禽腺病毒血清4型Hexon蛋白的转录组学功能分析

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作者 冯慧霞 刘梦渊 +5 位作者 王晨阳 李炜 孙子龙 席义博 张鼎 杨勃 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1281-1290,共10页

禽腺病毒血清4型(FAdV-4)是引起禽肝炎-心包积液综合征的重要病原,严重危害我国养禽业的发展。研究表明,FAdV-4六邻体(Hexon)蛋白是决定病毒毒力和致病性的重要因素之一。为了进一步探究Hexon蛋白在FAdV-4感染中的重要作用,本试验以鸡... 禽腺病毒血清4型(FAdV-4)是引起禽肝炎-心包积液综合征的重要病原,严重危害我国养禽业的发展。研究表明,FAdV-4六邻体(Hexon)蛋白是决定病毒毒力和致病性的重要因素之一。为了进一步探究Hexon蛋白在FAdV-4感染中的重要作用,本试验以鸡肝癌细胞(LMH)为研究模型,利用转录组测序技术对外源表达Hexon所诱导的差异表达基因进行筛选。结果显示,与对照组相比,外源表达Hexon试验组共筛选到445个差异基因表达上调,36个差异基因表达下调。其中,BAG3、JUN、IL8L1、CCL4和THBS1等基因之前已被报道与FAdV-4感染相关,但HSPB9、HSP90AA1、HSPA8、HSPA2、DCN、ELOVL3和SBK2等基因在FAdV-4感染中的作用还未被揭示。GO富集分析结果显示,下调的差异基因主要与早期内体和蛋白酶体附属复合体相关,而上调的差异基因主要与质膜、细胞外表面区域和超分子纤维相关。KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因主要富集在MAPK、Wnt和VEGF等信号通路。此外,通过蛋白质相互作用网络分析发现,HSP90AA1、HSPA8、JUN和DCN等多个关键蛋白位于整个网络中心且已被报道与多种病毒复制密切相关。综上所述,本研究通过转录组测序筛选出一系列由外源表达Hexon诱导的差异表达基因,为控制FAdV-4感染提供了新的靶点和理论依据。 展开更多

关键词 禽腺病毒血清4型 六邻体蛋白 鸡肝癌细胞 转录组测序

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禽腺病毒血清4型感染的LMH细胞mRNA表达谱分析

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作者 杨筱竹 冯慧霞 +3 位作者 候晓兰 席义博 段利强 杨勃 《动物医学进展》 北大核心 2024年第4期56-63,共8页

禽腺病毒血清4型(FAdV-4)引起的禽肝炎-心包积液综合征已严重危害我国养禽业的发展,迫切需要深入了解FAdV-4的致病机制并制定有效的防控方案。论文旨在利用高通量测序技术分析禽腺病毒血清4型感染鸡肝癌(Leghorn male hepatocellular,L... 禽腺病毒血清4型(FAdV-4)引起的禽肝炎-心包积液综合征已严重危害我国养禽业的发展,迫切需要深入了解FAdV-4的致病机制并制定有效的防控方案。论文旨在利用高通量测序技术分析禽腺病毒血清4型感染鸡肝癌(Leghorn male hepatocellular,LMH)细胞后差异表达的mRNA,以探究mRNA在FAdV-4感染过程中的作用及其调控机制。结果显示,与对照组相比,FAdV-4感染48 h共筛选到2604个上调的差异表达基因,2883个下调的差异表达基因。其中,GNB3、NECTIN4、SFRP4、FABP2、PLPP3、GALR1L和MBL 2等基因之前并没有被报道过与FAdV-4感染相关。通过GO和KEGG分析得知,差异表达基因主要富集在从细胞表面位点和信号受体结合至细胞周期调节、MAPK信号通路、细胞黏附分子作用等;其中,显著下调的差异基因还富集到多种代谢途径中,提示病毒感染会影响宿主细胞的代谢水平。本研究为深入解析FAdV-4感染宿主细胞的致病机制提供了相关的理论基础及科学依据。 展开更多

关键词 禽腺病毒血清4型 LMH细胞 高通量测序 MRNA

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海上风机单桩基础疲劳损伤计算方法 被引量：13

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作者 赵俭斌 席义博 王振宇 《浙江大学学报（工学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1711-1719,共9页

