 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期684-687,共4页
从新疆极端干燥环境土壤样品中,以葡甘露聚糖(魔芋精粉)为唯一碳源,利用水解圈筛选法筛选到3株具有β-甘露聚糖酶活性的菌株.分别提取3株细菌基因组并经16S rRNA序列比对分析,确定3株菌分别属于芽孢杆菌(Bacillus sp.)、弗氏柠檬酸杆菌(... 从新疆极端干燥环境土壤样品中,以葡甘露聚糖(魔芋精粉)为唯一碳源,利用水解圈筛选法筛选到3株具有β-甘露聚糖酶活性的菌株.分别提取3株细菌基因组并经16S rRNA序列比对分析,确定3株菌分别属于芽孢杆菌(Bacillus sp.)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、多粘类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa). 展开更多
关键词 Β-甘露聚糖酶 菌株 分离 鉴定 多粘类芽孢杆菌
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基于内含肽技术的生物传感器 被引量:4
7
作者 赵仲麟 马鑫 +2 位作者 李燕 李淑英 袁超 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期56-60,共5页
开发用于分析复杂生物学问题的生物传感器,对于研究人类疾病和发现潜在药物分子十分重要。内含肽介导的蛋白质剪接技术的应用推动了新型生物传感器发展,基于内含肽技术的生物传感器可以对酶活性、激素受体、维生素和蛋白质与蛋白质间的... 开发用于分析复杂生物学问题的生物传感器,对于研究人类疾病和发现潜在药物分子十分重要。内含肽介导的蛋白质剪接技术的应用推动了新型生物传感器发展,基于内含肽技术的生物传感器可以对酶活性、激素受体、维生素和蛋白质与蛋白质间的相互作用等一些重要的生物学过程进行高效精准的分析和研究。重点阐述基于内含肽技术的生物传感器相关研究进展,并对其进行了展望。 展开更多
关键词 内含肽 生物传感器 诊断工具 激素受体 蛋白质相互作用
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PCR-RFLP定量检测川贝母真伪的研究 被引量:13
8
作者 赵仲麟 常志远 +4 位作者 袁超 李瑞歌 王成 王永 兰青阔 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期249-253,共5页
建立了一个适合中药材川贝母的聚合酶链式反应-限制性内切酶(PCR-RFLP)的分子鉴定方法。以提取的DNA为模板进行PCR扩增和酶切反应,真品川贝母扩增产物含有Sam I酶切位点,在100~250 bp之间存在明确的2条酶切条带,而伪品贝母扩增序列中没... 建立了一个适合中药材川贝母的聚合酶链式反应-限制性内切酶(PCR-RFLP)的分子鉴定方法。以提取的DNA为模板进行PCR扩增和酶切反应,真品川贝母扩增产物含有Sam I酶切位点,在100~250 bp之间存在明确的2条酶切条带,而伪品贝母扩增序列中没有Sam I酶切位点不能被切出。此外,还基于PCR-RFLP技术针对川贝母真伪性进行了相对定量分析研究。结果表明,含量10%及以上的真品川贝母能被稳定检测出。 展开更多
关键词 川贝母 分子鉴定 PCR-RFLP
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内含肽介导的蛋白连接技术及其应用 被引量:4
9
作者 赵仲麟 袁超 +3 位作者 朱伟 宋晓燕 李聪 马斌强 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期70-73,共4页
内含肽介导的蛋白质剪接是一种自发的翻译后事件,内含肽可介导其自身从前体蛋白上切除,同时将其两侧的外显肽连接起来。在过去10多年中,基于蛋白质剪接原理发展出的蛋白连接技术被广泛的用于蛋白质工程的研究中。这些技术打破了化学合... 内含肽介导的蛋白质剪接是一种自发的翻译后事件,内含肽可介导其自身从前体蛋白上切除,同时将其两侧的外显肽连接起来。在过去10多年中,基于蛋白质剪接原理发展出的蛋白连接技术被广泛的用于蛋白质工程的研究中。这些技术打破了化学合成方法中对目标物大小的限制,有助于化学和生物学的研究。针对近年由蛋白质连接演化出来的新技术及其应用做简要的阐述。 展开更多
