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红花转录物组中筛选的Unigene100791基因克隆、生物信息学分析及功能预测
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作者 陈笑 沈彦岐 +8 位作者 王清曼 杜林娜 卢玉彬 强卫东 郭咏昕 王红雨 杨莹 杨晶 魏健 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2016年第23期145-149,155,共6页
目的:克隆红花Unigene100791基因,研究其表达情况;并对该基因的特性进行生物信息学分析,为后续红花代谢调控及提高红花油产量,使其满足食品工业市场需求奠定理论基础。方法:从红花转录物组数据库中筛选得到转录因子Dof相关基因Unigene10... 目的:克隆红花Unigene100791基因,研究其表达情况;并对该基因的特性进行生物信息学分析,为后续红花代谢调控及提高红花油产量,使其满足食品工业市场需求奠定理论基础。方法:从红花转录物组数据库中筛选得到转录因子Dof相关基因Unigene100791的中间片段;利用RNAiso plus试剂法提取红花种子总RNA,利用RT-PCR方法反转录得到红花种子c DNA;采用3'Race方法从红花种子中克隆Unigene100791基因的全长序列;通过生物信息学方法对其全长基因进行分析,构建该基因与相关物种的系统进化树,研究其蛋白序列的同源性及其理化性质与结构特征,预测其生物学功能。结果:成功克隆了红花Unigene100791基因,其基因全长1274 bp;开放阅读框981 bp,编码326个氨基酸,理论分子质量约为35026.5 u,理论等电点9.5,带正电残基27个,带负电残基18个,序列含有典型的加尾信号poly(A);红花Unigene100791基因编码产物与烟草Dof2.4-1亲缘关系较近,属于Dof超家族,此蛋白存在信号肽,不存在跨膜结构。结论:成功克隆了红花Unigene100791基因,并对其编码的蛋白质进行了生物信息学分析。 展开更多
关键词 红花 转录因子 DOF 克隆 生物信息学
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不同玉米自交系对东北地区玉米线虫矮化病的抗性鉴定
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作者 沈彦岐 王梓钰 +4 位作者 闻竞 李世界 韩四平 张艳 胡勇军 《长春师范大学学报》 2020年第12期113-118,共6页
玉米线虫矮化病是近年来在东北地区频发的玉米病害,在玉米自交系中对该病害进行抗性鉴定有利于挖掘相关抗病种质资源。在吉林省的松原、长岭和公主岭三个地区,对44份来源于不同杂种优势群的玉米自交系在自然发病条件下通过田间表型,进... 玉米线虫矮化病是近年来在东北地区频发的玉米病害,在玉米自交系中对该病害进行抗性鉴定有利于挖掘相关抗病种质资源。在吉林省的松原、长岭和公主岭三个地区,对44份来源于不同杂种优势群的玉米自交系在自然发病条件下通过田间表型,进行了玉米线虫矮化病的抗性鉴定。结果表明,兰卡斯特群的自交系感病率最高,旅大红骨群的自交系之间抗性差异较大。玉米自交系法A、DG186-1-1、DMYF2-186、吉V203、PHTD5、合344、W9706、吉1037、吉853、昌7-2、吉V088、丹598、M5982和农家种红玉米对玉米线虫矮化病表现为高抗,自交系法B、承351、DH11、郑58、H907、37V22-28-1、吉K383、V022和CS121对该病表现为高感,其中H907感病率最高。44份自交系在2018年的抗性程度存在一定的差异,表明玉米线虫矮化病的发病程度与遗传背景和所处地区的环境条件密切相关。本研究鉴定出的高抗和高感的玉米自交系在不同地区发病稳定,可为玉米线虫矮化病的抗性遗传改良提供一定的参考依据。 展开更多
关键词 玉米 线虫矮化病 抗病性
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玉米拟轮枝镰孢菌穗腐病抗性基因的挖掘 被引量：6