为提高海上风机基础疲劳损伤计算的准确性,评价不同计算方法的适用性和影响,以海上风机单桩基础为例进行疲劳评价,建立全时域的动力分析模型和基于功率谱密度函数的频域疲劳损伤计算流程,研究气动阻尼比取值、风与波浪联合作用、应力幅... 为提高海上风机基础疲劳损伤计算的准确性,评价不同计算方法的适用性和影响,以海上风机单桩基础为例进行疲劳评价,建立全时域的动力分析模型和基于功率谱密度函数的频域疲劳损伤计算流程,研究气动阻尼比取值、风与波浪联合作用、应力幅概率分布模型对基础疲劳损伤的影响.结果表明:基础疲劳损伤受气动阻尼比影响突出,风致疲劳损伤对气动阻尼比的敏感性大于浪致疲劳损伤;由于风与波浪联合作用对基础的疲劳损伤有较大影响,简单叠加风致疲劳损伤和浪致疲劳损伤得到的结果较风与波浪联合作用时偏小;确定合适的应力幅概率分布模型十分必要,频域法中采用Dirlik模型得到的风致疲劳损伤和采用快速傅里叶逆变换(IFFT)的浪致疲劳损伤分别与时域法的结果相近,但叠加的总疲劳损伤小于风与波浪联合作用时的总疲劳损伤. 展开更多

关键词 海上风机单桩基础 疲劳损伤 动力分析 频域法 气动阻尼比 应力幅概率分布模型

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人肝细胞癌预后不良相关基因的生物信息学分析及其临床意义 被引量：3

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作者 席义博 张皓旻 +3 位作者 杨波 陈熙勐 贺培凤 卢学春 《中国应用生理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期90-96,I0002,I0005,共9页

目的:筛选肝细胞癌(HCC)预后不良相关基因,并探讨其临床意义。方法:在基因表达综合数据库(GEO)中获取符合分析条件的肝细胞癌全基因组表达谱数据并分析得到差异表达基因(DEGs),再运用生物学信息注释及可视化数据库(DAVID)和蛋白相互作... 目的:筛选肝细胞癌(HCC)预后不良相关基因,并探讨其临床意义。方法:在基因表达综合数据库(GEO)中获取符合分析条件的肝细胞癌全基因组表达谱数据并分析得到差异表达基因(DEGs),再运用生物学信息注释及可视化数据库(DAVID)和蛋白相互作用数据库(String)分别进行功能富集分析和蛋白质互作用网络的构建。利用癌症基因组图谱数据库(TCGA)和Cox比例风险回归模型对相关差异基因进行预后分析。结果:找到一个符合条件的人类HCC数据库(GSE84402),共筛选出1141个差异表达基因(DEGs),其中上调基因720个,下调基因421个。基因功能富集分析和蛋白质互作用分析结果显示CDK1、CDC6、CCNA2、CHEK1、CENPE、PIK3R1、RACGAP1、BIRC5、KIF11和CYP2B6为HCC预后的关键基因。TCGA数据库和Cox回归模型分析显示CDC6、PIK3R1、RACGAP1和KIF11的表达升高,CENPE的表达降低与HCC预后不良密切相关。结论:CDC6、CENPE、PIK3R1、RACGAP1和KIF11可能和HCC的预后不良相关,可作为未来HCC预后研究的参考标志物。 展开更多

关键词 肝细胞癌 预后不良基因 生物信息学 COX比例风险回归模型

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基于实测速度与应力风机的基础动力响应分析 被引量：2

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作者 赵俭斌 祝军 +1 位作者 席义博 赵中华 《沈阳建筑大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期811-819,共9页

目的探究黏性阻尼以及材料阻尼对风机基础动力响应计算的影响.方法采用风机塔筒-基础整体模型,区别考虑风机气动黏性阻尼、风机塔筒材料阻尼以及基础的材料阻尼,用COMSOL Multiphysics有限元软件对风机整体进行模态计算,对在不同阻尼下... 目的探究黏性阻尼以及材料阻尼对风机基础动力响应计算的影响.方法采用风机塔筒-基础整体模型,区别考虑风机气动黏性阻尼、风机塔筒材料阻尼以及基础的材料阻尼,用COMSOL Multiphysics有限元软件对风机整体进行模态计算,对在不同阻尼下的风机基础上法兰的受力情况进行计算分析,并与现场实测应力进行对比.讨论阻尼对风机动力响应计算的影响.结果风机模态、相应位置应力实测与模拟值吻合良好.考虑气动阻尼和各材料阻尼时,动力响应幅值比不考虑阻尼时的幅值要减小10 MPa,幅值减小31. 25%.当空气黏性阻尼比缩小2. 5倍时,幅值增大21. 4%.钢结构阻尼比缩小2. 5倍时,幅值增大8. 33%.基础材料阻尼比缩小2. 5倍时,幅值增大12%.结论阻尼在动力计算中对计算结果起着较大的作用;风机的阻尼比越大时,动力响应越小.黏性阻尼对风机的动力响应影响比材料阻尼更大,基础的材料阻尼要比钢结构的材料阻尼对动力响应的影响要大. 展开更多