关键词 内含肽 蛋白质剪接 技术 蛋白连接
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化学生物学综合创新设计实验——大肠杆菌中表达绿色荧光蛋白 被引量:3
10
作者 赵仲麟 袁超 +3 位作者 朱伟 苏同福 潘振良 金显春 《江西农业学报》 CAS 2011年第8期167-168,171,共3页
笔者设计了一个化学生物学综合实验——构建含有绿色荧光蛋白基因的表达载体,转化至大肠杆菌BL21中,诱导其表达,并检测其表达情况。通过本实验可以使学生掌握化学生物学中基本的操作技术,熟悉绿色荧光蛋白作为一种荧光分子成像探针的检... 笔者设计了一个化学生物学综合实验——构建含有绿色荧光蛋白基因的表达载体,转化至大肠杆菌BL21中,诱导其表达,并检测其表达情况。通过本实验可以使学生掌握化学生物学中基本的操作技术,熟悉绿色荧光蛋白作为一种荧光分子成像探针的检测方法,从而为进一步学习和掌握复杂的、综合性的化学生物学技术打下扎实的基础。 展开更多
关键词 化学生物学 设计实验 绿色荧光蛋白 表达 大肠杆菌
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农业院校基础化学实验网络教学平台的构建 被引量:5
11
作者 赵仲麟 苏同福 +4 位作者 徐翠莲 潘振良 李鑫 李燕 袁超 《山西农业大学学报(社会科学版)》 2012年第10期1012-1015,共4页
基础化学实验是农业类高等院校中一门重要的基础实验课程,通过分析目前农业类高校中传统基础化学实验教学存的问题,结合当前的网络技术,构建了基础化学实验网络平台。计算机网络平台为学生提供了创造性、自主性的实验学习环境,丰富完善... 基础化学实验是农业类高等院校中一门重要的基础实验课程,通过分析目前农业类高校中传统基础化学实验教学存的问题,结合当前的网络技术,构建了基础化学实验网络平台。计算机网络平台为学生提供了创造性、自主性的实验学习环境,丰富完善的基础化学实验网络资源和课前预习系统大大提高学生的学习效果。 展开更多
关键词 农业院校 基础化学 实验 网络教学平台
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纳豆激酶生产菌株分离筛选与热稳定性分析 被引量:7
12
作者 赵仲麟 李淑英 +3 位作者 聂莹 袁超 李燕 唐选明 《生物技术进展》 2013年第4期277-280,共4页
以日本纳豆菌为对照,从我国黑豆豆豉中筛选到一株纳豆激酶生产菌株BSNK-5,其发酵液相对于尿激酶的活性为509.64IU/mL,比相同培养条件下对照菌株的酶活提高了83.87%;BSNK-5发酵生产纳豆周期短,颜色金黄,具有酱香味;该菌株合成的纳豆激酶... 以日本纳豆菌为对照,从我国黑豆豆豉中筛选到一株纳豆激酶生产菌株BSNK-5,其发酵液相对于尿激酶的活性为509.64IU/mL,比相同培养条件下对照菌株的酶活提高了83.87%;BSNK-5发酵生产纳豆周期短,颜色金黄,具有酱香味;该菌株合成的纳豆激酶具有较好的热稳定性,70℃处理20min仍保留约10%的活性,具有极大的市场应用潜力。 展开更多
关键词 纳豆 纳豆激酶 枯草芽胞杆菌 热稳定性
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食品中绿豆成分PCR特异性检测方法的建立 被引量:5
13
作者 赵仲麟 李瑞歌 +4 位作者 秦志扬 王成 王永 袁超 兰青阔 《河南农业大学学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期867-870,共4页
针对绿豆物种特异性序列,设计了定性PCR引物,建立了绿豆源性成分检测方法,并对0.2、0.4、0.6、0.8、1.0μmol·L^(-1)的引物浓度,52、54、56、58、60、62℃的退火温度等反应条件进行优化,对该方法的灵敏度、特异性和检出限进行了测... 针对绿豆物种特异性序列,设计了定性PCR引物,建立了绿豆源性成分检测方法,并对0.2、0.4、0.6、0.8、1.0μmol·L^(-1)的引物浓度,52、54、56、58、60、62℃的退火温度等反应条件进行优化,对该方法的灵敏度、特异性和检出限进行了测试。结果表明,在引物浓度0.4μmol·L^(-1)、退火温度58℃条件下的扩增效果最优,绿豆的检出限可达到0.5%。该检测方法具有高度的特异性,操作方便、简单、快捷,可为食品安全的检测提供依据。 展开更多