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作者 闻竞 沈彦岐 +7 位作者 韩四平 邢跃先 张叶 王梓钰 李世界 杨小红 郝东云 张艳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1303-1311,共9页
玉米穗腐病是一种严重危害玉米生产的真菌性病害,而目前在世界范围内玉米育种上应用的大多数自交系缺少对穗腐病的抗性。玉米穗腐病抗性位点的挖掘和抗病基因的克隆,对玉米穗腐病的遗传改良至关重要。本研究旨在通过转录组测序和全基因... 玉米穗腐病是一种严重危害玉米生产的真菌性病害,而目前在世界范围内玉米育种上应用的大多数自交系缺少对穗腐病的抗性。玉米穗腐病抗性位点的挖掘和抗病基因的克隆,对玉米穗腐病的遗传改良至关重要。本研究旨在通过转录组测序和全基因组关联分析的方法进行玉米拟轮枝镰孢菌穗腐病抗性位点的挖掘并初步确定候选基因。抗病自交系法A和感病自交系掖81162的转录组测序结果表明,人工接种拟轮枝镰孢菌后7 d两个自交系的差异表达基因有10,761个。通过全基因组关联分析共检测到5个与穗腐病抗性显著相关的SNP,这些SNP分布在1号和9号染色体上。通过比对B73 RefGen_v3并注释,发现SNP位点附近涉及的基因包括酰基激活酶1过氧化物酶体、蛋白磷酸酶2C 48、镁转运蛋白、受体蛋白激酶CRINKLY4和锌指CCCH域蛋白19。将在转录组测序中获得差异表达基因和全基因组选择中关联到的基因进行比对,发现全基因组关联分析中关联到的锌指CCCH域蛋白19同时也是转录组测序中获得的差异表达基因,表明锌指CCCH域蛋白19可能与玉米拟轮枝镰孢菌穗腐病的抗性相关。本研究结果不仅能为抗病基因的克隆和玉米的抗病分子育种提供一定的理论依据和重要的遗传资源,而且能为玉米和病原菌的相互作用机理的解析奠定基础。 展开更多
关键词 玉米 拟轮枝镰孢菌 穗腐病 抗性基因
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基于图像分析的玉米抗拟轮枝镰孢穗腐病的QTL定位 被引量：2
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作者 闻竞 沈彦岐 +5 位作者 王梓钰 李世界 莫蓝月 雷宇豪 张艳 韩四平 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第13期2724-2736,共13页
【目的】玉米穗腐病是一种在全世界广泛发生且危害严重的真菌性病害,其中,拟轮枝镰孢引起的穗腐病(Fusarium ear rot,FER)在中国发生最为普遍。通过图像分析方法进行FER抗病QTL定位,并对前期通过病害评级方法定位的FER抗病QTL进行验证,... 【目的】玉米穗腐病是一种在全世界广泛发生且危害严重的真菌性病害,其中,拟轮枝镰孢引起的穗腐病(Fusarium ear rot,FER)在中国发生最为普遍。通过图像分析方法进行FER抗病QTL定位,并对前期通过病害评级方法定位的FER抗病QTL进行验证,探索一种新的玉米穗腐病的病害鉴定方法,为玉米穗腐病的遗传改良提供依据。【方法】利用高感FER的自交系(ZW18)分别与3个高抗自交系(承351、丹598和吉V203)构建F_(2)群体(F_(2)-C、F_(2)-D和F_(2)-J)和相应的F_(2)﹕3家系,通过图像分析的方法获得每个F_(2)﹕3家系的果穗病斑百分比,进而定位玉米FER抗病QTL。【结果】3个群体共定位到18个FER抗病QTL,其中,分别位于2.02-2.03 bins、4.06-4.07 bins和8.06 bin上的3个QTL(qRf2、qRf3和qRf4)可解释的表型变异率分别高达21.80%、25.80%和27.40%。F_(2)-J群体的qRf11与F_(2)-C群体的qRf1和F_(2)-D群体的qRf6在第1染色体均有重叠区间,可解释的表型变异率达到16.50%。来自F_(2)-D群体的qRf9与F_(2)-J群体的qRf16在第8染色体8.05 bin有重叠区间,且抗性基因均来源于抗性亲本。F_(2)-C群体的qRf3与F_(2)-J群体的qRf15在第4染色体4.06-4.07 bins有重叠区间。