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苏氏圆腹(鱼亡)全长转录组测序
1
作者 宦章 李东宇 +4 位作者 李伟豪 高进 王中铎 潘志 董忠典 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期44-56,共13页
为深入解析苏氏圆腹(鱼亡)的遗传信息和开展基因功能研究,本实验分别提取性成熟苏氏圆腹(鱼亡)脑、鳃、心脏、肝脏、脾脏、头肾、胃、肠、性腺和肌肉组织的总RNA,等质量混合为一个样本后,利用PacBio高通量测序平台单分子实时测序技术对... 为深入解析苏氏圆腹(鱼亡)的遗传信息和开展基因功能研究,本实验分别提取性成熟苏氏圆腹(鱼亡)脑、鳃、心脏、肝脏、脾脏、头肾、胃、肠、性腺和肌肉组织的总RNA,等质量混合为一个样本后,利用PacBio高通量测序平台单分子实时测序技术对其进行了测序分析,获得了性成熟苏氏圆腹(鱼亡)各组织的全长转录组信息。结果显示,在苏氏圆腹(鱼亡)中共获得1 487 336条高质量reads,平均长度和N50分别为83 592和162 901 bp;校正后共获得1 005 955条循环一致序列(circular consensus sequencing,CCS),过滤后共鉴定出667 973条含有polyA结构的全长非嵌合序列(full-length non-concatemer,FLNC)序列,平均长度和N50分别为2 057和2 359 bp。614 078条(91.93%) FLNC用于基因和转录本的注释,鉴定到的19 835个已知基因对应80 915个转录本,9 348个新基因对应9 954条新转录本,预测到50 311个开放阅读框、79 922个可变剪接、18个融合基因和20 215个选择性多聚腺苷酸化位点。新基因在NR、GO、KEGG、KOG和SwissProt数据库中分别有3 912、2 385、2 167、81和1 520个获得注释。另外,还预测到4 624个长链非编码RNA,调控32 283个靶mRNA。研究表明,通过全长转录组测序数据及功能注释分析,丰富了苏氏圆腹(鱼亡)的遗传资源信息。本研究可为进一步开展苏氏圆腹(鱼亡)生物学特性、基因功能研究提供基础。 展开更多
关键词 苏氏圆腹(鱼亡) 全长转录组 基因功能 可变剪切 长链非编码RNA
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炔诺酮短期暴露对海洋青鳉仔鱼的毒性效应 被引量：1
2
作者 董忠典 宦章 +5 位作者 黎学友 陈月碧 张宁 郭昱嵩 王中铎 梁燕秋 《广东海洋大学学报》 CAS 北大核心 2022年第6期65-73,共9页
【目的】研究低浓度炔诺酮(Norethisterone,NET)短期暴露对海洋青鳉(Oryzias melastigma)仔鱼的毒性效应。【方法】海洋青鳉仔鱼在8.96 ng/L的NET暴露10 d,分析仔鱼游泳行为,氧化-抗氧化相关酶活性,性激素、甲状腺激素水平,以及基因转... 【目的】研究低浓度炔诺酮(Norethisterone,NET)短期暴露对海洋青鳉(Oryzias melastigma)仔鱼的毒性效应。【方法】海洋青鳉仔鱼在8.96 ng/L的NET暴露10 d,分析仔鱼游泳行为,氧化-抗氧化相关酶活性,性激素、甲状腺激素水平,以及基因转录模式;NET处理后仔鱼在人工海水中饲养至5月龄,统计性别比例。【结果】NET短期暴露后,海洋青鳉仔鱼的游泳行为有显著的抑制效应,仔鱼在静止状态的时间减少,处于小运动和大运动状态的时间极显著增加(P<0.01);丙二醛(MDA)、过氧化氢酶(CAT)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-PX)和超氧化物歧化酶(SOD)的活性变化不显著(P>0.05);仔鱼雌二醇(E2)水平显著降低(P<0.05),睾酮(T)水平极显著提升(P<0.01),群体中雌雄比例无影响;132个基因的转录模式发生改变,主要涉及节律调节、物质代谢和免疫等生物学过程。【结论】海洋青鳉在低浓度NET环境短期暴露可引起仔鱼游泳行为、激素水平及基因转录模式的变化;海洋环境残留的NET对鱼类健康有潜在风险,进而破坏海洋渔业资源。 展开更多
关键词 海洋青鳉 仔鱼 炔诺酮 毒性 行为 抗氧化酶 性激素 甲状腺激素 转录组
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炔诺酮短期暴露下海洋青鳉(Oryzias melastigma)仔鱼转录组学分析
3
作者 宦章 黎学友 +1 位作者 梁燕秋 董忠典 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期952-961,共10页
为揭示炔诺酮(norethisterone)对水生生物的影响,本研究利用质量浓度为1000 ng/L的炔诺酮处理海洋青鳉(Oryziasmelastigma)仔鱼24 h,分析炔诺酮对海洋青鳉仔鱼转录水平的影响。结果表明,炔诺酮处理导致海洋青鳉1848个基因转录模式发生... 为揭示炔诺酮(norethisterone)对水生生物的影响,本研究利用质量浓度为1000 ng/L的炔诺酮处理海洋青鳉(Oryziasmelastigma)仔鱼24 h,分析炔诺酮对海洋青鳉仔鱼转录水平的影响。结果表明,炔诺酮处理导致海洋青鳉1848个基因转录模式发生显著改变,其中,728个基因上调,1120个基因下调。GO富集结果显示,差异表达基因在“肽酶活性,作用于L-氨基酸肽”和“辅因子结合”等途径显著富集。KEGG富集显示,差异表达基因在铁死亡、DNA复制和脂肪酸代谢通路显著富集。其中,在铁死亡通路中,acsl4、acsl3和gass下调。在DNA复制和脂肪酸代谢通路中,所有差异表达基因全部下调。结果表明,炔诺酮暴露可影响海洋青鳉仔鱼的生长和发育有关基因的转录水平,对海洋青鳉的早期发育和生长产生不利影响。 展开更多
关键词 炔诺酮 海洋青鳉(Oryzias melastigma) 转录组 仔鱼 早期发育
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