关键词 食品 绿豆成分 凝胶电泳 PCR 特异性检测
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化学生物学本科毕业实验设计——产植酸酶微生物的筛选及鉴定 被引量:2
14
作者 赵仲麟 顿文涛 +4 位作者 谢黎霞 李燕 张保辉 贾芳 袁超 《江西农业学报》 CAS 2012年第6期21-23,共3页
介绍了化学生物学专业本科毕业设计实验——产植酸酶微生物的筛选及鉴定,通过实验将化学生物学和分子生物学中基本的操作技术和方法运到科研中,使本科毕业生能够综合运用所学知识进行毕业设计实验,筛选到的产酶微生物可作为潜在的饲料... 介绍了化学生物学专业本科毕业设计实验——产植酸酶微生物的筛选及鉴定,通过实验将化学生物学和分子生物学中基本的操作技术和方法运到科研中,使本科毕业生能够综合运用所学知识进行毕业设计实验,筛选到的产酶微生物可作为潜在的饲料生产用菌株,实现科研与生产相结合。 展开更多
关键词 化学生物学 实验设计 植酸酶 微生物 筛选 鉴定
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内含肽介导的蛋白质环化研究进展 被引量:2
15
作者 赵仲麟 马鑫 +1 位作者 林敏 平淑珍 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 2009年第3期19-23,共5页
内含肽介导的蛋白质主链骨架环化是一种稳定蛋白质的新方法。在内含肽的作用下,蛋白质的N端和C端生成一个天然的肽键,达到蛋白质环化的目的。环化可以减小蛋白质构象的熵值,从而使蛋白质更加稳定。蛋白质环化的方法为生产稳定药物蛋白... 内含肽介导的蛋白质主链骨架环化是一种稳定蛋白质的新方法。在内含肽的作用下,蛋白质的N端和C端生成一个天然的肽键,达到蛋白质环化的目的。环化可以减小蛋白质构象的熵值,从而使蛋白质更加稳定。蛋白质环化的方法为生产稳定药物蛋白质和工业酶提供了一种新的手段。 展开更多
关键词 内含肽 蛋白质剪接 环化 稳定性
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Cell-SELEX技术研究进展 被引量:2
16
作者 赵仲麟 李燕 袁超 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期52-56,共5页
适配子是通过SELEX技术,即指数富集配体系统进化技术,经反复放大筛选得到的、与目标分子有高度亲和性的分子。SELEX技术常使用纯化的靶分子,目前活细胞也可用于筛选目标,这种技术称为细胞指数富集配体系统进化技术(CellSELEX),其优点是... 适配子是通过SELEX技术,即指数富集配体系统进化技术,经反复放大筛选得到的、与目标分子有高度亲和性的分子。SELEX技术常使用纯化的靶分子,目前活细胞也可用于筛选目标,这种技术称为细胞指数富集配体系统进化技术(CellSELEX),其优点是产生的适配子可以与活细胞中的靶分子的天然构象发生作用。细胞表面的跨膜蛋白也可作为适配子的目标。此外,在不知道任何细胞表面分子的情况下也可以得到细胞特异性适配子。对Cell-SELEX技术的应用及研究进展进行综述。 展开更多
关键词 Cell-SELEX 生物标记物 癌症研究 核酸 适配子
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化学生物学课程中引入BARD数据库内容的探索 被引量:4
17
作者 赵仲麟 袁帅 +5 位作者 袁志华 李建伟 李勉 顿文涛 马斌强 袁超 《农业网络信息》 2015年第9期125-127,共3页