另外,与之前通过病害评级方法定位的结果相比,qRf1、qRf6和qRf11在1.06-1.07 bins与评级方法定位的抗病位点qRfer13重合,qRf3和qRf15在4.06-4.07 bins与评级方法定位的抗病位点qRfer3和qRfer17重叠,qRf7与qRfer6在2.04 bin的定位区间完全重合,qRf17与qRfer20在S2重复中定位到9.03-9.05 bins的重叠区间,且来源于相同的抗源。【结论】定位到18个FER抗性位点,其中,位于1.04-1.07 bins、4.06-4.07 bins和8.05 bin上的抗病位点在不同群体中均可以被检测到,位于2.04 bin和9.03-9.05 bins上的抗病位点用不同的检测方法可以被检测到,表明在这些区间可能存在FER的抗性位点。QTL的定位区间在不同群体中的重叠性在一定程度上验证了定位区间的真实性,不同方法之间定位到重叠区间,说明利用图像分析方法定位FER抗病QTL具有一定的准确性。 展开更多
关键词 玉米 拟轮枝镰孢穗腐病 抗性 QTL
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环介导等温扩增技术检测稻香基因OsBADH2编辑后代纯合材料的研究
5
作者 周岩 管翊君 +3 位作者 魏健 王萌 沈彦岐 李毅丹 《农村科学实验》 2019年第27期94-96,共3页
作物基因编辑后代材料的检测是基因编辑育种研究中的重要一环,现有检测方法无法高效的鉴别基因编辑产生的纯合材料.为解决这一问题,研究通过环介导等温扩增技术对稻香相关基因OsBADH2编辑的T1代吉粳88纯合突变材料进行检测研究.结果表明... 作物基因编辑后代材料的检测是基因编辑育种研究中的重要一环,现有检测方法无法高效的鉴别基因编辑产生的纯合材料.为解决这一问题,研究通过环介导等温扩增技术对稻香相关基因OsBADH2编辑的T1代吉粳88纯合突变材料进行检测研究.结果表明,在LAMP扩增反应中引入红色荧光背景250 mmol HNB能够可视化的鉴定出纯合的T1代吉粳88突变体. 展开更多
关键词 环介导等温扩增 基因编辑检测 可视化荧光染料
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玉米禾谷镰孢穗腐病抗性的QTL定位 被引量：3
6
作者 王梓钰 李世界 +4 位作者 闻竞 莫蓝月 沈彦岐 韩四平 张艳 《玉米科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期31-39,47,共10页
以3个高抗玉米自交系承351、丹598、吉V203和1个高感自交系ZW18为亲本,分别构建3个F2群体及其对应的F2:3家系,通过对F2:3家系发病果穗进行图像处理的方法鉴定抗病表型,对禾谷镰孢穗腐病抗性进行QTL定位。3个F2群体共检测到11个与禾谷镰... 以3个高抗玉米自交系承351、丹598、吉V203和1个高感自交系ZW18为亲本,分别构建3个F2群体及其对应的F2:3家系,通过对F2:3家系发病果穗进行图像处理的方法鉴定抗病表型,对禾谷镰孢穗腐病抗性进行QTL定位。3个F2群体共检测到11个与禾谷镰孢穗腐病抗性有关的QTLs,分别可解释4.87%~40.98%的表型变异率。来源于抗病亲本承351的QTL-qRgr7-1位于7.02 bin,可解释高达13.76%~40.98%的表型变异率。通过与前期病害评级方法定位到的QTLs相比,qRgr7-1在Bins7.02上和qRger7.1完全重合,q Rgr2-1在Bins2.01-2.02上和qRger2.1完全重合,qRgr10-1在Bins10.01-10.02上和qRger10.1完全重合。基于图像分析定位到的qRgr9-1、q Rgr1-2、q Rgr3-1分别与基于抗病评级定位到的区间存在重叠区域。利用不同方法定位到了相同的QTLs,一方面说明基于图像分析进行表型鉴定有一定的准确性,另一方面也验证了这些QTLs位点的真实性。 展开更多
关键词 玉米 穗腐病 禾谷镰孢 QTL定位
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