旨在利用竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(competitive allele specific PCR,KASP)技术,探讨水牛分子身份证构建的方法,为今后水牛品种精准鉴定及其品种资源的保护等提供技术支撑。基于水牛基因组重测序获得单核苷酸多态性(SNP)位...旨在利用竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(competitive allele specific PCR,KASP)技术,探讨水牛分子身份证构建的方法,为今后水牛品种精准鉴定及其品种资源的保护等提供技术支撑。基于水牛基因组重测序获得单核苷酸多态性(SNP)位点信息,筛选合适SNP位点,通过转化标记获得可用于分子身份证构建的SNP位点,进行遗传多样性、群体结构分析,并分别使用二进制和十进制构建14个水牛品种的DNA分子身份证。结果:基于前期研究的10头不同水牛品种基因组重测序数据,筛选获得284个在不同种间有差异且品种内一致的SNPs位点,在40个水牛样本中测序并结合桑格(Sanger)测序验证获得的60个SNPs位点,6个位点未能正常分型,转化成功率为90%,有效等位基因(Ne)平均值为1.522,香农信息指数(SHA)平均值为0.503,观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)平均值分别为0.182和0.328,多态性信息含量值(PIC)平均值为0.269;除去20个在部分水牛品种中位点缺失的SNPs位点,应用34个SNPs位点进行群体遗传结构分析表明14个水牛品种分为2个类群,其中槟榔江水牛、尼里/拉菲水牛和摩拉水牛的遗传距离与其他11种水牛的较远,同为1个类群;最终根据34个SNPs位点构建了14个水牛品种的分子身份证。综上,应用KASP技术并结合遗传多样性和群体结构分析,成功开发出能精准区分全部供试水牛品种的34个SNPs位点,并构建了14个水牛品种具有唯一性的二进制和十进制分子身份证,说明此方法可有效构建水牛分子身份证。展开更多
文摘旨在利用竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(competitive allele specific PCR,KASP)技术,探讨水牛分子身份证构建的方法,为今后水牛品种精准鉴定及其品种资源的保护等提供技术支撑。基于水牛基因组重测序获得单核苷酸多态性(SNP)位点信息,筛选合适SNP位点,通过转化标记获得可用于分子身份证构建的SNP位点,进行遗传多样性、群体结构分析,并分别使用二进制和十进制构建14个水牛品种的DNA分子身份证。结果:基于前期研究的10头不同水牛品种基因组重测序数据,筛选获得284个在不同种间有差异且品种内一致的SNPs位点,在40个水牛样本中测序并结合桑格(Sanger)测序验证获得的60个SNPs位点,6个位点未能正常分型,转化成功率为90%,有效等位基因(Ne)平均值为1.522,香农信息指数(SHA)平均值为0.503,观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)平均值分别为0.182和0.328,多态性信息含量值(PIC)平均值为0.269;除去20个在部分水牛品种中位点缺失的SNPs位点,应用34个SNPs位点进行群体遗传结构分析表明14个水牛品种分为2个类群,其中槟榔江水牛、尼里/拉菲水牛和摩拉水牛的遗传距离与其他11种水牛的较远,同为1个类群;最终根据34个SNPs位点构建了14个水牛品种的分子身份证。综上,应用KASP技术并结合遗传多样性和群体结构分析,成功开发出能精准区分全部供试水牛品种的34个SNPs位点,并构建了14个水牛品种具有唯一性的二进制和十进制分子身份证,说明此方法可有效构建水牛分子身份证。