化学生物学课程是一门新兴的课程,其课程内容涉及海量小分子的筛选和生物活性研究,公共数据库对加速研究过程起到辅助性作用。在教学中引入生物检测研究BARD数据库内容,其提供接入到美国国立健康研究院NIH启动的分子文库项目产生的生物... 化学生物学课程是一门新兴的课程,其课程内容涉及海量小分子的筛选和生物活性研究,公共数据库对加速研究过程起到辅助性作用。在教学中引入生物检测研究BARD数据库内容,其提供接入到美国国立健康研究院NIH启动的分子文库项目产生的生物检测数据中。新数据可以通过一系列用户友好型工具投递到BARD数据库中,研究人员也可以利用其中发表的数据。同时,第三方开发人员可以使用应用程序界面制作独立工具或插件整合到BARD数据库中。BARD的工具套件可以满足数据发表者、用于可检验的假设的数据发掘者和工具开发人员。 展开更多
关键词 BARD 化学生物学 数据库 元数据
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化学生物学课程中引入药物分析信息数据库DrugBank内容的探索 被引量:3
18
作者 赵仲麟 吕东灿 +4 位作者 袁超 滕红丽 谷小青 郑宝周 马斌强 《农业网络信息》 2018年第4期82-85,共4页
化学生物学本科教学中常涉及大量的化合物及药物的知识介绍。在教学中引入药物数据库DrugBank的内容,其中含有详细的药物资源数据信息,是一个独特的生物信息学和化学信息学数据库。DrugBank的最新版本5.1.0包含11037个药物条目,其中包括... 化学生物学本科教学中常涉及大量的化合物及药物的知识介绍。在教学中引入药物数据库DrugBank的内容,其中含有详细的药物资源数据信息,是一个独特的生物信息学和化学信息学数据库。DrugBank的最新版本5.1.0包含11037个药物条目,其中包括2524批准的小分子药物,951批准生物技术的药物,112的保健品和5112以上的实验药物,以及4913个非冗余蛋白质序列。许多数据字段可链接到其他数据库,其中还包括各种结构查看程序,可提供序列、化学结构和关系查询搜索,可用于药物设计、靶标发现、药物筛选、药物相互作用预测及普通药学教育中。 展开更多
关键词 DrugBank 化学生物学 数据库 药物分析
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化学生物学小分子筛选及资源数据库ChemBank简介 被引量:1
19
作者 赵仲麟 李瑞歌 +2 位作者 吕东灿 张淑利 袁超 《农业网络信息》 2016年第10期136-140,共5页
Chem Bank是一个公共的化学生物学数据平台,其中储存了多种小分子信息及其处理细胞或其他生物系统的数据结果。同时。网站还提供相关的分析工具用于小分子间或小分子与细胞的处理分析。Chem Bank数据库为生命科学领域的研究人员提供生... Chem Bank是一个公共的化学生物学数据平台,其中储存了多种小分子信息及其处理细胞或其他生物系统的数据结果。同时。网站还提供相关的分析工具用于小分子间或小分子与细胞的处理分析。Chem Bank数据库为生命科学领域的研究人员提供生物医药方面的相关数据和工具,指导化学生物学家合成新的小分子化合物或文库,帮助研究者找到可以干扰特殊生物途径的小分子或是影响一些催化过程的新型药物,同时也可作为化学信息学分析的数据资源库。 展开更多
关键词 ChemBank 化学生物学 数据库 小分子筛选 元数据
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内含肽介导的蛋白质相互作用研究
20
作者 赵仲麟 谷小青 +4 位作者 李燕 赵玉成 马斌强 卢琳 袁超 《江西科学》 2013年第3期341-343,共3页
描述了一个化学生物学实验技术,利用基于内含肽技术的生物传感器进行体内蛋白质间相互作用实验。该系统主要是利用内含肽介导的蛋白剪接系统,将拆分为2个部分的绿色荧光蛋白N端和C端分别与待检测目标蛋白连接,通过荧光信号识别蛋白间的... 描述了一个化学生物学实验技术,利用基于内含肽技术的生物传感器进行体内蛋白质间相互作用实验。该系统主要是利用内含肽介导的蛋白剪接系统,将拆分为2个部分的绿色荧光蛋白N端和C端分别与待检测目标蛋白连接,通过荧光信号识别蛋白间的相互作用情况。使用绿色荧光蛋白作为一种荧光分子成像探针,通过光学检测活细胞内蛋白间的相互作用情况。 展开更多
关键词 生物传感器 绿色荧光蛋白 内含肽 检测 蛋白互作
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