关键词 风机基础 阻尼 有限元 动力响应计算

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单桩基础弱化对海上风机动力响应的影响 被引量：4

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作者 席义博 龚优华 +1 位作者 潘嘉宁 王振宇 《中南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第1期229-237,共9页

为研究海上风机在基础弱化条件下的动力响应特性以及基础刚度对其动力响应的影响,以某单桩基础的海上风机为例,建立考虑基础刚度弱化的海上风机动力分析模型,进行不同基础刚度条件下风机的整体动力响应分析。研究结果表明:基础刚度降低... 为研究海上风机在基础弱化条件下的动力响应特性以及基础刚度对其动力响应的影响,以某单桩基础的海上风机为例,建立考虑基础刚度弱化的海上风机动力分析模型,进行不同基础刚度条件下风机的整体动力响应分析。研究结果表明:基础刚度降低,对上部结构的约束作用减弱,结构的自振频率随基础刚度降低而减小,逐渐接近风机1P频率,增大结构共振风险;泥面和塔底处的水平位移受基础刚度影响较大,而塔顶水平位移对基础刚度变化不敏感;基础刚度降低会轻微增大极限弯矩荷载,但会较明显地增大塔底疲劳荷载,导致对结构疲劳的不利影响;风机紧急停机会产生更剧烈的结构响应,并且基础刚度降低会加剧这一现象。 展开更多

关键词 海上风机 单桩基础 基础刚度 动力响应 基础变形 疲劳荷载

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海上风机单桩基础与锚索的应用研究 被引量：1

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作者 赵俭斌 王一成 +1 位作者 王启 席义博 《建筑与预算》 2021年第1期50-52,共3页

提出在海上风机的单桩基础上不同位置结合锚索,形成海上风机基础中的索塔结构。运用ABAQUS有限元模拟软件进行建模建立简化模型,上部风浪荷载与机箱叶片采用等效集中荷载(取极限值),运用p-y曲线理论做出土弹簧,在不同桩长的情况下,泥面... 提出在海上风机的单桩基础上不同位置结合锚索,形成海上风机基础中的索塔结构。运用ABAQUS有限元模拟软件进行建模建立简化模型,上部风浪荷载与机箱叶片采用等效集中荷载(取极限值),运用p-y曲线理论做出土弹簧,在不同桩长的情况下,泥面位移量、泥面转角、桩顶位移等方面对无拉索的海上单桩风机进行对比。结果表明:25m长度的桩长效果最优,并且泥面位移量、泥面转角、桩顶位移都有显著的优化。使得风机在基础位置削减桩长将减少用量节约成本,同时增添稳定性。 展开更多

关键词 风机基础 土弹簧 锚索 ABAQUS有限元

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肺腺癌预后相关miRNA生物信息学筛选及其临床意义 被引量：9

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作者 张皓旻 杨波 +6 位作者 陈红飞 迟小华 席义博 陈熙勐 郭斌 贺培凤 卢学春 《中国应用生理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期530-535,共6页

目的:探讨肺腺癌预后相关miRNA组学特征及其临床意义。方法:应用癌症基因组图谱(TCGA)数据库,检索人肺腺癌miRNA表达谱数据,进行差异分析,再利用Cox风险回归模型筛选预后相关miRNA;利用mirwalk分析平台,对筛选出的miRNA进行靶向调控基... 目的:探讨肺腺癌预后相关miRNA组学特征及其临床意义。方法:应用癌症基因组图谱(TCGA)数据库,检索人肺腺癌miRNA表达谱数据,进行差异分析,再利用Cox风险回归模型筛选预后相关miRNA;利用mirwalk分析平台,对筛选出的miRNA进行靶向调控基因预测、KEGG功能富集分析,最后,预测出预后相关miRNA的功能。结果:共筛选肺腺癌差异miRNA46个,其中,上调19个、下调27个;通过Cox生存分析筛选到预后相关miR-NA有6个,即hsa-mir-21、hsa-mir-142、hsa-mir-200a高表达,hsa-mir-101、hsa-let-7c、hsa-mir-378e低表达,其中hsa-mir-21、hsa-mir-378e与肺腺癌患者不良预后有关,生存期显著缩短(P<0.05,AUC=0.618)。KEGG分析上述预后相关miRNA靶向调控基因与免疫反应通路、miRNA与癌症通路、代谢通路等有关。结论:hsa-mir-21、hsa-mir-378e与肺腺癌预后不良有关,未来经进一步临床验证有可能作为肺腺癌预后相关的分子标记物。 展开更多

关键词 肺腺癌 MIRNA TCGA 预后 生物信息学

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浅谈临床生物信息学在临床医学教育中的作用及初步实践 被引量：11

9

作者 张皓旻 杨波 +7 位作者 郭斌 于睿莉 迟小华 陈红飞 席义博 陈锡勐 贺培凤 卢学春 《转化医学杂志》 2018年第3期175-178,共4页

生物信息学是一门整合计算机科学及生命科学的交叉学科,已有30余年历史,但仍方兴未艾。21世纪以来,生物医学已逐渐进入大数据时代,海量的以测序为代表的基因组、转录组、蛋白质组数据将为深刻揭示人类疾病发生机制及寻找治疗药物提供了... 生物信息学是一门整合计算机科学及生命科学的交叉学科,已有30余年历史,但仍方兴未艾。21世纪以来,生物医学已逐渐进入大数据时代,海量的以测序为代表的基因组、转录组、蛋白质组数据将为深刻揭示人类疾病发生机制及寻找治疗药物提供了前所未有的契机。目前,在临床医学研究及教学中,生物信息学方法及应用尚未得到足够重视。作者结合临床生物信息学发展现状及未来趋势,探讨了临床生物信息学学科在临床医学教学及转化研究中的作用。 展开更多

关键词 临床生物信息学 医学教育 基因组学 数据库

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KRAS突变对人肺腺癌转录组影响的生物信息学分析 被引量：7

10

作者 张皓旻 陈红飞 +6 位作者 杨波 迟小华 郭斌 席义博 陈熙勐 贺培凤 卢学春 《转化医学杂志》 2019年第2期75-79,共5页

目的鼠肉瘤病毒致癌基因(Kirsten rat sarcoma viral oncogene,KRAS)突变型肺腺癌是临床常见肺癌亚型,发病机制不清,预后不良。推测可能与KRAS突变对整个基因组的影响有关。本研究通过对KRAS突变型肺腺癌的转录组分析,探讨其预后不良和... 目的鼠肉瘤病毒致癌基因(Kirsten rat sarcoma viral oncogene,KRAS)突变型肺腺癌是临床常见肺癌亚型,发病机制不清,预后不良。推测可能与KRAS突变对整个基因组的影响有关。本研究通过对KRAS突变型肺腺癌的转录组分析,探讨其预后不良和耐药的组学机制。为研究KRAS突变型肺腺癌的发病机制和临床治疗提供指导。方法从公共基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载KRAS突变型肺腺癌的转录组数据库,首先利用R语言Impute程序包进行数据标准化,然后利用Limma程序包筛选差异基因,最后利用Robust rank aggregation算法筛选显著性基因。为进一步研究其表观调控机制,我们利用R语言Clusterprofile程序包和STRING数据库分别进行了KEGG pathway分析和蛋白质互作网络分析。结果KRAS突变对全转录组影响复杂,包括改变细胞周期促进肿瘤细胞异常增殖;影响白细胞介素-17信号通路促炎反应导致免疫耐受,促进肿瘤生长;影响细胞色素P450信号通路导致耐药。结论 KRAS突变能够引起整个基因组发生异常变化,并与促进肿瘤生长、抑制抗肿瘤免疫以及耐药相关基因的表达密切相关。 展开更多

关键词 KRAS突变 肺腺癌 转录组 生物信息学

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偏航对串列双风机发电功率影响研究 被引量：2

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作者 沈铖波 孙力云 +2 位作者 席义博 潘嘉宁 王振宇 《水力发电》 CAS 2022年第2期119-124,共6页

尾流效应是造成风场发电损失的主要原因之一,通过对上风向风机进行偏航调控和优化风场机位布局可以降低串列风机的尾流。为了探究各主要因素对降低尾流的效果,针对两台串列布置的NREL-5MW风电机组,采用Bastankhah尾流模型进行尾流区风... 尾流效应是造成风场发电损失的主要原因之一,通过对上风向风机进行偏航调控和优化风场机位布局可以降低串列风机的尾流。为了探究各主要因素对降低尾流的效果,针对两台串列布置的NREL-5MW风电机组,采用Bastankhah尾流模型进行尾流区风速模拟,计算分析了不同机位距离、入流风速和湍流强度情况下,调控上风向风机偏航角度对串列双风机总的发电功率的影响。结果表明:增大串列双风机在垂直风向方向上的距离能够明显减弱尾流影响,通过对上风向风机偏航20°左右能够减小尾流,从而提升串列双风机总的发电功率。 展开更多

关键词 风电场 尾流 偏航控制 发电功率 影响 串列双风机

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